Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  13  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3629507--3629616
26
4.2
26
94
2
177
34
4
24
36
1.76
3631400--3631685
137
2.1
136
94
3
511
24
18
25
31
1.98
3634348--3634377
14
2.1
14
100
0
60
43
16
13
26
1.85
3637091--3637119
5
6.0
5
92
8
51
20
0
0
79
0.74
3641449--3641480
5
6.6
5
92
7
57
18
0
0
81
0.70
3641449--3641479
9
3.3
9
91
8
53
19
0
0
80
0.71
3642608--3642635
14
2.0
14
100
0
56
35
28
21
14
1.92
3648807--3648849
19
2.4
19
88
7
63
37
13
11
37
1.82
3648815--3648851
19
1.9
19
100
0
74
37
10
16
35
1.83
3648815--3648874
19
2.8
22
85
9
72
36
8
16
38
1.79
3649854--3649905
21
2.4
21
87
9
70
63
3
5
26
1.34
3663493--3663546
23
2.4
22
84
9
65
61
7
5
25
1.45
3663542--3663570
2
14.5
2
100
0
58
51
0
0
48
1.00
3677256--3677844
219
2.7
220
90
0
928
32
18
21
27
1.97
3677812--3678157
78
4.4
78
88
4
536
32
19
23
23
1.97
3677786--3678157
156
2.4
156
93
1
622
31
19
23
24
1.98
3677640--3678504
443
2.0
442
89
2
1333
32
18
23
25
1.97
3677864--3678639
365
2.1
368
86
2
1069
32
18
23
25
1.97
3678229--3678523
78
3.8
78
85
4
398
32
18
22
26
1.97
3678463--3678736
45
6.1
45
78
8
279
31
15
27
25
1.96
3678554--3678722
89
1.9
89
92
0
284
30
14
28
26
1.95
3678463--3678736
134
2.0
135
83
6
349
31
15
27
25
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3678929--3678967
21
1.9
20
89
5
60
74
12
2
10
1.17
3679078--3679155
36
2.2
35
84
11
104
37
11
12
38
1.80
3679085--3679167
19
4.6
20
69
30
62
39
8
15
36
1.78
3679086--3679158
19
3.9
19
85
7
114
38
9
15
36
1.80
3679447--3679482
19
2.0
17
89
10
54
33
0
0
66
0.92
3682256--3682290
16
2.2
16
90
5
54
45
0
2
51
1.16
3682398--3682437
2
20.0
2
100
0
80
50
0
0
50
1.00
3683154--3683186
2
16.5
2
100
0
66
51
0
0
48
1.00
3683585--3683611
6
4.5
6
100
0
54
18
18
14
48
1.82
3683843--3683908
18
3.6
19
79
6
82
34
7
10
46
1.67
3685780--3685852
36
2.0
36
100
0
146
45
10
13
30
1.78
3686680--3686815
26
5.2
26
97
0
236
33
5
24
36
1.78
3688599--3688886
138
2.1
137
96
0
522
24
18
25
31
1.97
3701188--3701220
17
2.0
17
94
5
59
36
15
0
48
1.45
3701501--3701960
46
9.9
45
82
6
479
21
22
14
41
1.89
3701506--3701960
92
4.9
92
85
5
547
21
22
14
41
1.89
3701501--3701965
192
2.5
184
82
6
555
21
22
13
41
1.89
3701758--3701955
100
2.0
100
92
0
333
22
22
13
41
1.89
3704297--3704364
29
2.3
29
82
5
73
29
16
4
50
1.64
3704692--3704792
39
2.6
39
87
0
139
13
24
22
38
1.91
3705812--3705846
18
1.9
18
94
0
61
68
5
17
8
1.35
3705819--3705873
27
1.9
30
82
10
71
70
5
20
3
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3707396--3707483
21
4.1
21
85
5
104
17
22
25
35
1.95
3707409--3707483
21
3.5
21
90
3
105
14
22
26
36
1.93
3708616--3708649
13
2.5
14
85
9
52
76
0
0
23
0.79
3709065--3709153
45
2.0
45
100
0
178
39
17
15
26
1.90
3727343--3727408
6
11.0
6
90
6
98
19
1
0
78
0.82
3728791--3729017
112
2.0
112
99
0
445
32
14
19
33
1.92
3733406--3733432
14
1.9
14
100
0
54
59
11
7
22
1.56
3736418--3736518
39
2.6
39
90
0
157
11
24
24
38
1.89
3736436--3736500
21
3.2
20
69
20
55
10
23
23
43
1.85
3739697--3739806
26
4.2
26
94
0
193
33
4
25
36
1.76
3743389--3743428
14
2.9
14
80
0
53
27
10
30
32
1.89
3744454--3744496
19
2.4
17
84
11
50
74
11
0
13
1.07
3749056--3749165
26
4.2
26
95
0
175
34
5
23
36
1.78
3754796--3754904
26
4.2
26
94
2
175
34
5
22
36
1.78
3754796--3754904
51
2.1
52
91
1
175
34
5
22
36
1.78
3756384--3756436
26
2.0
25
82
13
63
39
22
11
26
1.88
3762873--3762947
27
2.7
27
91
6
114
46
0
1
52
1.09
3771098--3771122
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
3772070--3772109
19
2.1
19
100
0
80
40
5
5
50
1.46
3774774--3774824
23
2.2
24
82
6
61
25
1
3
68
1.17
3775400--3775448
21
2.2
24
79
17
61
36
0
2
61
1.08
3782784--3782954
93
1.8
93
93
0
297
28
28
22
21
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3782776--3782951
46
3.8
45
79
12
205
28
27
21
21
1.99
3783376--3783435
30
2.0
30
90
0
93
30
25
8
36
1.85
3785478--3785536
30
2.0
29
96
3
109
25
16
23
33
1.96
3792859--3792926
30
2.3
29
92
2
109
25
17
23
33
1.96
3796036--3796089
20
2.7
20
75
11
56
46
1
0
51
1.11
3796052--3796096
21
2.2
20
84
4
54
48
0
0
51
1.00
3796865--3796918
21
2.7
20
77
11
56
68
7
1
22
1.24
3799619--3799654
19
1.9
18
88
5
54
27
0
0
72
0.85
3799806--3799846
21
1.9
22
90
5
66
24
36
17
21
1.94
3799870--3799902
8
4.2
8
96
3
59
45
0
0
54
0.99
3800410--3800486
40
1.9
40
91
0
127
35
3
23
37
1.73
3807366--3807441
39
1.9
40
94
2
136
34
3
23
38
1.74
3813428--3813795
73
5.0
73
88
3
526
28
17
20
33
1.95
3813428--3813795
147
2.5
146
90
3
571
28
17
20
33
1.95
3813775--3813803
14
2.1
14
100
0
58
13
13
6
65
1.45
3813812--3814035
74
3.0
72
88
3
322
27
16
21
33
1.96
3813812--3814035
73
3.0
73
89
1
331
27
16
21
33
1.96
3814015--3814043
14
2.1
14
100
0
58
13
13
6
65
1.45
3813886--3814202
169
1.9
167
89
1
492
29
16
21
32
1.95
3813572--3814517
240
3.9
240
87
8
1263
28
16
21
33
1.95
3813811--3814555
315
2.4
314
94
1
1294
28
16
21
33
1.95
3814054--3814313
73
3.5
73
94
0
439
29
16
23
30
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3814349--3814588
76
3.2
74
83
7
288
28
16
20
35
1.94
3814128--3814602
242
2.0
238
92
1
797
27
16
21
34
1.95
3815368--3815541
30
5.8
30
91
1
278
25
48
3
22
1.66
3815368--3815541
59
2.9
59
95
1
303
25
48
3
22
1.66
3816112--3816170
25
2.4
25
82
0
73
35
3
1
59
1.24
3816208--3816256
25
2.0
25
87
0
71
34
10
6
48
1.62
3816413--3816460
16
3.1
15
90
6
69
31
2
2
64
1.16
3816413--3816464
8
6.5
8
82
8
61
30
1
1
65
1.14
3821082--3821206
39
3.1
40
90
5
191
37
23
22
16
1.94
3821248--3821319
37
1.9
37
86
5
101
45
27
0
26
1.54
3821432--3821495
7
9.0
7
77
3
56
23
3
26
46
1.67
3821448--3821498
15
3.5
15
81
2
59
21
1
29
47
1.62
3822084--3822108
7
3.6
7
100
0
50
64
0
0
36
0.94
3822084--3822140
15
3.9
15
81
2
62
71
1
0
26
0.95
3822213--3822254
20
2.2
18
87
8
57
78
0
2
19
0.86
3822391--3822431
14
2.9
15
75
14
50
29
9
0
60
1.28
3822658--3822688
3
10.3
3
100
0
62
67
0
0
32
0.91
3827219--3827274
22
2.6
20
76
15
58
58
3
1
35
1.26
3827297--3827517
42
5.3
42
81
4
259
22
19
27
31
1.97
3827314--3827517
83
2.4
84
92
3
340
23
19
27
29
1.98
3827806--3827920
54
2.1
54
87
3
160
37
23
22
16
1.94
3827806--3827920
27
4.3
26
85
5
140
37
23
22
16
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3829530--3829637
25
4.2
25
95
3
180
36
25
4
34
1.77
3829530--3829637
51
2.1
51
94
0
189
36
25
4
34
1.77
3831292--3831325
16
2.1
16
100
0
68
32
35
11
20
1.89
3833579--3833693
27
4.3
26
87
5
149
36
23
23
16
1.94
3833579--3833693
54
2.1
54
88
3
169
36
23
23
16
1.94
3835308--3835416
26
4.2
26
96
1
184
36
24
4
33
1.76
3838115--3838324
64
3.2
64
63
24
153
30
26
17
26
1.97
3838081--3838366
136
2.1
137
98
0
547
31
25
18
24
1.98
3840136--3840219
26
3.2
26
93
0
141
35
26
5
32
1.81
3840841--3840973
27
5.0
26
72
9
90
54
2
6
37
1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425