genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.142.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  142  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43033265--43033424	29	5.5	30	87	8	213	33	13	25	28	1.93
43033294--43033424	59	2.3	57	93	5	219	34	13	25	26	1.93
43036170--43036271	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
43044177--43044278	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
43052378--43052537	29	5.5	30	88	8	222	33	13	25	27	1.94
43052378--43052537	59	2.8	57	89	4	223	33	13	25	27	1.94
43055598--43055658	30	2.0	30	100	0	122	36	27	3	32	1.73
43057220--43057362	60	2.3	63	80	10	163	27	27	19	25	1.99
43057243--43057388	60	2.4	59	81	10	145	26	26	20	26	1.99
43057384--43057429	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
43057396--43057438	19	2.2	20	83	4	52	34	25	18	20	1.96
43058051--43058083	8	4.1	8	92	0	57	3	24	24	48	1.65
43061402--43061441	20	2.0	20	85	9	55	27	25	20	27	1.99
43065194--43065263	28	2.5	27	75	9	68	22	31	18	27	1.97
43067378--43067429	25	2.1	25	100	0	104	40	7	3	48	1.50
43068161--43068415	55	4.8	53	80	9	245	21	25	17	36	1.95
43068208--43068408	108	1.8	110	90	4	327	22	25	17	34	1.96
43073868--43074120	53	4.8	53	75	11	186	21	24	17	36	1.95
43076003--43076027	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
43076935--43077053	43	2.8	42	78	5	123	29	25	15	29	1.96
43080967--43081014	22	2.3	21	86	13	64	33	20	10	35	1.87
43081399--43081491	48	1.9	48	95	0	168	29	21	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43094808--43094851	3	14.7	3	90	0	70	0	27	0	72	0.85
43107330--43107463	51	2.7	49	84	2	169	29	26	18	26	1.98
43120341--43120420	40	2.0	39	87	2	115	28	28	20	22	1.98
43121778--43121944	40	4.2	40	79	5	160	23	26	22	26	2.00
43121794--43121942	80	1.9	79	83	6	194	22	26	23	26	2.00
43128362--43128528	40	4.2	40	80	2	167	24	26	22	26	2.00
43130207--43130307	41	2.5	40	81	12	118	28	28	18	23	1.98
43135468--43135536	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
43137162--43137199	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
43164771--43164991	40	5.6	40	83	4	270	27	28	21	22	1.99
43177210--43177373	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
43177210--43177407	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
43192960--43193060	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
43192989--43193064	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
43195907--43195988	27	3.0	27	82	8	94	34	20	24	20	1.97
43196004--43196054	27	1.9	26	84	4	66	37	17	27	17	1.93
43195934--43196073	67	2.1	69	87	2	203	31	21	28	18	1.97
43202321--43202346	12	2.2	12	100	0	52	23	7	15	53	1.67
43204140--43204232	28	3.3	28	93	0	159	34	25	7	32	1.84
43204338--43204428	28	3.2	28	87	4	121	21	23	21	32	1.98
43208698--43208800	29	3.6	28	77	5	107	26	30	19	24	1.98
43208834--43208916	40	2.1	40	100	0	166	31	32	7	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43216820--43216922	29	3.6	28	78	10	109	27	31	18	23	1.97
43223449--43223541	28	3.3	28	93	0	159	34	25	7	32	1.84
43223647--43223709	28	2.2	29	88	2	92	20	23	23	31	1.98
43223657--43223720	28	2.2	28	86	2	83	23	26	18	31	1.98
43232968--43233034	33	2.0	33	94	0	116	31	10	26	31	1.90
43246991--43247175	49	3.7	49	82	6	228	25	17	25	31	1.97
43251308--43251346	15	2.6	15	84	8	53	58	20	12	7	1.58
43251287--43251345	30	2.0	30	86	6	84	57	16	13	11	1.65
43257214--43257276	18	3.6	18	80	4	74	47	7	19	25	1.76
43257217--43257252	17	2.1	17	94	0	63	47	5	19	27	1.72
43257597--43258097	27	18.6	27	81	3	431	41	20	10	27	1.85
43257597--43258097	54	9.3	54	80	5	494	41	20	10	27	1.85
43257586--43258097	81	6.3	81	80	4	498	41	20	11	27	1.86
43264980--43265299	46	6.8	48	73	16	222	27	19	30	22	1.98
43282704--43282737	5	6.4	5	87	12	50	76	0	2	20	0.92
43284516--43284747	95	2.5	94	87	3	324	31	20	17	30	1.96
43284623--43284891	144	1.9	144	89	3	425	31	20	18	29	1.96
43284760--43285030	94	2.9	93	83	3	337	30	20	16	32	1.95
43284528--43284987	238	1.9	238	84	4	615	30	19	17	31	1.95
43287540--43287571	13	2.5	13	89	0	55	12	21	34	31	1.91
43296999--43297039	21	2.0	21	95	0	73	19	17	14	48	1.81
43298609--43298633	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43301257--43301324	31	2.2	31	94	0	127	29	20	30	19	1.97
43304313--43304405	38	2.4	38	98	0	177	32	24	16	26	1.96
43307118--43307217	29	3.4	29	82	8	107	31	16	25	28	1.96
43313154--43313351	71	2.8	70	92	3	294	34	17	27	20	1.95
43313188--43313351	71	2.3	71	98	0	319	35	17	27	18	1.94
43315630--43315715	40	2.2	39	85	6	111	27	15	27	29	1.96
43315724--43315827	28	3.7	28	73	0	82	31	16	28	23	1.96
43318667--43318829	39	4.2	39	91	0	254	23	20	32	23	1.98
43318667--43318860	39	4.9	39	86	1	244	23	21	31	23	1.98
43319690--43319757	32	2.1	32	97	0	127	32	17	14	35	1.91
43324644--43324858	40	5.4	40	87	3	294	25	23	26	25	2.00
43324640--43324858	79	2.8	80	88	4	302	26	22	26	25	2.00
43327615--43327639	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
43331564--43331623	27	2.3	26	88	2	84	35	18	23	23	1.96
43331591--43331732	67	2.1	68	85	7	189	32	21	26	19	1.97
43332344--43332481	27	5.1	27	85	3	188	21	21	21	36	1.96
43338688--43338792	38	2.8	38	85	0	138	28	26	21	22	1.99
43343713--43343766	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
43343767--43343911	27	5.4	27	88	0	193	24	21	19	35	1.96
43353252--43353282	13	2.4	13	100	0	62	48	35	16	0	1.46
43356732--43356771	18	2.3	18	86	4	55	72	0	7	20	1.08
43362363--43362391	8	3.6	8	100	0	58	44	27	0	27	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43362850--43362973	46	2.7	45	73	3	115	26	20	16	37	1.93
43368979--43369012	17	2.0	17	94	0	59	58	8	11	20	1.59
43369123--43369152	14	2.1	15	93	6	53	0	40	0	60	0.97
43376392--43376566	90	1.9	90	90	0	278	29	21	16	33	1.95
43377197--43377314	57	2.1	58	85	4	159	29	16	5	47	1.71
43381924--43382172	117	2.1	117	96	0	462	27	18	12	41	1.87
43390894--43391097	40	5.1	39	82	4	212	26	26	21	24	1.99
43392827--43392859	17	1.9	17	93	0	57	33	3	9	54	1.47
43395191--43395455	119	2.2	122	87	3	387	23	22	28	24	1.99
43395191--43395455	40	6.7	40	89	2	374	23	22	28	24	1.99
43395191--43395488	119	2.5	119	82	7	345	24	22	28	24	1.99
43396958--43397011	17	3.1	17	86	2	72	31	18	14	35	1.91
43397441--43397493	23	2.2	24	80	10	63	39	28	13	18	1.88
43397450--43397528	23	3.4	23	76	0	77	40	29	13	16	1.87
43401086--43401261	46	3.8	46	78	12	207	20	21	29	28	1.98
43401083--43401254	93	1.8	93	94	0	308	20	22	29	27	1.98
43402520--43402574	28	2.0	28	100	0	110	20	10	21	47	1.80
43404198--43404235	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
43410501--43410563	27	2.4	27	89	7	94	20	9	25	44	1.82
43410893--43411062	40	4.2	40	85	3	209	25	27	22	24	2.00
43410893--43411062	80	2.1	80	87	2	243	25	27	22	24	2.00
43418842--43419002	40	4.0	40	80	4	164	26	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43422822--43422962	9	15.7	9	84	0	174	29	0	24	46	1.58
43423234--43423297	16	4.2	16	73	18	64	56	0	0	43	0.99
43423229--43423295	29	2.3	28	85	7	98	59	0	0	40	0.97
43423240--43423284	14	3.1	14	75	6	54	53	0	0	46	1.00
43423987--43424124	67	2.1	67	95	0	249	21	15	21	41	1.90
43427058--43427158	26	3.9	26	90	2	141	44	3	5	45	1.46
43427128--43427171	16	2.6	17	79	13	56	43	4	4	47	1.44
43427189--43427217	15	1.9	15	100	0	58	31	48	0	20	1.50
43427356--43427441	7	11.9	7	68	7	55	48	27	0	23	1.51
43427897--43427968	36	2.0	37	88	2	110	33	22	15	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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