genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  195  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59337261--59337457	55	3.6	54	85	4	263	36	16	24	22	1.94
59346344--59346983	49	13.3	49	94	2	1014	31	8	30	29	1.86
59356011--59356175	44	3.6	45	76	11	167	29	17	28	24	1.97
59356006--59356226	93	2.4	91	82	9	252	29	17	28	23	1.97
59360712--59360772	30	2.0	30	83	0	77	39	8	22	29	1.83
59369652--59369802	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
59369689--59369818	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
59377707--59377856	40	3.8	40	84	3	212	25	28	22	23	1.99
59385623--59385793	40	4.3	40	83	6	224	26	26	22	23	2.00
59385623--59385793	79	2.2	79	89	4	256	26	26	22	23	2.00
59387425--59387470	24	1.9	24	90	0	74	26	30	19	23	1.98
59392852--59392998	47	3.2	46	64	22	119	24	22	9	43	1.83
59392831--59393017	91	2.0	92	98	1	367	25	22	8	43	1.81
59393662--59393811	40	3.8	40	84	3	212	25	28	22	23	1.99
59401631--59401793	40	4.1	40	84	3	222	27	26	21	23	1.99
59401627--59401793	80	2.1	79	87	4	248	27	26	22	23	1.99
59406410--59406450	20	2.0	21	85	4	57	31	4	2	60	1.30
59409362--59409396	18	2.0	18	88	5	54	42	20	8	28	1.81
59414439--59414470	16	2.1	16	94	5	57	43	34	9	12	1.75
59415701--59415731	16	1.9	16	93	0	53	45	9	25	19	1.81
59415948--59416091	29	5.0	29	84	1	139	26	15	28	29	1.96
59415984--59416100	58	2.0	57	85	1	153	24	16	30	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59417392--59417665	115	2.4	115	79	4	313	30	13	24	32	1.93
59417620--59417822	28	7.4	28	74	7	148	27	14	24	34	1.94
59417622--59417822	55	3.6	55	76	5	172	27	13	23	34	1.93
59418597--59418621	13	1.9	13	100	0	50	68	8	8	16	1.38
59418678--59418704	14	1.9	14	100	0	54	59	3	14	22	1.51
59419478--59419589	57	2.0	56	96	1	206	31	14	20	33	1.92
59419664--59419718	21	2.6	22	77	8	60	67	3	23	5	1.28
59421555--59421590	19	1.9	18	88	5	54	38	0	5	55	1.23
59421904--59421972	9	8.0	9	68	26	51	24	0	20	55	1.44
59421902--59421971	37	2.0	33	86	10	95	27	0	20	52	1.46
59421920--59421950	10	2.9	11	90	9	55	35	0	19	45	1.51
59421919--59421972	23	2.5	21	81	6	63	27	0	18	53	1.45
59423770--59423820	25	2.0	25	96	0	93	35	19	7	37	1.81
59428442--59428551	36	3.1	36	89	0	157	25	16	30	28	1.97
59432140--59432229	20	4.5	20	69	20	80	47	14	1	36	1.52
59432087--59432344	60	4.4	60	81	7	291	46	13	1	37	1.53
59438624--59438848	124	1.8	124	85	1	317	31	11	24	33	1.90
59438843--59438932	40	2.2	40	78	7	103	23	25	27	23	2.00
59446729--59446907	40	4.5	39	78	7	148	25	26	22	26	2.00
59448760--59448884	40	3.1	40	92	0	214	21	23	29	25	1.99
59454799--59455066	40	6.7	39	83	5	270	25	26	22	25	2.00
59454779--59455066	80	3.6	80	83	2	330	26	26	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59454779--59455066	120	2.4	120	88	0	407	26	26	21	25	2.00
59458967--59459056	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
59458967--59459073	54	2.0	54	81	7	128	38	20	10	30	1.86
59459062--59459326	27	9.8	27	86	0	269	29	21	8	40	1.83
59459008--59459193	81	2.3	81	79	1	203	30	24	9	35	1.87
59459062--59459326	54	4.9	54	88	0	332	29	21	8	40	1.83
59459062--59459325	81	3.3	81	89	2	359	29	21	8	40	1.83
59459062--59459355	81	3.6	80	85	2	336	30	21	8	39	1.83
59459305--59459535	27	8.5	27	77	7	153	39	19	9	31	1.84
59459587--59459650	27	2.4	27	89	0	101	35	18	28	17	1.93
59460962--59461132	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
59460954--59461134	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
59463513--59463600	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
59463513--59463591	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
59463524--59463600	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
59466548--59466719	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
59466540--59466715	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
59469876--59469968	26	3.6	25	83	2	105	35	11	27	24	1.91
59472736--59472850	29	4.0	29	85	6	146	27	29	15	26	1.96
59475925--59475971	21	2.1	23	84	11	62	55	4	12	27	1.56
59481597--59481747	42	3.6	42	78	7	162	33	13	23	29	1.94
59483586--59483636	26	2.0	26	100	0	102	31	7	11	49	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59487588--59487770	40	4.6	39	78	10	194	24	20	28	26	1.99
59490669--59490749	34	2.4	33	79	6	83	22	20	25	30	1.98
59496467--59496569	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
59515625--59515847	47	4.7	47	90	5	322	30	8	30	30	1.88
59515943--59516064	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
59519491--59519620	47	2.8	47	84	0	161	24	16	23	34	1.95
59520498--59520562	30	2.2	30	94	0	112	20	20	30	29	1.97
59520498--59520546	17	3.1	17	66	22	52	22	22	28	26	1.99
59521014--59521042	15	1.9	15	100	0	58	27	0	31	41	1.56
59525517--59525549	6	5.5	6	96	0	57	84	0	3	12	0.72
59527379--59527430	20	2.7	19	80	17	63	50	0	50	0	1.00
59540385--59540554	46	3.7	45	75	10	164	30	28	20	21	1.98
59540392--59540564	93	1.9	93	91	0	283	28	28	20	21	1.98
59543097--59543272	46	3.8	45	76	10	176	21	20	28	28	1.98
59544636--59544836	108	1.8	110	85	4	282	23	24	16	35	1.95
59544589--59544843	55	4.8	52	79	8	216	23	24	15	36	1.93
59547122--59547343	111	2.0	111	99	0	435	33	15	13	37	1.86
59547436--59547500	28	2.3	28	83	0	85	38	7	23	30	1.83
59547573--59547834	39	6.7	39	92	1	409	18	22	30	29	1.97
59549987--59550116	50	2.6	49	85	1	170	23	16	28	30	1.97
59550327--59550356	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
59554087--59554249	70	2.3	71	98	1	319	19	28	17	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59554087--59554283	70	2.8	69	90	4	247	20	28	17	33	1.95
59559820--59559879	30	2.0	30	96	3	113	28	23	23	25	2.00
59561668--59561830	70	2.3	71	98	1	319	19	28	17	34	1.94
59566342--59566473	47	2.8	48	81	2	158	21	31	18	27	1.97
59568173--59568304	47	2.8	47	88	2	185	21	15	29	33	1.94
59571725--59571855	40	3.3	40	78	2	147	25	24	27	22	2.00
59571688--59571855	80	2.1	80	80	6	189	27	24	26	22	2.00
59578795--59578976	86	2.1	86	93	1	312	34	13	11	40	1.80
59584984--59585068	43	2.0	43	81	4	100	30	30	16	22	1.96
59591820--59592092	27	10.2	27	81	2	318	39	19	8	31	1.82
59591828--59592078	54	4.7	54	88	2	362	39	20	8	31	1.82
59591840--59592164	27	12.1	27	73	10	218	38	19	9	32	1.83
59592123--59592212	27	3.3	27	69	9	76	36	25	8	28	1.86
59592196--59592685	27	18.2	27	89	1	696	33	20	21	24	1.97
59593158--59593204	22	2.1	22	84	7	60	25	29	17	27	1.97
59593363--59593464	27	3.8	27	81	5	98	20	22	19	37	1.95
59593625--59593738	6	18.7	6	76	13	108	20	17	15	46	1.84
59593601--59593681	31	2.6	31	90	2	117	20	13	16	49	1.79
59593632--59593724	37	2.5	37	91	0	141	19	18	16	46	1.85
59599352--59599513	48	3.4	45	74	12	130	19	17	28	33	1.95
59606258--59606298	21	2.0	21	85	4	57	48	19	0	31	1.49
59607628--59607686	11	5.4	11	75	15	59	11	3	45	38	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59623908--59624046	24	5.8	24	98	0	260	20	17	26	35	1.94
59623907--59624068	72	2.2	72	90	2	245	22	17	25	34	1.96
59629597--59629779	91	2.0	90	92	1	303	24	24	27	24	2.00
59633639--59634125	49	10.1	49	93	4	839	33	8	27	31	1.86
59633681--59634109	138	3.0	139	91	6	725	32	8	27	31	1.87
59634194--59634280	37	2.3	36	92	5	138	21	19	32	26	1.97
59647938--59651198	970	3.4	969	94	0	5557	30	16	18	34	1.93
59652253--59652394	51	2.8	51	81	8	155	26	28	16	27	1.97
59652298--59652423	51	2.5	51	81	0	126	28	27	17	26	1.98
59652361--59652479	50	2.4	50	81	1	130	30	26	15	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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