genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.118.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  118  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35063159--35063455	78	3.8	78	92	4	456	25	27	23	22	1.99
35071297--35071588	40	7.5	40	89	5	415	25	28	23	22	2.00
35071297--35071588	78	3.8	78	90	5	427	25	28	23	22	2.00
35071329--35071588	118	2.2	120	91	4	413	26	28	23	21	1.99
35074604--35074659	27	2.0	28	93	3	96	30	8	10	50	1.68
35074725--35075011	142	2.0	137	84	8	367	37	13	13	34	1.84
35079251--35079305	20	2.8	20	97	2	103	43	16	9	30	1.79
35089202--35089226	8	3.1	8	100	0	50	64	24	12	0	1.27
35091336--35091498	39	4.2	39	93	0	254	23	31	20	23	1.98
35094939--35095109	93	1.8	92	87	6	256	29	29	18	22	1.97
35094931--35095104	46	3.8	45	72	14	158	30	28	18	22	1.97
35116194--35116218	10	2.5	10	100	0	50	24	20	44	12	1.85
35117682--35117785	44	2.4	44	85	6	133	30	27	19	22	1.98
35126138--35126255	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
35126106--35126269	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
35133243--35133360	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
35133211--35133374	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
35139096--35139279	40	4.6	38	79	5	154	22	26	22	28	1.99
35143080--35143209	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
35146490--35146665	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
35146487--35146657	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
35149615--35149693	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35149606--35149692	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
35152067--35152242	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
35152064--35152234	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
35154347--35154373	13	2.1	13	100	0	54	22	33	29	14	1.94
35156238--35156369	29	4.6	29	87	3	178	31	15	24	28	1.96
35156238--35156369	58	2.3	58	89	5	196	31	15	24	28	1.96
35163046--35163101	27	2.1	27	96	0	103	35	17	25	21	1.95
35165206--35165267	27	2.3	26	78	8	70	51	11	0	37	1.38
35172352--35172448	43	2.2	45	83	7	121	32	24	14	27	1.94
35177744--35177907	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
35177744--35177941	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
35190533--35190607	12	6.3	11	75	7	51	76	1	5	17	1.05
35190553--35190607	6	9.2	6	78	7	58	78	1	5	14	1.02
35190553--35190607	24	2.3	24	84	6	67	78	1	5	14	1.02
35190559--35190601	16	2.6	16	85	7	50	79	2	4	13	1.00
35193156--35193330	45	3.8	46	80	10	214	21	20	29	29	1.98
35196257--35196323	15	4.5	15	84	0	71	11	19	13	55	1.69
35196246--35196333	30	3.0	30	78	8	90	10	18	15	55	1.68
35201279--35201361	29	2.9	29	79	13	91	10	16	15	56	1.66
35201286--35201361	14	5.4	14	76	13	75	10	17	15	56	1.66
35203268--35203316	23	2.0	24	92	7	82	24	16	32	26	1.96
35208989--35209290	40	7.5	40	90	1	464	22	23	27	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35217579--35217727	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
35217620--35217727	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
35223787--35223871	31	2.8	32	89	7	131	24	24	17	32	1.97
35224090--35224185	25	3.8	25	90	2	147	26	22	23	27	2.00
35224233--35224292	11	5.7	11	84	9	81	31	18	13	36	1.89
35226370--35226394	11	2.3	11	100	0	50	8	48	16	28	1.74
35226560--35226605	3	15.3	3	100	0	92	65	0	0	34	0.93
35228533--35228635	29	3.6	28	88	5	143	28	16	27	28	1.97
35236315--35236417	29	3.6	28	88	5	143	28	16	27	28	1.97
35246822--35246926	27	3.9	27	80	5	122	30	23	7	38	1.83
35246822--35246926	54	1.9	54	84	3	140	30	23	7	38	1.83
35246939--35247053	27	4.3	27	86	4	99	40	20	12	26	1.88
35246958--35247054	27	3.7	26	93	4	149	40	21	9	28	1.84
35247162--35247263	27	3.8	27	71	7	82	37	17	20	24	1.94
35248072--35248141	25	2.8	25	88	0	95	25	24	24	25	2.00
35248072--35248168	25	4.0	23	82	8	77	27	22	23	25	2.00
35248353--35248465	31	3.6	31	93	0	199	28	16	26	28	1.97
35250696--35250800	54	1.9	54	82	3	131	32	22	6	38	1.80
35250716--35250800	27	3.1	27	86	6	127	29	23	7	40	1.81
35250832--35250937	27	3.9	27	93	0	167	38	20	8	32	1.83
35250799--35250937	54	2.6	54	82	2	181	38	18	10	32	1.86
35250912--35250986	30	2.5	30	89	6	109	44	14	6	34	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35250941--35251021	27	3.0	26	83	10	83	41	13	8	35	1.75
35259599--35259745	78	1.9	80	84	5	201	23	27	23	25	2.00
35259564--35259745	40	4.6	39	79	6	179	23	27	24	24	2.00
35262250--35262319	25	2.8	23	81	12	68	24	22	24	28	1.99
35262275--35262346	25	3.0	23	84	10	81	27	19	23	29	1.98
35262287--35262346	24	2.4	25	81	13	70	26	21	21	30	1.99
35262466--35262559	42	2.2	42	90	0	152	32	13	18	35	1.90
35262581--35262689	31	3.5	31	91	1	175	25	16	29	28	1.97
35265586--35265632	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
35265632--35265679	2	24.0	2	100	0	96	0	0	50	50	1.00
35266827--35266929	38	2.7	37	87	3	143	18	22	25	33	1.96
35270922--35270953	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
35273187--35273256	34	2.1	34	83	5	88	28	22	22	25	1.99
35277257--35277325	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
35281161--35281229	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
35282848--35282885	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
35284047--35284132	45	1.9	45	100	0	172	31	10	13	44	1.78
35287866--35287906	18	2.3	18	86	0	55	48	14	19	17	1.81
35290423--35290469	17	2.6	19	83	6	62	21	25	36	17	1.94
35290641--35290819	27	6.6	27	87	0	223	40	20	7	31	1.81
35290641--35290819	81	2.2	81	88	4	254	40	20	7	31	1.81
35290641--35290873	81	2.9	81	83	5	231	39	21	8	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35290641--35290874	27	8.7	27	81	7	201	39	20	8	30	1.83
35290912--35291093	27	6.7	27	89	0	265	34	18	19	26	1.95
35290912--35291093	54	3.4	54	91	0	292	34	18	19	26	1.95
35292638--35292797	29	5.5	30	86	8	213	33	13	25	28	1.93
35292638--35292797	59	2.8	57	87	4	214	33	13	25	28	1.93
35294204--35294329	27	4.7	27	85	4	157	30	18	23	27	1.97
35294760--35294821	22	2.9	21	78	7	61	20	20	22	35	1.96
35294987--35295081	27	3.5	26	87	5	118	21	25	17	35	1.95
35295241--35295306	6	10.8	6	78	15	55	22	19	12	45	1.83
35299166--35299295	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
35301014--35301207	46	4.2	46	69	15	123	31	26	17	23	1.97
35317702--35317872	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
35317694--35317874	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
35320239--35320327	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
35320239--35320318	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
35320250--35320327	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
35323238--35323409	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
35323230--35323405	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
35335857--35335911	24	2.3	24	100	0	110	36	27	16	20	1.93
35343850--35343912	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
35357677--35357843	46	3.6	45	77	12	169	28	18	29	23	1.98
35357725--35357987	142	1.9	138	83	4	339	27	18	28	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35365208--35365242	18	1.9	18	88	0	52	31	8	25	34	1.86
35366353--35366516	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
35373425--35373588	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
35375197--35375267	24	2.9	24	87	6	106	28	21	23	26	1.99
35375184--35375266	24	3.4	24	86	6	105	27	22	20	28	1.99
35375316--35375372	20	2.8	20	81	0	69	29	21	14	35	1.92
35379928--35379959	15	2.1	15	94	0	55	37	28	12	21	1.90
35383267--35383337	24	2.9	24	87	6	106	26	22	25	25	2.00
35383254--35383336	24	3.4	24	85	6	105	26	24	21	27	1.99
35383386--35383442	20	2.8	20	94	0	96	31	21	12	35	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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