genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.128.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  128  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38333645--38333731	20	4.3	20	97	0	165	33	19	11	35	1.88
38333645--38333720	11	7.5	11	74	16	83	32	19	11	35	1.88
38335410--38335593	40	4.6	40	79	10	207	25	27	22	24	2.00
38335412--38335594	79	2.3	80	84	7	230	25	27	22	24	2.00
38345440--38345704	46	5.7	45	75	14	263	22	19	29	28	1.98
38345482--38345650	47	3.6	47	78	12	213	22	20	29	27	1.98
38345432--38345696	93	2.8	93	95	1	478	22	20	29	27	1.98
38350606--38350772	40	4.2	40	80	2	167	23	27	23	25	2.00
38358583--38358750	40	4.2	40	79	1	158	23	26	23	26	2.00
38358599--38358748	80	1.9	80	81	5	187	22	26	24	26	2.00
38362245--38362420	46	3.8	46	80	10	232	22	19	28	29	1.98
38362241--38362412	93	1.8	93	97	0	326	22	20	29	28	1.98
38367727--38367995	46	5.8	46	77	10	287	22	19	28	28	1.98
38367724--38367941	47	4.7	47	77	9	214	22	20	28	27	1.98
38367724--38367987	93	2.8	93	96	0	474	22	20	29	28	1.98
38371368--38371410	15	2.9	15	89	0	59	41	11	16	30	1.83
38371368--38371417	15	3.3	15	81	10	57	44	10	18	28	1.81
38373524--38373562	19	2.1	19	85	9	53	41	2	28	28	1.69
38374041--38374309	46	5.8	44	73	17	174	27	18	30	24	1.98
38375308--38375362	28	1.9	28	85	10	76	12	18	45	23	1.83
38388463--38388622	78	2.1	78	93	0	275	29	16	23	31	1.96
38395371--38395446	37	2.1	37	92	0	125	47	11	21	19	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38396828--38396870	21	2.0	21	100	0	86	18	4	27	48	1.68
38397704--38397744	20	2.0	20	95	0	73	39	2	19	39	1.65
38401655--38401719	27	2.4	27	84	0	85	32	12	18	36	1.88
38414230--38414365	57	2.4	57	92	4	222	25	14	19	39	1.90
38417625--38417792	40	4.2	40	80	12	184	23	22	28	26	1.99
38417625--38417792	80	2.1	79	87	4	239	23	22	28	26	1.99
38425623--38425790	40	4.2	40	80	12	184	23	22	28	26	1.99
38425623--38425790	80	2.1	79	87	4	239	23	22	28	26	1.99
38433621--38433788	40	4.2	40	80	12	184	23	22	28	26	1.99
38433621--38433788	80	2.1	79	87	4	239	23	22	28	26	1.99
38445278--38445453	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
38445275--38445446	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
38452788--38452962	46	3.8	45	80	11	212	20	21	29	29	1.98
38452785--38452955	92	1.9	92	96	0	315	21	21	29	28	1.98
38455450--38455625	46	3.8	46	75	12	180	23	20	26	29	1.99
38455447--38455618	93	1.8	93	94	0	308	23	20	26	28	1.99
38462831--38463063	49	4.7	50	83	2	299	24	18	27	29	1.98
38462936--38463019	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
38468869--38469124	40	6.4	40	89	2	347	23	21	28	26	1.99
38480307--38480801	27	18.6	27	72	11	144	39	22	8	30	1.84
38480419--38480774	54	6.6	53	83	5	169	39	23	8	29	1.83
38480460--38480801	81	4.2	81	81	2	400	40	22	8	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38480470--38480804	54	6.2	54	87	0	427	39	22	8	29	1.84
38480460--38480804	27	12.8	27	80	1	359	39	22	8	29	1.84
38480786--38481249	27	17.3	27	88	2	675	34	19	21	24	1.97
38480732--38481250	54	9.6	54	88	1	661	34	20	20	24	1.96
38480732--38481250	81	6.4	80	85	3	537	34	20	20	24	1.96
38480732--38481231	27	18.6	25	86	5	405	34	20	20	24	1.96
38481651--38481725	6	12.3	6	83	8	98	17	18	16	48	1.82
38483661--38483755	27	3.6	27	75	13	97	43	16	8	31	1.78
38483759--38483820	27	2.3	27	91	0	97	32	24	8	35	1.85
38483799--38484156	54	6.7	53	83	6	346	39	19	8	32	1.81
38483813--38484156	81	4.3	79	80	4	341	40	19	8	32	1.81
38483799--38484156	27	13.3	27	76	9	268	39	19	8	32	1.81
38484138--38484520	27	14.3	27	87	1	529	34	19	21	24	1.96
38484922--38484990	6	11.3	6	84	9	95	15	18	17	47	1.82
38486926--38487448	27	19.6	27	73	12	177	40	20	8	31	1.81
38487078--38487451	27	13.8	27	82	2	392	40	20	8	30	1.83
38487433--38487600	27	6.3	27	86	0	230	35	20	20	24	1.96
38487294--38487574	54	5.2	54	85	3	196	38	21	13	26	1.91
38487132--38487558	81	5.3	80	82	6	333	39	20	11	28	1.87
38487436--38487600	81	2.0	80	92	1	276	34	20	20	24	1.96
38488034--38488067	18	1.9	17	88	5	50	20	11	14	52	1.73
38489982--38490475	27	18.7	27	75	9	203	39	21	7	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38490094--38490477	54	7.2	53	84	4	288	39	21	7	31	1.82
38490130--38490477	81	4.3	81	84	2	407	39	20	7	31	1.81
38490459--38490626	27	6.3	27	84	6	207	34	17	21	26	1.95
38490459--38490625	54	3.1	53	86	5	228	34	16	21	26	1.95
38490458--38490625	81	2.1	80	87	3	248	35	16	21	26	1.95
38491028--38491084	6	9.3	6	77	11	62	17	19	15	47	1.83
38493018--38493513	27	18.7	27	71	12	128	39	20	8	31	1.82
38493198--38493512	54	5.8	53	87	1	387	40	21	7	30	1.81
38493130--38493515	81	4.8	81	80	2	366	38	21	7	31	1.82
38493181--38493515	108	3.1	107	85	1	436	39	20	8	31	1.82
38493497--38494051	27	20.6	27	90	0	815	33	20	21	24	1.97
38493224--38494043	81	10.1	80	84	3	444	35	20	17	26	1.94
38494449--38494591	6	23.3	6	71	14	105	19	18	13	48	1.81
38494449--38494577	31	3.8	31	74	21	123	19	18	13	48	1.81
38494449--38494582	37	3.6	37	93	0	232	19	18	13	48	1.81
38496547--38497030	27	18.3	26	72	10	202	39	22	7	30	1.82
38496751--38497029	53	5.2	54	89	2	393	39	21	8	30	1.83
38496701--38497032	107	3.1	108	84	2	402	38	21	8	31	1.83
38497037--38497455	53	7.9	54	86	3	559	33	19	22	24	1.97
38497037--38497455	27	15.8	27	87	4	559	33	19	22	24	1.97
38497037--38497455	80	5.3	81	88	2	584	33	19	22	24	1.97
38497852--38497965	6	18.3	6	69	16	72	21	18	13	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38497852--38497956	37	2.8	37	89	2	156	20	19	12	47	1.81
38499895--38500387	27	18.7	27	72	14	137	38	21	8	31	1.83
38500043--38500386	54	6.4	53	84	4	388	38	20	8	31	1.83
38500048--38500389	81	4.3	81	82	4	372	38	20	9	31	1.84
38500100--38500354	107	2.4	108	91	2	415	40	19	8	31	1.82
38500371--38500538	27	6.3	27	87	3	223	32	18	22	26	1.97
38500370--38500538	81	2.1	80	86	3	250	33	18	21	26	1.96
38500940--38501045	6	17.3	6	74	14	83	19	17	13	49	1.80
38500940--38501045	18	5.8	18	76	12	99	19	17	13	49	1.80
38500968--38501031	19	3.4	19	83	12	96	20	21	12	45	1.84
38500946--38501045	37	2.7	37	93	0	164	20	18	13	49	1.80
38503061--38503120	27	2.2	27	93	0	102	35	25	3	36	1.72
38503072--38503159	27	3.3	27	77	6	72	35	26	5	32	1.80
38503108--38503456	27	13.0	27	82	4	391	38	20	8	31	1.84
38503446--38504440	27	37.0	27	84	4	980	35	19	18	26	1.95
38504846--38504935	6	14.7	6	71	17	69	18	16	14	50	1.79
38504854--38504921	25	2.7	25	93	0	118	19	17	13	50	1.78
38504848--38504926	25	2.7	30	74	22	87	18	17	12	50	1.77
38506550--38506581	14	2.3	14	100	0	64	56	28	0	15	1.40
38522516--38522682	40	4.2	40	83	6	198	26	28	22	22	1.99
38522516--38522682	79	2.1	80	86	5	232	26	28	22	22	1.99
38530496--38530619	39	3.2	38	75	15	101	28	28	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38530509--38530674	39	4.2	39	85	6	203	25	28	22	23	1.99
38530509--38530674	79	2.1	79	85	6	221	25	28	22	23	1.99
38533492--38533673	40	4.6	40	83	4	181	23	26	22	28	1.99
38538083--38538253	93	1.8	93	87	2	254	21	20	28	29	1.98
38546031--38546104	37	2.0	37	100	0	148	24	13	13	48	1.78
38548996--38549023	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
38564446--38564563	31	3.5	35	89	9	135	22	23	16	37	1.94
38564469--38564563	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
38564776--38564895	23	5.1	23	94	2	186	27	20	22	29	1.99
38564755--38564896	24	6.0	24	91	5	209	26	21	22	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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