genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.290.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  290  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89934385--89934445	31	2.0	31	93	6	106	29	3	29	37	1.73
89937482--89937514	13	2.5	13	90	9	50	48	15	12	24	1.78
89938498--89938557	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
89938604--89938655	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
89945884--89945943	27	2.3	26	85	2	75	36	20	21	21	1.95
89945986--89946037	27	2.0	26	84	3	68	34	21	25	19	1.96
89952104--89952216	27	4.2	28	79	3	117	34	20	24	20	1.96
89954082--89954116	17	2.1	17	88	0	52	65	0	5	28	1.15
89957321--89957503	40	4.6	40	84	8	232	24	22	27	26	2.00
89957321--89957502	79	2.3	81	84	8	232	24	22	27	25	2.00
89957354--89957537	79	2.3	77	80	10	201	27	21	26	25	1.99
89967175--89967207	6	5.5	6	96	0	57	15	3	0	81	0.80
89967175--89967220	18	2.6	18	86	3	58	17	6	0	76	1.00
89970134--89970162	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
89971315--89971445	47	2.8	46	86	8	176	36	28	13	21	1.92
89971318--89971486	47	3.5	46	80	8	124	34	28	14	21	1.94
89975064--89975127	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
89975333--89975485	24	6.4	24	90	4	211	26	21	21	30	1.99
89975536--89975595	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
89975536--89975590	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
89978679--89978788	56	2.0	56	85	7	152	25	13	27	33	1.93
89988826--89988926	10	9.4	10	69	16	51	65	0	30	3	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89988822--89988889	15	5.0	14	72	16	54	67	0	29	2	1.05
89989297--89989343	23	2.0	23	100	0	94	38	12	8	40	1.74
89989912--89989940	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
89991853--89992019	40	4.2	41	80	5	164	24	26	22	26	2.00
89992845--89992890	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
90003653--90003810	27	5.9	27	77	5	124	41	20	8	29	1.81
90003732--90003819	27	3.3	25	80	12	79	45	19	6	28	1.76
90003648--90003822	54	3.3	54	75	11	162	41	21	8	29	1.81
90003799--90004250	27	16.8	27	88	0	566	30	20	7	41	1.81
90004497--90004547	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
90004767--90004848	6	13.3	6	73	19	71	18	18	15	47	1.83
90004767--90004839	31	2.4	31	92	0	119	17	19	15	47	1.82
90006822--90006976	27	5.8	27	82	9	149	39	22	9	28	1.86
90006817--90007017	27	7.5	27	80	9	83	38	22	8	30	1.84
90006814--90006991	54	3.3	54	82	5	200	39	21	9	29	1.85
90006968--90007432	27	17.2	27	88	0	588	29	21	7	40	1.82
90007746--90007775	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
90007948--90008029	6	13.3	6	73	19	71	18	18	15	47	1.83
90007948--90008020	31	2.4	31	92	0	119	17	19	15	47	1.82
90009563--90009690	49	2.6	49	85	4	161	22	28	20	28	1.98
90009513--90009690	98	1.8	97	84	3	241	23	28	19	28	1.98
90015009--90015060	19	2.7	21	82	14	67	34	0	3	61	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90017162--90017234	34	2.1	34	85	5	94	30	23	20	26	1.99
90027689--90027746	23	2.4	24	80	16	66	29	18	22	29	1.98
90027702--90027769	23	2.8	24	77	6	66	36	17	23	22	1.94
90031876--90032094	79	2.7	78	80	8	237	26	26	21	25	1.99
90031902--90032095	40	4.8	40	82	5	232	25	27	21	25	1.99
90032806--90032833	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
90036349--90036556	40	5.2	40	78	7	208	26	27	20	25	1.99
90036396--90036491	39	2.4	40	85	1	122	29	26	18	26	1.98
90036376--90036553	79	2.2	81	79	10	188	26	26	21	24	2.00
90042130--90042183	28	1.9	28	92	0	90	20	37	20	22	1.95
90043049--90043079	13	2.4	13	100	0	62	45	12	19	22	1.84
90043528--90043713	40	4.7	40	87	1	221	24	27	22	25	2.00
90046806--90046995	40	4.8	40	76	11	185	26	28	21	23	1.99
90052964--90053410	49	9.1	49	96	0	786	33	9	27	29	1.89
90058558--90058724	40	4.2	40	81	5	167	26	25	21	26	2.00
90060894--90061024	47	2.8	47	84	2	165	33	27	16	22	1.95
90067141--90067255	43	2.7	42	80	5	124	22	17	31	28	1.97
90073402--90073498	50	1.9	50	97	0	185	41	19	2	37	1.63
90091586--90091863	50	5.5	50	77	6	240	31	25	16	26	1.96
90095619--90095760	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
90095658--90095786	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
90101218--90101383	40	4.2	40	79	3	167	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90101234--90101342	39	2.7	39	83	6	123	22	30	23	22	1.99
90102205--90102250	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
90114159--90114307	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
90114200--90114307	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
90116641--90116719	28	2.8	28	82	0	95	29	25	10	35	1.88
90122117--90122145	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
90127209--90127263	6	9.5	6	90	7	87	14	1	0	83	0.73
90127215--90127275	22	2.7	22	92	2	95	16	1	0	81	0.76
90127209--90127263	28	2.0	28	96	0	101	14	1	0	83	0.73
90130192--90130220	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
90132818--90133110	43	6.8	43	81	4	340	26	16	27	30	1.96
90133089--90133139	25	2.0	25	96	0	93	29	17	29	23	1.97
90140265--90141218	176	5.4	176	87	3	1357	25	25	18	30	1.98
90140349--90141151	43	18.3	43	64	17	201	25	25	18	30	1.98
90140265--90141241	353	2.8	353	89	2	1457	25	25	18	30	1.98
90146399--90146532	46	2.9	46	81	5	137	27	29	8	33	1.87
90146462--90146605	47	3.1	47	94	0	243	27	31	11	30	1.91
90146531--90146606	23	3.3	23	63	23	59	28	31	10	28	1.90
90156785--90156857	29	2.5	29	100	0	146	28	15	28	27	1.96
90156785--90156885	29	3.5	30	90	2	136	26	14	31	26	1.95
90158757--90158973	40	5.4	40	91	1	337	24	26	22	26	2.00
90161260--90161393	46	2.9	46	81	5	137	27	29	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90161323--90161513	47	4.1	47	95	0	328	27	31	10	30	1.91
90177382--90177460	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
90177332--90177683	49	7.3	49	93	3	545	29	29	8	32	1.86
90177332--90177683	100	3.6	98	90	4	545	29	29	8	32	1.86
90179267--90179295	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
90181745--90181922	40	4.4	40	82	0	203	26	26	22	24	2.00
90181745--90181922	80	2.2	80	89	0	275	26	26	22	24	2.00
90183395--90183473	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
90183345--90183696	49	7.3	49	93	3	554	29	29	8	32	1.86
90183345--90183696	100	3.6	98	91	4	554	29	29	8	32	1.86
90186450--90186590	51	2.7	53	79	10	150	26	16	27	29	1.97
90197018--90197251	51	4.6	51	81	4	267	25	18	23	31	1.98
90197069--90197301	101	2.3	101	84	4	310	26	17	24	31	1.97
90197162--90197361	50	4.0	50	76	5	188	27	16	25	31	1.96
90199736--90199772	15	2.5	15	90	0	56	16	5	18	59	1.55
90203030--90203059	13	2.3	13	94	0	51	33	6	3	56	1.42
90203718--90203775	20	2.6	22	75	22	59	24	3	1	70	1.12
90203718--90203765	16	3.1	16	82	11	55	20	2	2	75	1.02
90203731--90203775	21	2.2	20	84	4	54	22	2	2	73	1.05
90207816--90207857	12	3.5	12	81	9	50	57	16	19	7	1.62
90210219--90210280	26	2.4	26	86	0	88	40	24	14	20	1.90
90212842--90212879	19	2.0	19	100	0	76	42	26	5	26	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90216315--90216411	44	2.2	46	81	7	119	28	15	24	30	1.96
90216228--90216675	176	2.6	177	85	3	622	30	17	24	27	1.97
90218291--90218320	13	2.3	13	94	0	51	33	6	3	56	1.42
90218982--90219019	16	2.4	16	91	8	60	18	0	2	78	0.86
90220626--90220657	16	2.0	16	100	0	64	25	12	6	56	1.59
90225211--90225354	39	3.7	39	85	1	182	23	21	27	27	1.99
90233373--90233527	39	4.0	39	91	0	247	25	20	27	27	1.99
90233376--90233555	78	2.3	77	86	5	236	25	22	27	25	2.00
90236084--90236354	49	5.6	49	92	0	438	30	29	8	31	1.86
90239348--90239373	12	2.2	12	100	0	52	53	23	7	15	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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