genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.311.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  311  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96771237--96771301	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
96775460--96775605	50	2.9	50	85	1	195	26	17	27	29	1.97
96782042--96782098	30	1.9	30	82	7	71	43	8	24	22	1.81
96788148--96788432	48	6.0	48	79	2	272	26	18	30	24	1.98
96788163--96788435	96	2.9	95	81	3	307	27	19	29	23	1.98
96804302--96804372	34	2.1	34	100	0	142	40	16	23	18	1.90
96807540--96807578	16	2.5	15	83	8	51	43	0	2	53	1.14
96808293--96808346	25	2.3	23	81	15	65	33	1	1	62	1.16
96813131--96813312	40	4.6	39	76	10	147	24	24	26	24	2.00
96813184--96813281	39	2.5	39	85	5	135	26	24	26	22	2.00
96815221--96815268	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
96815312--96815370	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
96815316--96815370	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
96815421--96815539	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
96815421--96815539	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
96815731--96815825	31	3.1	31	95	0	172	40	15	22	22	1.91
96817436--96817601	40	4.2	40	82	3	176	24	27	22	26	2.00
96826563--96826610	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
96826654--96826712	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
96826658--96826712	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
96826763--96826904	24	6.0	23	90	6	207	29	22	21	26	1.99
96826763--96826904	47	3.0	46	89	8	207	29	22	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96827095--96827158	31	2.1	31	96	0	119	42	15	21	20	1.89
96827115--96827218	46	2.3	45	90	5	156	46	9	19	25	1.80
96827143--96827173	15	2.1	14	94	5	53	64	0	12	22	1.27
96830126--96830280	39	3.9	39	89	2	204	22	20	31	25	1.98
96830126--96830280	79	2.0	79	84	5	206	22	20	31	25	1.98
96836126--96836162	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
96841847--96842341	246	2.0	243	85	6	662	39	12	20	28	1.88
96848880--96848919	21	1.9	21	85	10	55	67	0	17	15	1.23
96858412--96858441	6	5.0	6	91	0	51	80	0	3	16	0.85
96862884--96862996	48	2.3	49	84	4	140	20	18	33	27	1.96
96866921--96866960	21	2.0	21	85	5	55	20	25	40	15	1.90
96868181--96868312	49	2.7	49	80	2	149	20	25	22	31	1.98
96869918--96869955	19	2.0	19	85	10	51	31	0	13	55	1.38
96870313--96870357	24	1.9	24	86	4	65	17	24	17	40	1.91
96871335--96871394	30	2.0	31	83	3	77	36	6	26	30	1.82
96871730--96871985	55	4.8	54	77	9	226	35	17	25	21	1.95
96878643--96878717	28	2.7	28	89	0	114	28	33	14	24	1.94
96879208--96879247	21	1.9	21	89	0	62	37	22	7	32	1.82
96885086--96885261	46	3.8	46	78	12	207	21	20	28	29	1.98
96885083--96885253	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
96892655--96892827	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
96892652--96892822	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96899994--96900032	21	1.9	20	84	5	51	38	25	5	30	1.78
96902318--96902363	13	3.7	13	75	19	53	19	0	15	65	1.28
96902965--96903220	55	4.8	55	75	10	205	36	15	26	21	1.93
96903411--96903441	16	1.9	16	100	0	62	45	0	19	35	1.51
96905339--96905381	23	1.9	23	85	4	61	46	23	4	25	1.71
96916686--96916883	39	5.1	39	90	0	252	26	28	19	25	1.99
96925510--96925677	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
96933498--96933664	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
96941483--96941649	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
96943771--96943965	39	5.0	39	83	4	225	25	27	17	29	1.98
96954605--96954641	9	4.1	9	86	13	58	32	10	10	45	1.74
96957440--96957633	40	4.9	40	89	5	270	25	28	21	24	1.99
96961508--96961684	48	3.7	48	80	4	187	23	28	18	29	1.97
96970141--96970288	39	3.8	39	89	2	181	25	30	19	25	1.98
96970173--96970289	39	3.0	39	93	0	189	23	31	19	24	1.98
96978085--96978194	39	2.8	39	84	4	141	25	30	20	23	1.99
96988740--96988776	18	2.1	18	89	0	56	37	13	8	40	1.74
96989067--96989152	34	2.6	34	92	1	138	33	20	16	29	1.95
96992168--96992259	27	3.4	27	86	0	103	28	16	16	39	1.90
96992212--96992291	27	3.0	26	87	3	97	30	11	20	38	1.87
96994907--96995304	27	14.8	27	83	7	397	32	10	19	37	1.86
96995375--96995434	30	2.0	30	96	0	111	33	16	31	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96995651--96995742	28	3.3	28	87	0	112	25	36	17	20	1.94
97004244--97004275	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
97007146--97007237	27	3.4	27	84	3	96	31	16	14	38	1.88
97007189--97007664	27	17.7	26	79	7	334	31	9	19	38	1.85
97007189--97007665	54	8.9	53	79	5	388	31	10	19	38	1.85
97007189--97007649	81	5.7	80	81	4	496	32	9	19	38	1.85
97007735--97007794	30	2.0	30	90	0	93	33	16	30	20	1.94
97008015--97008134	28	4.3	28	85	0	141	27	32	15	24	1.96
97010944--97011014	27	2.6	27	79	0	79	32	15	14	38	1.87
97010995--97011468	27	17.6	27	84	1	495	31	9	21	37	1.85
97014729--97015176	27	16.7	27	83	5	444	31	9	21	38	1.85
97015495--97015556	28	2.2	28	85	0	79	27	37	14	20	1.92
97017884--97017951	29	2.3	29	94	0	118	20	17	33	27	1.95
97024600--97024749	39	3.8	39	92	0	246	24	30	20	24	1.99
97026812--97026852	16	2.6	16	96	0	73	41	19	29	9	1.83
97027495--97027539	20	2.3	20	84	3	56	24	15	31	28	1.96
97027529--97027669	59	2.3	60	81	9	155	28	17	26	28	1.97
97029452--97029645	49	3.9	49	77	6	176	28	27	17	25	1.98
97035529--97035554	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
97036055--97036476	27	15.7	27	85	2	456	30	9	21	39	1.84
97047742--97047912	93	1.8	93	93	0	297	26	29	23	20	1.99
97047734--97047914	46	3.9	46	80	9	215	26	29	22	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97050282--97050370	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
97050282--97050364	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
97050293--97050370	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
97053317--97053488	93	1.8	94	94	1	310	27	29	22	20	1.98
97053309--97053490	46	3.9	46	81	10	226	27	29	21	20	1.98
97057497--97057804	49	6.3	49	94	3	541	31	7	29	30	1.86
97057495--97057804	100	3.2	100	93	4	544	31	7	29	30	1.85
97060711--97060881	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
97060703--97060883	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
97063238--97063286	14	3.4	14	77	5	53	61	14	16	8	1.56
97063238--97063315	14	5.4	14	72	13	52	58	14	17	8	1.60
97063249--97063324	15	5.2	15	74	6	75	56	15	17	10	1.66
97066267--97066437	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
97066259--97066439	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
97069960--97070159	40	5.0	40	79	8	122	23	25	24	27	2.00
97069981--97070159	80	2.2	81	85	3	236	24	25	24	26	2.00
97070009--97070161	40	3.8	39	83	4	180	24	26	22	26	2.00
97072499--97072542	22	2.0	22	90	0	70	40	0	4	54	1.21
97079693--97079863	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
97079685--97079865	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
97082225--97082313	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
97082225--97082307	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97082236--97082313	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
97085261--97085428	92	1.8	91	92	3	284	26	30	22	20	1.98
97085253--97085430	46	3.9	46	78	12	206	26	30	21	21	1.98
97087275--97087628	27	13.1	27	81	5	333	27	22	9	40	1.85
97087274--97087628	81	4.4	80	84	4	421	27	22	9	40	1.85
97087633--97087810	27	6.6	27	81	5	207	37	19	17	25	1.94
97087633--97087812	54	3.3	54	85	3	245	36	18	17	26	1.94
97087641--97087810	81	2.1	81	86	0	241	37	19	18	25	1.94
97087633--97087826	81	2.4	80	80	6	228	36	17	18	27	1.93
97087808--97087869	26	2.3	27	77	5	72	17	19	24	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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