genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.287.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  287  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89001989--89002044	11	5.5	11	75	16	66	33	19	10	35	1.87
89001989--89002061	9	7.4	10	73	17	64	35	19	9	35	1.84
89009974--89010046	25	2.9	26	91	6	123	26	20	26	27	1.99
89010096--89010142	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
89017584--89017655	28	2.5	29	91	6	112	30	15	26	27	1.96
89025486--89025586	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
89030217--89030274	26	2.2	27	81	3	64	29	17	13	39	1.88
89030258--89030807	27	20.6	26	79	9	386	31	10	20	38	1.85
89030258--89030807	54	10.3	54	83	6	559	31	10	20	38	1.85
89030295--89030808	53	9.6	54	84	4	580	31	10	19	38	1.85
89031124--89031187	28	2.3	28	88	0	92	26	35	17	20	1.94
89032198--89032364	46	3.6	45	81	7	192	23	29	18	27	1.98
89034108--89034258	56	2.7	55	89	4	216	28	16	22	32	1.96
89035502--89035535	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
89042282--89042392	40	2.8	39	83	9	127	22	27	25	24	2.00
89051850--89051890	20	2.0	20	90	0	64	39	24	14	21	1.91
89051738--89051968	98	2.4	98	91	0	363	35	25	17	21	1.95
89052019--89052101	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
89052325--89052593	27	10.0	27	82	3	308	27	19	16	36	1.93
89052331--89052593	81	3.2	81	85	0	355	27	18	16	37	1.92
89052577--89053372	27	29.7	27	79	8	788	31	9	19	39	1.84
89052334--89053372	54	19.4	54	75	11	535	30	11	19	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89052577--89053372	107	7.4	107	82	5	746	31	9	19	39	1.84
89052577--89053320	161	4.6	160	85	5	765	31	9	19	39	1.83
89065159--89065296	66	2.1	66	80	2	152	14	24	18	42	1.87
89070915--89070973	9	6.6	9	79	11	59	35	0	16	47	1.47
89070890--89071030	49	3.0	47	90	8	218	36	2	14	46	1.60
89071620--89071662	19	2.2	20	87	4	61	62	4	2	30	1.28
89074265--89074296	14	2.3	14	94	0	55	34	0	25	40	1.56
89075851--89075990	40	3.5	40	79	7	158	25	14	25	34	1.94
89081045--89081156	55	2.0	55	84	0	143	18	26	28	25	1.98
89081404--89081486	40	2.1	40	90	0	130	21	18	22	37	1.94
89084884--89084985	27	3.8	27	81	10	111	34	21	23	20	1.97
89085382--89085413	16	1.9	17	93	6	57	9	21	18	50	1.75
89086594--89086701	26	4.2	26	91	0	180	36	23	7	33	1.83
89090227--89090252	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
89102933--89103072	40	3.5	40	84	3	147	25	17	25	32	1.96
89102960--89103085	40	3.0	41	79	8	132	26	15	25	32	1.96
89112379--89112404	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
89112855--89113037	24	7.6	24	94	0	294	21	18	25	34	1.96
89112855--89113059	48	4.3	48	88	3	234	22	18	24	34	1.96
89118684--89118729	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
89120091--89120257	40	4.2	40	80	4	169	23	26	22	26	2.00
89120107--89120216	39	2.8	40	84	8	136	22	29	24	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89128054--89128219	40	4.2	40	79	6	160	24	25	22	27	2.00
89129948--89130156	40	5.2	40	87	3	296	22	28	24	25	1.99
89129948--89130156	79	2.6	78	88	3	283	22	28	24	25	1.99
89132559--89132933	112	3.3	113	80	11	369	25	16	22	36	1.94
89132992--89133118	57	2.2	58	90	1	193	20	39	3	36	1.71
89135325--89135398	21	3.2	24	66	23	59	39	14	6	39	1.73
89135474--89135504	9	3.4	9	90	0	53	51	19	0	29	1.47
89135507--89135536	13	2.3	13	100	0	60	53	10	0	36	1.35
89135482--89135692	56	3.8	56	91	3	352	48	17	0	33	1.51
89135482--89135692	113	1.9	112	93	3	361	48	17	0	33	1.51
89135461--89135705	113	2.2	107	83	10	348	48	16	0	34	1.50
89135646--89135766	9	13.6	9	71	12	63	42	20	2	33	1.65
89135663--89135749	36	2.5	36	84	3	124	45	18	2	33	1.62
89141311--89141341	15	2.0	16	93	6	55	32	16	51	0	1.44
89141317--89141413	21	4.6	21	81	10	126	29	19	49	1	1.55
89141317--89141432	42	2.8	40	82	10	135	31	18	47	2	1.63
89141714--89141765	22	2.4	22	96	0	95	28	5	34	30	1.81
89141801--89142067	43	6.2	42	90	5	351	24	29	23	22	1.99
89141827--89142067	86	2.8	86	92	2	394	24	30	23	21	1.99
89143731--89143885	41	3.8	41	82	0	168	20	20	16	42	1.89
89144170--89144210	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
89146881--89146969	38	2.3	38	84	5	108	47	5	4	42	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89148798--89148849	24	2.2	24	82	0	59	53	11	1	32	1.48
89151179--89151416	49	4.8	49	82	3	296	29	25	16	28	1.97
89151180--89151423	100	2.5	99	84	2	310	29	26	17	27	1.97
89153958--89154010	24	2.2	24	93	0	88	58	30	3	7	1.43
89154129--89154180	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
89156096--89156147	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
89167951--89168009	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
89167955--89168009	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
89168060--89168226	24	7.0	24	90	6	241	29	22	22	25	1.99
89168060--89168207	71	2.1	72	91	3	237	30	21	22	25	1.99
89168401--89168461	31	2.0	31	96	0	113	36	16	22	24	1.94
89169612--89169768	28	5.7	27	72	11	122	31	15	28	25	1.96
89169611--89169775	54	3.0	55	83	5	199	31	16	27	24	1.96
89169611--89169793	56	3.3	55	82	7	228	30	16	27	25	1.97
89169693--89169801	28	3.9	27	78	7	112	30	20	26	22	1.98
89174431--89174577	54	2.7	55	86	4	199	32	14	27	25	1.95
89174500--89174603	28	3.7	28	77	7	95	29	19	26	24	1.98
89174495--89174605	56	2.0	56	82	3	134	30	18	27	23	1.97
89190056--89190227	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
89190049--89190224	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
89197165--89197336	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
89197158--89197333	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89209366--89209402	18	2.1	18	94	0	65	45	0	24	29	1.53
89211676--89211867	40	4.8	40	88	1	251	26	23	26	24	2.00
89219419--89219596	51	3.5	51	84	6	218	25	30	15	28	1.96
89219449--89219593	52	2.9	51	86	8	206	27	31	14	26	1.95
89221512--89221547	18	2.0	18	100	0	72	33	16	22	27	1.95
89222046--89222129	43	2.0	43	100	0	168	42	19	8	29	1.80
89225804--89225981	52	3.5	51	86	4	236	27	28	14	29	1.95
89230937--89230987	27	2.0	25	88	7	75	13	17	23	45	1.84
89231254--89231365	29	3.9	29	74	6	95	26	28	15	29	1.96
89231571--89231609	16	2.4	16	91	0	60	15	20	15	48	1.81
89232831--89232863	16	2.1	16	94	0	57	12	3	33	51	1.54
89240989--89241100	27	4.2	26	84	7	134	16	23	23	37	1.93
89240989--89241100	54	2.1	54	88	3	163	16	23	23	37	1.93
89244961--89245059	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
89253360--89253523	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
89253360--89253557	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
89259174--89259315	40	3.6	40	91	2	225	23	23	26	26	2.00
89262585--89262663	34	2.3	33	86	4	104	24	20	22	32	1.97
89264154--89264315	43	3.8	42	81	7	182	32	24	17	26	1.97
89264154--89264315	86	1.9	85	83	8	213	32	24	17	26	1.97
89274821--89274955	55	2.5	55	76	4	137	29	30	25	14	1.95
89282965--89283137	27	6.4	27	87	1	231	24	21	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89289765--89289824	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
89290508--89290569	27	2.3	26	83	8	72	37	16	19	27	1.93
89290562--89290757	27	7.3	27	83	4	218	27	20	16	35	1.94
89290563--89290757	54	3.6	53	85	5	257	26	20	16	35	1.94
89292470--89292503	8	4.1	8	92	7	59	88	0	0	11	0.52
89292470--89292503	17	2.0	17	100	0	68	88	0	0	11	0.52
89294501--89294566	23	3.0	22	88	6	89	36	22	18	22	1.95
89294499--89294569	22	3.2	22	86	7	99	36	21	19	22	1.95
89294497--89294615	45	2.6	45	80	10	118	37	19	21	21	1.94
89300123--89300225	27	3.6	27	80	7	107	31	25	13	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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