genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  230  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70052442--70052663	74	2.8	79	87	8	310	33	34	23	9	1.86
70052518--70052663	43	3.4	43	94	0	256	32	34	23	9	1.87
70052656--70052760	38	2.8	38	88	0	138	29	27	20	21	1.98
70055637--70055738	44	2.3	45	86	3	134	30	22	12	34	1.92
70055656--70055744	46	2.0	44	88	4	133	29	25	12	32	1.92
70058374--70058552	40	4.4	40	76	4	164	26	24	24	24	2.00
70058374--70058552	80	2.2	81	82	3	209	26	24	24	24	2.00
70064931--70065169	43	5.6	43	89	0	370	32	31	23	12	1.91
70065162--70065285	38	3.2	38	87	2	149	27	25	23	23	2.00
70070982--70071047	24	2.7	24	83	2	78	27	18	21	33	1.96
70074636--70074727	45	2.0	45	100	0	184	29	33	8	28	1.87
70076390--70076597	53	3.9	53	77	2	220	20	24	16	38	1.93
70084850--70085006	68	2.3	68	83	3	192	41	17	14	26	1.88
70086539--70086732	55	3.6	53	76	2	181	19	23	19	38	1.94
70088423--70088539	44	2.7	43	85	4	135	35	29	14	19	1.92
70091088--70091150	15	4.1	15	81	2	72	30	17	11	41	1.84
70092500--70092653	35	4.4	35	83	6	163	38	17	17	26	1.92
70092499--70092660	70	2.3	69	82	7	202	38	17	17	26	1.92
70094733--70094767	16	2.2	16	100	0	70	22	0	25	51	1.48
70099632--70099726	20	4.8	20	77	5	86	9	30	23	36	1.86
70099635--70099726	40	2.3	40	80	14	109	9	31	23	34	1.88
70101459--70101507	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70102330--70102496	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
70109443--70109491	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
70112301--70112401	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
70120219--70120319	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
70128930--70128995	34	1.9	34	87	0	96	28	25	22	22	1.99
70147669--70147701	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
70156132--70156182	11	4.5	11	83	11	59	17	5	0	76	0.98
70156141--70156204	6	11.0	6	85	6	69	15	6	1	76	1.06
70156132--70156204	23	3.2	22	79	12	76	16	5	1	76	1.04
70156132--70156219	34	2.6	33	80	10	81	18	5	1	75	1.07
70159622--70159733	45	2.5	45	86	0	152	21	17	27	33	1.96
70164089--70164258	92	1.8	94	82	9	224	25	31	17	26	1.97
70167337--70167504	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
70173055--70173104	24	2.1	24	100	0	100	60	4	12	24	1.49
70174394--70174537	55	2.6	55	82	2	173	13	27	31	27	1.94
70180643--70180683	9	4.7	9	90	3	66	21	24	12	41	1.87
70183774--70183876	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
70188852--70189003	40	3.8	40	77	8	132	23	23	28	25	1.99
70189323--70189365	18	2.4	18	96	0	77	39	18	6	34	1.78
70195136--70195326	43	4.4	45	72	7	135	38	20	21	19	1.94
70195179--70195277	43	2.3	43	89	0	144	38	23	23	15	1.92
70195399--70195503	45	2.4	44	84	6	133	36	20	22	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70195266--70195691	178	2.4	179	90	3	671	34	22	21	21	1.96
70195570--70195682	43	2.6	43	80	2	136	33	23	22	20	1.97
70195570--70195862	44	6.6	45	67	8	154	34	22	22	20	1.97
70195622--70195912	88	3.3	87	78	3	314	33	21	24	20	1.97
70195967--70196073	44	2.4	44	82	3	126	28	18	19	32	1.96
70196835--70196878	20	2.2	20	96	4	81	68	0	22	9	1.18
70197253--70197277	13	1.9	13	100	0	50	32	20	0	48	1.50
70213137--70213171	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
70215907--70216123	40	5.5	40	86	2	278	24	27	23	23	2.00
70223988--70224164	40	4.5	40	90	2	252	24	28	23	23	1.99
70226149--70226271	37	3.3	37	95	0	219	22	32	20	24	1.98
70226316--70227081	48	16.0	48	93	0	1302	31	26	6	36	1.81
70233812--70233940	50	2.5	51	87	5	181	36	17	21	24	1.94
70233916--70234126	31	6.8	31	89	4	309	27	19	25	26	1.99
70234158--70234283	47	2.7	48	82	9	161	28	15	25	30	1.96
70234252--70234366	42	2.7	43	86	4	162	31	13	26	27	1.94
70238689--70238817	50	2.5	51	87	5	181	36	16	21	25	1.94
70238793--70239003	31	6.8	31	92	2	316	27	18	27	26	1.98
70239028--70239153	47	2.7	48	84	9	170	28	15	26	29	1.96
70239110--70239218	41	2.6	41	85	7	141	30	13	25	30	1.94
70240350--70240417	34	2.0	34	100	0	136	35	5	29	29	1.81
70244078--70244187	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70244078--70244227	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
70252133--70252242	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
70252133--70252282	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
70260061--70260168	56	1.9	56	81	3	128	33	24	15	26	1.95
70263385--70263410	12	2.2	12	100	0	52	50	23	0	26	1.50
70264000--70264097	27	3.6	27	82	5	110	25	13	20	40	1.88
70264000--70264108	54	2.0	54	82	7	132	24	15	20	39	1.91
70267539--70267642	27	3.9	27	86	5	147	27	13	15	43	1.84
70267530--70267651	54	2.2	54	80	9	140	27	13	14	43	1.84
70267933--70268024	18	5.2	18	85	3	107	21	22	13	42	1.87
70267937--70268024	35	2.5	36	83	5	126	21	22	12	43	1.86
70270967--70271065	27	3.7	27	83	5	128	30	8	20	41	1.81
70270967--70271070	54	1.9	54	88	0	154	28	9	19	42	1.82
70270958--70271091	27	5.0	26	71	12	83	27	10	18	43	1.83
70270958--70271091	54	2.5	54	80	6	153	27	10	18	43	1.83
70273538--70273585	23	2.1	23	88	0	69	18	29	8	43	1.79
70276189--70276319	65	2.0	65	92	2	219	44	16	9	29	1.79
70280296--70280482	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
70280319--70280482	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
70280319--70280516	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
70283147--70283398	86	2.9	86	97	0	468	41	11	11	34	1.78
70286365--70286548	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70286405--70286593	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
70296366--70296414	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
70297235--70297401	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
70299897--70299970	29	2.6	29	89	4	105	27	16	31	25	1.96
70300007--70300037	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
70301601--70301785	40	4.6	40	89	1	255	30	25	20	23	1.98
70303123--70303148	13	2.0	13	100	0	52	0	15	0	84	0.62
70304840--70305015	46	3.8	46	80	10	214	20	20	30	28	1.98
70304836--70305008	93	1.9	93	96	0	319	20	20	30	27	1.98
70310156--70310331	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
70310152--70310323	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
70316536--70316665	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
70318905--70319080	46	3.8	45	80	10	203	21	20	29	28	1.98
70318901--70319072	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	27	1.98
70330305--70330353	21	2.3	21	96	0	89	22	16	34	26	1.95
70335877--70335969	43	2.2	43	84	3	116	32	26	17	23	1.96
70339669--70339711	20	2.2	20	100	0	86	25	18	30	25	1.98
70340235--70340436	25	8.0	25	70	11	117	39	24	15	20	1.91
70340248--70340439	50	3.8	50	88	0	267	39	25	15	20	1.91
70340527--70340645	41	2.9	41	89	0	175	29	29	20	21	1.98
70340885--70341255	27	13.7	27	77	5	248	30	9	19	40	1.84
70340914--70341230	54	5.9	54	77	7	286	29	9	19	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70341197--70341255	26	2.2	27	85	8	77	35	11	15	37	1.84
70341244--70341319	27	2.8	27	89	0	116	28	25	15	30	1.96
70348898--70348984	13	6.6	13	74	12	54	42	3	24	29	1.71
70352689--70352750	27	2.3	27	83	5	72	35	22	17	24	1.95
70352996--70353046	22	2.3	22	93	0	84	9	27	27	35	1.88
70361212--70361396	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
70361205--70361396	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
70364442--70364540	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
70372410--70372508	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
70375793--70375819	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425