genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.306.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  306  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94994027--94994095	35	2.0	35	94	5	122	14	21	20	43	1.87
95007460--95007484	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
95015948--95016132	40	4.7	40	85	3	194	31	15	22	30	1.95
95015966--95016132	80	2.1	80	86	2	237	31	14	24	29	1.95
95017387--95017519	46	2.9	45	81	8	144	28	19	30	21	1.98
95023550--95023668	59	2.0	59	91	0	193	35	20	11	32	1.89
95025076--95025286	40	5.2	40	83	3	226	32	15	21	30	1.94
95025058--95025272	80	2.7	80	83	3	270	33	14	20	31	1.93
95031397--95031469	6	12.5	6	91	5	114	17	0	1	80	0.78
95031397--95031469	23	3.1	23	92	2	119	17	0	1	80	0.78
95031407--95031484	17	4.5	17	83	13	79	16	0	2	80	0.82
95031403--95031468	35	1.9	35	96	3	125	18	0	0	81	0.68
95035062--95035192	27	4.9	27	86	6	169	35	22	23	17	1.95
95035070--95035192	54	2.3	54	95	0	219	34	24	24	16	1.95
95035298--95035371	26	2.7	27	87	4	96	33	9	20	36	1.85
95036804--95036911	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
95039136--95039184	2	25.0	2	95	4	91	48	0	0	51	1.00
95041293--95041454	46	3.5	46	88	1	227	40	14	23	21	1.91
95049145--95049169	13	1.9	13	100	0	50	48	12	0	40	1.40
95049472--95049531	28	2.1	28	87	0	84	26	3	15	55	1.56
95049670--95049716	22	2.1	22	84	0	58	12	4	25	57	1.54
95051414--95051438	13	1.9	13	100	0	50	32	24	8	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95058001--95058146	76	1.9	76	81	5	179	23	23	23	30	1.99
95060190--95060511	163	2.0	163	91	1	520	30	13	10	45	1.77
95060559--95060844	72	3.9	73	84	3	355	27	13	11	46	1.79
95060557--95060844	146	2.0	145	85	4	393	28	13	11	46	1.79
95060944--95061165	84	2.7	83	84	6	272	34	9	9	46	1.69
95066598--95066691	29	3.2	29	96	0	170	26	28	15	28	1.96
95066560--95066691	58	2.3	58	84	2	167	25	33	15	25	1.95
95074552--95074645	29	3.2	29	96	0	170	26	28	15	28	1.96
95074514--95074645	58	2.3	58	84	2	167	25	33	15	25	1.95
95078398--95078433	18	1.9	19	88	5	56	30	2	0	66	1.06
95078913--95078996	42	2.0	42	90	0	132	30	19	23	26	1.98
95079337--95079391	22	2.5	22	75	0	56	32	3	7	56	1.44
95079458--95079529	33	2.2	33	97	2	137	58	6	2	31	1.39
95079852--95079886	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
95082714--95082768	24	2.3	24	78	9	60	34	3	10	50	1.55
95091572--95091943	39	9.5	39	93	0	593	27	29	24	18	1.98
95099511--95099536	13	2.0	13	100	0	52	46	0	53	0	1.00
95100087--95100125	18	2.2	18	95	0	69	23	12	0	64	1.28
95106302--95106354	27	2.0	27	88	7	81	32	16	30	20	1.95
95116264--95116288	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
95120715--95120789	26	2.9	27	80	8	91	64	1	5	29	1.24
95129193--95129317	65	1.9	65	85	3	171	42	13	10	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95133843--95133892	21	2.4	21	100	0	100	28	24	24	24	2.00
95141215--95141249	18	1.9	18	94	0	61	25	5	2	65	1.28
95146779--95146813	2	17.5	2	93	0	61	2	51	0	45	1.16
95149589--95149628	17	2.4	18	80	16	50	52	0	0	47	1.00
95154853--95154890	20	1.9	19	85	15	51	50	7	0	42	1.31
95170261--95170618	49	7.6	49	74	10	203	24	28	19	27	1.99
95170409--95170623	46	4.6	48	78	5	208	24	27	19	29	1.98
95170409--95170623	94	2.3	93	83	4	263	24	27	19	29	1.98
95174552--95174818	130	2.1	130	94	0	471	38	16	7	36	1.78
95195946--95196004	23	2.5	24	82	17	72	44	1	1	52	1.21
95198292--95198441	39	3.8	39	95	0	264	23	20	32	24	1.98
95204114--95204141	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
95206115--95206334	47	4.7	48	75	15	192	25	30	17	27	1.97
95206112--95206336	93	2.4	91	77	11	224	25	29	17	27	1.97
95212334--95212374	22	1.9	21	85	5	55	21	29	36	12	1.90
95213498--95213715	47	4.6	45	78	11	174	23	29	19	27	1.98
95213551--95213667	46	2.5	46	87	6	166	23	30	18	27	1.98
95213498--95213716	46	4.7	46	77	10	162	23	29	19	27	1.98
95213498--95213715	93	2.3	92	78	10	210	23	29	19	27	1.98
95217394--95217452	29	2.0	30	86	3	84	49	15	6	28	1.70
95218583--95218721	59	2.4	59	91	0	215	37	12	17	31	1.88
95219150--95219198	21	2.3	21	85	0	62	8	20	34	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95219862--95220082	43	5.2	43	89	3	308	42	20	9	27	1.82
95221724--95221752	15	1.9	15	100	0	58	41	37	6	13	1.72
95222057--95222225	48	3.5	48	87	0	250	45	17	12	24	1.83
95222244--95222329	6	14.3	6	78	0	73	54	17	6	20	1.66
95222341--95222387	12	3.9	12	80	8	51	57	10	10	21	1.62
95234019--95234062	20	2.2	20	84	8	54	47	0	29	22	1.51
95239158--95239252	40	2.4	41	85	3	122	27	16	27	28	1.97
95241121--95241163	21	2.0	21	95	0	77	34	4	25	34	1.77
95243458--95243482	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
95247308--95247349	20	2.0	22	86	13	63	14	47	21	16	1.82
95249139--95249340	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
95249138--95249289	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
95257168--95257369	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
95257167--95257318	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
95266198--95266304	26	4.1	26	93	0	187	32	7	24	35	1.83
95269601--95270134	27	19.8	27	77	12	159	23	21	11	44	1.84
95269633--95270141	54	9.4	54	75	13	335	22	21	11	44	1.84
95269595--95270141	81	6.8	79	75	12	425	23	21	11	44	1.84
95271678--95271761	37	2.3	36	81	8	89	28	13	22	35	1.92
95271715--95271812	25	3.9	25	82	0	106	26	14	23	35	1.93
95272387--95272704	159	2.0	159	96	0	591	32	11	21	34	1.90
95272667--95272727	28	2.2	28	82	5	79	37	16	24	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95275002--95275031	9	3.2	9	95	4	51	60	0	3	36	1.14
95275189--95275256	35	1.9	35	96	0	127	51	2	7	38	1.45
95297712--95297770	29	2.0	29	100	0	118	35	27	10	27	1.89
95308073--95308223	75	2.0	76	93	1	259	25	22	21	30	1.99
95318053--95318136	31	2.8	29	72	5	78	44	11	11	32	1.78
95322459--95322552	47	2.0	47	95	0	170	34	21	12	31	1.91
95325319--95325352	18	1.9	18	88	5	52	44	5	11	38	1.65
95325398--95325485	42	2.1	42	91	0	140	53	10	3	32	1.51
95330085--95330136	23	2.3	23	87	6	72	21	0	26	51	1.47
95341371--95341473	51	2.0	51	100	0	206	31	21	13	33	1.92
95345865--95345955	17	4.9	18	72	21	57	57	1	5	36	1.29
95345865--95345953	29	3.1	29	95	3	153	57	1	5	35	1.30
95345879--95345913	12	2.9	12	84	16	54	60	0	2	37	1.12
95352094--95352210	56	2.1	57	88	4	175	41	13	14	29	1.84
95355177--95355221	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
95359771--95359815	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
95375231--95375261	15	2.1	15	100	0	62	22	0	25	51	1.48
95376568--95376601	17	2.0	17	88	0	50	29	0	0	70	0.87
95381672--95381837	40	4.2	40	93	2	264	22	22	27	27	1.99
95388433--95388485	13	4.1	13	80	9	72	30	7	26	35	1.84
95390898--95390953	26	2.2	25	87	9	78	26	8	7	57	1.55
95392888--95392946	30	2.0	30	93	0	100	32	30	23	13	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95393160--95393217	30	1.9	30	86	6	82	18	29	22	29	1.98
95395070--95395195	46	2.7	46	83	2	135	36	30	11	21	1.89
95398220--95398369	75	2.0	75	100	0	300	38	12	13	36	1.82
95423657--95423694	17	2.4	17	82	8	53	65	0	0	34	0.93
95433434--95433635	35	5.6	35	88	5	262	34	24	10	31	1.89
95435073--95435140	20	3.8	20	66	31	62	11	23	41	23	1.87
95435080--95435143	33	1.9	33	100	0	128	9	23	43	23	1.82
95435407--95435486	41	1.9	42	82	7	101	20	33	25	21	1.97
95454664--95454704	18	2.3	18	80	16	50	65	12	0	21	1.25
95454783--95454844	30	2.1	30	87	0	88	58	11	3	27	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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