genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.285.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  285  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88264983--88265246	46	5.6	48	77	11	221	23	30	18	27	1.98
88265071--88265246	94	1.9	92	83	6	230	23	28	19	28	1.98
88264983--88265241	140	1.8	140	85	5	362	23	30	18	27	1.98
88277002--88277137	62	2.2	62	93	2	229	27	20	20	31	1.98
88277118--88277163	21	2.1	23	84	15	62	30	8	8	52	1.62
88277595--88277655	30	2.0	30	100	0	122	31	16	6	45	1.73
88278408--88278445	20	1.9	20	84	10	51	50	21	2	26	1.62
88279423--88279807	190	2.0	190	91	1	628	36	16	20	27	1.94
88281490--88281683	43	4.5	43	85	2	230	26	15	24	33	1.95
88290909--88290945	18	2.0	19	85	15	51	67	2	18	10	1.32
88295068--88295270	101	2.0	101	99	0	397	25	24	20	30	1.99
88302245--88302462	40	5.5	40	91	3	325	27	27	22	23	1.99
88307872--88307942	22	3.4	21	75	17	67	36	4	1	57	1.27
88308193--88308254	3	20.7	3	100	0	124	33	0	0	66	0.92
88308276--88308317	4	10.5	4	85	10	50	76	0	16	7	1.00
88310320--88310465	37	3.9	37	94	0	220	26	29	18	25	1.98
88311659--88312099	47	9.4	47	91	0	702	28	30	8	32	1.87
88311803--88311881	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
88314963--88315539	48	12.0	48	97	0	1010	29	27	7	35	1.83
88318602--88318664	27	2.4	27	97	2	119	50	11	15	22	1.75
88321169--88321369	50	4.0	50	92	3	298	27	10	22	39	1.86
88321931--88321957	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88322631--88322677	23	2.0	23	91	0	76	21	19	21	38	1.94
88327119--88327148	14	2.1	14	93	0	51	30	3	13	53	1.56
88333091--88333120	13	2.3	13	94	0	51	6	23	43	26	1.78
88335436--88335573	68	2.0	68	94	0	240	27	21	6	44	1.76
88346527--88346698	93	1.8	93	88	2	265	27	26	21	25	1.99
88346519--88346695	46	3.8	46	74	5	169	28	25	20	25	1.99
88346570--88346713	46	3.1	45	67	14	105	29	25	20	25	1.99
88352005--88352179	46	3.8	45	75	8	172	28	28	20	22	1.99
88352010--88352199	46	4.1	45	70	14	127	28	27	20	22	1.99
88354113--88354209	43	2.3	43	87	0	131	35	22	14	27	1.93
88356449--88356525	36	2.1	36	82	0	91	32	25	16	24	1.96
88361261--88361339	32	2.5	32	93	0	131	27	27	20	24	1.99
88363971--88364071	27	3.6	28	70	16	91	36	3	19	39	1.71
88363980--88364074	29	3.3	29	69	16	97	37	3	18	40	1.67
88363961--88364078	58	2.0	58	100	0	236	36	3	18	41	1.67
88368726--88368775	26	1.9	26	95	0	91	30	16	14	40	1.87
88369796--88370022	46	4.8	47	74	9	178	29	18	28	22	1.98
88369900--88370069	93	1.8	94	83	6	229	30	20	27	22	1.98
88369800--88370071	47	5.8	47	72	14	181	29	19	28	23	1.98
88373138--88373201	32	2.0	32	96	0	119	29	12	10	46	1.76
88382446--88382577	30	4.5	31	87	7	168	31	13	25	28	1.94
88382446--88382577	59	2.2	59	85	5	169	31	13	25	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88387359--88387525	40	4.2	40	79	5	160	24	27	22	25	2.00
88387359--88387525	80	2.1	79	82	9	198	24	27	22	25	2.00
88388718--88388828	57	2.0	54	83	11	136	27	16	18	37	1.92
88393549--88393680	30	4.5	31	87	7	168	31	13	25	28	1.94
88393549--88393680	59	2.2	59	85	5	169	31	13	25	28	1.94
88399081--88399137	29	2.0	29	96	0	105	17	21	28	33	1.96
88409157--88409182	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
88409181--88409206	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
88411547--88411579	12	2.7	12	95	4	57	36	18	18	27	1.94
88419080--88419267	57	3.3	57	88	0	268	39	4	20	36	1.72
88429027--88429122	49	2.0	49	93	4	167	27	21	18	32	1.97
88433711--88433881	43	4.0	43	76	8	150	31	27	16	23	1.97
88435462--88435569	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
88441139--88441300	29	5.6	29	80	5	150	24	16	33	25	1.95
88449282--88449364	29	2.9	29	94	0	139	27	14	31	26	1.95
88452063--88452236	46	3.8	46	79	13	214	28	29	21	20	1.98
88452071--88452241	92	1.8	93	94	1	308	28	29	21	20	1.98
88452068--88452255	46	4.1	45	75	12	168	29	28	21	20	1.98
88454614--88454691	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
88454612--88454691	30	2.7	30	82	7	99	56	15	17	11	1.67
88457598--88457769	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
88457590--88457765	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88479252--88479287	18	2.0	18	100	0	72	27	5	27	38	1.79
88479657--88479771	29	4.0	29	75	5	108	29	12	30	27	1.93
88481884--88481909	12	2.2	12	100	0	52	23	19	7	50	1.73
88481900--88481971	34	2.1	34	89	5	110	26	22	20	30	1.98
88483762--88483819	27	2.1	28	87	3	82	27	18	25	27	1.98
88497119--88497175	9	5.8	10	76	15	57	36	8	19	35	1.83
88497118--88497192	20	3.8	20	91	6	111	37	9	18	34	1.83
88497137--88497192	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
88497242--88497412	26	6.6	26	87	2	220	26	22	22	28	1.99
88497243--88497412	78	2.2	77	89	4	261	25	22	22	28	1.99
88506471--88506529	30	2.0	30	86	0	82	28	20	6	44	1.77
88510349--88510567	40	5.5	39	83	5	217	23	26	23	26	2.00
88510349--88510568	80	2.7	79	82	2	260	24	25	23	26	2.00
88513111--88513146	18	1.9	19	94	5	65	5	41	0	52	1.24
88524600--88524809	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
88532732--88532941	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
88542651--88542685	18	2.1	17	89	10	54	48	11	14	25	1.77
88544833--88544882	20	2.5	21	83	9	68	38	8	2	52	1.43
88547727--88547762	18	2.1	18	89	5	56	27	16	11	44	1.82
88552090--88552172	28	3.2	28	70	22	99	24	15	31	28	1.96
88552033--88552229	49	4.0	49	82	5	227	25	17	28	27	1.98
88555221--88555285	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88555217--88555285	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
88557415--88557600	49	3.8	49	84	5	205	25	18	27	27	1.98
88560594--88560652	30	2.0	30	90	9	95	10	11	16	61	1.57
88560601--88560661	15	4.1	15	76	17	65	9	13	14	62	1.55
88562786--88562968	48	3.7	48	83	7	208	25	19	27	28	1.98
88565799--88565867	20	3.4	19	75	25	70	27	15	10	46	1.78
88565786--88565847	21	3.0	21	72	27	69	30	14	12	41	1.83
88565786--88565869	41	2.0	41	97	0	159	29	16	11	41	1.84
88567920--88568037	28	4.2	28	97	0	218	34	26	7	31	1.84
88568146--88568235	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
88575696--88575816	28	4.3	28	97	0	224	34	26	7	31	1.84
88575922--88576011	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
88575922--88576036	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
88579068--88579239	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
88579060--88579235	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
88581619--88581707	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
88581619--88581698	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
88581630--88581707	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
88584619--88584790	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
88584611--88584786	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
88592415--88592545	29	4.6	29	84	1	147	24	30	15	29	1.95
88592386--88592544	57	2.8	57	78	0	156	23	32	15	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88593026--88593317	142	2.1	141	98	0	566	39	29	10	20	1.86
88594451--88594576	40	3.2	39	80	6	139	21	26	24	27	1.99
88594390--88594576	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
88598592--88598660	28	2.6	27	93	4	113	27	14	28	28	1.95
88598592--88598672	28	3.0	27	84	10	69	28	16	25	29	1.96
88600451--88600574	43	2.9	43	84	4	178	32	25	15	27	1.95
88603984--88604246	132	2.0	132	95	0	472	35	9	21	33	1.85
88604335--88604456	42	2.8	43	80	6	140	25	19	22	31	1.98
88606961--88607150	56	3.4	55	87	2	265	33	24	14	27	1.94
88607096--88607277	43	4.2	43	86	0	166	32	27	14	24	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425