genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.280.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  280  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86672446--86672508	20	3.2	20	93	0	108	30	19	14	36	1.91
86672545--86672592	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
86676391--86676448	29	2.0	29	96	0	107	22	31	18	27	1.97
86683897--86684000	39	2.6	40	86	1	138	21	25	23	30	1.99
86691868--86692019	40	3.8	40	91	0	223	22	26	22	28	1.99
86691843--86692061	80	2.7	79	80	5	237	23	25	22	28	1.99
86691853--86692023	40	4.3	39	87	3	216	23	26	21	27	1.99
86691877--86692061	40	4.6	40	83	7	168	22	25	22	29	1.99
86698198--86698376	47	3.8	47	79	12	172	24	30	19	26	1.98
86707342--86707430	44	2.0	44	93	0	151	31	25	17	24	1.97
86719710--86720017	49	6.4	49	94	3	518	29	8	31	29	1.87
86719710--86720017	97	3.2	97	94	1	514	29	8	31	29	1.87
86719703--86720023	146	2.2	142	91	3	516	30	8	31	30	1.86
86719703--86720065	146	2.5	145	85	5	468	30	8	30	30	1.87
86720113--86720277	37	4.4	37	95	0	294	24	18	32	24	1.97
86722333--86722438	29	3.7	29	96	0	185	26	16	33	24	1.96
86726223--86726407	40	4.6	39	83	4	208	28	22	25	24	1.99
86726222--86726428	80	2.6	80	82	4	238	26	21	26	25	2.00
86726221--86726428	40	5.2	39	82	5	202	26	21	25	25	2.00
86729170--86729431	49	5.4	49	96	0	456	29	9	32	29	1.88
86729527--86729654	37	3.4	37	95	1	229	24	18	32	24	1.97
86731077--86731178	49	2.1	49	96	0	186	37	17	21	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86743099--86743144	19	2.4	19	92	0	74	8	28	36	26	1.86
86751161--86751393	99	2.3	101	84	3	294	26	16	27	29	1.97
86751162--86751406	49	4.9	49	83	3	276	26	17	27	28	1.97
86754388--86754452	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
86754384--86754452	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
86756583--86756804	48	4.5	48	87	5	295	24	18	27	29	1.98
86756575--86756824	98	2.5	100	83	7	339	24	18	28	28	1.98
86775157--86775282	43	2.9	44	82	10	154	24	14	27	33	1.94
86780070--86780223	42	3.6	43	74	9	138	27	22	25	24	2.00
86784920--86785004	44	2.0	43	83	6	109	23	17	29	29	1.97
86789661--86790067	47	8.7	47	79	9	397	23	29	18	28	1.98
86789660--86790073	187	2.2	187	91	0	677	23	29	18	28	1.98
86789661--86790067	140	2.9	140	81	9	456	23	29	18	28	1.98
86795235--86795693	47	9.8	48	77	8	398	23	29	18	28	1.98
86795235--86795687	140	3.2	139	78	9	415	23	29	18	28	1.98
86795236--86795646	187	2.2	187	90	0	644	23	29	18	28	1.98
86798407--86798573	46	3.6	46	79	9	178	28	15	29	26	1.96
86800047--86800194	79	1.9	80	81	4	183	22	31	24	21	1.99
86800087--86800194	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
86810067--86810109	21	2.0	21	86	0	59	20	39	18	20	1.93
86815939--86816027	43	2.1	43	100	0	178	26	15	26	30	1.96
86818217--86818538	47	6.7	47	89	5	459	29	31	7	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86818389--86818464	22	3.3	22	66	10	62	28	31	9	30	1.88
86818364--86818443	25	3.3	25	67	10	76	32	31	3	32	1.76
86822074--86822241	43	3.9	43	75	6	135	30	24	14	29	1.95
86826622--86826661	20	2.0	20	90	0	62	37	2	10	50	1.50
86832918--86833090	88	1.9	91	87	4	253	35	20	9	34	1.84
86833124--86833171	18	2.4	21	76	16	57	66	0	0	33	0.92
86833123--86833188	29	2.3	30	84	7	93	62	0	1	36	1.05
86833434--86833464	10	3.1	10	95	0	53	35	0	0	64	0.94
86833411--86833464	28	1.9	28	84	0	72	38	3	1	55	1.28
86838833--86838900	24	2.7	25	84	11	77	44	1	2	51	1.25
86841258--86841293	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
86843435--86843542	37	2.9	37	85	0	153	26	33	16	23	1.96
86843587--86843807	48	4.6	48	90	2	354	30	25	6	37	1.81
86843780--86843829	22	2.3	22	96	0	91	24	30	12	34	1.91
86843732--86843877	70	2.1	70	93	0	247	29	28	7	34	1.85
86843684--86843925	118	2.1	118	95	0	439	30	27	6	35	1.82
86843802--86844029	48	4.8	48	93	0	393	31	26	6	35	1.81
86843636--86843973	166	2.0	166	92	1	561	31	26	6	35	1.82
86843588--86844021	214	2.0	214	94	0	753	30	26	6	36	1.82
86849598--86849637	20	2.0	20	100	0	80	30	10	25	35	1.88
86849714--86849893	40	4.5	40	93	0	306	28	28	19	23	1.98
86855348--86855572	38	6.0	38	81	10	164	39	16	20	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86855373--86856079	73	9.7	75	75	11	420	39	14	19	25	1.91
86855372--86856079	38	19.3	38	77	8	530	39	14	19	25	1.91
86855423--86855842	187	2.3	183	81	7	488	38	13	21	26	1.90
86855372--86856079	259	2.8	257	78	9	644	39	14	19	25	1.91
86855923--86856079	71	2.2	71	81	8	169	44	17	15	22	1.86
86865699--86865738	21	2.0	20	86	13	57	77	0	15	7	0.98
86867044--86867175	30	4.5	29	88	2	183	34	15	25	25	1.94
86867044--86867175	59	2.2	59	90	0	201	34	15	25	25	1.94
86878250--86878402	39	3.9	39	88	0	216	23	30	21	24	1.99
86878219--86878401	78	2.3	79	89	1	269	22	29	22	24	1.99
86882626--86882964	123	2.8	122	93	2	563	30	10	25	33	1.89
86882933--86883136	40	5.1	39	79	4	165	25	23	26	25	2.00
86882971--86883136	80	2.1	80	85	4	219	24	23	27	24	2.00
86887642--86887979	122	2.8	123	94	0	588	30	10	25	33	1.90
86887948--86888190	40	6.1	39	86	4	283	24	20	26	27	1.99
86890897--86891140	40	6.1	40	87	2	303	27	26	21	24	1.99
86891109--86891446	122	2.8	123	94	0	588	33	25	10	30	1.90
86894250--86894402	39	3.9	39	88	0	216	23	30	21	24	1.99
86894219--86894401	78	2.3	79	89	1	269	22	29	22	24	1.99
86903461--86903668	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
86903463--86903668	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
86908030--86908069	21	2.0	20	85	5	53	52	5	7	35	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86908530--86908614	12	7.1	12	75	17	63	58	1	3	36	1.23
86908557--86908621	3	22.3	3	84	6	89	64	0	1	33	1.03
86908543--86908615	6	11.1	7	85	14	63	60	1	1	36	1.14
86910422--86910531	53	2.1	54	91	1	177	40	18	12	28	1.87
86910628--86910777	79	1.9	79	97	0	282	32	21	18	27	1.97
86910478--86911120	178	3.7	177	85	8	765	35	19	17	27	1.94
86910806--86911198	75	4.9	78	76	13	336	34	20	17	27	1.95
86910964--86911198	77	3.1	74	81	7	249	34	20	18	26	1.95
86910625--86911631	420	2.4	420	95	2	1770	35	20	17	26	1.94
86911227--86911625	79	5.0	77	76	13	346	35	21	17	26	1.95
86911208--86911535	165	2.0	166	86	5	468	34	20	17	27	1.95
86911384--86911627	75	3.2	72	81	8	263	35	20	18	25	1.95
86911576--86911726	54	2.8	53	91	3	248	38	17	15	28	1.90
86911929--86912080	79	1.9	81	87	4	211	32	23	18	25	1.97
86925163--86925240	3	26.0	3	92	5	131	66	0	0	33	0.92
86925727--86925788	32	1.9	32	90	0	97	12	29	45	12	1.80
86929202--86929408	53	3.8	53	76	3	180	20	22	17	38	1.93
86934385--86934428	21	2.1	21	87	8	63	0	43	22	34	1.54
86934396--86934436	21	2.0	20	85	4	55	2	36	19	41	1.65
86935719--86936182	41	11.4	40	82	4	466	34	23	16	26	1.95
86935719--86936182	81	5.7	81	81	3	495	34	23	16	26	1.95
86935729--86936182	122	3.7	122	81	4	504	34	23	16	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86936714--86936795	43	2.0	41	84	11	107	26	4	24	43	1.74
86938096--86938144	18	2.8	17	78	6	62	38	36	0	24	1.56
86939660--86939700	18	2.3	18	100	0	82	17	24	21	36	1.94
86949044--86949151	26	4.2	26	93	0	189	35	24	8	32	1.85
86950499--86950564	12	4.4	16	80	18	79	15	12	13	59	1.62
86950503--86950568	28	2.3	29	94	2	116	15	15	12	57	1.65
86950784--86950837	9	6.0	9	77	0	63	42	14	3	38	1.64
86950784--86950837	18	3.0	18	80	0	72	42	14	3	38	1.64
86950778--86950870	27	3.5	27	76	16	79	45	16	2	36	1.59
86956396--86956454	21	2.8	21	84	2	73	28	20	49	1	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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