genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  57  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15572038--15572575	48	10.9	50	90	4	767	36	6	25	31	1.81
15572725--15572832	37	2.9	37	92	0	180	23	18	31	26	1.97
15579220--15579387	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
15587235--15587401	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
15590044--15590211	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
15592540--15592607	25	2.7	25	97	0	127	42	16	2	38	1.63
15592900--15592966	34	1.9	34	82	8	82	47	7	2	41	1.47
15609542--15609585	22	2.0	22	100	0	88	40	22	0	36	1.54
15610571--15610737	43	3.9	43	80	3	185	35	24	12	27	1.92
15611657--15611686	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
15613652--15613779	40	3.2	40	76	1	114	23	29	14	32	1.94
15615807--15615970	43	3.8	43	85	0	220	30	31	14	23	1.94
15615809--15615972	86	1.9	86	88	0	247	29	32	14	23	1.94
15617365--15617418	21	2.5	22	87	3	74	16	35	33	14	1.90
15618842--15619086	49	4.9	49	78	3	247	28	25	20	25	1.99
15618859--15619084	100	2.3	100	81	2	258	29	25	19	25	1.99
15622390--15622448	29	2.0	29	96	0	109	35	23	15	25	1.94
15627680--15627842	9	18.6	9	72	14	92	33	0	17	48	1.52
15627716--15627843	63	2.1	59	87	7	184	34	0	16	48	1.52
15627866--15627932	35	1.9	35	93	0	116	35	7	11	44	1.70
15627920--15627971	26	2.0	26	100	0	104	34	7	3	53	1.48
15627959--15627985	13	2.1	13	100	0	54	37	11	0	51	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15628897--15629091	71	2.7	72	75	9	191	46	13	5	34	1.65
15629744--15629789	22	2.1	22	100	0	92	50	8	23	17	1.74
15635507--15635714	40	5.2	39	83	1	200	25	25	22	27	2.00
15635507--15635712	80	2.6	81	83	3	247	24	25	22	27	2.00
15638390--15638519	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
15645382--15645414	15	2.2	15	94	0	57	30	21	21	27	1.98
15646431--15646560	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
15654786--15654993	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
15654786--15654991	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
15657600--15657750	75	2.0	76	98	1	295	47	16	13	22	1.81
15668256--15668294	20	1.9	21	89	5	62	28	25	28	17	1.98
15676296--15676667	200	1.9	200	79	1	431	37	16	19	25	1.93
15676282--15676670	100	3.9	100	73	2	323	37	16	20	25	1.93
15676637--15676698	27	2.3	27	85	0	79	37	20	25	16	1.93
15680866--15680926	28	2.2	28	90	0	95	16	22	18	42	1.89
15680953--15681039	31	2.7	31	83	3	93	19	19	13	47	1.83
15682258--15682299	21	2.0	21	95	0	75	38	4	11	45	1.62
15686906--15687081	68	2.6	69	79	12	177	34	15	27	21	1.94
15689289--15689464	46	3.8	45	77	15	180	21	19	28	31	1.97
15711434--15711541	26	4.2	26	93	0	180	34	7	22	36	1.82
15711743--15711794	20	2.5	20	96	3	95	15	15	17	51	1.76
15713142--15713300	27	5.9	27	78	10	157	20	23	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15713140--15713299	54	3.0	54	86	2	207	20	24	20	35	1.96
15715158--15715270	55	2.1	54	83	8	140	16	21	23	38	1.92
15715158--15715270	27	4.2	26	80	8	100	16	21	23	38	1.92
15720526--15720736	64	3.2	64	62	20	151	29	26	18	26	1.98
15720492--15720775	137	2.1	137	97	0	541	32	25	17	24	1.97
15721026--15721078	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
15726370--15726580	64	3.2	64	62	20	151	29	26	18	26	1.98
15726336--15726622	137	2.1	137	98	0	547	31	25	18	24	1.98
15726870--15726922	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
15729545--15729574	13	2.3	13	94	0	51	13	23	33	30	1.93
15733627--15733701	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
15741013--15741087	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
15744280--15744332	27	2.0	27	100	0	106	58	11	7	22	1.57
15746354--15746464	27	4.2	26	84	6	125	36	22	23	17	1.94
15746354--15746464	54	2.1	53	84	5	143	36	22	23	17	1.94
15748082--15748165	26	3.2	26	96	0	150	35	23	5	34	1.80
15751421--15751460	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
15763119--15763285	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
15769849--15770015	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
15783219--15783370	43	3.5	43	91	0	232	11	23	32	32	1.90
15787268--15787312	23	2.0	23	81	0	54	46	22	2	28	1.63
15788701--15788739	20	2.0	20	89	0	60	48	2	12	35	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15790233--15790262	11	2.7	11	100	0	60	46	16	10	26	1.78
15790836--15790960	43	2.9	43	79	10	114	34	26	14	24	1.94
15794537--15794567	12	2.6	12	100	0	62	51	32	0	16	1.44
15800189--15800230	14	3.1	13	81	18	50	47	9	4	38	1.57
15800235--15800308	23	3.0	23	67	17	58	31	28	14	25	1.95
15801846--15801898	22	2.5	21	81	9	63	26	3	5	64	1.33
15801859--15801903	22	2.2	20	88	11	65	22	2	4	71	1.15
15802675--15802849	86	2.0	89	88	5	268	42	4	7	45	1.50
15811802--15812010	38	5.4	37	87	4	256	21	22	24	32	1.98
15818435--15818559	38	3.3	37	83	6	135	25	16	22	36	1.94
15821179--15821341	43	3.8	43	75	6	161	28	15	24	31	1.95
15826232--15826382	44	3.5	41	78	11	128	24	17	25	31	1.97
15826237--15826382	43	3.4	43	78	11	149	25	17	26	30	1.97
15827113--15827155	10	4.1	10	80	11	50	16	2	30	51	1.57
15830106--15830184	42	1.9	41	84	2	104	22	16	24	36	1.94
15832226--15832349	41	3.0	41	86	3	178	22	25	16	35	1.95
15835049--15835077	14	2.1	14	100	0	58	44	27	6	20	1.77
15848592--15848707	41	2.8	42	79	5	139	21	27	18	32	1.96
15849846--15851777	720	2.7	720	96	0	3596	38	18	11	31	1.87
15852961--15852990	15	1.9	16	93	6	53	20	20	6	53	1.67
15854714--15854875	43	3.8	42	75	8	121	32	25	18	22	1.97
15855703--15855770	34	2.0	34	100	0	136	32	8	2	55	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15856664--15856749	6	15.6	5	75	17	50	22	2	5	69	1.21
15856696--15856759	9	7.4	8	77	18	58	25	3	3	68	1.18
15856680--15856732	26	2.0	28	85	7	74	24	1	5	67	1.22
15858557--15858596	12	3.3	12	85	0	53	5	25	32	37	1.77
15860962--15860993	16	2.0	16	100	0	64	37	6	25	31	1.81
15869481--15869540	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
15875782--15875841	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
15878644--15878886	27	9.0	27	80	7	109	39	20	8	30	1.83
15878706--15878831	27	4.7	27	92	0	198	40	20	9	29	1.84
15878690--15878831	54	2.6	54	87	4	205	40	21	9	28	1.85
15878690--15878919	27	8.5	27	81	3	176	39	22	9	28	1.85
15878815--15878965	27	5.6	27	76	9	110	39	23	7	29	1.81
15878949--15879091	27	5.3	27	84	5	173	36	16	20	27	1.93
15879479--15879543	22	3.0	22	77	8	69	20	24	23	32	1.98
15879875--15879976	6	16.5	6	67	17	57	17	21	13	47	1.82
15879875--15879964	25	3.6	25	89	0	135	17	22	14	45	1.85
15891959--15892217	45	5.8	44	82	2	214	24	20	17	37	1.94
15892001--15892217	90	2.4	90	85	4	287	25	20	18	35	1.95
15894113--15894235	47	2.6	47	82	1	147	33	26	15	24	1.95
15894349--15894398	21	2.3	22	83	10	59	36	20	12	32	1.89
15897948--15897994	21	2.2	22	84	3	60	46	21	0	31	1.51
15904924--15904973	21	2.3	22	83	10	59	36	22	12	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15905900--15905930	15	2.1	15	100	0	62	12	22	12	51	1.74
15908755--15908923	27	6.3	27	84	4	99	28	23	9	37	1.86
15908772--15909019	27	9.2	27	85	1	327	27	21	9	41	1.84
15909024--15909219	27	7.3	27	86	0	239	35	18	19	26	1.95
15909418--15909498	27	3.0	26	87	3	90	19	22	20	37	1.95
15909472--15909524	21	2.5	21	90	0	79	24	20	16	37	1.93
15909609--15909667	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
15909824--15909900	27	2.9	27	86	3	93	19	23	20	36	1.95
15910007--15910192	6	30.7	6	71	16	134	19	16	13	50	1.78
15910007--15910192	30	6.3	30	81	9	204	19	16	13	50	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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