genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.288.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  288  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89315138--89315215	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
89319562--89319728	40	4.2	41	80	5	164	24	26	22	26	2.00
89324563--89324636	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
89324620--89324694	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
89324563--89324694	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
89332440--89332513	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
89332497--89332571	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
89332440--89332571	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
89333388--89333421	17	2.1	16	88	5	50	52	0	17	29	1.45
89334362--89334423	27	2.3	27	86	10	99	19	9	27	43	1.82
89335067--89335217	54	2.8	54	92	0	248	31	7	21	40	1.80
89335064--89335224	81	2.0	81	87	0	232	32	8	20	39	1.82
89335064--89335217	27	5.7	27	83	0	209	31	7	20	39	1.81
89335075--89335244	81	2.1	81	78	2	189	33	7	20	38	1.81
89335211--89335458	54	4.6	54	88	4	369	41	8	22	27	1.83
89335212--89335458	27	9.2	27	83	9	256	41	8	22	27	1.83
89338297--89338356	28	2.2	27	85	5	84	21	10	25	43	1.83
89338307--89338361	28	2.0	28	96	0	101	21	10	20	47	1.80
89338999--89339149	54	2.8	54	92	0	248	31	7	21	40	1.80
89338996--89339156	81	2.0	81	87	0	232	32	8	20	39	1.82
89338996--89339149	27	5.7	27	83	0	209	31	7	20	39	1.81
89339144--89339391	27	9.2	27	83	0	300	41	8	22	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89339007--89339176	81	2.1	81	78	2	189	33	7	20	38	1.81
89343125--89343289	43	3.9	42	75	10	147	32	24	16	25	1.96
89344458--89344494	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
89346493--89346553	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
89347795--89347969	50	3.5	49	82	5	210	25	14	26	32	1.95
89348068--89348119	25	2.0	26	81	11	61	40	1	21	36	1.64
89353092--89353130	21	1.9	20	84	5	51	23	20	38	17	1.93
89353383--89353433	20	2.6	20	93	3	86	17	33	31	17	1.94
89354327--89354547	49	4.7	47	74	15	170	24	27	19	28	1.98
89354324--89354735	46	8.8	47	70	15	216	24	29	18	28	1.98
89359661--89359762	40	2.6	40	85	1	143	23	24	27	24	2.00
89367492--89367578	40	2.2	40	85	0	120	24	22	26	26	2.00
89375608--89375645	13	2.9	13	100	0	76	15	28	39	15	1.89
89379325--89379398	37	2.0	37	100	0	148	27	18	18	35	1.95
89382354--89382443	29	3.1	29	88	1	128	30	26	13	30	1.94
89385391--89385475	27	3.2	26	73	22	70	21	8	0	70	1.13
89391275--89391304	15	2.0	15	100	0	60	20	26	6	46	1.75
89404609--89404740	30	4.5	31	87	7	168	31	13	25	28	1.94
89404609--89404740	59	2.2	59	85	5	169	31	13	25	28	1.94
89407332--89407406	29	2.6	29	95	0	141	26	30	14	28	1.95
89407273--89407406	58	2.3	58	80	2	135	24	32	17	25	1.96
89411397--89411645	108	2.3	108	95	1	437	27	22	8	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89411397--89411645	27	9.2	27	83	1	302	27	22	8	41	1.83
89411437--89411736	27	11.1	27	80	1	80	32	23	8	36	1.84
89411397--89411646	54	4.6	54	91	0	392	27	22	8	41	1.83
89411437--89411682	81	3.0	81	79	3	172	30	23	8	37	1.85
89411640--89411793	27	5.7	27	83	0	209	39	20	7	31	1.81
89411633--89411793	81	2.0	81	87	0	232	39	20	8	32	1.82
89411640--89411790	54	2.8	54	92	0	248	40	21	7	31	1.80
89412428--89412496	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
89415460--89415751	48	6.1	48	77	12	189	29	13	26	31	1.94
89415628--89415786	42	3.6	43	82	9	171	30	14	26	28	1.95
89421975--89422036	32	1.9	33	90	9	101	19	14	29	37	1.91
89424343--89424412	24	2.8	25	89	4	97	27	25	22	24	2.00
89424343--89424419	25	3.1	24	87	5	100	31	23	20	24	1.98
89432288--89432341	11	5.4	10	78	12	58	35	11	18	35	1.86
89432387--89432457	24	2.9	25	85	6	92	28	26	21	23	1.99
89432387--89432464	25	3.2	24	83	7	95	32	24	19	24	1.98
89432677--89432760	31	2.7	31	88	1	125	34	16	25	23	1.95
89443342--89443514	46	3.7	46	79	11	201	22	20	27	29	1.99
89443339--89443509	93	1.8	93	92	2	290	22	21	28	28	1.99
89446620--89446688	28	2.5	27	83	6	84	31	18	24	24	1.98
89453141--89453233	40	2.3	40	86	0	123	25	27	22	23	2.00
89453178--89453287	40	2.7	39	81	4	112	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89461139--89461238	40	2.5	40	85	0	128	25	29	22	24	1.99
89461183--89461292	40	2.7	39	81	4	112	25	27	22	24	2.00
89464296--89464463	39	4.3	39	90	0	257	26	19	26	27	1.99
89466525--89466588	29	2.2	29	83	2	85	31	18	28	21	1.97
89468161--89468189	14	2.1	14	100	0	58	31	13	20	34	1.92
89475137--89475224	38	2.4	36	80	10	106	25	23	28	22	1.99
89475150--89475272	38	3.2	38	80	6	99	24	21	27	26	1.99
89475874--89475940	28	2.4	27	92	4	116	29	14	29	25	1.95
89483739--89483812	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
89483796--89483871	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
89483739--89483871	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
89485292--89485652	40	9.1	40	86	1	483	21	19	29	28	1.98
89485816--89485866	25	2.0	25	81	7	59	35	13	29	21	1.92
89489528--89489717	47	4.1	47	90	1	274	33	10	28	27	1.90
89489528--89489717	93	2.0	94	89	1	292	33	10	28	27	1.90
89489545--89489763	93	2.3	94	83	4	264	33	10	28	26	1.90
89491749--89492050	48	6.3	48	77	6	297	37	26	10	25	1.89
89491768--89492051	24	11.8	24	76	8	238	37	26	10	25	1.88
89491749--89492050	96	3.1	96	96	0	532	37	26	10	25	1.89
89491719--89491853	72	1.9	72	79	3	155	36	27	11	25	1.90
89492478--89492509	16	2.0	16	93	0	55	56	15	0	28	1.40
89494446--89494502	18	3.2	18	75	7	62	64	0	31	3	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89496374--89496501	43	3.0	43	82	11	154	30	27	18	23	1.98
89498257--89498289	10	3.0	11	86	13	50	54	0	9	36	1.32
89511926--89512189	46	5.7	46	91	2	388	22	24	14	39	1.91
89517327--89517363	18	2.1	18	100	0	74	32	16	24	27	1.96
89517368--89517547	49	3.6	49	80	5	227	27	20	25	27	1.99
89517359--89517546	100	1.9	100	95	0	340	26	20	25	28	1.99
89519626--89519732	42	2.5	42	96	0	196	28	14	33	22	1.94
89519740--89519809	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
89521988--89522082	43	2.2	43	76	9	97	26	22	26	25	2.00
89527717--89527911	49	3.9	50	83	2	241	28	24	20	26	1.99
89527717--89527909	100	1.9	100	90	0	305	29	23	20	26	1.99
89529664--89529702	14	2.8	14	92	7	62	43	7	25	23	1.80
89530428--89530599	67	2.6	65	83	7	177	32	17	28	21	1.96
89536063--89536307	49	4.9	50	80	5	237	29	25	18	26	1.98
89536076--89536205	50	2.6	50	87	1	181	28	26	17	26	1.98
89554810--89554835	11	2.4	11	100	0	52	26	26	26	19	1.99
89560830--89560903	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
89560771--89560903	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
89564074--89564195	22	5.3	22	63	24	63	23	28	15	31	1.95
89564027--89564264	94	2.5	94	90	0	323	26	28	11	32	1.92
89564027--89564239	47	4.5	47	92	0	354	25	28	13	32	1.93
89568138--89568536	40	10.0	40	87	0	564	28	29	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89570015--89570039	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
89570102--89570320	93	2.4	94	91	2	352	26	28	12	33	1.92
89570102--89570312	47	4.5	47	92	1	345	25	28	12	32	1.93
89574221--89574607	40	9.7	40	90	0	603	27	30	21	21	1.98
89576120--89576331	47	4.5	47	87	2	239	25	28	11	33	1.91
89576211--89576288	22	3.4	22	66	22	61	25	29	11	33	1.91
89576166--89576331	47	3.5	47	92	0	242	26	27	12	33	1.92
89577277--89577537	24	11.0	24	89	5	388	27	21	22	28	1.99
89577298--89577536	47	5.1	47	93	2	374	28	20	22	28	1.98
89577277--89577536	71	3.6	71	91	3	400	28	21	22	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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