genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  76  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21405565--21405619	14	4.1	14	81	4	60	65	0	0	34	0.93
21405552--21405619	27	2.6	29	75	17	76	66	1	0	32	1.01
21405589--21405631	21	2.0	22	95	4	79	67	0	0	32	0.91
21406922--21406965	18	2.7	15	80	16	52	20	2	25	52	1.58
21408396--21408511	32	3.6	32	82	10	130	43	7	10	38	1.68
21415920--21415962	21	2.0	22	81	4	52	41	4	0	53	1.21
21416043--21416083	12	3.3	13	80	13	50	34	0	0	65	0.93
21419675--21419782	26	4.2	26	90	0	171	31	7	24	37	1.83
21421401--21421566	27	6.2	26	83	7	197	16	22	23	37	1.93
21421401--21421566	54	3.1	54	91	1	262	16	22	23	37	1.93
21421401--21421566	81	2.0	81	85	6	221	16	22	23	37	1.93
21423625--21423662	17	2.2	17	86	9	51	47	0	0	52	1.00
21430550--21430587	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
21430725--21430773	25	2.0	25	83	0	62	42	14	6	36	1.70
21455424--21455740	127	2.5	127	86	1	420	26	16	21	35	1.94
21467191--21467704	45	11.6	44	73	10	269	29	18	26	25	1.98
21467177--21467924	89	8.4	89	87	1	964	29	18	26	25	1.98
21467177--21467967	177	4.5	178	85	2	968	29	18	26	26	1.98
21468209--21468246	18	2.2	18	90	4	60	52	36	5	5	1.47
21469436--21469495	28	2.1	28	100	0	120	30	6	3	60	1.39
21470177--21470494	127	2.5	126	82	4	397	27	17	19	35	1.94
21475173--21475352	40	4.5	40	83	2	236	26	15	25	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21476574--21476721	43	3.4	44	79	7	160	25	14	25	33	1.94
21479381--21479406	9	2.9	9	100	0	52	11	0	23	65	1.25
21479412--21479477	33	2.0	33	100	0	132	33	12	9	45	1.73
21480152--21480177	9	2.9	9	100	0	52	11	0	23	65	1.25
21481067--21481239	46	3.7	46	82	9	199	29	19	29	21	1.98
21481072--21481280	46	4.5	47	80	9	177	29	18	29	22	1.97
21485904--21485929	9	2.9	9	100	0	52	11	0	23	65	1.25
21491525--21491692	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
21495814--21496055	40	6.1	40	90	4	368	23	20	26	28	1.99
21495800--21496055	79	3.2	80	90	3	387	24	21	26	28	1.99
21500885--21500942	28	2.1	28	100	0	116	25	27	18	27	1.98
21504995--21505162	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
21509600--21509644	9	4.8	10	78	10	51	62	0	4	33	1.15
21509600--21509645	19	2.5	19	85	3	67	60	0	4	34	1.16
21514840--21514913	30	2.5	31	76	10	82	29	2	4	63	1.26
21516321--21516349	7	4.1	7	100	0	58	86	0	13	0	0.58
21522232--21522405	46	3.8	43	83	10	170	24	29	18	27	1.98
21522099--21522499	47	8.5	48	74	12	252	24	29	18	27	1.98
21522099--21522502	94	4.3	96	76	12	340	24	29	18	27	1.98
21529621--21529681	30	2.0	30	87	6	88	39	6	26	27	1.81
21542150--21542244	7	14.0	7	67	18	58	64	0	6	29	1.18
21542192--21542271	19	4.2	18	69	27	58	65	1	2	31	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21542195--21542247	26	2.0	26	89	7	81	66	0	3	30	1.10
21542206--21542247	12	3.3	12	84	12	57	66	0	2	30	1.04
21543842--21544061	44	5.0	44	82	6	268	27	27	15	30	1.96
21543842--21544068	86	2.6	86	83	4	303	27	26	15	30	1.96
21556174--21556235	7	9.0	7	73	16	58	64	0	3	32	1.09
21556197--21556238	12	3.3	12	84	12	57	66	0	2	30	1.04
21556175--21556239	12	5.4	12	74	18	55	66	0	3	30	1.07
21556168--21556252	41	2.0	43	84	8	113	63	2	2	31	1.20
21568719--21568894	46	3.8	46	78	12	207	21	21	28	28	1.98
21568716--21568887	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
21570315--21570357	21	2.3	19	84	15	54	6	0	48	44	1.29
21573058--21573099	2	20.5	2	90	4	66	47	0	2	50	1.14
21597700--21597913	47	4.6	48	75	8	174	28	19	28	24	1.99
21599174--21599227	27	2.0	27	100	0	108	44	3	18	33	1.67
21603441--21603480	19	2.1	19	85	4	53	47	15	7	30	1.72
21613567--21613824	40	6.5	40	87	3	308	24	22	27	25	2.00
21617833--21617864	6	5.3	6	96	0	55	78	3	0	18	0.89
21620291--21620331	21	1.9	22	85	5	57	60	2	0	36	1.10
21620290--21620338	22	2.2	22	78	7	55	59	2	0	38	1.09
21621084--21621134	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
21621893--21622013	49	2.5	47	89	4	170	25	20	29	23	1.99
21621797--21622013	97	2.3	96	80	7	237	29	17	28	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21624179--21624204	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21629317--21629848	44	12.1	44	87	1	672	27	29	14	29	1.95
21636211--21636373	70	2.3	71	98	1	319	34	17	28	19	1.94
21642607--21642724	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
21642575--21642738	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
21644594--21644656	24	2.6	24	97	0	117	36	26	15	20	1.93
21652623--21652685	24	2.6	24	97	0	117	36	26	15	20	1.93
21661790--21662185	131	3.0	131	75	5	300	35	19	18	26	1.95
21669491--21669522	11	3.1	11	82	17	50	37	0	0	62	0.95
21681109--21681226	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
21681077--21681240	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
21688696--21688813	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
21688664--21688827	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
21690473--21690580	26	4.2	26	95	0	189	36	25	6	32	1.81
21692970--21693085	40	2.9	39	91	6	171	34	15	11	38	1.83
21693945--21693978	17	2.1	16	89	10	52	0	32	0	67	0.91
21693950--21694006	23	2.4	25	80	14	66	0	26	3	70	1.03
21694204--21694234	8	3.9	8	100	0	62	61	0	0	38	0.96
21697582--21697833	130	1.9	131	87	0	371	27	18	18	34	1.95
21707144--21707211	9	7.6	9	86	0	100	44	20	8	26	1.81
21707231--21707277	6	7.5	6	81	9	58	17	0	6	76	0.98
21707427--21707463	18	2.1	18	94	0	65	27	16	16	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21710627--21710679	27	2.0	27	85	7	72	62	1	3	32	1.24
21711720--21711770	21	2.4	21	80	6	59	33	31	5	29	1.81
21720179--21720214	5	7.4	5	96	3	65	61	0	0	38	0.96
21724003--21724059	19	2.9	18	76	10	51	38	1	3	56	1.27
21724638--21724710	30	2.5	29	80	12	78	56	5	5	32	1.45
21729672--21729735	6	10.2	6	74	15	58	73	3	0	23	0.97
21729698--21729736	20	2.0	20	89	0	60	76	5	0	17	0.96
21729753--21729820	9	7.6	9	86	6	93	27	10	19	42	1.83
21730687--21730716	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
21750292--21750443	43	3.5	43	75	12	123	26	17	23	32	1.96
21751740--21751781	22	1.9	22	95	0	75	30	7	19	42	1.78
21763843--21763972	47	2.8	47	79	6	131	25	20	25	29	1.99
21763927--21764098	93	1.8	93	83	2	229	26	19	25	29	1.99
21763878--21764108	48	4.9	48	68	14	140	25	19	24	30	1.98
21770372--21770411	20	2.0	20	85	0	53	12	12	20	55	1.69
21771062--21771087	7	3.7	7	100	0	52	26	30	0	42	1.56
21771245--21771912	263	2.5	263	84	4	831	28	23	17	31	1.97
21771620--21771782	89	1.8	89	80	5	195	26	23	18	31	1.97
21772135--21772233	44	2.2	44	81	12	105	27	21	21	30	1.98
21772420--21772610	64	3.0	64	91	0	301	39	12	15	31	1.85
21772637--21772667	15	2.0	16	93	6	55	19	9	6	64	1.45
21773733--21773778	19	2.4	19	82	17	60	6	10	2	80	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21774446--21774511	1	66.0	1	72	0	51	3	3	7	86	0.77
21774446--21774512	6	11.0	6	84	9	73	2	2	8	85	0.81
21774453--21774511	17	3.3	17	86	9	73	3	1	8	86	0.75
21774468--21774511	23	1.9	23	100	0	88	2	0	9	88	0.59
21774458--21774505	23	2.1	21	85	11	60	4	0	8	87	0.66
21777125--21777191	33	2.0	33	100	0	134	29	23	14	31	1.95
21779104--21779142	2	19.5	2	94	0	69	48	0	2	48	1.15
21780471--21780510	20	2.0	20	85	0	53	12	12	20	55	1.69
21780826--21780961	3	44.0	3	78	12	125	62	0	4	32	1.20
21782048--21782086	14	2.7	14	92	4	60	2	2	43	51	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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