genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  224  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67912467--67912645	49	3.7	49	79	3	166	22	28	21	27	1.99
67912663--67912877	46	4.6	48	77	6	201	21	28	20	28	1.98
67912663--67912877	94	2.3	93	84	6	265	21	28	20	28	1.98
67918092--67918132	19	2.1	20	78	17	50	41	19	0	39	1.52
67918844--67918891	21	2.2	22	82	14	55	41	0	8	50	1.33
67925327--67925426	51	2.0	51	80	4	112	38	9	25	28	1.86
67927279--67927381	33	3.2	33	97	1	190	32	6	24	36	1.82
67928364--67928441	40	1.9	41	89	2	122	28	20	21	29	1.98
67929097--67929158	22	2.9	22	83	11	67	48	22	0	29	1.51
67929533--67929635	41	2.5	42	83	3	127	22	0	33	42	1.60
67929533--67929685	7	21.9	7	68	12	66	20	1	34	43	1.60
67929571--67929696	49	2.6	49	87	6	168	18	1	35	44	1.59
67929663--67929693	15	2.1	15	93	0	53	12	0	45	41	1.42
67930025--67930204	84	2.1	84	88	2	272	32	16	22	28	1.95
67933597--67933672	9	8.1	9	77	8	71	48	19	0	31	1.49
67933614--67933672	21	3.0	21	82	7	70	47	22	0	30	1.51
67937556--67937779	40	5.6	40	87	3	306	24	23	26	25	2.00
67937560--67937779	83	2.7	80	88	5	302	23	24	27	25	2.00
67945776--67946038	40	6.6	40	89	3	377	24	23	26	25	2.00
67945780--67946038	122	2.2	120	90	3	396	23	23	27	25	2.00
67951194--67951279	44	2.0	44	95	2	156	26	24	19	29	1.99
67953077--67953229	77	2.0	77	94	0	270	22	11	19	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67955676--67955817	61	2.4	57	83	5	176	52	4	0	42	1.26
67958296--67958420	67	1.9	66	81	5	153	32	15	30	22	1.94
67964132--67964365	38	6.2	38	84	0	297	16	15	23	44	1.86
67964132--67964341	114	1.8	114	91	2	350	16	15	23	44	1.85
67968457--67968651	103	1.9	103	90	0	309	28	28	21	21	1.99
67969961--67969998	20	1.9	20	94	0	67	34	31	15	18	1.92
67973111--67973258	48	3.1	48	89	0	224	25	22	24	28	1.99
67975501--67975609	40	2.7	41	76	9	116	22	18	26	32	1.97
67981865--67981921	25	2.3	24	80	14	62	73	1	17	7	1.14
67983094--67983158	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
67989730--67989776	23	2.1	22	88	7	69	76	2	17	4	1.04
67989742--67989787	19	2.4	19	81	0	56	78	2	17	2	0.96
67990917--67990971	28	2.0	28	100	0	110	29	14	29	27	1.95
67990920--67990982	28	2.2	28	91	2	99	30	17	28	23	1.97
67997562--67997623	25	2.5	24	80	10	72	74	1	17	6	1.11
67998788--67998852	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
68006682--68006746	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
68008244--68008344	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
68008273--68008344	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
68010227--68010433	40	5.2	40	84	1	218	25	22	26	25	2.00
68010228--68010433	79	2.6	77	83	5	241	25	22	26	25	2.00
68018223--68018429	40	5.2	40	84	1	218	25	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68018224--68018429	79	2.6	77	83	5	241	25	22	26	25	2.00
68026751--68026819	18	3.8	18	92	0	111	17	26	37	18	1.93
68029218--68029352	65	2.1	65	91	0	216	22	23	28	25	2.00
68029344--68029412	30	2.3	30	89	0	111	23	37	26	13	1.91
68032501--68032569	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
68036768--68036836	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
68038894--68038953	29	2.1	29	84	3	77	43	1	25	30	1.64
68041715--68041776	31	2.0	31	93	0	106	38	6	16	38	1.74
68042625--68042686	31	2.0	31	93	6	108	38	14	4	41	1.67
68044625--68044729	43	2.4	44	80	3	115	32	23	14	29	1.94
68046020--68046071	26	2.0	26	92	0	86	36	1	21	40	1.64
68055203--68055357	42	3.7	42	81	6	170	30	15	25	28	1.96
68059607--68059644	20	1.9	20	88	0	58	81	5	0	13	0.85
68060288--68060677	130	3.0	131	81	5	434	35	17	18	27	1.94
68071409--68071764	130	2.7	130	84	4	461	35	20	18	25	1.96
68074845--68075104	132	2.0	132	94	1	459	28	25	19	26	1.99
68086251--68086627	130	2.9	131	84	4	467	33	20	19	25	1.97
68089291--68089321	16	1.9	16	93	0	53	9	0	9	80	0.90
68091600--68091631	15	2.1	15	94	0	55	31	34	21	12	1.91
68092682--68092741	30	2.0	30	86	0	84	40	6	25	28	1.80
68100190--68100301	55	2.0	55	100	0	224	16	10	19	53	1.71
68100668--68100716	24	2.0	24	100	0	98	26	32	4	36	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68103707--68103782	21	3.6	21	80	0	80	38	19	3	38	1.71
68112827--68112902	24	3.2	24	67	14	68	15	3	31	48	1.64
68112828--68112920	46	2.0	46	97	0	177	12	4	31	51	1.59
68112838--68112913	24	3.2	24	67	14	68	11	3	30	53	1.55
68117698--68117724	10	2.7	10	100	0	54	51	14	11	22	1.73
68118081--68118153	36	2.0	36	100	0	146	49	13	8	28	1.71
68118492--68118547	26	2.2	26	87	6	78	8	8	10	71	1.31
68123643--68123715	35	2.1	35	97	0	137	41	17	5	35	1.73
68127268--68127330	29	2.1	30	85	8	85	60	0	0	39	0.97
68127274--68127338	27	2.3	28	84	5	78	60	0	1	38	1.07
68127283--68127355	28	2.7	27	81	10	78	61	0	1	36	1.05
68127297--68127359	18	3.5	18	78	6	74	58	0	1	39	1.07
68127432--68127485	20	2.8	18	78	13	63	33	3	3	59	1.33
68129705--68129794	37	2.4	37	85	5	110	28	7	20	43	1.79
68137318--68137447	40	3.2	40	83	4	165	23	29	24	22	1.99
68138937--68139041	52	2.0	52	100	0	210	27	26	17	28	1.97
68148099--68148246	44	3.5	42	72	16	126	31	25	18	24	1.97
68148090--68148253	43	3.8	43	73	13	124	32	26	18	23	1.97
68152335--68152394	30	2.0	30	87	6	86	40	6	25	28	1.80
68154664--68154707	14	2.7	18	73	26	60	45	4	18	31	1.69
68156861--68156944	31	2.7	31	94	1	143	27	23	17	30	1.97
68157163--68157260	25	3.8	26	85	6	128	26	22	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68158062--68158153	27	3.4	27	83	8	107	19	25	19	35	1.95
68158184--68158422	54	4.4	54	75	5	158	30	10	20	39	1.86
68158298--68158449	80	1.9	80	84	0	205	28	7	21	42	1.81
68158298--68158449	53	2.8	53	81	2	169	28	7	21	42	1.81
68158213--68158616	27	14.9	27	78	7	165	32	9	21	37	1.85
68158415--68158571	54	2.9	54	87	1	208	37	8	22	31	1.85
68158400--68158609	81	2.6	80	75	3	231	34	8	22	34	1.85
68166873--68167002	40	3.3	39	86	4	181	22	23	29	24	1.99
68172518--68172647	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
68180502--68180631	40	3.3	39	86	4	181	22	23	29	24	1.99
68183279--68183353	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
68190474--68190543	21	3.2	21	64	25	54	24	10	24	41	1.85
68192179--68192216	20	2.0	19	85	10	51	21	36	28	13	1.91
68193522--68193550	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
68201617--68201645	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
68206732--68206977	40	6.2	39	80	7	212	23	21	28	26	1.99
68206731--68206954	119	1.9	120	84	2	308	23	21	28	26	1.99
68206732--68206977	79	3.1	78	80	4	262	23	21	28	26	1.99
68214851--68215097	40	6.2	40	79	12	244	23	23	28	25	1.99
68214851--68215074	119	1.9	120	85	2	317	22	23	28	25	1.99
68214891--68215097	79	2.6	79	86	3	274	23	23	28	25	2.00
68216622--68216737	44	2.5	46	82	6	139	22	30	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68216571--68216743	47	3.7	46	75	11	165	20	29	21	28	1.98
68224173--68224340	46	3.7	46	72	10	123	23	29	20	26	1.98
68224173--68224296	47	2.8	44	77	7	124	20	32	20	25	1.98
68228503--68228578	21	3.5	21	66	16	55	22	13	26	38	1.91
68228507--68228594	45	2.0	45	95	0	158	22	12	26	38	1.90
68232680--68232712	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
68238393--68238433	9	4.6	9	82	17	50	29	0	0	70	0.87
68238558--68238734	80	2.3	75	83	12	230	38	7	2	51	1.45
68242381--68242487	51	2.1	52	98	1	207	40	9	18	31	1.83
68242482--68242537	4	15.0	4	75	14	57	55	0	0	44	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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