genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.265.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  265  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81466914--81466942	14	2.1	14	100	0	58	34	0	13	51	1.42
81470522--81470755	55	4.4	53	75	9	210	36	16	23	23	1.94
81470529--81470729	108	1.8	110	85	4	282	35	16	23	24	1.95
81473197--81473306	39	2.8	40	80	14	129	23	25	28	22	2.00
81473194--81473322	40	3.2	40	79	4	154	23	24	27	24	2.00
81481126--81481276	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
81481163--81481292	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
81487532--81487775	55	4.6	54	77	8	234	36	18	23	21	1.95
81487539--81487739	108	1.8	110	87	2	298	34	18	23	22	1.96
81499378--81499577	27	7.4	27	87	0	274	36	19	20	24	1.95
81506230--81506406	40	4.4	40	83	4	207	24	22	26	26	2.00
81506230--81506406	80	2.2	80	86	5	234	24	22	26	26	2.00
81508455--81508645	56	3.4	55	88	2	258	29	12	23	34	1.92
81508491--81508675	56	3.3	56	85	10	236	28	13	24	32	1.93
81512130--81512200	36	2.0	36	83	5	90	43	12	8	35	1.73
81513255--81513307	19	2.9	19	76	15	58	32	5	5	56	1.46
81513381--81513421	20	2.0	20	90	9	66	48	4	0	46	1.23
81518556--81518729	87	2.0	87	97	0	330	22	17	21	38	1.93
81519446--81519741	50	5.9	50	78	2	279	24	16	26	32	1.96
81519493--81519770	150	1.8	151	83	0	369	24	16	26	31	1.97
81519938--81519967	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
81524115--81524188	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81524172--81524246	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
81524115--81524246	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
81525061--81525093	16	2.1	16	88	11	50	51	0	18	30	1.46
81531641--81531714	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
81531698--81531773	29	2.6	29	77	4	82	22	21	35	21	1.96
81534471--81534577	46	2.3	46	82	7	128	26	21	18	33	1.96
81534472--81534577	23	4.6	23	77	12	110	25	21	18	33	1.96
81535530--81535608	31	2.5	31	91	0	131	27	24	17	30	1.97
81535632--81535723	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
81535868--81536016	26	5.8	26	89	2	205	28	24	22	25	1.99
81535868--81536016	52	2.9	52	92	2	248	28	24	22	25	1.99
81536816--81536879	27	2.4	27	81	5	76	21	23	20	34	1.97
81536913--81537147	27	8.7	26	78	8	141	30	8	20	40	1.83
81536998--81537147	81	1.9	81	84	5	205	28	8	21	42	1.81
81537022--81537147	27	4.7	27	85	4	148	27	7	23	41	1.82
81536997--81537180	81	2.3	81	79	8	196	28	10	20	40	1.85
81537183--81537360	27	6.6	27	82	1	205	38	6	25	29	1.81
81537183--81537360	54	3.3	54	85	1	232	38	6	25	29	1.81
81537183--81537376	81	2.4	81	87	0	271	37	8	25	28	1.85
81537226--81537396	81	2.1	81	85	0	225	37	9	22	30	1.86
81539622--81539700	31	2.5	31	91	4	124	26	20	18	34	1.96
81539724--81539815	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81539959--81540107	26	5.8	26	90	2	214	28	24	22	25	1.99
81539959--81540107	52	2.9	52	93	2	248	28	24	22	25	1.99
81540908--81540964	27	2.1	27	80	6	62	24	22	17	35	1.95
81541026--81541138	27	4.1	27	78	13	104	33	7	17	40	1.79
81541089--81541239	27	5.6	28	79	12	147	27	6	22	43	1.78
81541116--81541281	54	3.1	54	79	6	169	28	8	21	41	1.82
81541116--81541267	27	5.6	27	79	12	143	27	7	21	43	1.80
81541086--81541272	81	2.3	79	80	9	200	28	9	20	41	1.83
81541276--81541467	27	7.1	27	82	2	199	39	7	22	29	1.82
81541278--81541467	54	3.5	53	82	4	220	39	7	22	30	1.82
81541276--81541467	81	2.4	81	87	0	269	39	7	22	29	1.82
81548984--81549105	47	2.6	47	94	0	208	36	13	22	26	1.92
81549084--81549279	54	3.6	54	82	6	236	35	16	24	22	1.95
81555930--81556040	58	1.9	58	83	5	145	30	30	11	27	1.92
81555941--81556040	29	3.5	29	79	4	105	31	31	12	26	1.92
81557973--81558006	17	2.0	17	100	0	68	47	17	17	17	1.84
81561097--81561270	39	4.4	40	80	9	198	27	27	21	24	1.99
81561097--81561270	78	2.2	78	84	6	219	27	27	21	24	1.99
81569025--81569201	40	4.4	40	85	4	234	25	27	22	23	2.00
81573565--81573670	29	3.7	29	78	1	115	28	27	15	29	1.96
81573560--81573670	58	1.9	58	87	1	161	28	27	14	28	1.95
81579272--81579380	42	2.6	42	95	0	200	29	15	33	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81579389--81579458	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
81586917--81587017	41	2.4	41	95	1	184	28	16	33	20	1.95
81587033--81587102	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
81588892--81588997	41	2.5	42	95	3	196	30	14	33	22	1.93
81589006--81589076	27	2.6	28	86	4	108	29	14	25	30	1.94
81596895--81597001	42	2.5	42	98	0	205	29	14	33	22	1.93
81597010--81597079	27	2.5	28	90	2	115	28	12	25	32	1.93
81599103--81599220	27	4.4	27	79	0	119	37	16	19	26	1.93
81599964--81599991	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
81604824--81604927	27	3.9	27	88	1	147	33	20	22	24	1.97
81605672--81605730	27	2.3	26	82	5	66	22	23	18	35	1.96
81607995--81608167	27	6.4	27	84	5	215	24	21	19	34	1.96
81613165--81613337	46	3.8	46	79	12	187	20	21	30	27	1.98
81618936--81619108	27	6.4	27	81	4	143	25	17	20	36	1.94
81618955--81619104	81	1.9	81	85	2	212	23	17	22	37	1.94
81618936--81619104	54	3.1	54	86	1	223	25	17	20	36	1.94
81620968--81621049	43	1.9	43	87	0	119	30	15	26	26	1.96
81624070--81624242	46	3.8	45	78	10	199	28	30	21	20	1.98
81624078--81624247	91	1.8	92	93	2	297	27	30	21	20	1.98
81629566--81629688	46	2.7	46	92	0	192	32	28	20	18	1.96
81636118--81636177	30	2.0	30	100	0	120	10	23	23	43	1.83
81637242--81637337	27	3.6	27	68	0	84	37	15	13	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81637210--81637342	54	2.5	54	88	2	187	34	18	12	34	1.88
81637320--81637440	54	2.2	54	83	2	154	38	18	18	24	1.92
81637320--81637437	27	4.4	27	81	0	128	38	18	17	24	1.92
81638682--81638859	40	4.5	40	87	3	245	24	28	23	23	2.00
81646682--81646899	40	5.5	40	92	2	343	24	27	23	23	2.00
81654717--81654974	40	6.5	40	89	4	362	25	26	22	25	2.00
81656989--81657050	28	2.2	28	82	0	70	24	24	22	29	1.99
81661406--81661475	27	2.6	27	93	2	113	30	11	25	32	1.91
81661429--81661487	27	2.2	27	81	6	66	32	15	20	32	1.93
81663789--81663833	21	2.1	21	95	0	81	46	22	15	15	1.83
81664073--81664342	48	5.6	48	79	6	269	27	20	28	23	1.99
81664066--81664342	144	1.9	144	84	2	369	27	20	28	23	1.99
81667251--81667342	33	2.8	33	86	0	121	28	23	23	23	2.00
81667478--81667542	23	2.8	23	88	0	94	43	21	15	20	1.88
81670047--81670152	34	3.2	33	75	14	99	30	22	22	24	1.99
81670294--81670347	23	2.3	23	90	0	81	37	24	20	18	1.94
81679423--81679456	11	3.2	11	91	4	52	23	47	17	11	1.81
81685399--81685516	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
81685367--81685530	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
81692978--81693095	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
81692946--81693109	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
81697988--81698051	6	12.2	5	81	15	60	75	0	6	18	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81697990--81698051	31	1.9	33	87	6	92	74	0	6	19	1.03
81697990--81698051	16	3.9	17	79	16	78	74	0	6	19	1.03
81699873--81699975	37	2.8	37	96	0	188	24	32	20	23	1.98
81700116--81700405	48	6.0	48	97	0	526	31	28	6	34	1.82
81705442--81705512	35	2.0	35	97	0	133	32	35	8	23	1.85
81712258--81712322	29	2.2	30	83	2	87	44	12	6	36	1.67
81712350--81712461	32	3.4	32	80	7	118	39	15	5	40	1.70
81717652--81717846	39	5.0	39	89	3	293	25	20	31	22	1.98
81717654--81717846	78	2.5	78	93	2	325	24	20	32	22	1.98
81723364--81723419	27	2.0	28	86	3	78	39	17	8	33	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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