genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.304.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  304  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94408890--94408947	30	1.9	30	85	0	80	12	27	37	22	1.89
94409619--94409650	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
94421240--94421279	19	2.1	19	85	0	53	62	10	12	15	1.54
94422606--94422646	6	6.5	6	89	10	64	80	2	0	17	0.82
94422583--94422640	20	2.6	22	81	15	66	72	3	0	24	1.00
94422606--94422647	20	2.1	20	90	0	66	80	2	0	16	0.81
94422666--94422758	9	10.3	9	89	0	132	25	9	20	44	1.82
94439569--94439627	30	2.0	30	100	0	118	38	0	13	47	1.43
94451842--94451936	40	2.4	39	82	3	111	11	10	37	40	1.76
94462228--94462371	40	3.6	40	85	7	186	27	28	20	23	1.99
94465512--94465647	26	5.2	26	92	0	227	33	4	25	36	1.76
94467121--94467173	25	2.1	26	82	10	65	37	22	15	24	1.92
94467422--94467695	138	2.0	137	97	2	514	25	18	24	31	1.98
94471457--94471589	26	5.2	26	90	5	209	33	4	25	36	1.76
94471456--94471589	49	2.7	50	94	3	225	32	4	25	37	1.76
94473361--94473635	137	2.0	136	98	0	532	25	19	24	30	1.98
94475581--94475686	45	2.4	45	82	3	115	42	13	17	26	1.86
94479202--94479469	46	6.0	46	87	7	372	38	14	24	23	1.91
94479202--94479469	86	3.0	92	86	7	379	38	14	24	23	1.91
94479205--94479459	132	1.9	133	92	2	433	39	13	24	23	1.90
94484660--94484978	46	7.0	46	93	1	489	37	15	23	22	1.93
94484660--94484978	137	2.3	138	90	2	498	37	15	23	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94487042--94487115	29	2.6	29	86	4	96	27	32	14	25	1.95
94495083--94495156	29	2.6	29	86	4	96	27	32	14	25	1.95
94505075--94505181	26	4.2	26	89	1	171	31	8	25	34	1.86
94507859--94507901	22	2.0	22	81	9	52	20	6	4	67	1.33
94507965--94508067	50	2.1	50	98	0	197	26	22	13	37	1.91
94508015--94508560	295	1.9	294	94	0	966	33	19	10	36	1.86
94516127--94516228	27	3.8	27	89	0	141	19	17	21	41	1.91
94516101--94516225	54	2.3	54	80	2	144	20	20	20	40	1.92
94516156--94516244	27	3.3	27	87	3	90	16	20	23	39	1.92
94516128--94516244	54	2.2	54	80	0	126	18	18	22	40	1.92
94517084--94517162	10	7.7	10	73	16	72	49	15	0	35	1.45
94517079--94517180	21	4.9	21	70	20	79	50	14	0	35	1.44
94517069--94517168	31	3.2	31	98	0	191	50	16	0	34	1.45
94526811--94526956	40	3.7	39	82	1	148	26	27	20	25	1.99
94526843--94526994	40	3.8	40	81	5	146	24	25	21	28	1.99
94534754--94534917	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
94534754--94534951	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
94537630--94537812	40	4.6	40	82	3	181	23	26	22	27	2.00
94540580--94540831	55	4.8	54	78	9	236	36	17	23	21	1.94
94541024--94541054	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
94548544--94548934	192	2.0	192	95	0	710	20	21	30	26	1.98
94549096--94549136	21	2.0	21	85	0	55	26	26	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94549103--94549142	21	1.9	21	84	0	53	25	30	20	25	1.99
94549271--94549347	34	2.3	34	93	0	127	27	16	22	33	1.95
94556537--94556605	29	2.4	29	97	0	129	17	24	21	36	1.95
94556665--94556783	44	2.8	42	79	5	148	36	13	21	28	1.91
94556918--94557000	31	2.6	31	82	3	94	60	18	4	16	1.53
94557235--94557310	21	3.6	21	70	10	66	1	46	19	32	1.59
94557722--94557750	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
94558236--94558279	22	2.0	22	95	0	79	29	4	11	54	1.56
94562748--94562860	9	12.8	9	69	12	56	31	1	21	45	1.62
94562762--94563011	36	7.0	36	70	15	151	34	0	16	49	1.49
94562795--94563011	43	4.9	43	75	9	195	34	0	15	49	1.45
94562865--94562889	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
94562800--94562945	56	2.7	52	77	8	157	34	0	17	47	1.47
94562805--94563011	70	3.0	70	78	10	257	34	0	14	50	1.44
94563595--94563756	88	1.8	88	80	2	191	35	8	14	41	1.76
94565476--94565514	19	2.0	20	90	5	62	51	5	5	38	1.46
94567645--94567680	13	2.7	13	95	4	63	52	5	0	41	1.24
94567832--94568030	7	28.3	7	68	13	79	40	37	1	20	1.62
94567898--94568025	56	2.3	56	82	8	152	40	35	1	22	1.64
94568228--94568339	7	15.7	7	76	7	73	42	35	0	21	1.53
94571310--94571392	20	4.1	20	75	13	62	42	18	24	15	1.89
94572817--94573044	128	1.8	121	86	10	325	42	6	7	44	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94582703--94583054	42	8.4	42	86	0	461	22	18	22	36	1.95
94583078--94583108	16	1.9	16	100	0	62	19	19	9	51	1.74
94583862--94584264	156	2.7	150	84	7	489	42	4	9	43	1.57
94584232--94584293	31	2.0	31	84	3	81	35	4	8	51	1.53
94584834--94584865	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
94587487--94587623	59	2.3	60	82	8	163	26	27	20	26	1.99
94591495--94591628	60	2.2	63	80	9	161	28	26	19	26	1.99
94591650--94591695	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
94591662--94591705	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
94596122--94596155	12	2.8	12	95	0	59	35	11	17	35	1.87
94607187--94607282	45	2.1	45	86	0	138	41	18	21	17	1.90
94609702--94609787	41	2.1	41	83	8	115	37	17	22	23	1.94
94609795--94610008	41	5.2	41	88	0	266	34	23	21	20	1.97
94610103--94610143	14	2.8	15	85	3	57	51	29	0	19	1.47
94610312--94610365	15	3.7	15	76	16	51	22	1	35	40	1.65
94610313--94610367	21	2.6	21	80	8	58	23	1	36	38	1.66
94610530--94610568	14	2.8	14	84	0	51	25	2	28	43	1.68
94610634--94610667	7	4.9	7	100	0	68	14	0	55	29	1.40
94611018--94611057	19	2.1	19	85	0	53	75	2	5	17	1.10
94611738--94611762	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
94613951--94614100	43	3.5	44	78	6	157	30	17	26	25	1.97
94613984--94614110	43	3.0	42	84	3	173	30	17	25	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94613950--94614110	86	1.9	85	85	6	227	29	17	26	26	1.97
94619227--94619273	19	2.4	19	77	22	53	74	4	8	12	1.19
94619469--94619494	11	2.4	11	100	0	52	57	0	7	34	1.27
94619593--94619642	14	3.7	13	82	15	57	66	4	6	24	1.32
94619529--94619651	65	1.9	64	81	1	147	57	4	9	28	1.49
94619635--94619680	19	2.5	19	85	3	58	54	4	15	26	1.59
94619817--94619958	3	47.3	3	75	15	98	59	0	9	30	1.34
94622445--94622477	16	2.1	15	94	5	57	27	0	12	60	1.32
94632223--94632276	21	2.5	20	80	11	54	31	12	1	53	1.50
94634906--94635037	35	3.6	37	67	22	98	28	23	21	27	1.99
94634894--94635183	75	3.9	75	87	1	393	26	23	20	29	1.99
94640440--94640491	3	18.3	3	81	18	67	32	0	1	65	1.04
94640457--94640495	15	2.8	14	88	11	62	35	0	0	64	0.94
94641097--94641136	16	2.4	16	83	4	53	37	2	2	57	1.26
94641287--94641333	19	2.2	21	82	14	53	31	4	10	53	1.55
94641307--94641340	15	2.3	15	89	0	50	32	0	14	52	1.42
94644530--94644585	28	2.0	28	96	0	103	46	14	19	19	1.84
94652335--94652387	25	2.1	25	100	0	106	45	18	20	15	1.85
94653556--94653873	75	4.0	75	73	16	264	29	17	20	32	1.96
94653625--94653791	90	1.9	90	90	0	271	30	16	16	35	1.92
94653556--94653863	165	1.9	164	85	2	429	28	17	20	32	1.96
94654022--94654050	14	2.0	15	93	6	51	20	13	6	58	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94653960--94654167	89	2.3	89	84	6	271	26	15	21	36	1.93
94654140--94654279	75	1.9	75	86	5	203	24	17	23	34	1.96
94654265--94654298	13	2.6	13	90	0	50	20	11	2	64	1.39
94655550--94655580	16	1.9	16	100	0	62	0	54	0	45	0.99
94656031--94656075	3	15.3	3	82	13	58	31	0	2	66	1.04
94656240--94656299	9	5.9	11	72	20	51	35	1	5	58	1.30
94656428--94656479	24	2.1	25	82	3	61	34	5	7	51	1.54
94656685--94656724	16	2.4	16	83	4	53	37	2	2	57	1.26
94656875--94656921	19	2.2	21	82	14	53	31	4	10	53	1.55
94656895--94656928	15	2.3	15	89	0	50	32	0	14	52	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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