genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.329.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  329  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102198021--102198097	26	3.0	26	71	7	75	35	25	6	32	1.82
102200768--102200840	37	1.9	38	83	5	94	43	1	5	49	1.34
102202000--102202052	23	2.3	23	83	6	63	39	13	15	32	1.85
102202189--102202239	19	2.7	19	82	14	61	58	3	0	37	1.16
102202204--102202290	44	1.9	44	82	13	106	49	3	1	45	1.26
102202201--102202323	9	13.4	9	66	17	58	52	2	2	42	1.27
102214395--102214452	30	1.9	30	89	0	89	34	29	15	20	1.94
102222882--102223202	48	6.8	48	72	9	207	25	25	20	28	1.99
102222843--102223202	48	7.8	45	70	11	153	25	25	20	28	1.99
102222930--102223200	138	2.0	137	84	7	361	25	25	19	28	1.99
102222843--102223202	186	1.9	185	82	2	452	25	25	20	28	1.99
102223711--102223743	16	2.1	16	88	11	50	21	18	3	57	1.53
102224868--102225111	86	2.8	86	91	2	375	46	13	20	20	1.83
102224868--102225086	6	35.8	6	74	15	191	47	13	19	19	1.83
102225233--102225302	27	2.6	26	84	6	86	37	20	24	18	1.94
102225253--102225310	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
102225467--102225525	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
102225613--102225695	27	3.1	26	86	5	112	36	21	21	20	1.96
102225894--102226089	27	7.3	27	87	0	266	25	19	19	35	1.95
102226094--102226691	27	22.2	27	85	5	753	40	9	22	27	1.84
102231890--102231991	51	2.0	51	88	3	152	29	15	28	26	1.96
102232528--102232563	18	2.0	18	94	0	63	11	13	33	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102235980--102236237	47	5.5	45	81	6	248	22	28	18	29	1.98
102235980--102236240	94	2.8	92	81	9	305	22	28	19	29	1.98
102235980--102236237	140	1.8	140	87	3	385	22	28	18	29	1.98
102236578--102236634	30	1.9	30	88	0	87	28	22	15	33	1.95
102238375--102238444	34	2.1	34	94	0	122	35	17	8	38	1.80
102238622--102238721	23	4.3	23	74	13	80	31	18	23	28	1.97
102238615--102238707	45	2.1	45	84	8	118	33	18	22	25	1.97
102242800--102242885	31	2.8	31	87	1	129	23	25	18	32	1.97
102243090--102243225	26	5.4	25	90	6	163	25	22	24	27	1.99
102243103--102243224	26	4.8	26	94	2	178	26	22	25	26	2.00
102243271--102243318	11	4.6	11	80	12	57	33	18	12	35	1.89
102250882--102250967	31	2.8	31	85	1	129	23	26	18	31	1.97
102251177--102251305	26	5.1	26	91	2	167	27	19	24	29	1.98
102251436--102251483	25	1.9	25	86	0	69	29	16	22	31	1.96
102254287--102254321	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
102254420--102254513	29	3.2	29	98	0	179	26	27	15	29	1.96
102254383--102254513	58	2.3	58	86	2	174	25	32	16	25	1.96
102259194--102259250	27	2.1	27	96	0	105	26	21	19	33	1.97
102261984--102262048	29	2.3	28	76	5	67	52	16	15	15	1.75
102271187--102271691	48	10.1	48	87	7	679	36	5	25	32	1.79
102271194--102271688	98	4.9	98	88	6	733	36	5	25	32	1.80
102271194--102271688	106	4.9	100	88	6	732	36	5	25	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102271197--102271688	100	4.9	97	87	7	621	36	5	25	32	1.80
102271838--102271946	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
102276966--102277086	56	2.2	56	96	0	224	52	9	20	16	1.72
102277876--102278092	40	5.5	40	86	6	273	22	23	29	25	1.99
102277876--102278053	79	2.2	79	92	1	293	20	24	29	25	1.99
102288837--102288869	13	2.5	13	95	0	57	18	18	6	57	1.60
102289990--102290029	21	2.0	20	90	5	62	20	27	40	12	1.88
102291169--102291391	48	4.7	46	74	14	179	24	30	17	26	1.97
102291363--102291468	46	2.3	46	83	4	124	25	27	17	29	1.98
102291363--102291533	94	1.8	92	81	7	211	23	26	19	29	1.99
102295122--102295382	46	5.6	45	77	10	208	24	30	18	26	1.97
102295117--102295434	92	3.4	92	76	10	283	23	30	18	27	1.98
102295122--102295477	46	7.7	46	71	16	143	23	29	18	27	1.98
102295123--102295477	186	1.9	184	81	9	434	23	29	18	27	1.98
102295122--102295476	138	2.6	139	77	8	375	23	29	18	27	1.98
102299853--102299896	20	2.2	20	95	0	79	20	27	29	22	1.99
102321009--102321110	39	2.6	40	78	10	120	27	25	16	30	1.97
102327593--102327676	42	2.0	42	95	0	150	36	15	17	29	1.91
102342565--102342592	11	2.5	11	100	0	56	46	0	0	53	1.00
102344595--102344619	13	1.9	13	100	0	50	32	8	4	56	1.47
102348035--102348302	49	5.7	47	73	14	196	28	20	27	23	1.99
102351246--102351276	15	2.1	15	94	5	55	35	12	16	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102355455--102355724	47	5.8	44	72	12	168	25	19	31	23	1.98
102355460--102355776	94	3.4	93	77	6	291	26	19	30	23	1.98
102356516--102356635	55	2.2	54	85	4	159	19	21	30	28	1.97
102357607--102357636	13	2.3	13	94	0	51	70	6	3	20	1.25
102357627--102357684	11	5.2	11	75	19	57	60	1	5	32	1.29
102359167--102359276	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
102363062--102363330	46	5.7	46	76	12	171	26	18	30	24	1.98
102365763--102365958	27	7.3	27	84	2	196	41	20	7	30	1.80
102365763--102365948	54	3.5	52	81	6	219	40	20	8	30	1.81
102365737--102366025	81	3.6	79	78	6	251	40	20	8	31	1.82
102365935--102365996	28	2.2	28	85	2	81	46	17	4	30	1.69
102365951--102366031	28	3.0	27	82	5	83	39	17	11	32	1.85
102365751--102366053	27	11.2	27	79	4	191	38	20	9	31	1.84
102366291--102366412	41	3.0	41	87	2	183	22	22	28	25	1.99
102366552--102366616	22	3.0	22	80	8	78	20	26	23	30	1.98
102368231--102368360	44	2.9	45	85	6	169	31	23	15	30	1.95
102382226--102382261	4	9.0	4	93	0	63	50	2	0	47	1.15
102382963--102383036	27	2.7	27	85	0	103	20	28	24	27	1.99
102383203--102383257	19	3.0	19	73	5	51	23	0	16	60	1.36
102386751--102386926	75	2.4	74	86	3	232	53	11	6	28	1.61
102387007--102387214	33	6.3	33	72	7	163	27	12	42	17	1.85
102387007--102387215	99	2.1	100	87	1	296	27	12	42	17	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102387108--102387234	66	1.9	66	80	6	150	29	11	40	18	1.86
102387639--102387669	13	2.4	13	100	0	62	32	38	22	6	1.80
102392462--102392500	16	2.6	16	88	8	55	61	12	0	25	1.31
102395629--102395657	11	2.6	11	100	0	58	27	13	37	20	1.91
102397342--102397621	97	2.8	98	77	11	298	53	16	0	29	1.47
102397930--102397965	3	12.3	3	94	5	65	0	30	0	69	0.89
102417063--102417162	39	2.6	38	85	4	130	54	8	3	35	1.45
102423107--102423137	15	2.1	15	100	0	62	19	12	12	54	1.70
102426081--102426139	26	2.5	23	76	15	57	55	0	5	38	1.22
102428944--102429150	40	5.2	40	82	5	224	26	21	27	25	2.00
102437042--102437249	40	5.2	40	84	4	233	25	22	26	25	2.00
102439577--102439633	3	20.0	3	79	13	59	68	1	28	1	1.09
102439579--102439631	11	4.8	10	80	15	52	69	1	26	1	1.09
102439577--102439631	22	2.4	23	85	11	78	69	1	27	1	1.09
102439576--102439633	25	2.3	25	85	8	73	67	1	29	1	1.11
102440827--102440870	11	3.9	11	79	5	52	36	0	2	61	1.09
102442989--102443260	46	6.0	46	91	2	406	38	15	24	22	1.92
102446146--102446213	25	2.6	25	76	19	68	39	0	4	55	1.20
102448295--102448460	46	3.9	39	81	17	181	36	16	25	21	1.94
102448334--102448494	46	3.5	46	88	1	216	40	14	24	20	1.89
102449423--102449468	21	2.2	21	92	0	74	26	26	21	26	2.00
102455685--102455718	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102460382--102460426	23	2.0	23	100	0	90	35	4	13	46	1.63
102467158--102467210	16	3.2	16	84	10	63	71	1	24	1	1.06
102472324--102472361	18	2.2	18	86	9	53	26	15	10	47	1.78
102472362--102472413	25	2.1	25	82	3	61	42	15	7	34	1.75
102474385--102474430	22	2.1	22	87	0	65	76	0	21	2	0.90
102486376--102486450	22	3.4	22	79	0	69	41	17	22	18	1.90
102486397--102486459	22	2.9	21	81	6	72	41	17	22	19	1.90
102494834--102494886	25	2.1	25	85	0	70	30	30	16	22	1.96
102495835--102495906	36	2.0	36	100	0	144	33	16	13	36	1.89
102511355--102511388	5	6.8	5	100	0	68	17	0	0	82	0.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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