genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20327066--20327116	22	2.3	23	82	3	59	45	11	3	39	1.59
20329067--20329109	17	2.5	17	82	14	52	74	9	4	11	1.20
20329781--20329846	34	1.9	34	100	0	132	33	16	12	37	1.86
20333880--20334028	42	3.5	42	92	0	253	30	14	32	22	1.94
20334037--20334106	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
20340298--20340398	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
20348251--20348351	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
20352752--20352965	40	5.7	40	80	14	127	24	27	21	26	2.00
20352839--20352965	38	3.3	39	89	7	179	24	25	22	27	2.00
20360869--20361092	40	5.7	41	87	6	270	24	26	21	27	2.00
20360897--20361092	39	4.9	40	90	7	278	24	26	21	28	1.99
20360897--20361092	79	2.5	79	85	12	285	24	26	21	28	1.99
20369666--20369698	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
20372574--20372666	6	17.8	5	73	20	68	76	1	4	18	1.01
20372574--20372669	49	2.0	49	83	8	124	77	1	4	17	0.99
20378041--20378073	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
20381814--20381856	21	2.0	21	100	0	86	48	9	9	32	1.67
20383363--20383416	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
20384039--20384223	43	4.3	43	79	0	192	30	29	16	22	1.96
20384848--20384924	23	3.3	23	70	13	59	40	20	5	33	1.75
20384858--20384953	46	2.1	46	84	0	120	40	18	5	35	1.73
20384860--20384944	23	3.7	23	78	6	82	38	20	4	36	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20384952--20384979	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
20389529--20389587	28	2.1	28	100	0	118	45	25	11	16	1.82
20392291--20392320	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
20392633--20393327	23	30.4	22	71	13	374	38	22	5	33	1.77
20392710--20393327	46	13.5	46	74	6	427	38	22	5	33	1.77
20392646--20393078	206	2.1	206	87	2	629	39	21	5	33	1.76
20392634--20393324	91	7.6	92	77	9	433	38	22	5	33	1.77
20394402--20394433	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
20395109--20395241	29	4.6	29	87	3	171	31	15	24	27	1.96
20397797--20397878	37	2.2	37	85	8	114	54	7	12	25	1.62
20399426--20399490	3	21.7	3	100	0	130	32	0	0	67	0.91
20399799--20399919	29	4.1	29	66	17	79	24	0	24	49	1.56
20400258--20400534	40	7.0	40	86	3	384	24	20	22	32	1.98
20400258--20400534	78	3.5	78	89	3	398	24	20	22	32	1.98
20403203--20403227	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
20407755--20407791	12	3.0	12	84	7	56	59	0	5	35	1.20
20407755--20407788	13	2.7	13	86	4	52	58	0	5	35	1.22
20407748--20407805	25	2.3	26	81	6	73	60	0	3	36	1.14
20407784--20407819	17	2.1	17	90	10	56	66	0	0	33	0.92
20409394--20409768	44	8.6	44	86	1	466	28	26	14	30	1.95
20409704--20409837	68	2.0	66	84	5	171	29	23	14	32	1.94
20409770--20410129	44	8.2	44	87	2	501	29	26	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20409440--20410098	330	2.0	330	90	0	1050	28	26	14	30	1.95
20418499--20418562	27	2.3	29	78	10	71	50	3	3	43	1.33
20418740--20418776	12	3.0	12	84	7	56	59	0	5	35	1.20
20418740--20418773	13	2.7	13	86	4	52	58	0	5	35	1.22
20418672--20418788	46	2.5	47	74	12	116	58	0	5	34	1.28
20421428--20421488	31	2.0	29	87	6	86	50	4	3	40	1.40
20421952--20422014	25	2.5	25	85	10	85	36	3	0	60	1.13
20421952--20422013	24	2.5	24	87	7	81	37	3	0	59	1.13
20433953--20434020	36	2.0	33	82	8	82	45	0	2	51	1.16
20436127--20436233	47	2.3	47	86	3	153	14	16	24	43	1.86
20436203--20436259	22	2.6	21	86	5	69	15	15	24	43	1.86
20442749--20442903	77	2.0	77	97	0	292	32	22	18	25	1.97
20448869--20448922	22	2.5	22	84	6	65	51	1	3	42	1.30
20453815--20453937	48	2.6	48	83	5	153	26	17	27	27	1.98
20453813--20453980	46	3.6	46	77	7	160	27	17	28	26	1.97
20453811--20454024	94	2.3	94	80	1	232	27	19	27	25	1.99
20454531--20454578	21	2.2	21	88	3	69	20	20	27	31	1.98
20454540--20454579	21	1.9	21	100	0	80	17	27	30	25	1.97
20454540--20454593	21	2.6	21	87	0	63	16	33	27	22	1.95
20461061--20461186	49	2.6	49	84	3	146	28	22	27	21	1.99
20462389--20462428	21	2.0	21	85	5	55	12	37	27	22	1.90
20469442--20469570	40	3.3	40	82	7	131	24	24	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20469389--20469535	78	1.9	80	83	8	194	24	23	28	23	1.99
20477425--20477606	40	4.6	40	79	8	185	24	24	27	23	2.00
20477425--20477606	78	2.3	80	81	6	201	24	24	27	23	2.00
20484672--20484726	27	2.0	27	100	0	110	14	21	18	45	1.85
20486030--20486176	74	2.0	74	94	0	258	34	20	23	21	1.97
20487856--20487985	40	3.3	39	82	4	163	23	24	27	23	2.00
20495910--20496039	40	3.3	39	82	4	163	23	24	27	23	2.00
20495873--20496039	80	2.1	79	81	5	194	25	24	26	22	2.00
20498994--20499149	41	3.8	41	89	6	237	25	20	30	23	1.99
20501515--20501721	53	3.8	54	76	1	191	20	23	17	38	1.93
20503288--20503451	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
20503288--20503485	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
20508924--20508990	32	2.1	32	85	0	89	46	17	7	28	1.75
20511326--20511392	31	2.2	31	83	5	82	59	14	5	19	1.56
20511640--20511736	21	4.6	21	74	5	88	6	48	15	29	1.69
20517354--20517593	9	27.1	9	76	6	186	35	2	13	48	1.56
20517354--20517586	26	8.8	27	83	4	208	35	2	13	48	1.56
20517383--20517562	17	10.4	17	82	4	103	36	3	11	49	1.55
20517390--20517586	44	4.3	44	85	9	268	35	3	12	49	1.56
20517698--20517753	15	3.8	15	79	11	71	58	0	0	41	0.98
20517702--20517783	29	2.8	29	83	7	103	56	2	1	40	1.20
20517957--20518027	24	3.0	24	87	0	97	43	7	19	29	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20518075--20518209	64	2.1	64	97	0	252	46	3	11	37	1.58
20518983--20519008	7	3.7	7	100	0	52	69	15	15	0	1.20
20520830--20520876	19	2.4	20	85	7	69	34	0	40	25	1.56
20521151--20521467	147	2.1	148	81	6	367	34	18	18	28	1.95
20521909--20522119	108	2.0	105	81	11	245	26	3	27	42	1.71
20522097--20522145	14	3.4	14	72	5	53	22	4	36	36	1.73
20522092--20522148	29	2.0	29	100	0	114	22	7	35	35	1.82
20522727--20522868	41	3.5	40	80	7	135	24	20	16	38	1.92
20522761--20522877	41	2.9	41	86	0	153	26	20	17	35	1.95
20522925--20522950	12	2.2	12	100	0	52	53	30	7	7	1.57
20525343--20525383	6	6.5	6	89	10	64	80	2	0	17	0.82
20525346--20525385	20	2.0	20	95	0	71	77	5	0	17	0.94
20525403--20525479	9	8.6	9	87	5	111	25	9	20	44	1.81
20532624--20532732	45	2.3	46	84	7	132	33	8	29	29	1.86
20533390--20533467	38	2.1	38	100	0	156	26	10	17	44	1.81
20533563--20533593	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
20540608--20540842	40	5.9	40	90	1	373	22	21	28	27	1.99
20540613--20540838	79	2.8	80	91	0	364	22	21	28	27	1.99
20540608--20540842	119	2.0	120	92	0	391	22	21	28	27	1.99
20544661--20544769	45	2.3	46	87	7	150	33	10	29	27	1.89
20544840--20544924	40	2.2	40	84	2	109	17	22	31	28	1.97
20553757--20553798	22	2.0	22	90	4	68	21	26	40	11	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20556523--20556794	48	5.7	48	83	2	244	22	30	19	27	1.98
20562357--20562407	25	2.0	25	96	0	93	25	19	13	41	1.88
20564977--20565354	144	2.6	142	81	5	447	25	28	19	26	1.99
20564977--20565354	48	7.9	48	76	10	328	25	28	19	26	1.99
20570709--20570747	20	2.0	20	85	5	53	51	15	5	28	1.64
20571544--20571575	17	1.9	17	93	6	57	15	37	25	21	1.93
20571695--20571883	91	2.1	91	86	1	263	17	39	22	20	1.92
20578037--20578075	20	2.0	20	85	5	53	51	15	5	28	1.64
20582047--20582096	20	2.3	23	71	28	56	38	8	8	46	1.63
20582663--20582701	12	3.0	13	78	14	53	53	0	0	46	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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