Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  355  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
109683513--109683627
49
2.3
48
82
11
135
31
24
18
26
1.97
109694783--109694830
24
2.0
24
95
0
87
18
16
18
45
1.85
109704251--109704380
40
3.3
39
76
8
136
23
27
23
24
2.00
109704267--109704418
40
3.8
40
78
6
148
22
26
23
27
1.99
109704267--109704416
80
1.9
80
83
8
198
22
26
24
27
1.99
109708167--109708218
26
2.0
26
100
0
104
26
23
30
19
1.98
109708738--109708762
13
1.9
13
100
0
50
24
24
44
8
1.80
109717643--109717675
8
4.2
8
92
7
59
51
24
0
24
1.48
109718948--109718999
15
3.7
15
73
19
58
53
0
0
46
1.00
109718944--109719030
26
3.3
26
93
0
138
52
1
2
43
1.21
109718955--109719001
16
3.3
16
67
32
52
55
0
0
44
0.99
109720917--109720941
13
1.9
13
100
0
50
48
16
0
36
1.46
109722341--109722394
10
5.4
10
90
0
81
24
11
1
62
1.37
109722341--109722394
20
2.7
20
91
0
90
24
11
1
62
1.37
109723156--109723194
14
2.7
15
84
11
55
12
7
5
74
1.20
109724452--109724511
28
2.1
29
81
9
70
43
3
23
30
1.70
109728040--109728079
20
2.1
19
85
4
53
22
2
0
75
0.93
109734643--109734707
32
2.0
32
100
0
130
24
6
15
53
1.64
109735161--109735191
13
2.4
13
94
0
53
16
22
35
25
1.94
109738362--109738431
12
5.8
12
75
12
63
17
4
0
78
0.90
109738361--109738434
28
2.7
29
74
14
84
17
4
0
78
0.90
109740225--109740283
10
5.9
10
88
7
84
22
8
1
67
1.26
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
109746540--109746585
24
1.9
24
86
0
65
34
13
17
34
1.88
109746552--109746792
71
3.4
70
69
7
173
34
11
17
37
1.85
109746661--109746741
24
3.4
24
82
0
99
35
9
18
35
1.84
109746525--109746816
141
2.1
141
88
1
424
34
11
17
36
1.86
109746853--109746954
24
4.3
24
69
9
75
33
9
18
38
1.84
109746831--109746932
46
2.2
47
85
1
143
31
7
17
43
1.78
109746991--109747490
54
9.3
54
76
6
390
39
13
21
25
1.90
109746993--109747488
108
4.6
108
78
4
468
39
12
21
25
1.89
109752474--109752508
16
2.1
17
94
5
63
34
0
5
60
1.21
109752826--109752874
17
2.8
17
84
9
55
67
2
0
30
1.02
109754822--109754862
22
1.9
21
85
5
55
70
0
12
17
1.16
109761390--109761439
10
5.0
10
81
13
59
68
2
8
22
1.26
109763320--109763486
40
4.2
39
81
5
151
24
26
22
26
2.00
109763336--109763486
80
1.9
79
83
6
198
23
27
22
26
2.00
109765314--109765496
97
1.9
97
86
2
260
31
22
15
31
1.95
109766338--109766419
15
5.8
14
77
9
51
69
0
0
30
0.89
109766359--109766418
10
5.9
10
79
11
59
66
0
0
33
0.92
109766359--109766402
5
9.0
5
92
5
72
61
0
0
38
0.96
109772055--109772179
39
3.2
39
88
0
187
33
20
24
21
1.97
109772054--109772208
78
2.0
76
82
5
186
31
20
25
21
1.98
109772409--109772436
2
14.0
2
100
0
56
0
0
50
50
1.00
109780086--109780210
39
3.2
39
88
0
187
32
20
24
21
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
109780085--109780239
78
2.0
76
82
5
186
30
21
26
21
1.98
109783758--109783850
38
2.4
38
85
0
114
23
21
26
27
1.99
109783854--109784064
43
4.9
43
88
1
307
12
22
32
32
1.92
109784377--109784504
45
3.0
43
84
9
136
25
23
27
24
2.00
109788066--109788113
19
2.5
20
80
10
55
66
2
8
22
1.29
109788520--109788562
19
2.3
19
80
4
61
41
2
0
55
1.12
109788557--109788611
27
2.1
26
83
10
67
40
1
5
52
1.35
109788583--109788620
20
1.9
20
88
0
58
47
0
2
50
1.15
109790738--109790779
3
14.3
3
80
5
50
71
2
26
0
0.98
109790736--109790779
15
3.0
15
83
9
56
72
2
25
0
0.96
109790738--109790779
18
2.4
18
92
4
68
71
2
26
0
0.98
109792201--109792238
20
1.9
20
89
10
60
34
5
28
31
1.80
109795051--109795155
33
3.2
32
81
5
129
28
25
15
30
1.96
109795067--109795284
33
6.7
32
79
6
168
31
23
11
33
1.90
109795063--109795284
65
3.4
62
75
9
183
30
23
12
33
1.91
109795969--109796016
21
2.2
22
82
14
64
35
16
0
47
1.47
109799779--109799818
21
2.0
21
85
5
55
22
27
37
12
1.90
109801842--109801937
27
3.6
26
80
5
93
20
22
20
35
1.96
109803646--109803682
17
2.2
17
95
4
67
43
13
16
27
1.85
109805450--109805571
27
4.5
27
92
0
181
32
22
21
22
1.98
109805724--109805783
27
2.2
27
81
0
75
20
21
21
36
1.95
109807620--109807854
48
4.9
47
84
3
308
27
28
16
27
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
109809240--109809326
24
3.7
23
71
17
70
36
22
22
17
1.94
109811868--109811907
21
1.9
21
100
0
80
30
10
30
30
1.90
109829168--109829199
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
109832154--109832268
62
1.9
60
83
3
149
39
3
7
49
1.49
109842487--109842526
20
2.1
18
90
9
62
0
32
0
67
0.91
109842595--109842631
18
2.1
17
90
5
56
48
0
0
51
1.00
109845053--109845593
126
4.3
126
87
1
695
29
16
14
39
1.88
109845053--109845593
256
2.1
252
85
2
697
29
16
14
39
1.88
109845691--109845772
31
2.5
33
82
9
98
37
18
0
43
1.50
109845738--109845793
27
2.0
28
93
3
96
35
17
0
46
1.49
109848127--109848190
8
8.1
8
77
10
51
39
1
0
59
1.07
109848167--109848226
18
3.3
19
76
6
61
30
0
5
65
1.14
109848885--109848915
16
2.0
16
93
6
55
54
0
0
45
0.99
109849249--109849381
69
1.9
69
84
0
176
37
10
15
36
1.81
109850452--109850514
30
2.1
30
87
0
90
23
1
15
58
1.46
109856073--109856105
4
8.2
4
93
0
57
78
0
21
0
0.75
109856072--109856103
16
2.0
16
100
0
64
81
0
18
0
0.70
109856588--109856651
7
8.7
7
81
8
74
70
3
1
25
1.11
109868406--109868468
25
2.6
23
78
9
63
9
14
3
73
1.21
109869124--109869284
62
2.6
62
89
0
250
24
25
24
25
2.00
109878467--109878530
31
2.1
31
90
0
101
25
23
15
35
1.94
109878722--109878864
23
6.0
23
83
7
171
25
22
22
29
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
109878744--109878865
47
2.6
48
90
3
203
26
21
22
30
1.99
109878923--109878979
9
5.9
9
73
15
51
35
21
8
35
1.84
109878919--109878981
20
3.2
20
95
0
117
31
19
12
36
1.89
109879018--109879065
25
1.9
25
82
0
60
25
14
25
35
1.94
109880216--109880299
27
3.1
27
96
0
150
19
27
22
30
1.98
109880367--109880849
27
17.9
27
77
11
163
34
8
20
36
1.84
109880434--109880697
81
3.3
80
78
7
212
34
7
22
35
1.83
109880569--109880749
53
3.4
53
90
3
267
39
8
23
28
1.84
109880569--109880749
80
2.3
79
89
4
267
39
8
23
28
1.84
109880569--109880749
27
6.8
27
89
1
260
39
8
23
28
1.84
109892714--109892787
22
3.4
22
90
0
94
35
27
25
12
1.91
109896791--109896828
19
2.0
19
85
10
51
26
44
18
10
1.82
109898091--109898181
35
2.6
35
87
5
130
40
15
16
27
1.88
109898709--109898746
4
9.8
4
88
11
53
78
0
21
0
0.74
109898709--109898754
23
2.0
23
91
8
76
78
0
21
0
0.76
109898709--109898751
14
3.1
14
87
12
63
79
0
20
0
0.74
109899826--109899908
43
1.9
43
90
0
130
53
1
26
19
1.53
109902429--109902462
17
2.0
17
88
0
50
61
5
11
20
1.50
109903163--109903326
42
3.9
43
76
14
137
30
26
18
24
1.98
109904766--109904871
42
2.5
42
79
1
122
28
18
32
20
1.97
109907363--109907410
25
1.9
25
86
0
69
37
18
12
31
1.88
109911787--109911826
19
2.1
19
100
0
80
27
22
15
35
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
109913462--109913612
43
3.5
42
81
5
169
33
24
17
24
1.96
109913462--109913628
86
2.0
85
82
5
203
34
23
17
24
1.96
109914902--109914967
2
33.0
2
96
0
123
51
48
0
0
1.00
109915185--109915356
43
4.0
43
77
10
181
31
26
18
24
1.97
109915193--109915348
85
1.8
84
82
11
203
30
25
18
25
1.98
109916981--109917019
20
2.0
20
85
10
53
64
5
10
20
1.44
109921739--109921961
79
2.8
80
85
8
301
25
22
27
25
2.00
109921739--109921963
119
1.9
120
83
8
298
24
22
27
25
2.00
109921740--109921963
40
5.6
39
84
8
258
25
22
27
25
2.00
109921746--109921995
79
3.2
78
82
11
276
26
21
26
25
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425