genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  189  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57401038--57401252	46	4.7	44	79	11	173	24	29	17	28	1.97
57404668--57404827	43	3.7	43	73	9	139	28	15	25	30	1.96
57407399--57407430	12	2.7	12	90	0	55	28	37	25	9	1.87
57411030--57411347	47	6.8	47	94	0	555	32	10	29	28	1.89
57411030--57411579	141	3.8	141	85	8	758	32	9	29	27	1.89
57411331--57411365	18	1.9	18	94	0	61	31	11	34	22	1.90
57411284--57411412	65	2.0	65	93	0	222	32	10	31	25	1.90
57411245--57411459	112	1.9	112	97	0	403	32	10	29	27	1.90
57411190--57411506	159	2.0	159	93	0	535	32	10	29	27	1.90
57411143--57411552	206	2.0	206	93	0	703	32	10	30	27	1.90
57411348--57411579	47	4.9	47	92	0	365	33	9	30	26	1.88
57411095--57411575	253	1.9	253	95	0	863	32	9	30	27	1.89
57411697--57411779	37	2.2	37	91	0	130	25	22	32	19	1.97
57413231--57413436	40	5.2	40	83	4	231	26	26	20	25	1.99
57413222--57413436	79	2.7	79	79	6	229	26	26	20	26	1.99
57421310--57421515	40	5.2	40	84	2	231	26	26	21	25	2.00
57423704--57423774	22	3.1	22	66	18	63	33	8	29	28	1.86
57423712--57423789	25	3.2	25	67	17	74	33	5	29	32	1.79
57423188--57423881	46	15.0	47	89	4	1045	32	9	29	28	1.89
57426992--57427100	29	3.8	28	89	3	146	32	14	28	24	1.95
57426993--57427123	29	4.6	29	86	1	86	30	16	29	23	1.96
57435079--57435187	29	3.8	29	90	0	155	33	14	27	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57435076--57435198	58	2.1	58	87	0	183	32	16	27	23	1.96
57437225--57437332	38	2.8	38	87	0	135	30	15	28	25	1.96
57437403--57437505	40	2.6	40	93	0	170	20	24	29	26	1.99
57437674--57437728	25	2.2	25	87	6	76	30	12	27	29	1.93
57437741--57437860	28	4.5	28	67	17	83	20	18	33	28	1.96
57437754--57437799	23	2.0	23	91	0	74	23	15	32	28	1.95
57442325--57442394	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
57443941--57444705	47	16.3	47	93	0	1260	33	9	29	27	1.88
57446602--57446672	37	2.0	37	94	5	128	42	2	0	54	1.14
57446647--57446678	15	2.1	15	94	0	55	28	6	0	65	1.16
57446703--57446752	14	3.6	14	76	7	57	40	34	6	20	1.77
57446703--57446764	14	4.5	13	78	8	52	41	35	4	17	1.71
57448293--57448404	54	2.1	54	86	0	152	28	24	31	16	1.96
57448797--57448870	37	2.0	37	100	0	148	35	13	16	35	1.88
57451072--57451166	24	4.0	24	86	6	131	29	22	20	28	1.98
57451093--57451165	23	3.1	23	94	2	119	31	20	19	28	1.97
57451216--57451262	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
57455500--57455628	27	4.8	27	90	3	179	27	24	6	40	1.81
57455620--57455788	27	6.3	26	76	10	119	37	21	11	29	1.89
57455618--57455782	53	3.1	53	80	6	156	38	21	11	29	1.88
57455660--57455810	54	2.8	54	83	5	180	41	20	8	29	1.82
57455660--57455798	27	5.2	26	81	6	145	41	20	8	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57455739--57455868	27	4.7	27	76	12	113	41	18	8	31	1.80
57455927--57455985	26	2.2	27	78	3	66	38	15	23	22	1.92
57455927--57455989	27	2.4	26	81	2	72	38	15	23	22	1.93
57456799--57456868	25	2.8	25	84	4	88	25	25	22	25	2.00
57456799--57456895	25	4.0	23	78	10	77	27	23	22	25	2.00
57456894--57456973	42	1.9	42	97	0	151	32	15	18	33	1.92
57456997--57457235	31	7.8	31	93	0	392	29	15	25	30	1.96
57460941--57461201	49	5.6	49	84	11	368	32	10	27	28	1.90
57461094--57461170	37	2.1	37	90	4	120	29	12	32	24	1.93
57461174--57461227	26	2.1	26	100	0	108	35	14	22	27	1.93
57461039--57461374	161	2.0	167	88	7	506	33	10	27	29	1.90
57461131--57461276	75	1.9	75	91	2	240	32	12	26	28	1.92
57461200--57461450	49	5.1	49	97	0	466	33	8	26	30	1.87
57461518--57461603	37	2.3	36	92	7	138	20	18	33	26	1.96
57463483--57463700	40	5.4	40	92	0	319	28	19	23	28	1.98
57467254--57467445	49	3.9	49	95	1	359	33	8	28	29	1.87
57467406--57467477	36	2.0	37	94	2	128	31	12	31	23	1.92
57467443--57467721	49	6.0	49	72	15	243	32	8	27	30	1.86
57467509--57467577	36	1.9	36	100	0	138	31	2	30	34	1.73
57467519--57467578	18	3.3	18	65	17	52	33	3	28	35	1.74
57467540--57467721	98	1.9	98	97	0	346	32	8	28	30	1.86
57467790--57467876	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57471576--57471723	43	3.5	42	76	10	122	30	21	16	31	1.96
57472076--57472136	31	2.0	31	86	0	86	18	40	22	18	1.91
57473417--57473580	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
57473417--57473614	71	2.8	70	92	2	256	20	28	17	33	1.95
57476236--57476420	40	4.6	40	82	3	228	23	27	24	24	2.00
57481458--57481643	40	4.7	40	84	5	209	25	21	26	25	1.99
57481511--57481666	80	2.0	79	81	11	185	26	21	26	25	1.99
57483519--57483697	50	3.6	48	83	5	216	29	26	18	25	1.98
57486362--57486438	27	2.9	27	84	3	84	29	12	19	37	1.89
57486421--57486786	80	4.6	79	82	7	393	31	9	20	39	1.84
57486394--57486774	27	14.2	26	78	6	327	31	9	20	38	1.85
57486394--57486786	107	3.7	107	81	6	397	31	9	20	38	1.84
57488260--57488412	79	1.9	80	86	6	222	24	26	22	26	2.00
57488260--57488441	40	4.6	40	83	9	221	25	26	23	25	2.00
57488263--57488441	79	2.2	80	83	7	213	24	26	23	25	2.00
57498928--57499084	72	2.2	70	83	6	185	35	15	28	20	1.94
57502306--57502419	43	2.7	43	80	5	124	28	14	24	32	1.95
57510962--57511031	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
57518836--57518905	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
57532589--57532653	20	3.4	19	87	8	64	38	9	16	35	1.81
57532599--57532665	20	3.3	20	89	4	100	38	10	17	32	1.84
57532715--57532876	52	3.2	52	92	4	260	29	21	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57532715--57532863	26	5.8	26	88	2	221	27	22	22	26	1.99
57539467--57539512	23	2.0	23	82	0	56	4	17	13	65	1.42
57540666--57540740	20	3.8	20	87	6	102	38	9	17	34	1.82
57540790--57540951	52	3.2	52	89	4	251	26	22	24	27	2.00
57540790--57540938	26	5.8	26	91	0	221	24	23	24	27	2.00
57554648--57554845	40	4.9	40	87	3	256	26	20	25	27	1.99
57554648--57554868	80	2.8	80	85	8	290	26	21	25	26	1.99
57554648--57554868	40	5.5	40	83	5	250	26	21	25	26	1.99
57554648--57554868	120	1.8	121	81	6	279	26	21	25	26	1.99
57554648--57554908	120	2.2	121	80	8	275	27	21	25	26	1.99
57561011--57561720	363	2.0	363	95	0	1267	41	18	11	28	1.86
57568151--57568227	26	3.1	26	62	24	65	24	14	28	32	1.94
57568144--57568376	49	4.7	49	84	2	304	26	18	26	28	1.98
57568146--57568325	100	1.8	100	93	0	315	27	18	25	28	1.98
57580083--57580132	24	2.1	24	88	0	73	30	10	20	40	1.85
57583722--57583889	46	3.6	46	72	16	148	30	30	18	20	1.96
57587375--57587532	68	2.3	68	78	13	162	20	27	15	36	1.93
57589704--57589756	26	2.0	27	85	3	72	30	15	18	35	1.92
57593480--57593534	27	2.0	27	82	0	65	45	20	12	21	1.84
57593856--57593889	14	2.4	14	90	0	50	38	32	8	20	1.84
57593969--57594074	27	3.9	27	88	0	149	26	21	18	33	1.97
57594060--57594114	26	2.1	26	90	6	85	27	7	29	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57597880--57597922	10	4.4	10	82	2	52	23	34	25	16	1.95
57601773--57601980	40	5.2	40	83	0	209	26	22	25	25	2.00
57601774--57601980	80	2.6	80	82	4	238	26	22	26	25	2.00
57604405--57604607	40	5.1	40	87	1	266	21	23	28	27	1.99
57611002--57611179	40	4.5	40	83	4	191	25	27	20	25	1.99
57619122--57619299	40	4.5	40	83	4	191	25	27	20	25	1.99
57622691--57622882	40	4.8	40	86	1	242	25	28	22	24	2.00
57622671--57622882	80	2.7	79	88	3	309	26	27	21	24	1.99
57629931--57630122	40	4.8	40	89	1	278	25	28	22	23	1.99
57629918--57630122	80	2.6	80	92	1	340	27	27	21	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425