genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  200  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60902458--60902526	25	2.7	25	80	10	77	66	8	8	15	1.43
60905823--60905864	16	2.4	18	84	7	52	66	4	4	23	1.30
60909708--60909763	28	2.0	28	100	0	112	25	21	21	32	1.98
60913962--60914000	19	2.1	18	95	4	69	38	2	15	43	1.60
60917483--60917650	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
60925549--60925752	40	5.1	40	86	3	241	24	22	27	25	1.99
60928608--60928653	23	2.1	21	84	8	56	26	4	4	65	1.30
60931971--60932098	64	2.0	64	100	0	256	29	23	7	39	1.83
60940471--60940512	20	2.1	20	86	0	57	52	0	2	45	1.13
60940755--60940803	14	3.2	14	80	13	53	51	0	2	46	1.12
60940459--60941032	291	2.0	291	96	1	1062	38	10	9	40	1.74
60943810--60943840	16	1.9	16	93	0	53	48	9	6	35	1.62
60947895--60948211	93	3.3	95	85	6	365	26	28	17	27	1.98
60947882--60948204	48	6.8	48	72	10	250	25	28	18	27	1.98
60947882--60948207	96	3.4	97	85	7	416	25	28	18	27	1.98
60955099--60955137	20	2.1	19	85	9	53	41	5	5	48	1.47
60959836--60959881	23	2.0	23	95	0	83	41	17	15	26	1.88
60971639--60971788	39	3.8	39	89	1	203	21	28	25	25	1.99
60973298--60973483	40	4.7	40	86	5	227	25	26	22	25	2.00
60981320--60981500	40	4.6	39	82	10	190	24	27	22	25	2.00
60981317--60981500	80	2.3	80	81	10	218	25	27	21	25	2.00
60990328--60990370	22	2.0	22	85	0	59	55	11	4	27	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60990512--60990571	25	2.4	25	100	0	120	28	13	11	46	1.78
60992433--60992596	40	4.1	40	82	6	188	25	20	28	26	1.99
60992433--60992610	80	2.2	80	83	4	209	25	20	27	25	1.99
61000558--61000721	40	4.1	40	82	6	188	25	20	28	26	1.99
61000558--61000735	80	2.2	80	83	4	209	25	20	27	25	1.99
61009208--61009245	11	3.6	11	79	13	53	34	7	18	39	1.80
61009295--61009389	24	4.0	24	91	6	149	29	21	22	27	1.99
61009295--61009389	47	2.0	48	89	8	149	29	21	22	27	1.99
61017125--61017172	25	2.0	24	83	4	60	37	22	14	25	1.92
61017209--61017274	20	3.3	20	93	4	107	34	12	19	33	1.89
61017220--61017274	11	5.4	11	70	16	55	34	12	20	32	1.90
61017324--61017418	24	4.0	24	89	6	131	29	18	22	29	1.98
61017324--61017404	24	3.4	24	94	3	137	30	17	22	29	1.96
61018321--61018364	23	1.9	23	100	0	88	15	27	31	25	1.96
61018384--61018436	9	5.4	9	75	16	52	33	7	20	37	1.81
61018378--61018444	20	3.3	20	91	0	107	34	10	20	34	1.87
61018495--61018542	22	2.1	23	96	3	89	31	18	20	29	1.97
61018494--61018563	23	3.0	24	83	14	92	30	20	22	27	1.98
61026592--61026647	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
61026581--61026647	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
61026697--61026840	24	6.0	24	92	2	227	29	20	21	28	1.98
61030270--61030417	40	3.7	40	88	5	158	24	24	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61032301--61032456	40	3.9	40	85	6	226	23	28	23	25	2.00
61040285--61040478	40	4.9	40	85	7	254	25	27	22	24	2.00
61044024--61044231	48	4.4	48	75	10	187	26	18	24	30	1.98
61044226--61044260	17	2.1	17	100	0	70	28	17	25	28	1.97
61045646--61045685	22	1.9	22	85	10	57	32	17	2	47	1.61
61049564--61049728	46	3.6	46	82	6	165	23	30	20	25	1.98
61049411--61049728	48	6.8	47	73	12	217	23	29	20	27	1.99
61054727--61054836	33	3.3	33	88	0	166	23	21	26	28	1.99
61055100--61055142	18	2.4	18	76	3	52	39	13	18	27	1.89
61062485--61062535	21	2.3	23	86	6	70	7	5	52	33	1.54
61065065--61065107	21	2.0	21	82	8	52	37	0	6	55	1.27
61070019--61070191	45	3.8	46	77	17	189	21	21	28	28	1.98
61070019--61070188	93	1.8	92	93	3	297	21	21	29	28	1.98
61078249--61078318	27	2.5	28	93	2	115	30	28	14	27	1.95
61086143--61086306	40	4.1	40	82	4	179	25	28	21	25	1.99
61086143--61086306	80	2.0	80	83	2	204	25	28	21	25	1.99
61088573--61088651	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
61088523--61088972	49	9.3	49	93	2	705	29	30	8	31	1.87
61091332--61091445	27	4.2	27	78	6	115	36	21	21	21	1.95
61091550--61091613	28	2.3	28	91	2	103	26	7	28	37	1.84
61096802--61096852	8	6.4	8	75	8	50	50	17	21	9	1.74
61096806--61096852	16	2.9	16	87	0	67	46	19	23	10	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61097064--61097209	29	5.1	29	82	4	120	29	10	32	27	1.91
61101516--61101591	24	3.2	23	71	22	68	36	18	22	22	1.95
61101522--61101590	23	2.9	23	79	12	86	36	18	23	21	1.95
61101754--61101804	25	2.0	25	96	0	93	43	11	11	33	1.78
61110248--61110491	40	6.1	40	90	1	339	27	28	21	22	1.99
61118222--61118476	40	6.5	40	89	4	351	26	28	23	22	1.99
61122933--61122957	12	2.1	12	100	0	50	52	24	0	24	1.48
61135639--61135741	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
61139823--61140042	40	5.5	40	87	1	280	25	21	25	26	2.00
61139823--61140042	120	1.8	121	86	1	316	25	21	25	26	2.00
61139823--61140082	80	3.2	80	82	5	206	26	21	25	26	2.00
61139823--61140082	120	2.2	121	82	2	301	26	21	25	26	2.00
61147918--61148090	40	4.3	40	80	2	161	25	21	26	26	2.00
61147918--61148090	79	2.2	80	84	3	224	25	21	26	26	2.00
61150531--61150706	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
61150527--61150698	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
61153662--61153730	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
61153653--61153740	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
61156124--61156299	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
61156120--61156291	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
61157868--61158036	46	3.7	46	83	1	196	28	23	17	30	1.97
61157868--61158036	92	1.8	92	84	0	230	28	23	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61159623--61159661	13	3.2	13	82	14	55	23	0	2	74	0.94
61159632--61159658	11	2.5	11	100	0	54	22	0	0	77	0.76
61161039--61161078	19	2.2	19	86	4	55	17	0	12	70	1.18
61168218--61168278	28	2.1	29	85	8	81	55	0	1	42	1.09
61168345--61168406	20	3.1	20	74	6	63	59	0	8	32	1.26
61168624--61168705	20	4.3	20	73	11	66	29	1	1	68	1.05
61169906--61169951	13	3.5	13	100	0	92	6	21	47	23	1.74
61170925--61170964	13	3.0	13	85	3	53	37	12	12	37	1.81
61170985--61171207	90	2.5	89	80	8	231	37	9	17	35	1.83
61171701--61171747	17	2.7	18	78	15	62	38	0	0	61	0.96
61171714--61171754	20	2.1	20	86	13	59	41	2	0	56	1.13
61178635--61179191	138	4.0	138	89	2	839	40	8	5	45	1.59
61178635--61179191	277	2.0	276	90	1	882	40	8	5	45	1.59
61183761--61183826	32	2.1	32	100	0	132	33	21	9	36	1.85
61186017--61186117	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
61186134--61186206	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
61193936--61194035	28	3.5	28	86	6	112	30	26	14	30	1.94
61194052--61194124	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
61197513--61197591	28	2.8	28	86	0	122	31	11	26	30	1.91
61203503--61203537	16	2.3	15	90	5	52	28	5	2	62	1.32
61212235--61212281	18	2.6	18	76	6	51	19	8	0	72	1.10
61216940--61217125	40	4.7	40	87	5	218	26	26	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61219068--61219145	39	2.0	39	97	0	147	32	10	21	35	1.87
61220615--61220718	28	3.7	28	83	2	111	31	13	26	27	1.94
61225337--61225520	67	2.8	64	76	8	176	29	16	29	23	1.96
61228703--61228752	19	2.7	19	80	14	52	70	0	24	6	1.10
61228719--61228766	20	2.4	21	82	10	64	62	0	29	8	1.24
61228726--61228772	19	2.5	20	86	6	62	61	0	29	8	1.25
61235041--61235156	40	2.9	39	82	6	108	28	18	5	48	1.69
61235128--61235177	26	1.9	26	91	0	82	38	26	0	36	1.57
61235126--61235173	13	3.7	13	74	0	51	41	25	0	33	1.55
61247420--61247464	15	3.0	15	90	0	72	13	17	13	55	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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