genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.361.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111551210--111551319	55	2.0	56	92	1	186	38	11	10	39	1.77
111553781--111553811	15	2.1	15	93	0	53	41	9	19	29	1.83
111554179--111554405	48	4.8	46	77	8	186	23	29	18	28	1.98
111554174--111554405	96	2.4	93	81	9	261	23	29	18	28	1.98
111554224--111554396	48	3.6	49	84	4	201	22	28	18	30	1.97
111557757--111557845	44	2.0	44	82	8	110	17	22	26	32	1.97
111558092--111558141	23	2.2	23	92	0	82	26	20	16	38	1.92
111558092--111558217	21	5.8	22	78	7	107	22	22	19	36	1.95
111558392--111558430	18	2.1	19	85	4	53	46	0	23	30	1.53
111559087--111559155	22	3.1	22	77	8	77	21	24	14	39	1.91
111566367--111566423	19	3.1	19	77	7	55	54	5	1	38	1.33
111566429--111566497	10	6.6	10	76	12	50	63	4	1	30	1.22
111569589--111569662	25	3.0	25	67	11	62	18	22	22	35	1.96
111582976--111583122	39	3.8	39	93	0	249	28	21	27	22	1.99
111585152--111585249	17	5.4	17	65	13	61	48	16	3	31	1.61
111585143--111585254	37	3.0	37	96	0	206	45	16	4	33	1.68
111588045--111588201	53	2.9	53	80	6	172	45	17	10	26	1.81
111594517--111594699	79	2.3	81	85	7	250	25	27	22	25	2.00
111594515--111594699	40	4.7	40	84	9	245	25	27	22	24	2.00
111601244--111601281	19	2.0	19	89	0	58	26	15	7	50	1.72
111602914--111602983	27	2.7	25	81	14	79	20	28	18	32	1.96
111605444--111605631	47	3.9	47	81	8	186	23	21	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111605434--111605604	23	7.2	23	76	10	159	22	21	21	35	1.96
111605434--111605631	70	2.8	71	77	7	197	23	21	20	34	1.96
111609616--111609658	10	4.3	10	80	11	52	69	2	4	23	1.18
111611959--111612200	46	5.3	46	84	0	286	30	22	14	32	1.93
111611959--111612209	138	1.8	138	85	1	351	30	23	14	31	1.94
111611967--111612235	92	2.9	92	80	0	304	31	23	14	30	1.94
111612588--111612631	5	8.8	5	100	0	88	61	0	0	38	0.96
111613949--111614011	23	2.8	22	82	4	81	39	15	12	31	1.85
111613970--111614036	23	2.9	24	80	8	84	44	11	11	31	1.78
111618522--111618667	72	2.0	72	93	0	247	27	26	16	29	1.97
111620536--111620574	21	1.9	20	84	5	51	64	20	7	7	1.45
111625204--111625245	11	3.8	11	85	14	52	45	0	7	47	1.30
111627769--111627869	48	2.1	48	81	3	114	29	15	22	31	1.95
111631309--111631347	21	1.9	20	85	15	53	48	5	12	33	1.63
111633383--111633415	15	2.2	15	100	0	66	39	24	6	30	1.79
111644742--111644867	19	6.9	18	88	5	175	36	15	11	37	1.83
111644742--111644859	35	3.3	35	95	3	200	36	14	11	37	1.83
111644742--111644864	17	6.8	18	87	10	96	36	14	11	37	1.82
111645257--111646256	207	4.8	207	94	0	1635	29	23	17	29	1.97
111646262--111646464	87	2.4	82	86	8	273	22	22	24	31	1.99
111647411--111647448	9	4.4	9	83	9	53	2	13	0	84	0.73
111647418--111647453	17	2.1	18	94	5	65	5	13	0	80	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111649345--111649401	3	19.0	3	100	0	114	33	0	0	66	0.92
111650321--111650486	39	4.3	39	90	3	239	28	27	22	21	1.99
111652765--111652814	20	2.5	20	100	0	100	62	14	14	10	1.55
111653020--111653126	17	5.9	18	85	6	146	36	13	11	39	1.80
111653020--111653126	35	3.0	35	94	4	178	36	13	11	39	1.80
111654202--111654327	19	6.9	18	88	5	175	36	15	11	37	1.83
111654202--111654319	35	3.3	35	95	3	200	36	14	11	37	1.83
111654202--111654324	17	6.8	18	87	10	96	36	14	11	37	1.82
111654708--111655418	207	3.4	207	91	0	1118	29	23	17	29	1.97
111655550--111655835	86	3.4	83	83	7	371	23	22	22	32	1.98
111655546--111655835	83	3.4	83	84	4	384	23	21	21	32	1.98
111656847--111656900	7	7.7	7	76	15	58	0	12	0	87	0.56
111656849--111656900	18	2.9	17	91	8	86	0	13	0	86	0.57
111656847--111656900	24	2.3	23	90	6	81	0	12	0	87	0.56
111662580--111662705	19	6.9	18	88	5	175	36	15	11	37	1.83
111662580--111662697	35	3.3	35	95	3	200	36	14	11	37	1.83
111662580--111662702	17	6.8	18	87	10	96	36	14	11	37	1.82
111665916--111665992	20	3.8	20	79	5	73	40	15	18	25	1.90
111665904--111665987	21	4.1	21	76	10	68	41	15	19	23	1.89
111667007--111667087	38	2.1	38	93	0	135	28	18	25	27	1.98
111668171--111668324	77	2.0	77	97	0	290	36	8	12	42	1.73
111669249--111669317	31	2.3	31	85	7	88	46	20	10	23	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111671188--111671309	51	2.3	52	91	6	203	27	13	8	50	1.71
111671655--111671694	16	2.4	16	91	4	62	55	0	0	45	0.99
111679649--111679707	31	1.9	31	96	0	109	25	8	15	50	1.71
111684417--111684471	27	2.0	27	89	0	83	23	12	27	36	1.91
111689287--111689321	6	5.5	6	93	6	52	14	0	0	85	0.59
111689287--111689321	7	5.3	7	96	3	56	14	0	0	85	0.59
111689287--111689321	13	2.8	12	87	12	52	14	0	0	85	0.59
111689616--111689668	11	4.9	10	84	9	61	28	30	0	41	1.56
111689616--111689668	22	2.4	22	84	6	72	28	30	0	41	1.56
111689654--111689697	21	2.0	22	86	4	63	22	18	9	50	1.75
111691460--111691502	18	2.4	18	92	0	68	20	27	6	44	1.77
111691634--111691700	34	2.0	34	100	0	134	23	31	5	38	1.79
111693323--111693374	24	2.2	24	86	3	70	53	30	0	15	1.42
111693319--111693970	157	4.1	159	87	6	960	43	20	1	34	1.60
111693943--111693979	16	2.3	16	90	0	65	51	32	0	16	1.45
111694942--111694993	15	3.5	15	74	10	52	25	15	17	42	1.88
111696573--111696663	37	2.5	37	89	1	130	16	13	31	38	1.87
111697984--111698040	29	2.0	29	96	0	105	40	10	19	29	1.85
111701854--111701916	33	1.9	32	84	9	83	38	0	7	53	1.30
111702573--111702606	17	1.9	18	88	5	52	41	0	23	35	1.55
111705633--111705720	23	4.0	23	82	7	92	20	18	21	39	1.92
111708185--111708219	18	1.9	18	94	0	61	40	48	2	8	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111708248--111708288	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
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111711373--111711475	20	5.2	20	67	9	75	40	18	24	16	1.90
111711308--111711476	40	4.2	40	86	0	212	40	17	24	17	1.91
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111717864--111718002	60	2.3	61	81	8	160	26	25	19	28	1.99
111722019--111722157	60	2.3	60	80	10	151	28	25	17	28	1.97
111732953--111733218	46	6.0	45	85	8	339	21	23	15	39	1.92
111733131--111733206	38	2.0	38	100	0	152	21	26	18	34	1.96
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111742592--111742698	40	2.7	40	75	2	108	31	13	29	25	1.93
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111753013--111753232	46	5.0	46	82	10	253	21	23	15	40	1.90
111753145--111753219	38	2.0	38	100	0	150	21	24	18	36	1.95
111755368--111755419	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
111757314--111757418	46	2.3	47	91	3	169	34	15	17	33	1.91
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111759474--111759536	25	2.5	24	77	10	63	33	7	3	55	1.45
111762864--111763041	46	3.8	46	80	4	223	28	28	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111762871--111763042	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	22	1.99
111769871--111770042	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
111769864--111770039	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
111777435--111777606	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
111777428--111777603	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
111779731--111779810	39	2.1	39	97	0	151	23	23	17	35	1.96
111780236--111780348	54	2.1	54	98	0	217	39	21	22	16	1.92
111782392--111782416	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
111782545--111782631	26	3.3	25	78	9	75	28	3	4	63	1.31
111782571--111782631	28	2.1	29	84	3	79	27	1	6	63	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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