genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  49  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13061904--13062131	46	5.0	46	85	1	260	39	15	24	19	1.91
13061789--13062022	114	2.1	114	88	0	344	38	14	24	22	1.92
13061914--13062126	92	2.3	92	88	0	300	40	15	24	19	1.91
13064192--13064250	30	2.0	30	82	0	73	33	11	23	30	1.91
13075463--13075502	20	2.0	20	90	0	62	42	17	27	12	1.85
13077428--13077472	23	2.0	22	95	4	81	22	20	26	31	1.98
13090053--13090086	17	2.0	17	100	0	68	29	5	29	35	1.81
13091441--13091480	11	3.6	11	93	0	53	25	0	25	50	1.50
13091437--13091480	22	2.0	23	86	4	63	22	0	25	52	1.48
13094137--13094477	46	7.9	39	85	12	299	38	15	24	21	1.92
13094217--13094521	46	6.7	46	92	2	438	40	15	24	19	1.90
13094132--13094521	137	2.9	138	84	9	451	39	15	24	20	1.91
13094129--13094521	183	2.2	168	83	9	468	39	15	24	20	1.91
13094782--13094828	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
13099783--13099818	14	2.6	14	100	0	72	50	0	8	41	1.33
13107185--13107593	204	2.0	204	98	0	791	41	21	12	24	1.88
13113080--13113147	27	2.5	27	100	0	136	17	11	20	50	1.77
13116386--13116429	19	2.4	18	92	7	79	47	0	0	52	1.00
13117084--13117113	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
13117869--13117978	43	2.6	43	83	0	148	26	20	24	29	1.99
13118056--13118138	31	2.6	31	78	3	85	60	18	4	16	1.53
13118369--13118444	21	3.6	21	74	13	75	2	48	18	30	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13118857--13118885	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
13124066--13124555	9	55.4	9	80	5	516	37	2	12	47	1.54
13124128--13124555	44	9.7	44	88	3	494	37	2	12	47	1.55
13124066--13124555	53	9.2	54	83	3	505	37	2	12	47	1.54
13124668--13124723	15	3.8	15	76	4	69	55	0	1	42	1.10
13124897--13124967	24	3.0	24	91	0	115	45	8	18	28	1.78
13125015--13125147	64	2.1	64	95	0	239	48	3	11	36	1.57
13125938--13125970	7	4.7	7	100	0	66	69	15	15	0	1.19
13128304--13128328	13	1.9	13	100	0	50	0	20	0	80	0.72
13130842--13130955	22	5.1	21	74	16	79	38	16	24	20	1.92
13130844--13131018	25	7.4	24	82	8	173	35	17	25	21	1.95
13130844--13131018	47	3.7	46	85	6	201	35	17	25	21	1.95
13134247--13134307	31	2.0	31	87	3	88	59	4	21	14	1.55
13134509--13134537	13	2.2	13	100	0	58	51	27	6	13	1.66
13141731--13141787	28	2.0	28	93	0	96	45	5	12	36	1.64
13143375--13143591	48	4.6	48	78	9	198	24	30	19	24	1.98
13143378--13143550	47	3.6	47	80	8	170	24	31	19	23	1.98
13149872--13149911	21	2.0	21	85	5	55	20	25	40	15	1.90
13150063--13150118	27	2.1	27	89	0	85	19	39	19	21	1.93
13151224--13151394	94	1.8	91	83	6	227	23	28	18	29	1.98
13155528--13155577	21	2.4	21	100	0	100	12	26	34	28	1.92
13170960--13171009	26	1.9	26	88	8	75	58	2	32	8	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13173100--13173127	13	2.2	13	100	0	56	53	21	0	25	1.46
13174862--13174899	18	2.1	19	85	9	53	2	23	0	73	0.95
13176366--13176422	3	19.0	3	96	0	105	68	0	31	0	0.90
13179402--13179507	25	4.2	26	96	3	198	35	26	6	31	1.82
13179402--13179507	51	2.1	51	96	3	196	35	26	6	31	1.82
13185835--13185877	21	2.1	20	87	12	61	48	20	11	18	1.79
13187428--13187535	26	4.2	26	93	0	189	36	25	5	32	1.79
13187693--13187720	10	2.8	10	100	0	56	35	21	0	42	1.53
13189233--13189257	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
13196831--13196938	49	2.2	49	98	0	207	31	18	16	33	1.93
13204053--13204106	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
13212913--13212946	17	2.0	17	94	0	59	0	5	8	85	0.75
13215067--13215120	25	2.1	26	86	10	76	62	1	3	31	1.23
13215715--13215746	14	2.2	15	94	5	57	59	0	0	40	0.97
13215790--13215823	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
13215889--13215948	30	2.0	30	83	9	77	50	11	6	31	1.65
13221260--13221370	33	3.4	33	82	6	118	31	24	10	33	1.90
13228635--13228724	33	2.7	34	75	13	98	36	22	8	32	1.85
13231490--13231529	16	2.5	16	100	0	80	25	42	0	32	1.55
13234648--13234796	57	2.6	57	84	7	178	30	15	22	31	1.95
13234648--13234761	58	2.0	58	89	5	178	30	14	21	32	1.94
13235323--13235384	29	2.1	29	93	0	106	33	12	17	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13236463--13236557	46	2.1	46	97	0	181	38	18	5	36	1.74
13237742--13237831	44	2.0	44	93	0	153	32	13	8	45	1.74
13238373--13238405	15	2.1	16	88	5	50	60	3	9	27	1.42
13239986--13240020	10	3.5	10	88	0	52	37	22	25	14	1.92
13241810--13241872	12	5.6	11	72	22	51	3	22	4	69	1.21
13241822--13241889	21	3.4	20	79	15	61	5	20	4	69	1.28
13241866--13241918	16	3.3	15	75	15	52	13	16	0	69	1.18
13241866--13241917	17	3.1	17	78	13	63	13	15	0	71	1.15
13242796--13242821	13	2.0	13	100	0	52	0	15	0	84	0.62
13243627--13243663	18	2.1	18	100	0	74	43	18	21	16	1.88
13246901--13246983	43	1.9	43	92	0	139	20	16	32	30	1.95
13248419--13248463	23	2.0	23	100	0	90	8	35	26	28	1.87
13248426--13248476	23	2.2	23	86	6	68	11	27	31	29	1.92
13255359--13255483	43	2.9	43	84	3	146	20	17	32	29	1.95
13262202--13262243	21	2.0	21	85	4	57	50	7	26	16	1.71
13269507--13269628	35	3.5	35	89	0	190	27	13	25	33	1.93
13271080--13271145	22	3.0	21	78	10	62	18	3	6	72	1.18
13274583--13274870	40	7.2	40	81	3	310	25	22	26	25	2.00
13274584--13274870	80	3.6	80	88	1	371	25	22	26	25	2.00
13276437--13276534	46	2.2	46	81	1	108	45	15	19	19	1.85
13291989--13292120	29	4.6	29	82	1	97	25	32	17	25	1.97
13316420--13316453	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13326343--13326503	50	3.4	47	80	10	170	24	27	19	27	1.98
13326393--13326515	46	2.7	44	82	7	140	24	30	19	26	1.98
13333439--13333527	44	2.0	44	100	0	178	26	11	20	41	1.86
13344018--13344042	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
13344758--13345019	44	5.7	45	73	10	174	28	19	29	23	1.98
13350388--13350441	27	2.0	27	100	0	108	29	29	14	25	1.95
13351177--13351216	4	10.0	4	94	0	71	22	0	0	77	0.77
13351611--13351635	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
13352334--13352592	44	5.6	44	70	15	166	30	18	28	22	1.98
13352382--13352642	47	5.5	47	70	14	189	31	19	27	21	1.97
13355163--13355187	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
13362555--13362583	13	2.1	14	93	6	51	31	6	0	62	1.22
13362525--13362588	18	3.6	19	80	12	66	31	7	1	59	1.35
13363557--13363596	21	1.9	21	90	10	64	30	0	25	45	1.54
13369309--13369339	7	4.4	7	100	0	62	29	29	0	41	1.56
13371498--13371522	11	2.3	11	100	0	50	76	0	0	24	0.80
13372084--13372125	5	8.4	5	100	0	84	40	0	0	59	0.97
13376304--13376337	17	2.0	18	88	11	54	44	11	0	44	1.40
13378191--13378297	33	3.2	33	88	2	153	15	10	34	39	1.82
13380246--13380331	35	2.5	35	92	1	138	32	20	15	31	1.94
13382476--13382607	49	2.5	52	78	10	128	58	5	6	29	1.46
13382467--13382976	26	20.6	25	66	18	171	59	4	5	30	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13382767--13382993	24	9.0	26	71	12	104	57	4	7	30	1.45
13384186--13384236	17	3.1	17	77	13	61	7	1	35	54	1.40
13384672--13385103	89	4.9	89	76	7	319	28	23	18	29	1.98
13384672--13385102	133	3.2	133	80	4	388	28	23	19	29	1.98
13384655--13385104	44	10.2	44	74	9	292	28	22	18	30	1.98
13387977--13388048	37	1.9	37	94	5	128	52	0	19	27	1.46
13395957--13395981	11	2.3	11	100	0	50	28	28	16	28	1.97
13397959--13397992	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
13398188--13398224	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
13402865--13402921	12	4.8	12	76	4	53	84	1	8	5	0.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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