genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  190  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57632608--57632775	40	4.2	40	75	6	153	25	22	26	25	2.00
57639914--57640165	47	5.3	47	91	2	362	29	31	8	30	1.87
57639964--57640042	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
57639914--57640165	96	2.7	95	90	3	366	29	31	8	30	1.87
57644392--57644476	28	3.0	28	85	3	116	29	22	11	36	1.90
57644913--57644967	27	1.9	30	82	10	71	29	25	0	45	1.54
57645749--57645789	19	2.1	19	86	13	57	26	34	4	34	1.78
57647683--57647860	40	4.5	40	80	10	188	26	20	26	26	1.99
57647683--57647860	80	2.2	80	83	6	227	26	20	26	26	1.99
57654409--57654443	16	2.2	16	89	0	52	60	14	22	2	1.48
57655115--57655196	34	2.4	32	82	7	101	28	21	23	26	1.99
57660933--57661083	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
57660969--57661099	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
57674098--57674191	40	2.4	39	82	10	111	29	27	14	27	1.96
57679265--57679385	61	2.0	61	96	0	224	39	9	19	31	1.84
57681366--57681464	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
57689050--57689148	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
57690858--57691080	43	5.2	43	88	5	292	32	16	19	31	1.94
57695928--57696090	39	4.2	39	92	0	254	22	20	32	24	1.98
57700493--57700690	43	4.6	43	90	3	301	32	16	19	30	1.94
57701657--57701779	34	3.8	33	73	11	114	27	24	22	25	2.00
57710453--57710537	25	3.4	25	85	0	107	31	18	21	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57710442--57710561	50	2.4	49	77	2	123	32	20	19	27	1.97
57712520--57712667	52	2.9	51	91	4	237	29	12	28	29	1.93
57712526--57712697	52	3.4	52	87	6	194	29	13	27	29	1.95
57719550--57719582	16	1.9	18	88	11	52	33	12	12	42	1.79
57721977--57722293	47	6.8	47	72	11	154	29	19	29	21	1.98
57721980--57722152	93	1.9	93	82	2	222	29	20	28	21	1.98
57722070--57722293	47	4.8	46	75	11	165	29	19	29	21	1.98
57722032--57722294	140	1.9	141	82	8	331	30	18	28	22	1.98
57722029--57722296	93	2.9	94	76	13	252	29	19	28	22	1.98
57729460--57729804	94	3.7	93	76	12	323	28	20	28	22	1.98
57729460--57729804	47	7.4	47	72	16	159	28	20	28	22	1.98
57729460--57729806	141	2.5	143	77	11	367	28	20	28	22	1.99
57733625--57733754	40	3.3	39	82	4	163	23	27	24	23	2.00
57745483--57745583	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
57747607--57747790	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
57747647--57747835	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
57755716--57755899	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
57755756--57755944	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
57758488--57758582	43	2.2	44	81	14	117	22	14	29	33	1.94
57760468--57760620	40	3.8	40	78	9	143	22	23	28	25	2.00
57767623--57767734	40	2.8	40	82	8	138	23	24	28	24	2.00
57767623--57767767	40	3.7	40	78	9	129	22	24	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57771533--57771707	45	3.8	49	78	15	183	28	28	21	21	1.99
57771538--57771707	93	1.8	92	96	1	313	28	29	21	21	1.98
57772125--57772184	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
57781018--57781652	49	13.1	49	92	5	1042	34	8	27	30	1.87
57781018--57781652	145	4.4	146	93	4	1033	34	8	27	30	1.87
57781489--57781566	39	2.0	39	100	0	156	33	5	28	33	1.79
57781437--57781615	88	2.0	90	94	2	317	34	7	26	31	1.84
57781721--57781807	37	2.3	36	92	5	138	21	19	33	25	1.97
57783422--57783592	93	1.8	93	89	0	270	27	27	22	22	1.99
57783421--57783589	46	3.7	44	77	12	162	27	27	22	22	1.99
57784018--57784077	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
57788014--57788144	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
57788014--57788144	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
57795971--57796101	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
57795971--57796101	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
57806115--57806174	30	2.0	30	93	0	102	33	20	33	13	1.91
57811523--57811667	40	3.6	40	86	6	195	22	26	24	26	2.00
57817070--57817208	40	3.5	39	79	4	129	25	24	28	21	1.99
57823483--57823512	15	1.9	16	93	6	53	40	0	0	60	0.97
57826782--57826815	16	2.1	17	88	5	52	64	5	11	17	1.45
57829247--57829284	17	2.2	17	95	0	67	10	0	36	52	1.36
57829253--57829291	17	2.3	17	86	0	51	12	0	28	58	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57829419--57829457	17	2.5	16	88	12	55	12	0	35	51	1.40
57829441--57829777	114	2.9	114	96	1	613	42	4	19	34	1.71
57829830--57830072	135	1.8	132	87	6	366	38	4	19	37	1.71
57830112--57830546	126	3.5	126	89	0	676	37	15	18	28	1.91
57832223--57832389	39	4.3	39	87	0	235	22	26	18	32	1.97
57838924--57839086	39	4.2	39	92	0	263	23	25	18	33	1.97
57842465--57842511	21	2.2	22	88	3	69	8	12	44	34	1.73
57842759--57842801	18	2.4	18	88	0	59	44	11	27	16	1.82
57843418--57843471	7	7.7	7	95	0	99	59	12	0	27	1.34
57845627--57845789	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
57853546--57853708	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
57855651--57855697	22	2.2	21	85	14	62	46	8	17	27	1.76
57856941--57856993	14	3.9	13	77	15	54	50	0	3	45	1.19
57865873--57865931	30	1.9	31	83	10	77	62	0	16	20	1.32
57867066--57867110	23	2.0	23	83	16	58	13	20	26	40	1.89
57872634--57872881	49	5.0	50	79	3	268	26	17	26	30	1.97
57877820--57877897	25	3.1	25	78	7	95	30	21	20	26	1.98
57881670--57881794	49	2.7	47	81	5	119	28	16	30	24	1.97
57883542--57883566	9	2.8	9	100	0	50	12	76	0	12	1.04
57889167--57889283	49	2.4	49	78	12	132	26	23	28	22	1.99
57890413--57890454	22	2.0	22	90	4	68	14	40	23	21	1.90
57891285--57891397	26	4.5	26	71	13	67	17	24	19	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57891873--57891952	42	1.9	42	82	5	99	23	30	25	21	1.99
57902204--57902349	40	3.7	40	81	0	157	25	26	21	26	1.99
57909976--57910009	16	2.2	15	89	5	50	23	2	23	50	1.63
57920620--57920644	13	1.9	13	100	0	50	8	8	16	68	1.38
57927010--57927083	29	2.5	28	84	4	85	31	33	14	20	1.93
57934924--57935058	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
57934870--57935059	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
57938187--57939186	47	21.2	47	94	0	1658	28	30	9	32	1.88
57938305--57938380	22	3.3	22	67	16	64	28	28	10	31	1.90
57938281--57938358	25	3.2	25	67	17	74	32	29	5	33	1.79
57945039--57945087	23	2.1	23	100	0	98	32	16	16	34	1.91
57945221--57945898	241	2.8	241	96	0	1239	33	18	14	33	1.91
57946018--57946145	9	13.6	9	73	9	103	46	20	0	32	1.56
57946035--57946112	39	2.0	39	94	0	138	44	21	0	33	1.53
57946031--57946143	57	2.0	57	85	0	154	45	22	0	31	1.59
57950924--57951027	30	3.4	30	94	1	181	27	25	16	30	1.96
57951233--57951292	25	2.4	25	84	13	79	28	21	18	31	1.97
57952099--57952163	27	2.4	27	81	0	76	21	23	16	38	1.93
57952215--57952267	27	2.0	27	85	7	72	33	13	13	39	1.83
57952215--57952296	29	2.9	28	80	10	80	32	9	15	41	1.80
57952278--57952404	27	4.8	25	77	6	101	27	7	22	42	1.81
57952304--57952404	27	3.7	27	76	3	114	28	8	22	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57952278--57952412	54	2.5	54	77	4	148	28	8	21	40	1.83
57952424--57952607	27	6.8	27	92	0	278	40	9	22	28	1.84
57952423--57952634	81	2.6	81	83	0	235	39	8	21	29	1.84
57955824--57955866	22	1.9	23	95	4	79	44	23	18	13	1.86
57957202--57957288	27	3.3	27	91	1	131	41	22	6	28	1.80
57957217--57957304	27	3.3	27	88	3	115	42	20	7	29	1.80
57957300--57957414	27	4.3	27	82	0	140	33	15	23	27	1.95
57957299--57957412	54	2.1	54	85	0	156	34	14	23	28	1.93
57959345--57959466	6	19.8	6	66	14	61	47	12	18	21	1.81
57959357--57959444	37	2.4	37	90	0	140	44	12	20	22	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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