genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.319.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  319  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99433290--99433347	20	2.9	20	92	0	98	36	12	18	32	1.88
99433399--99433589	24	8.0	24	89	5	289	29	20	19	29	1.98
99433782--99433840	30	2.0	30	93	0	100	35	16	22	25	1.95
99441362--99441409	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
99441446--99441510	20	3.2	20	95	0	112	33	13	21	30	1.92
99441457--99441510	11	5.3	11	70	17	53	35	12	20	31	1.90
99441562--99441621	23	2.5	24	91	5	104	30	20	23	26	1.98
99449860--99450045	79	2.3	80	81	9	227	26	27	20	24	1.99
99449858--99450045	40	4.7	40	81	9	215	27	27	20	24	1.99
99451751--99451839	47	1.9	46	95	2	160	26	21	19	32	1.97
99451751--99451839	23	3.8	23	95	2	160	26	21	19	32	1.97
99452054--99452117	31	2.1	31	90	0	101	39	15	21	23	1.92
99455353--99455455	42	2.5	42	77	6	109	30	17	24	28	1.97
99455409--99455507	43	2.3	42	79	6	110	28	18	25	28	1.98
99455679--99455708	15	1.9	16	93	6	53	33	0	26	40	1.57
99456610--99456659	20	2.5	20	96	0	91	18	34	36	12	1.87
99466990--99467071	34	2.4	34	86	6	105	25	23	25	25	2.00
99467568--99467616	17	2.9	17	87	0	80	16	34	32	16	1.91
99470735--99470798	28	2.3	28	86	0	83	18	14	39	28	1.90
99470753--99470815	28	2.2	28	80	2	72	28	14	34	22	1.93
99471114--99471253	27	5.2	27	82	3	167	40	18	9	32	1.82
99471114--99471265	53	2.8	54	85	3	200	39	19	9	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99471123--99471321	27	7.4	27	81	4	154	36	20	12	30	1.90
99483063--99483133	25	3.1	25	61	23	64	29	9	8	52	1.64
99483063--99483153	44	2.1	44	97	0	173	28	8	7	54	1.58
99486452--99486497	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
99487432--99487460	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
99498737--99498797	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
99499093--99499128	19	1.9	19	88	5	56	44	0	11	44	1.39
99501213--99501342	40	3.2	40	80	4	156	23	23	28	24	2.00
99513841--99513970	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
99515392--99515543	67	2.2	68	78	12	170	33	16	28	21	1.95
99515416--99515587	67	2.7	64	75	11	170	29	16	29	24	1.97
99527243--99527328	28	3.2	26	77	9	73	36	19	23	20	1.95
99537244--99537358	55	2.1	55	82	11	137	36	22	22	18	1.95
99537269--99537358	27	3.2	27	79	7	101	33	24	23	18	1.97
99537260--99537338	27	2.8	28	82	3	88	35	22	24	17	1.95
99539177--99539361	23	8.0	23	90	2	289	27	21	23	27	1.99
99539177--99539361	47	4.0	46	92	2	298	27	21	23	27	1.99
99539177--99539363	70	2.7	70	94	0	329	27	21	24	27	1.99
99539420--99539476	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
99539408--99539478	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
99539413--99539467	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
99542494--99542526	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99548946--99548981	17	2.1	18	89	5	56	41	5	5	47	1.50
99556330--99556363	18	1.9	18	88	5	52	32	20	14	32	1.93
99557422--99557507	28	3.0	28	77	3	91	26	29	15	29	1.96
99557722--99557754	16	2.1	16	88	11	50	9	24	21	45	1.80
99561311--99561404	43	2.2	43	81	11	113	36	23	13	26	1.92
99562034--99562125	47	2.0	47	97	0	175	40	23	0	35	1.55
99567573--99567628	27	2.1	27	100	0	112	48	28	0	23	1.51
99568239--99568298	22	2.8	22	94	2	104	51	31	3	13	1.57
99568824--99568854	16	1.9	16	93	0	53	35	19	3	41	1.67
99569042--99569140	42	2.3	42	80	1	126	36	23	14	26	1.93
99569023--99569144	43	2.8	44	77	4	133	35	22	14	27	1.94
99575057--99575087	14	2.2	14	100	0	62	22	6	16	54	1.64
99577001--99577147	43	3.4	41	74	10	116	28	16	22	32	1.95
99586194--99586242	23	2.1	23	81	7	55	6	30	4	59	1.41
99593315--99593465	43	3.5	44	87	4	218	27	14	25	33	1.94
99596009--99596053	19	2.3	20	88	3	65	48	11	11	28	1.73
99598299--99598416	29	4.1	28	78	10	123	27	31	11	28	1.92
99598313--99598432	29	4.2	28	78	10	127	27	33	11	27	1.91
99598313--99598440	57	2.2	56	82	10	152	28	32	10	28	1.91
99598513--99598558	19	2.5	19	89	6	69	17	39	15	28	1.90
99598655--99598697	16	2.7	16	88	0	68	11	20	16	51	1.75
99606508--99606630	43	2.9	42	76	12	142	35	26	16	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99608357--99608617	67	4.0	64	76	12	214	30	16	29	24	1.96
99618955--99619022	27	2.5	28	92	4	113	19	8	27	44	1.80
99620650--99620687	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
99626936--99626997	26	2.3	26	89	8	90	20	9	25	43	1.83
99626936--99627001	27	2.5	26	90	7	98	19	10	25	43	1.83
99633671--99633801	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99
99633688--99633838	40	3.8	40	85	4	180	23	25	22	28	1.99
99637839--99638036	71	2.8	70	91	3	294	34	17	27	20	1.95
99637873--99638036	71	2.3	71	98	0	319	35	17	27	18	1.94
99640259--99640460	43	4.7	43	86	2	253	29	27	17	26	1.97
99644083--99644151	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
99645780--99645817	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
99652092--99652160	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
99653789--99653826	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
99657818--99657935	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
99657786--99657949	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
99665621--99665830	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
99673757--99673966	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
99676782--99676945	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
99680661--99680757	43	2.3	43	80	10	117	27	16	25	29	1.97
99680661--99680773	43	2.6	42	79	9	113	27	15	26	30	1.95
99682239--99682287	4	12.2	4	100	0	98	24	0	24	51	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99688310--99688369	11	5.1	11	74	20	50	50	13	5	31	1.63
99688318--99688370	27	2.0	27	96	0	97	49	11	7	32	1.67
99688361--99688413	27	2.0	26	82	10	63	69	1	9	18	1.25
99690442--99690495	24	2.3	23	87	9	74	48	1	0	50	1.11
99690528--99690571	17	2.5	17	85	10	54	54	4	0	40	1.21
99691437--99691497	10	6.0	10	78	1	50	29	3	1	65	1.18
99691484--99691538	27	2.0	28	85	3	76	41	7	1	49	1.41
99697288--99697448	29	5.6	29	93	0	259	26	14	32	26	1.95
99700461--99700575	25	4.6	25	81	0	104	34	21	17	26	1.95
99700507--99700568	25	2.5	25	97	0	115	32	29	17	20	1.96
99701232--99701538	153	2.0	153	98	0	596	32	27	11	29	1.91
99709971--99710120	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
99709995--99710178	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
99714406--99714555	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
99714430--99714613	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
99721412--99721542	42	3.1	41	69	8	129	28	19	28	23	1.99
99721352--99721573	84	2.6	84	92	1	365	29	18	27	25	1.98
99721350--99721584	43	5.6	43	67	8	158	28	18	27	25	1.98
99732141--99732193	25	2.0	27	86	13	76	16	13	22	47	1.82
99733745--99733781	9	4.1	9	89	0	56	48	10	10	29	1.72
99739846--99739880	18	1.9	18	94	0	61	37	2	0	60	1.12
99740803--99740989	63	3.0	65	79	8	199	23	19	31	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99742100--99742180	30	2.9	28	75	12	76	41	1	2	54	1.21
99742153--99742207	19	2.9	18	76	10	56	45	1	1	50	1.22
99745885--99746007	31	3.9	32	78	16	116	39	3	5	51	1.42
99745937--99746004	30	2.2	30	87	7	93	41	5	4	48	1.47
99751112--99751152	21	2.0	21	95	0	73	21	19	19	39	1.93
99752543--99752581	20	1.9	20	84	5	51	43	2	12	41	1.56
99752773--99752815	19	2.3	19	83	0	50	34	0	4	60	1.17
99762126--99762292	40	4.2	40	79	2	158	22	27	23	26	2.00
99762142--99762290	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
99769620--99769786	40	4.2	40	80	2	167	23	27	23	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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