genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26121806--26121994	55	3.5	53	79	5	200	20	25	18	35	1.95
26122093--26122178	45	1.9	45	95	4	156	19	25	19	34	1.96
26122807--26122864	30	1.9	31	85	3	82	27	25	10	36	1.89
26124429--26124453	12	2.1	12	100	0	50	52	24	8	16	1.70
26131533--26131682	58	2.5	62	78	16	170	52	3	0	43	1.22
26131811--26131845	13	2.8	12	83	8	52	57	0	11	31	1.34
26137725--26137766	22	1.9	22	85	9	59	52	28	4	14	1.62
26138448--26138561	43	2.7	43	82	11	121	34	23	14	28	1.93
26141149--26141178	15	2.0	15	100	0	60	26	0	46	26	1.53
26142442--26142713	47	5.8	46	75	10	230	23	30	19	26	1.98
26142442--26142714	94	2.9	92	83	4	341	23	30	19	26	1.98
26153477--26153685	47	4.5	46	76	10	185	23	29	18	28	1.98
26153436--26153691	94	2.8	91	77	6	291	24	28	19	27	1.98
26159219--26159276	29	2.0	30	86	10	84	1	29	1	67	1.11
26162148--26162244	41	2.3	42	78	1	106	51	18	14	15	1.76
26162312--26162376	32	2.0	32	93	0	112	43	26	13	16	1.86
26170503--26170589	39	2.2	39	97	0	165	26	27	24	21	1.99
26173413--26173470	28	2.1	28	93	3	100	50	6	18	24	1.72
26174569--26174605	19	1.9	19	88	0	56	27	5	21	45	1.73
26174581--26174672	46	2.0	46	84	0	121	30	10	16	42	1.82
26175413--26175506	48	2.0	48	91	0	152	35	14	20	29	1.93
26177997--26178061	19	3.3	19	66	16	51	32	18	33	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26177990--26178051	21	3.0	21	68	13	58	30	16	30	22	1.96
26178010--26178074	19	3.3	19	70	16	60	36	18	29	15	1.91
26177893--26178081	40	4.7	40	81	0	216	35	14	29	20	1.92
26177893--26178081	80	2.3	81	83	2	238	35	14	29	20	1.92
26179365--26179395	16	1.9	16	93	0	53	58	16	3	22	1.52
26180819--26181141	30	10.7	30	78	5	287	24	21	13	40	1.89
26180809--26181072	90	3.0	89	86	1	323	23	24	13	38	1.91
26182643--26182667	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
26184302--26184565	126	2.1	126	92	0	429	34	18	17	29	1.94
26187582--26187612	9	3.6	9	91	8	55	64	0	0	35	0.94
26188121--26188160	18	2.2	18	90	0	62	42	7	30	20	1.79
26189886--26189941	25	2.2	26	77	3	60	48	3	16	32	1.63
26192492--26192550	29	2.0	29	96	0	109	25	13	8	52	1.68
26192558--26192612	22	2.5	22	82	11	69	36	0	0	63	0.95
26194826--26194881	28	1.9	30	82	7	71	41	7	3	48	1.48
26195011--26195048	18	2.2	17	86	13	51	76	10	2	10	1.12
26195011--26195117	50	2.2	50	85	6	139	63	7	3	25	1.37
26195897--26195940	15	2.9	15	86	6	63	79	0	0	20	0.73
26195906--26195948	23	1.9	23	85	4	61	74	0	2	23	0.93
26195987--26196032	17	2.6	18	77	16	51	45	36	4	13	1.63
26198510--26198904	131	3.0	131	83	2	497	27	18	17	35	1.94
26203379--26203418	21	2.0	20	90	5	62	42	25	0	32	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26205935--26206113	48	3.7	48	84	1	241	26	17	29	26	1.97
26205935--26206114	97	1.9	97	89	0	279	26	17	29	26	1.98
26205935--26206147	48	4.4	48	78	10	211	26	16	28	27	1.97
26206129--26206242	42	2.7	42	87	0	147	28	18	26	27	1.98
26209545--26209605	24	2.5	24	81	5	70	22	16	26	34	1.95
26211921--26212023	29	3.6	29	77	7	102	27	30	16	26	1.97
26220871--26220931	24	2.5	24	86	5	79	21	16	27	34	1.95
26226423--26226458	14	2.6	14	100	0	72	47	16	16	19	1.83
26227537--26227569	16	2.1	16	94	0	57	51	3	0	45	1.16
26227611--26227652	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
26227615--26227651	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
26227660--26227703	19	2.3	19	96	0	79	50	4	2	43	1.35
26227703--26227754	15	3.2	15	73	19	50	53	1	1	42	1.23
26228207--26228247	14	2.9	14	96	0	73	43	9	0	46	1.36
26232454--26232501	24	2.0	25	83	4	62	62	10	2	25	1.38
26234409--26234499	29	3.1	28	70	13	74	54	10	13	20	1.68
26234409--26234581	60	2.9	58	80	5	184	50	12	14	22	1.75
26235259--26235327	36	1.9	36	100	0	138	26	4	21	47	1.69
26235733--26235761	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
26241504--26241785	145	1.9	146	87	5	410	32	11	19	36	1.88
26243571--26243629	30	1.9	31	96	3	111	35	0	0	64	0.94
26243617--26243667	20	2.6	20	82	14	70	52	0	1	45	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26243581--26243667	39	2.2	40	83	4	104	43	0	1	55	1.07
26243611--26243671	19	3.2	18	82	11	77	45	0	1	52	1.10
26244666--26244695	16	1.9	16	93	6	53	40	0	0	60	0.97
26246921--26247108	49	3.8	49	88	1	241	29	27	18	25	1.98
26265191--26265224	18	1.9	18	88	5	52	14	23	8	52	1.69
26268973--26269002	15	2.0	15	93	0	51	46	23	3	26	1.68
26269771--26269857	45	1.9	45	95	0	156	34	26	13	25	1.93
26274160--26274211	25	2.1	25	82	13	63	51	23	5	19	1.67
26279657--26279748	42	2.2	42	96	0	166	32	19	15	32	1.93
26280860--26281100	27	8.9	27	78	5	164	31	9	19	39	1.83
26280971--26281109	53	2.6	54	81	10	178	30	8	22	38	1.84
26281061--26281234	53	3.3	54	83	4	167	37	9	22	30	1.85
26280956--26281150	80	2.4	80	83	6	243	32	7	21	38	1.82
26281099--26281241	27	5.3	27	88	5	200	38	9	25	27	1.86
26280956--26281255	80	3.8	79	79	8	241	34	9	22	35	1.85
26281099--26281241	53	2.7	54	89	3	200	38	9	25	27	1.86
26283753--26283822	25	2.8	25	91	4	106	24	24	27	24	2.00
26284630--26284685	27	2.1	27	83	9	71	23	25	19	32	1.98
26284630--26284693	26	2.4	27	82	7	78	21	25	17	35	1.95
26284747--26284854	27	3.9	27	78	13	103	31	8	18	41	1.80
26284744--26284912	53	3.1	55	81	5	175	32	10	17	39	1.83
26284796--26284932	27	5.1	27	80	6	136	29	8	21	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26284811--26284932	53	2.3	54	85	1	156	27	8	21	42	1.81
26284963--26285054	27	3.4	27	83	5	123	41	7	22	28	1.81
26284953--26285079	54	2.4	53	79	11	141	37	9	22	30	1.86
26291877--26292000	26	4.8	26	93	3	189	29	23	20	26	1.98
26292058--26292106	9	5.0	9	79	16	53	40	20	8	30	1.81
26292050--26292106	20	2.8	20	91	0	96	38	19	10	31	1.86
26292050--26292105	11	5.5	11	73	16	57	37	19	10	32	1.86
26296797--26296948	26	5.9	26	87	0	216	29	22	20	27	1.98
26297877--26297973	27	3.5	27	73	15	90	32	9	17	40	1.81
26297950--26298016	27	2.5	27	85	0	80	34	5	19	40	1.76
26297882--26298010	56	2.4	54	81	7	136	31	6	19	43	1.75
26300009--26300114	6	17.3	6	74	14	74	53	14	13	18	1.72
26300050--26300114	25	2.6	25	87	0	94	50	13	15	20	1.77
26300233--26300290	27	2.2	26	84	3	71	34	20	24	20	1.97
26300254--26300317	33	2.0	32	84	3	83	34	21	25	18	1.96
26300562--26300786	27	8.3	27	81	5	224	24	20	18	37	1.94
26300566--26300776	81	2.6	82	88	3	311	23	20	18	36	1.94
26300562--26300784	54	4.1	54	81	4	261	24	20	18	36	1.95
26300836--26300898	27	2.3	27	88	0	99	31	12	19	36	1.89
26300768--26300925	81	2.0	81	80	2	183	31	10	22	36	1.87
26300877--26301205	27	12.2	27	83	0	370	32	8	20	38	1.83
26300820--26301205	81	4.8	81	80	3	366	31	9	20	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26300905--26301205	108	2.8	108	92	0	467	32	8	20	39	1.82
26301976--26302453	27	17.7	27	81	5	252	38	19	7	33	1.81
26302408--26302459	27	1.9	27	92	0	86	40	11	11	36	1.78
26302521--26302582	27	2.3	27	91	0	106	30	19	29	20	1.97
26303545--26303639	25	3.8	25	91	0	145	26	27	21	25	1.99
26303786--26303877	42	2.2	42	94	0	157	28	11	20	39	1.88
26305776--26305855	30	2.6	30	90	4	124	27	25	20	27	1.99
26305877--26305968	42	2.2	42	98	0	175	34	20	13	31	1.91
26307034--26307089	27	2.1	26	83	9	69	37	12	12	37	1.81
26307097--26307253	27	5.8	27	82	4	183	29	7	19	43	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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