genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  80  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22784575--22784701	46	2.8	45	81	10	143	22	26	20	29	1.98
22785351--22785391	20	2.0	20	86	9	57	36	21	0	41	1.54
22786077--22786236	48	3.3	48	86	1	196	24	17	30	28	1.97
22786169--22786278	42	2.4	45	81	11	120	26	12	26	34	1.92
22786206--22786416	42	4.9	42	72	9	156	28	16	25	29	1.96
22786256--22786421	90	1.8	90	85	5	237	27	17	27	27	1.98
22793436--22793645	48	4.4	47	80	5	188	28	17	26	27	1.98
22793581--22793747	48	3.6	48	77	9	175	26	17	25	29	1.98
22796933--22796984	22	2.5	21	78	9	54	25	3	5	65	1.32
22796948--22796986	16	2.6	16	88	8	55	23	2	5	69	1.21
22805949--22806006	28	2.1	28	80	3	64	24	12	20	43	1.86
22805958--22806023	28	2.4	28	89	2	98	21	9	24	45	1.80
22813177--22813234	28	2.1	28	80	3	64	24	12	20	43	1.86
22813186--22813251	28	2.4	28	92	2	107	21	9	25	43	1.81
22825434--22825579	37	3.9	37	90	0	211	26	32	17	23	1.97
22825742--22826021	47	6.0	47	92	0	443	26	28	12	32	1.92
22825778--22825853	23	3.2	25	65	24	72	22	35	14	27	1.93
22825849--22825974	25	5.3	25	65	24	92	28	26	11	34	1.90
22825921--22825996	22	3.3	22	67	22	66	25	28	13	32	1.93
22833251--22833304	27	1.9	28	81	7	65	40	3	27	27	1.73
22836090--22836272	40	4.6	40	93	0	303	22	24	27	26	2.00
22840182--22840218	19	1.9	19	89	10	58	27	18	10	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22844727--22844769	15	2.9	15	83	10	54	55	13	16	13	1.69
22846756--22846830	36	2.1	36	100	0	150	25	28	10	36	1.89
22848493--22848522	12	2.4	13	94	5	53	26	6	3	63	1.35
22853447--22853486	14	3.0	14	82	10	57	20	5	0	75	0.99
22863984--22864039	29	2.0	28	85	3	76	39	7	23	30	1.81
22869100--22869271	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
22869124--22869307	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
22895320--22895604	48	5.9	48	81	4	322	25	18	29	25	1.98
22895319--22895604	145	2.0	146	90	2	450	26	18	29	25	1.98
22896565--22896602	19	2.0	19	100	0	76	42	10	21	26	1.85
22899678--22899895	48	4.5	48	81	4	226	26	19	29	25	1.98
22901656--22901761	28	3.8	27	82	9	124	30	33	10	25	1.89
22911857--22912066	28	7.5	28	68	10	151	29	29	19	21	1.98
22911832--22912068	56	4.2	56	97	0	447	29	30	18	21	1.97
22912051--22912105	25	2.2	25	87	6	76	27	29	12	30	1.93
22912274--22912464	40	4.8	40	95	0	337	25	29	24	20	1.99
22912530--22912634	38	2.8	38	82	8	124	25	27	15	31	1.95
22914582--22914898	47	6.7	47	94	1	508	28	31	7	32	1.86
22914699--22914781	27	3.3	27	63	27	72	32	32	4	30	1.79
22914582--22914898	96	3.3	94	91	3	517	28	31	7	32	1.86
22916448--22916707	27	9.7	27	85	3	337	28	22	8	40	1.83
22916448--22916706	134	1.9	135	91	2	423	28	22	8	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22916498--22916751	81	3.1	81	83	2	208	29	22	8	39	1.84
22917946--22917993	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
22918036--22918096	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
22918146--22918288	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
22918146--22918288	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
22918146--22918289	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
22918480--22918543	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
22920495--22920600	53	2.0	53	100	0	212	33	22	3	39	1.72
22923453--22923631	45	3.9	47	80	11	208	27	30	21	20	1.98
22923460--22923631	93	1.9	92	96	1	317	27	30	21	20	1.98
22923503--22923646	46	3.1	45	75	11	148	29	29	20	20	1.98
22944386--22944476	45	2.1	43	89	4	137	40	20	12	26	1.88
22944553--22944659	40	3.0	34	72	15	115	27	21	12	39	1.89
22944589--22944613	11	2.3	11	100	0	50	36	28	0	36	1.58
22950811--22951010	40	4.9	40	83	6	249	22	20	28	29	1.98
22950811--22951005	83	2.4	80	87	4	266	22	20	27	29	1.99
22950811--22951034	40	5.6	39	79	9	229	23	20	28	28	1.99
22959188--22959410	40	5.6	40	85	5	290	23	21	28	26	1.99
22966852--22967019	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99
22966852--22967019	80	2.1	80	87	4	241	26	28	22	23	1.99
22974833--22975000	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99
22974833--22975000	80	2.1	80	87	4	241	26	28	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22980092--22980252	29	5.6	29	84	1	171	24	16	32	25	1.96
22990416--22990440	13	1.9	13	100	0	50	20	8	32	40	1.81
22992052--22992092	21	1.9	22	85	5	57	31	24	4	39	1.76
22996682--22996785	23	4.4	24	93	3	167	29	21	20	28	1.98
22996837--22996934	20	4.9	20	98	0	187	31	20	13	34	1.91
22996978--22997025	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
22999627--22999662	13	2.8	13	100	0	72	38	22	0	38	1.54
23002264--23002306	13	3.0	15	73	13	54	34	18	2	44	1.63
23018928--23018955	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
23021133--23021227	44	2.2	42	83	7	111	24	20	26	29	1.99
23021169--23021271	42	2.4	43	79	6	102	29	17	22	31	1.97
23021132--23021294	43	3.8	42	72	9	141	25	18	25	30	1.98
23022599--23022642	20	2.2	20	91	0	70	38	18	9	34	1.82
23022817--23022842	7	3.7	7	100	0	52	57	0	0	42	0.98
23025874--23025918	24	1.9	23	86	13	65	53	8	0	37	1.32
23026426--23026454	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
23032092--23032133	17	2.4	17	88	4	57	59	0	2	38	1.10
23032202--23032288	29	3.0	29	100	0	174	55	6	3	34	1.44
23037373--23037407	18	1.9	18	88	0	52	42	8	14	34	1.76
23045390--23045475	42	2.0	41	86	8	118	40	4	4	50	1.44
23045410--23045471	21	3.0	20	71	17	63	41	4	3	50	1.40
23046516--23046569	27	2.0	27	85	0	72	22	38	20	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23056391--23056453	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
23059549--23059706	79	2.0	79	100	0	316	30	11	17	40	1.85
23059634--23059729	48	2.0	48	100	0	192	27	10	12	50	1.73
23061694--23061813	62	2.0	61	98	1	231	32	8	8	50	1.62
23065739--23065835	40	2.4	41	84	6	128	25	16	28	28	1.97
23071109--23071220	22	5.0	22	82	11	113	34	19	22	23	1.96
23071109--23071245	46	3.0	45	81	11	145	35	18	21	24	1.96
23077567--23078032	232	2.0	232	100	0	932	24	12	21	41	1.87
23078648--23078741	43	2.2	43	84	3	118	26	11	24	37	1.90
23084966--23085076	55	2.0	55	84	3	143	26	20	29	23	1.99
23091854--23091949	40	2.4	40	83	0	129	25	15	27	32	1.96
23106965--23107051	45	2.0	44	88	6	131	35	25	11	27	1.90
23109611--23109655	22	2.1	21	83	4	54	13	26	2	57	1.48
23118181--23118348	40	4.2	40	82	5	189	26	27	21	23	1.99
23118201--23118348	80	1.9	80	87	5	219	25	26	22	25	2.00
23126178--23126342	40	4.2	39	81	9	176	26	27	21	24	1.99
23140953--23141160	40	5.2	40	81	3	186	25	22	25	25	2.00
23140954--23141160	80	2.6	80	82	4	229	25	22	26	26	2.00
23143819--23143992	45	3.8	47	79	14	193	21	21	28	28	1.99
23143824--23143997	46	3.8	45	81	12	219	21	21	28	28	1.98
23146824--23146892	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
23146815--23146902	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23149283--23149457	45	3.8	46	81	10	223	21	20	28	29	1.98
23157338--23157370	16	2.1	16	94	0	57	48	12	0	39	1.40
23159660--23159758	28	3.5	28	80	5	128	30	27	19	23	1.98
23159634--23159759	56	2.2	56	91	0	216	29	30	19	20	1.97
23159742--23159796	25	2.2	25	87	6	76	25	32	12	29	1.93
23159915--23160054	43	3.3	43	86	0	172	32	31	21	14	1.93
23160051--23160206	40	3.9	40	93	0	249	25	28	23	22	1.99
23162536--23162567	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
23165287--23165444	28	5.6	28	93	0	253	31	29	13	25	1.94
23168864--23169035	93	1.8	93	91	0	281	29	29	20	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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