genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  236  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72106106--72106145	21	1.9	21	84	0	53	30	10	25	35	1.88
72106636--72106690	28	2.0	28	100	0	110	20	14	36	29	1.92
72108651--72108794	39	3.7	39	88	0	225	27	21	29	22	1.99
72108652--72108803	78	1.9	79	91	1	252	25	21	28	23	1.99
72108658--72108833	78	2.2	78	86	3	237	24	23	29	22	1.99
72114018--72114075	27	2.1	27	100	0	116	25	18	24	31	1.98
72116951--72117116	43	3.9	43	76	3	140	30	25	16	27	1.97
72124612--72124733	43	2.9	42	82	6	138	31	23	16	27	1.96
72127964--72128017	26	2.1	26	89	0	81	16	18	22	42	1.89
72130912--72131098	40	4.7	39	85	6	198	25	21	26	26	1.99
72130912--72131098	80	2.3	81	81	8	222	25	21	26	26	1.99
72138706--72138786	28	2.9	28	81	3	81	27	28	13	30	1.94
72140766--72140804	20	1.9	21	89	5	62	38	28	17	15	1.91
72149487--72149615	50	2.6	50	82	6	147	25	30	18	25	1.98
72156412--72156541	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
72164467--72164596	40	3.3	39	82	4	154	23	25	27	23	2.00
72166785--72166822	19	2.1	19	90	5	60	28	15	36	18	1.92
72166902--72166995	29	3.3	28	73	11	84	25	14	30	28	1.95
72191283--72191387	34	3.0	34	78	10	106	27	24	25	21	2.00
72198570--72198819	128	2.0	128	98	0	482	40	18	8	32	1.80
72199759--72199949	55	3.5	53	79	2	166	19	22	20	37	1.94
72203475--72203579	27	3.9	27	77	5	113	38	18	9	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72203561--72203650	27	3.3	27	84	3	92	38	20	15	25	1.91
72204030--72204127	33	3.0	33	86	0	133	27	20	23	28	1.99
72205562--72205609	18	2.7	18	90	0	69	45	8	22	22	1.79
72205968--72206053	27	3.2	27	72	9	95	26	18	24	30	1.98
72205971--72206052	26	3.1	26	71	10	85	26	19	23	30	1.98
72205948--72206052	53	2.0	53	92	0	174	29	19	20	30	1.97
72206273--72206308	17	2.1	17	94	0	63	16	30	38	13	1.88
72208963--72209098	41	3.3	41	88	4	177	19	20	24	36	1.95
72208963--72209127	82	2.0	81	81	6	190	20	20	23	36	1.95
72210185--72210221	17	2.1	18	85	14	51	10	0	21	67	1.21
72224542--72224814	48	5.7	48	72	3	217	28	17	28	24	1.98
72224529--72224813	96	3.0	95	81	3	329	28	17	29	25	1.97
72226346--72226454	37	2.9	37	93	0	173	26	31	18	23	1.97
72226604--72226700	50	1.9	50	89	4	151	31	25	6	36	1.81
72230670--72230816	40	3.7	40	83	3	179	25	27	21	24	1.99
72232486--72232555	27	2.5	28	93	2	115	28	12	27	31	1.93
72232510--72232567	27	2.1	27	84	6	73	31	15	22	31	1.95
72234032--72234375	40	8.6	40	93	0	582	25	27	21	25	1.99
72235645--72235790	37	3.9	37	95	0	247	26	30	19	23	1.98
72235940--72236036	50	1.9	50	91	4	160	30	25	7	36	1.83
72239567--72239652	43	2.0	43	93	0	145	19	20	31	27	1.97
72247368--72247591	40	5.6	40	86	3	297	24	23	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72247372--72247591	83	2.7	80	88	5	293	23	23	27	25	2.00
72254965--72254990	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
72255589--72255811	40	5.6	40	84	7	292	24	22	26	26	2.00
72268382--72268460	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
72269561--72269598	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
72276175--72276253	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
72280364--72280469	37	2.9	37	91	0	167	26	30	17	25	1.98
72280630--72281168	47	11.1	47	87	5	657	26	29	12	31	1.93
72280630--72281168	195	2.8	195	92	4	882	26	29	12	31	1.93
72287773--72287951	40	4.5	40	92	0	295	27	27	20	25	1.99
72289217--72289325	37	2.9	37	90	0	164	27	29	18	24	1.98
72289486--72289921	47	9.1	47	86	5	545	26	29	12	32	1.92
72289522--72289921	141	2.8	144	91	3	662	26	29	12	31	1.93
72289519--72289921	188	2.1	190	93	4	677	26	29	12	31	1.93
72293609--72293816	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
72293609--72293815	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
72299982--72300035	28	1.9	28	84	0	72	24	16	35	24	1.95
72300361--72300647	27	10.7	27	82	5	282	38	19	9	32	1.83
72300361--72300647	80	3.6	80	82	6	332	38	19	9	32	1.83
72300361--72300673	107	2.9	107	82	4	353	38	20	9	31	1.85
72300612--72300690	27	2.9	27	88	0	77	37	18	16	26	1.92
72307159--72307457	47	6.4	47	92	0	474	28	30	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72310883--72310912	15	2.0	15	100	0	60	13	26	26	33	1.93
72310844--72310948	55	1.9	55	92	0	174	20	28	22	27	1.99
72310898--72311087	40	4.8	40	92	3	323	26	27	18	27	1.98
72312207--72312370	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
72312207--72312404	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
72316694--72316796	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
72318652--72318853	47	4.3	47	89	0	296	27	29	9	33	1.89
72318702--72318780	25	3.3	25	64	10	74	32	27	5	34	1.79
72320144--72320319	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
72320140--72320311	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
72323269--72323337	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
72323260--72323347	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
72325730--72325905	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
72325726--72325897	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
72333691--72333790	42	2.3	43	79	1	112	29	17	22	32	1.96
72333639--72333808	43	4.0	44	70	11	111	27	15	24	32	1.96
72335864--72335927	26	2.5	26	94	0	110	31	23	21	23	1.99
72337640--72337682	22	2.0	22	90	9	70	25	13	23	37	1.92
72342273--72342302	15	2.0	15	100	0	60	33	6	6	53	1.53
72342742--72342771	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
72347093--72347123	16	1.9	16	93	0	53	32	0	3	64	1.09
72353121--72353199	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72360707--72360785	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
72363169--72363362	100	1.9	101	87	2	282	31	26	15	25	1.96
72363132--72363358	50	4.5	50	80	1	231	33	26	14	24	1.94
72375424--72375588	43	3.9	42	78	10	158	32	27	18	21	1.97
72376971--72377088	42	2.8	42	75	0	119	32	17	24	25	1.97
72385383--72385503	46	2.6	46	79	10	131	28	18	29	23	1.97
72385563--72385693	49	2.7	49	85	7	176	29	21	26	22	1.99
72393467--72393518	27	1.9	27	84	7	70	19	23	25	32	1.97
72396143--72396443	39	7.7	39	87	1	368	29	27	22	19	1.98
72396143--72396443	118	2.6	118	86	0	397	29	27	22	19	1.98
72399315--72399404	27	3.3	27	88	0	135	34	21	18	25	1.96
72401554--72401733	27	6.7	27	84	6	179	43	19	7	29	1.77
72401554--72401733	81	2.2	81	81	3	211	43	19	7	29	1.77
72401576--72401761	54	3.4	54	81	7	191	43	19	6	30	1.77
72401645--72401760	27	4.3	26	86	6	135	44	20	6	27	1.77
72401581--72401760	81	2.2	82	81	5	197	45	20	6	28	1.76
72401635--72401782	54	2.7	53	81	8	163	45	18	7	28	1.76
72401529--72401810	27	10.4	27	79	9	128	42	18	8	30	1.79
72401635--72401810	54	3.2	54	80	4	156	44	17	8	29	1.78
72402082--72402203	41	3.0	41	79	0	109	26	20	24	28	1.99
72402346--72402410	22	3.0	22	80	8	78	20	26	23	30	1.98
72402607--72402653	22	2.1	22	88	0	67	8	19	25	46	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72402614--72402660	22	2.1	22	88	0	67	8	21	27	42	1.81
72406325--72406480	56	2.8	53	81	7	170	26	33	19	19	1.96
72415675--72415838	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
72415675--72415872	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
72418159--72418239	27	3.0	27	87	0	117	33	22	19	24	1.97
72418611--72418675	32	2.0	34	87	6	98	27	21	26	24	1.99
72423821--72423894	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
72423762--72423894	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
72426792--72426828	7	5.3	7	86	0	56	16	51	0	32	1.45
72439692--72439889	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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