genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  206  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62941900--62941954	25	2.2	25	83	6	67	27	29	14	29	1.95
62942123--62942233	40	2.8	40	95	0	195	25	30	24	19	1.98
62942315--62942403	38	2.3	38	84	0	115	24	26	15	32	1.96
62944354--62944742	47	8.3	47	91	0	625	28	29	8	33	1.86
62946210--62946483	43	6.3	43	82	0	332	28	29	18	23	1.98
62946210--62946483	86	3.2	86	92	1	440	28	29	18	23	1.98
62948308--62948403	43	2.3	43	98	1	185	40	14	9	35	1.78
62952538--62952567	7	4.3	7	95	0	51	36	36	0	26	1.57
62952506--62952613	21	5.0	21	68	12	67	42	36	0	21	1.53
62952576--62952663	14	6.2	14	81	6	61	50	29	0	20	1.49
62952605--62952663	7	8.3	7	81	10	75	54	27	0	18	1.44
62952602--62952663	21	2.9	22	80	9	83	54	27	0	17	1.43
62952876--62953111	40	5.6	40	71	19	135	29	20	22	27	1.98
62955362--62955421	27	2.3	26	85	2	75	35	18	21	25	1.96
62956170--62956369	27	7.4	27	85	2	249	25	19	19	36	1.95
62956170--62956369	54	3.7	54	89	0	274	25	19	19	36	1.95
62963586--62963737	40	3.8	40	89	1	225	26	24	28	20	1.99
62963546--62963737	80	2.4	80	83	3	226	27	23	27	21	1.99
62963586--62963791	40	5.2	40	84	3	202	27	25	27	19	1.99
62963588--62963805	80	2.7	80	79	4	228	27	25	27	19	1.99
62971818--62971969	40	3.8	40	89	1	225	26	24	28	20	1.99
62971778--62971969	80	2.4	80	83	3	226	27	23	27	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62971818--62972022	40	5.2	40	83	4	193	27	24	27	20	1.99
62971820--62971987	80	2.1	80	84	4	214	26	25	27	20	1.99
62971938--62972035	39	2.5	40	73	8	103	30	25	25	18	1.98
62985855--62985953	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
62987597--62987796	27	7.4	27	82	4	179	25	19	18	37	1.94
62987598--62987792	54	3.6	54	82	0	246	25	18	18	37	1.94
62987611--62987792	81	2.2	81	84	0	238	25	18	19	37	1.94
62991225--62991387	39	4.2	39	90	0	245	25	30	20	23	1.98
62994314--62994366	27	2.0	27	92	0	88	32	13	20	33	1.91
63002161--63002190	11	2.7	11	89	0	51	66	0	6	26	1.16
63014254--63014301	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
63014345--63014403	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
63014349--63014403	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
63014454--63014572	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
63014454--63014572	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
63014764--63014843	31	2.5	31	95	2	142	36	18	25	20	1.95
63017257--63017717	42	10.9	43	86	5	299	24	19	24	30	1.98
63017311--63017717	42	9.7	42	92	0	643	24	19	24	31	1.98
63018811--63018835	13	1.9	13	100	0	50	8	36	40	16	1.77
63023365--63023424	29	2.0	30	83	3	77	43	3	23	30	1.70
63023889--63024141	68	3.9	63	76	12	201	29	16	29	24	1.97
63030387--63030632	68	3.7	65	76	10	214	29	15	28	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63030438--63030618	67	2.7	65	82	8	206	31	16	28	23	1.96
63031243--63031297	21	2.6	21	97	0	101	29	18	29	23	1.98
63033696--63033959	49	5.4	49	96	0	447	28	9	32	29	1.88
63034061--63034144	37	2.3	37	93	2	143	25	19	34	21	1.96
63036629--63036861	78	3.0	78	89	2	351	22	24	28	24	1.99
63036629--63036861	117	2.0	117	90	0	367	22	24	28	24	1.99
63036629--63036833	39	5.3	39	95	0	356	22	26	28	22	1.99
63047696--63047759	23	2.9	24	80	15	68	40	0	12	46	1.42
63047919--63048023	23	4.6	23	83	3	131	24	22	18	34	1.96
63048194--63048239	20	2.3	20	84	0	56	34	10	15	39	1.82
63052357--63052385	8	3.6	8	100	0	58	13	0	44	41	1.44
63052674--63052732	21	2.8	21	89	0	91	16	32	28	22	1.96
63056099--63056157	21	2.8	21	84	5	84	16	30	28	23	1.97
63065848--63065926	29	2.7	29	84	5	97	27	32	13	25	1.94
63071635--63071665	16	1.9	16	93	0	53	77	6	0	16	0.97
63074993--63075213	40	5.6	39	86	5	259	25	20	27	26	1.99
63074993--63075213	79	2.8	78	84	7	275	25	20	27	26	1.99
63074993--63075219	119	1.9	119	80	8	266	25	21	26	25	1.99
63075005--63075249	79	3.1	79	80	8	207	26	20	26	26	1.99
63083136--63083357	40	5.6	39	84	6	234	25	21	26	26	1.99
63083136--63083357	79	2.8	80	81	9	265	25	21	26	26	1.99
63083136--63083363	119	1.9	120	79	7	259	25	21	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63087575--63087603	11	2.6	11	100	0	58	55	0	0	44	0.99
63092126--63092225	21	4.4	22	85	11	123	30	18	23	29	1.97
63092422--63092513	29	3.1	30	95	3	159	40	14	21	23	1.90
63100079--63100137	20	3.0	20	94	0	100	35	11	22	30	1.90
63100188--63100329	24	6.0	24	90	5	200	28	22	21	26	1.99
63100188--63100330	71	2.0	71	87	5	209	29	22	21	26	1.99
63100521--63100615	31	3.1	31	96	0	172	37	15	23	23	1.93
63101723--63101747	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
63105603--63105713	27	4.2	26	78	14	102	38	20	23	17	1.93
63105603--63105713	53	2.1	53	83	5	134	38	20	23	17	1.93
63113468--63113579	27	4.2	26	81	13	129	38	24	22	15	1.92
63113468--63113579	54	2.1	54	85	9	149	38	24	22	15	1.92
63117139--63117294	55	2.9	53	78	7	179	21	24	17	36	1.94
63117134--63117309	53	3.3	53	79	7	192	23	24	16	35	1.95
63117277--63117375	33	3.0	33	100	0	198	24	24	12	39	1.89
63118806--63118890	24	3.5	24	95	0	152	37	24	16	21	1.93
63120516--63120599	44	1.9	44	82	4	107	27	23	10	38	1.88
63126684--63126708	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
63128927--63129098	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
63128920--63129095	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
63133472--63133641	92	1.8	92	91	2	279	28	28	21	21	1.99
63133464--63133637	46	3.8	45	76	14	176	29	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63133515--63133657	46	3.1	45	72	17	116	29	27	20	22	1.98
63153247--63153347	27	3.7	26	80	13	114	37	21	22	17	1.94
63153247--63153357	54	2.1	54	84	6	145	36	23	22	17	1.94
63161114--63161218	27	3.9	27	83	12	126	36	23	23	16	1.94
63161107--63161218	54	2.1	54	86	6	156	36	24	23	16	1.94
63166927--63166973	21	2.2	21	84	3	58	72	2	14	10	1.21
63167201--63167225	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
63168099--63168168	27	2.5	28	88	2	106	25	11	28	34	1.91
63175064--63175088	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
63175960--63176029	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
63197240--63197389	67	2.2	66	81	8	169	32	17	29	21	1.96
63197264--63197447	67	2.8	64	78	8	203	29	17	30	22	1.97
63206038--63206167	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
63214101--63214230	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
63226673--63226832	40	4.0	40	84	4	196	23	26	23	26	2.00
63226673--63226857	80	2.3	81	82	4	205	23	25	23	27	2.00
63235730--63235842	33	3.3	33	64	20	86	23	3	22	50	1.64
63235711--63235855	71	2.0	71	100	0	290	28	4	19	47	1.68
63237810--63237837	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
63238590--63238737	40	3.7	40	93	0	242	22	20	30	26	1.98
63238590--63238757	80	2.1	80	89	1	257	22	19	29	27	1.98
63241292--63241336	24	1.9	24	86	4	65	44	13	8	33	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63242442--63242698	41	6.3	41	79	5	162	36	21	19	22	1.95
63242432--63242698	123	2.2	122	81	4	315	36	22	19	22	1.95
63242432--63242698	82	3.3	82	79	2	277	36	22	19	22	1.95
63247919--63247970	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
63248568--63248629	27	2.3	27	86	2	81	35	17	20	25	1.95
63248624--63248844	27	8.2	27	83	3	169	26	19	18	35	1.95
63248624--63248844	54	4.1	54	85	3	266	26	19	18	35	1.95
63248622--63248844	81	2.8	81	80	5	263	26	19	18	35	1.95
63250327--63250554	27	8.4	27	90	0	339	32	14	17	36	1.89
63250547--63250644	27	3.7	26	75	11	83	42	20	16	20	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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