genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.327.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  327  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101684033--101684195	39	4.2	39	90	0	254	23	33	20	22	1.98
101689284--101689391	26	4.2	26	92	2	173	33	7	23	36	1.83
101697348--101697437	45	2.0	45	93	0	153	27	10	11	51	1.69
101706987--101707119	45	3.0	45	79	7	132	32	24	18	24	1.97
101708740--101708873	47	2.9	47	90	0	196	24	15	29	30	1.96
101708741--101708922	47	3.9	46	84	2	166	22	14	31	31	1.94
101711003--101711031	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
101715207--101715237	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
101719518--101719651	72	1.9	71	85	4	189	22	15	29	32	1.95
101722440--101722501	31	2.0	31	84	6	81	27	25	17	29	1.98
101722719--101722838	23	5.1	23	90	2	177	26	21	23	28	1.99
101722717--101722839	24	5.2	24	89	3	187	26	21	22	29	1.99
101722897--101722973	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
101722892--101722989	20	4.9	20	96	0	178	34	20	11	33	1.88
101730743--101730804	31	2.0	31	84	6	81	27	25	17	29	1.98
101731020--101731166	47	3.1	47	95	0	258	26	21	23	28	1.99
101731020--101731165	23	6.2	24	88	4	226	26	21	22	28	1.99
101731223--101731299	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
101731211--101731315	20	5.2	20	95	0	183	34	21	10	33	1.88
101738237--101738412	45	4.1	43	76	10	153	25	18	26	30	1.98
101744386--101744480	40	2.3	40	89	1	136	23	21	37	17	1.94
101744560--101744616	23	2.5	23	88	0	78	21	28	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101745587--101745619	13	2.6	13	90	4	50	60	9	6	24	1.49
101746598--101746684	27	3.3	27	79	4	97	22	25	13	37	1.91
101750015--101750099	23	3.7	23	76	9	84	42	40	1	16	1.56
101751541--101751583	13	3.2	13	81	15	52	32	6	0	60	1.23
101755847--101755936	40	2.2	40	84	3	119	25	26	24	23	2.00
101760988--101761102	24	4.4	27	82	15	152	33	14	24	26	1.94
101760988--101761102	52	2.2	52	95	0	203	33	14	24	26	1.94
101761126--101761374	51	4.9	51	91	2	360	32	12	24	30	1.92
101763071--101763132	28	2.2	27	75	8	70	16	27	19	37	1.93
101764939--101765108	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
101773034--101773203	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
101776249--101776318	27	2.5	28	97	2	133	28	15	27	28	1.96
101807011--101807063	26	2.0	26	100	0	106	26	15	7	50	1.70
101818298--101818340	2	22.0	2	95	4	79	51	0	0	48	1.00
101820776--101820878	27	3.8	27	85	0	116	31	22	7	38	1.82
101820803--101820987	27	6.8	27	79	6	149	36	19	8	35	1.81
101820764--101820889	54	2.3	54	81	0	162	34	23	7	34	1.82
101820871--101820987	28	4.2	28	81	6	132	41	18	8	31	1.81
101820857--101820987	55	2.4	55	82	3	156	39	19	8	32	1.82
101820967--101821058	27	3.4	27	86	0	121	27	20	8	43	1.81
101820830--101821080	137	1.8	135	81	3	306	33	19	9	37	1.84
101821090--101821240	27	5.6	27	71	7	110	39	22	9	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101821110--101821240	54	2.4	54	81	0	136	38	20	9	30	1.85
101821282--101821333	27	1.9	27	88	7	79	30	19	25	25	1.98
101822121--101822256	52	2.7	50	91	7	206	27	20	23	27	1.99
101822121--101822256	26	5.3	26	87	3	181	27	20	23	27	1.99
101822389--101822482	42	2.2	42	88	0	134	29	12	20	37	1.90
101822504--101822582	31	2.5	31	93	0	140	30	18	25	25	1.98
101827309--101827419	27	4.1	27	75	2	89	21	26	16	36	1.94
101832182--101832212	13	2.3	14	94	5	55	67	6	3	22	1.28
101836077--101836119	21	2.0	21	100	0	86	46	9	9	34	1.68
101842837--101843020	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
101842877--101843065	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
101844462--101844490	11	2.7	11	94	5	51	58	0	34	6	1.25
101848116--101848145	6	4.8	6	95	4	51	46	0	16	36	1.47
101848482--101848514	10	3.3	10	91	0	57	36	42	3	18	1.66
101872444--101872505	20	3.0	21	79	6	74	37	4	11	46	1.61
101872450--101872507	19	2.9	20	75	15	66	39	3	10	46	1.55
101874582--101874606	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
101881539--101881578	5	8.0	5	82	0	53	72	0	2	25	0.97
101881539--101881580	15	2.8	15	96	0	75	71	0	2	26	0.98
101885865--101885979	56	2.1	56	91	0	185	40	13	17	28	1.88
101887327--101887556	122	1.9	121	92	0	388	36	16	6	40	1.75
101887477--101887635	79	2.0	79	97	0	300	35	17	7	38	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101891139--101891206	24	2.8	24	97	0	127	32	13	25	29	1.93
101891138--101891272	24	5.8	22	80	10	85	34	16	21	28	1.95
101898447--101898492	24	1.9	24	90	0	74	34	15	19	30	1.93
101898445--101898570	23	5.5	23	82	6	139	32	19	20	27	1.97
101898423--101898578	69	2.2	69	78	6	163	32	19	19	28	1.96
101898423--101898578	23	6.7	23	75	10	113	32	19	19	28	1.96
101907524--101907704	96	1.9	96	96	0	335	46	22	9	22	1.80
101913258--101913370	58	1.9	59	85	8	160	27	7	26	38	1.82
101919827--101919989	39	4.2	39	89	3	265	15	25	21	37	1.93
101926219--101926349	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
101926219--101926349	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
101931624--101931664	20	2.0	20	100	0	82	36	34	14	14	1.87
101933117--101933381	47	5.6	47	76	12	229	21	29	19	29	1.98
101934146--101934170	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
101940688--101941003	44	6.8	44	72	15	210	22	28	19	29	1.98
101941688--101941712	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
101946615--101946695	29	2.6	31	81	9	87	55	6	3	34	1.42
101946615--101946701	31	2.9	30	80	10	88	54	5	3	36	1.42
101946998--101947029	14	2.3	15	89	10	50	46	0	6	46	1.27
101949022--101949056	11	3.2	11	88	11	54	0	54	0	45	0.99
101949758--101949790	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
101949995--101950102	24	4.4	24	73	23	73	30	8	5	55	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101950087--101950144	31	1.9	31	86	10	84	34	5	6	53	1.50
101951053--101951263	64	3.2	64	62	20	142	30	25	18	26	1.98
101951031--101951305	137	2.0	137	98	0	532	31	24	19	24	1.98
101951553--101951605	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
101952231--101952255	11	2.3	11	100	0	50	16	8	8	68	1.38
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101959943--101960228	137	2.1	136	96	0	527	31	24	18	24	1.97
101960476--101960528	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
101962015--101962125	26	4.3	26	96	0	177	36	23	5	35	1.78
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101973386--101973574	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
101980005--101980188	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
101980045--101980233	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
101985138--101985288	42	3.6	42	96	0	257	29	16	33	21	1.95
101985296--101985365	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
101995676--101995832	73	2.1	74	86	5	212	28	17	19	34	1.95
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101996252--101996566	73	4.2	75	82	8	342	29	15	20	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101996252--101996566	149	2.1	148	81	7	354	29	15	20	34	1.94
101996549--101996582	16	2.1	16	88	0	50	20	8	5	64	1.43
101997195--101997242	25	1.9	25	91	0	78	31	31	8	29	1.87
101997986--101998019	11	3.1	11	88	12	52	0	52	0	47	1.00
101997975--101998019	23	2.0	22	86	4	63	0	57	0	42	0.98
101998932--101999044	11	10.1	11	73	15	72	32	2	9	54	1.47
102002907--102003037	46	2.8	46	84	3	174	32	25	20	21	1.97
102005776--102005834	3	20.0	3	77	10	59	30	1	3	64	1.20
102005763--102005833	12	6.2	11	80	15	65	28	1	2	67	1.13
102005937--102005994	24	2.4	24	88	0	80	39	10	3	46	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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