genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  175  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53037635--53037710	29	2.7	29	87	2	109	25	19	27	27	1.99
53037622--53037720	29	3.5	28	77	10	94	28	16	26	29	1.97
53040552--53040752	80	2.5	81	87	0	296	25	11	18	44	1.84
53040552--53040745	27	7.2	27	86	1	264	25	11	19	43	1.85
53048927--53049099	45	3.8	46	78	17	198	21	21	28	27	1.99
53048927--53049096	93	1.8	92	94	1	304	21	21	29	27	1.99
53050725--53050768	18	2.4	19	85	11	65	20	15	15	47	1.82
53057806--53057906	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
53057835--53057910	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
53061790--53061960	48	3.6	48	88	1	245	28	26	18	26	1.98
53063953--53064080	40	3.2	40	77	10	113	28	22	25	23	1.99
53070171--53070300	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
53076176--53076325	40	3.7	40	81	0	165	26	26	21	26	1.99
53076158--53076323	80	2.1	81	81	1	190	25	25	22	26	2.00
53078861--53078887	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
53081009--53081096	29	3.1	28	84	12	108	29	29	13	27	1.94
53086293--53086466	47	3.8	46	80	11	171	23	29	20	26	1.98
53086290--53086552	94	2.8	91	81	5	280	23	30	19	26	1.98
53091679--53091826	40	3.7	40	91	0	242	25	29	21	24	1.99
53096670--53096840	94	1.8	93	82	6	220	23	28	19	29	1.98
53098613--53098674	30	2.1	30	93	0	106	29	16	20	33	1.94
53103519--53103789	49	5.7	49	74	12	208	25	28	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53103516--53103830	141	2.2	141	89	3	463	24	29	18	27	1.98
53108919--53109019	37	2.7	37	93	3	168	23	32	19	23	1.98
53108923--53109033	37	3.0	37	87	7	147	27	28	18	26	1.98
53109194--53109550	48	7.4	48	93	0	579	29	28	7	34	1.84
53113024--53113288	40	6.7	40	83	7	290	23	23	28	24	2.00
53113023--53113244	120	1.9	120	88	0	336	24	22	27	25	2.00
53125100--53125327	40	5.7	40	82	8	250	25	20	27	26	1.99
53125128--53125348	120	1.8	120	85	5	313	24	22	27	24	2.00
53130226--53130405	40	4.5	39	80	13	181	26	21	26	26	1.99
53130258--53130470	40	5.4	40	80	7	211	23	24	26	24	2.00
53130230--53130465	80	3.0	80	80	7	266	24	22	27	25	2.00
53132536--53132632	50	1.9	50	91	0	158	27	20	23	27	1.99
53134329--53134388	27	2.2	28	82	14	81	33	25	13	28	1.93
53134338--53134390	27	2.0	27	92	7	90	33	18	16	30	1.94
53136818--53137041	50	4.5	50	79	9	267	29	24	19	26	1.98
53136855--53137036	101	1.8	101	87	2	276	29	23	20	26	1.99
53140251--53140293	15	2.8	16	79	10	54	53	13	18	13	1.73
53142269--53142312	18	2.4	18	92	0	70	13	34	31	20	1.92
53144082--53144349	50	5.3	50	78	7	256	31	25	17	26	1.97
53144058--53144344	101	2.9	101	78	3	301	31	25	17	25	1.97
53146008--53146040	14	2.3	15	89	5	50	21	0	15	63	1.30
53150091--53150242	40	3.8	40	82	3	171	27	22	26	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53150091--53150244	80	1.9	80	85	0	209	27	22	26	23	1.99
53150095--53150277	80	2.3	80	79	0	195	28	22	26	22	1.99
53154765--53154935	93	1.8	93	84	0	234	31	27	19	21	1.97
53162270--53162440	93	1.8	93	87	0	252	29	26	21	22	1.99
53164179--53165581	468	3.0	469	95	1	2504	31	9	28	29	1.89
53171902--53171970	35	2.0	35	100	0	138	37	20	10	31	1.86
53172615--53172647	16	2.1	16	94	0	57	21	18	15	45	1.85
53174467--53174520	16	3.4	16	81	0	63	38	12	9	38	1.76
53174743--53174806	22	2.8	23	79	9	78	45	17	20	17	1.86
53175646--53175682	19	1.9	19	88	0	56	24	24	35	16	1.95
53175862--53176121	27	9.7	27	79	7	255	39	21	10	28	1.86
53175862--53176120	53	4.9	52	78	10	204	39	22	10	28	1.86
53175862--53176118	80	3.2	80	89	3	358	39	21	10	28	1.86
53176105--53176454	27	13.0	27	89	0	493	35	17	20	26	1.95
53175995--53176446	81	5.6	82	83	7	363	36	18	17	27	1.93
53176684--53176766	27	3.1	26	82	5	94	19	20	20	39	1.92
53176810--53176857	20	2.4	20	78	0	60	12	18	31	37	1.88
53176776--53176977	98	2.1	98	92	0	332	17	18	29	34	1.94
53179322--53179441	60	2.0	60	93	0	204	37	11	25	25	1.90
53179552--53179636	44	1.9	44	95	0	152	24	15	27	32	1.95
53184983--53185153	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
53184987--53185158	46	3.7	46	77	13	199	21	21	28	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53188920--53189050	29	4.6	29	83	2	131	25	17	32	24	1.97
53188920--53188991	28	2.5	28	95	2	126	27	15	30	26	1.96
53196653--53196726	29	2.6	29	93	0	130	28	14	31	25	1.95
53196710--53196785	29	2.6	29	82	0	98	23	19	34	22	1.97
53196653--53196785	58	2.3	58	81	2	142	26	17	32	24	1.97
53199225--53199457	48	4.9	48	94	0	394	35	6	27	31	1.81
53199598--53199700	37	2.8	37	93	0	179	24	20	32	23	1.98
53201413--53201836	48	8.9	48	96	0	724	36	5	26	30	1.80
53201418--53201836	191	2.2	192	93	0	723	36	5	26	30	1.81
53201977--53202079	37	2.8	37	93	0	170	24	19	31	25	1.98
53204795--53204851	26	2.2	26	81	15	64	31	19	19	29	1.96
53215844--53216014	48	3.6	48	92	0	270	24	19	28	26	1.99
53221129--53221493	49	7.6	49	91	2	548	28	29	8	33	1.87
53224631--53224682	25	2.1	25	85	7	70	30	32	7	28	1.85
53224866--53225057	40	4.8	40	94	0	330	27	26	19	27	1.99
53227191--53227543	49	7.3	49	94	1	540	27	30	9	33	1.88
53232797--53232878	28	3.0	28	80	7	98	24	21	18	35	1.96
53232797--53232903	27	3.9	28	78	8	96	24	22	17	35	1.95
53234425--53234484	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
53236440--53236478	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
53238528--53238587	30	2.0	30	83	6	77	38	5	28	28	1.78
53239976--53240019	18	2.4	19	81	11	56	47	13	15	22	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53240343--53240599	27	9.5	27	86	1	327	43	18	13	24	1.86
53240344--53240599	81	3.2	81	87	2	363	43	18	13	25	1.86
53240694--53240763	30	2.3	30	100	0	140	22	40	24	12	1.89
53243944--53243971	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
53244722--53244925	40	5.1	39	87	2	255	22	21	29	26	1.99
53244718--53244929	80	2.7	80	88	2	311	23	21	28	26	1.99
53253715--53253881	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
53261712--53261879	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
53267010--53267213	40	5.1	40	88	1	275	22	20	29	27	1.99
53267006--53267217	80	2.7	80	88	2	311	23	20	28	27	1.99
53271119--53271188	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
53271119--53271200	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
53279044--53279113	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
53279044--53279125	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
53280993--53281123	39	3.3	39	82	6	174	29	25	18	26	1.98
53283030--53283103	29	2.6	29	86	2	105	27	29	18	24	1.98
53289746--53289833	39	2.3	39	85	0	122	27	21	23	27	1.99
53294480--53294598	60	2.0	59	93	1	202	34	10	26	27	1.90
53298794--53298921	44	2.9	44	77	8	109	28	14	21	35	1.92
53301145--53301169	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
53302041--53302110	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
53304530--53304554	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53305426--53305495	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
53312360--53312384	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
53312750--53312794	22	2.0	22	100	0	90	35	4	13	46	1.63
53318601--53318645	23	1.9	24	86	4	65	73	2	15	8	1.18
53318592--53318651	23	2.5	24	75	8	59	75	1	15	8	1.12
53319763--53319832	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
53321478--53321538	31	2.0	31	93	0	104	24	26	16	32	1.96
53323258--53323318	31	2.0	31	93	0	104	24	26	16	32	1.96
53325895--53326066	45	3.7	45	73	11	141	20	29	19	29	1.97
53335003--53335316	39	8.1	39	92	0	522	21	25	29	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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