genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.269.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  269  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82733167--82733276	55	2.0	55	98	0	211	22	21	33	21	1.97
82735665--82735703	20	2.0	20	84	0	51	33	33	5	28	1.79
82738755--82738815	26	2.3	26	100	0	122	24	26	26	22	2.00
82738805--82738873	24	2.9	23	75	10	68	34	17	23	24	1.96
82738894--82738960	30	2.3	30	89	2	100	28	22	10	38	1.87
82744070--82744286	46	4.6	46	79	7	188	27	19	29	23	1.98
82744070--82744286	94	2.3	94	81	9	239	27	19	29	23	1.98
82746941--82747091	54	2.8	54	92	0	248	31	7	21	40	1.80
82746938--82747098	81	2.0	81	87	0	232	32	8	20	39	1.82
82746938--82747091	27	5.7	27	83	0	209	31	7	20	39	1.81
82746949--82747118	81	2.1	81	78	2	189	33	7	20	38	1.81
82747086--82747326	27	8.9	27	85	7	310	40	9	23	27	1.84
82747085--82747334	54	4.6	54	91	0	401	39	8	23	28	1.84
82747084--82747334	81	3.1	81	84	6	364	39	8	23	28	1.84
82750797--82750947	54	2.8	54	92	0	248	31	7	21	40	1.80
82750796--82750954	81	2.0	81	87	0	228	32	7	20	39	1.81
82750796--82750947	27	5.6	27	84	0	205	31	7	21	40	1.80
82750805--82750974	81	2.1	81	78	2	189	33	7	20	38	1.81
82750942--82751182	27	8.9	27	85	7	310	40	9	23	27	1.84
82750941--82751190	54	4.6	54	91	0	401	39	8	23	28	1.84
82750940--82751190	81	3.1	81	84	6	364	39	8	23	28	1.84
82756590--82756715	50	2.5	50	83	3	157	29	27	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82759801--82759918	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
82759769--82759932	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
82766848--82767054	40	5.2	39	82	2	209	25	26	22	25	2.00
82766848--82767053	80	2.6	80	82	6	231	25	26	22	25	2.00
82773861--82774031	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
82773853--82774033	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
82777621--82777827	40	5.2	39	83	4	211	25	26	21	26	2.00
82777621--82777825	79	2.6	80	83	3	243	24	26	21	26	2.00
82781300--82781496	70	2.8	69	91	3	281	34	17	28	20	1.95
82781366--82781482	40	3.2	40	60	28	94	32	17	29	20	1.96
82781334--82781496	70	2.3	71	98	1	319	35	17	28	18	1.94
82783250--82783305	15	3.7	15	77	17	62	62	12	12	12	1.55
82786808--82786910	29	3.6	28	78	10	109	27	31	18	23	1.97
82794886--82794988	29	3.6	28	78	10	109	27	31	18	23	1.97
82797665--82797794	50	2.6	49	87	3	172	28	28	18	24	1.98
82805338--82805505	40	4.2	40	78	12	166	22	22	27	26	1.99
82805339--82805489	80	1.9	79	87	5	223	23	23	27	25	2.00
82805338--82805505	80	2.1	79	84	4	221	22	22	27	26	1.99
82811266--82811448	40	4.6	40	81	8	196	24	22	28	25	1.99
82811317--82811471	79	2.0	79	83	7	199	25	21	27	25	2.00
82815452--82815481	16	1.9	16	93	6	53	30	33	6	30	1.83
82821228--82821356	39	3.3	38	83	5	177	31	19	26	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82821228--82821382	78	2.0	76	81	7	179	30	20	26	23	1.98
82822438--82822578	27	5.2	27	83	11	182	34	23	24	17	1.96
82822438--82822578	54	2.6	54	93	2	239	34	23	24	17	1.96
82822675--82822750	26	2.8	27	88	4	100	31	13	21	34	1.91
82824191--82824296	26	4.2	26	91	4	180	36	25	5	32	1.79
82824191--82824296	50	2.1	52	92	3	180	36	25	5	32	1.79
82832449--82832616	40	4.2	40	80	12	184	23	22	28	26	1.99
82832449--82832616	80	2.1	79	87	4	239	23	22	28	26	1.99
82840078--82840245	40	4.2	40	84	5	198	23	21	27	27	1.99
82840078--82840245	80	2.1	79	85	4	221	23	21	27	27	1.99
82843365--82843439	39	1.9	39	88	0	114	34	20	22	22	1.96
82844814--82844876	24	2.6	24	97	0	117	34	25	17	22	1.95
82852575--82852637	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
82861498--82861567	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
82873424--82873599	40	4.4	40	85	8	227	26	21	26	25	2.00
82873424--82873597	78	2.2	79	84	7	228	26	21	26	25	2.00
82874378--82874412	18	2.1	16	89	10	52	57	0	14	28	1.38
82876791--82876816	13	2.0	13	100	0	52	7	30	38	23	1.83
82879594--82879764	85	2.0	85	82	0	207	27	14	19	38	1.90
82888804--82888847	20	2.2	20	84	4	54	45	4	43	6	1.51
82891260--82891636	50	7.5	50	75	6	341	30	24	18	26	1.98
82891310--82891491	101	1.8	101	87	0	274	28	24	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82891252--82891641	150	2.6	151	92	0	656	30	24	18	26	1.98
82891998--82892037	19	2.0	20	85	4	55	50	15	0	35	1.44
82897897--82897960	30	2.2	29	97	2	119	34	23	17	25	1.96
82899411--82899505	29	3.3	29	76	2	93	29	30	15	24	1.96
82907331--82907429	25	3.8	26	80	11	123	35	25	9	30	1.87
82907316--82907428	52	2.2	52	91	0	190	35	25	8	30	1.86
82907316--82907429	26	4.4	27	77	11	130	35	25	9	29	1.88
82907531--82907600	28	2.5	28	92	0	113	17	22	22	37	1.94
82908147--82908210	33	1.9	33	100	0	128	46	18	12	21	1.82
82915189--82915250	26	2.3	27	83	10	83	35	27	8	29	1.85
82915352--82915440	27	3.3	26	86	7	115	17	22	21	38	1.94
82918902--82918958	30	1.9	30	96	0	105	35	22	15	26	1.94
82921616--82921907	48	6.1	48	93	0	485	34	5	28	31	1.80
82922037--82922187	37	4.1	37	92	1	198	27	17	29	24	1.98
82923102--82923137	18	2.0	18	100	0	72	33	5	11	50	1.61
82923102--82923146	18	2.5	18	89	7	56	28	4	15	51	1.63
82923488--82923853	40	9.1	40	91	0	579	24	20	28	27	1.99
82923915--82923986	29	2.5	29	90	0	108	23	13	33	29	1.93
82923881--82924009	29	4.5	29	77	8	104	21	16	30	31	1.95
82924892--82924924	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
82927146--82927621	48	10.1	48	93	3	815	34	6	28	31	1.82
82927751--82927901	37	4.1	37	90	1	207	25	18	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82932189--82932717	27	19.6	27	85	3	643	28	22	8	40	1.84
82935939--82936682	372	2.0	372	98	0	1452	43	8	18	29	1.80
82938792--82938995	35	5.6	35	71	13	115	29	18	24	27	1.98
82939888--82939939	22	2.4	22	93	0	86	23	23	32	21	1.98
82946829--82947038	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
82954964--82955173	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
82961912--82962134	40	5.6	39	87	6	238	25	26	21	26	1.99
82961912--82962134	80	2.8	79	83	6	288	25	26	21	26	1.99
82977834--82978008	46	3.8	44	76	17	153	27	19	29	23	1.98
82977933--82978049	46	2.5	46	82	6	130	29	16	27	27	1.97
82984684--82984859	46	3.8	46	73	15	164	30	29	19	19	1.97
82989335--82989372	9	4.2	9	100	0	76	44	0	34	21	1.52
82993272--82993311	16	2.5	16	95	0	71	37	27	17	17	1.92
83001152--83001210	30	1.9	31	86	3	84	27	22	10	40	1.85
83003527--83003789	46	5.6	47	76	12	222	28	18	28	23	1.98
83005449--83005645	39	5.0	39	88	1	243	24	19	31	24	1.98
83005469--83005686	79	2.8	77	79	7	206	24	20	31	23	1.98
83011124--83011462	123	2.8	123	96	0	606	30	10	25	33	1.90
83011431--83011653	40	5.6	40	86	3	279	26	20	25	27	1.99
83014332--83014495	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
83017082--83017178	28	3.5	28	94	1	169	44	25	10	19	1.82
83023454--83023491	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83025118--83025214	28	3.5	28	97	1	178	44	26	10	18	1.82
83031065--83031402	123	2.8	123	95	0	588	30	10	24	34	1.89
83031374--83031614	40	6.0	40	88	1	295	24	20	26	27	1.99
83037439--83037469	14	2.2	14	100	0	62	51	19	6	22	1.69
83041191--83041327	42	3.2	44	77	7	129	25	14	27	32	1.95
83051795--83051851	27	2.1	27	83	3	71	36	17	24	21	1.94
83052604--83052721	54	2.2	54	84	0	155	26	19	17	36	1.94
83052603--83052721	27	4.4	27	83	0	130	26	19	18	36	1.94
83058545--83058604	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
83058643--83058694	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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