genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.333.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  333  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103392048--103392089	22	1.9	22	85	9	59	26	0	26	47	1.52
103392077--103392114	18	2.1	19	95	5	69	36	0	15	47	1.46
103392303--103392344	21	2.0	21	85	0	57	19	0	30	50	1.48
103392532--103392600	21	3.3	21	82	6	86	21	4	26	47	1.69
103393025--103393080	7	8.0	7	92	7	96	69	1	0	28	0.98
103393219--103393303	41	2.1	41	80	6	93	47	14	12	25	1.80
103397075--103397111	15	2.5	15	90	0	56	16	8	18	56	1.64
103398100--103398138	19	2.1	19	85	4	53	25	0	2	71	0.98
103411524--103411568	22	2.0	22	83	8	56	17	13	0	68	1.20
103414028--103414070	14	2.9	15	90	10	63	41	4	11	41	1.62
103414062--103414099	19	2.0	19	100	0	76	26	10	15	47	1.78
103417266--103417297	6	5.2	6	92	7	55	37	0	62	0	0.95
103418395--103418433	18	2.2	18	85	0	51	33	0	43	23	1.54
103419370--103419412	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
103423202--103423491	38	6.9	38	70	18	157	31	23	14	30	1.94
103423247--103423460	47	4.7	48	78	12	245	31	22	14	30	1.94
103423209--103423415	85	2.4	85	93	0	351	30	23	14	31	1.94
103423334--103423465	48	2.8	48	88	1	194	32	23	14	29	1.94
103423247--103423491	133	1.8	132	87	0	364	31	23	14	30	1.95
103426804--103426836	4	8.2	4	100	0	66	72	0	0	27	0.85
103428279--103428398	7	17.9	7	71	24	82	35	4	0	60	1.16
103428264--103428398	20	6.8	19	78	12	121	33	4	0	62	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103428279--103428398	29	4.5	27	71	20	83	35	4	0	60	1.16
103433481--103433744	94	2.8	92	82	7	293	28	18	29	24	1.98
103433481--103433847	46	7.8	46	72	15	254	27	19	28	24	1.98
103438388--103438524	46	3.0	46	85	0	184	26	30	8	34	1.87
103438498--103438736	47	5.1	47	94	0	388	25	30	11	32	1.92
103444163--103444256	49	1.9	49	84	4	127	26	21	6	45	1.75
103447493--103447536	23	2.0	22	82	13	54	47	2	15	34	1.58
103448453--103448515	21	3.2	21	60	17	53	49	9	19	22	1.76
103448449--103448524	38	2.0	38	97	0	143	46	10	19	23	1.81
103457740--103457779	13	3.1	13	79	13	55	15	30	37	17	1.90
103458989--103459154	86	1.9	87	85	3	228	33	25	16	24	1.96
103458989--103459154	43	3.9	43	80	4	201	33	25	16	24	1.96
103463302--103463342	18	2.3	18	86	0	55	39	12	9	39	1.76
103463900--103463959	3	20.0	3	100	0	120	66	0	0	33	0.92
103464632--103464665	9	3.9	9	96	3	61	11	17	0	70	1.16
103468119--103468274	68	2.2	68	77	13	149	20	28	16	34	1.94
103475608--103475763	68	2.3	67	77	13	147	21	28	16	34	1.94
103478219--103478260	16	2.6	16	92	7	68	52	0	0	47	1.00
103478782--103478806	12	2.1	12	100	0	50	40	36	8	16	1.77
103478869--103478927	9	6.1	9	77	14	64	35	49	0	15	1.45
103478860--103478962	22	4.9	22	70	15	92	35	49	0	14	1.44
103478860--103478984	31	3.9	31	85	8	169	36	50	0	13	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103478918--103478973	13	4.7	12	77	22	64	37	51	0	10	1.37
103479374--103479473	3	33.3	3	71	18	68	29	4	1	66	1.17
103479548--103479602	12	4.5	13	76	17	55	32	0	5	61	1.19
103479677--103479750	19	3.9	18	76	13	53	32	1	6	59	1.32
103479786--103479864	41	1.9	40	82	14	99	32	2	8	55	1.44
103490808--103490920	44	2.6	44	77	5	124	35	23	23	18	1.96
103490931--103491201	68	4.0	68	91	0	418	25	23	23	28	2.00
103491643--103491701	9	6.1	9	81	14	73	35	50	0	13	1.42
103491634--103491736	22	4.9	22	71	15	92	35	50	0	13	1.42
103491634--103491758	31	3.9	31	86	8	178	36	51	0	12	1.40
103491692--103491747	13	4.7	12	77	22	64	37	51	0	10	1.37
103492150--103492243	3	31.3	3	70	19	56	28	4	1	65	1.18
103492150--103492247	18	5.6	18	76	15	82	29	4	1	65	1.18
103492318--103492372	12	4.5	13	76	17	55	32	0	5	61	1.19
103500802--103500836	18	1.9	18	100	0	70	48	0	0	51	1.00
103502982--103503021	20	2.0	20	85	9	55	25	7	0	67	1.16
103515118--103515305	39	4.8	39	88	0	223	23	30	21	23	1.99
103515154--103515306	39	3.9	39	92	0	243	23	31	20	24	1.98
103515123--103515305	78	2.3	79	88	1	260	22	30	22	24	1.99
103528476--103528526	25	2.0	25	100	0	102	37	15	19	27	1.92
103534881--103535056	46	3.8	46	80	10	223	21	21	28	28	1.98
103534877--103535048	93	1.8	93	94	0	308	20	22	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103550547--103550699	39	3.9	39	92	0	243	24	20	31	23	1.98
103550548--103550730	39	4.6	39	88	0	240	24	22	30	22	1.99
103550554--103550768	78	2.7	79	81	5	177	25	22	30	22	1.99
103553890--103554176	100	2.9	100	93	0	493	25	19	25	29	1.99
103553895--103554161	49	5.4	49	80	5	329	25	19	25	29	1.98
103555927--103556210	48	5.9	48	77	4	236	26	29	16	27	1.97
103555940--103556203	96	2.8	96	83	5	295	26	29	16	28	1.97
103564881--103565108	40	5.7	40	92	1	350	23	21	28	25	1.99
103573001--103573181	40	4.6	40	88	2	258	24	20	27	26	1.99
103572992--103573201	79	2.7	79	87	1	305	24	21	27	27	1.99
103574586--103574633	25	1.9	25	100	0	96	45	16	27	10	1.80
103580984--103581197	107	2.0	107	93	1	367	38	16	13	31	1.87
103584443--103584499	26	2.2	26	96	0	105	36	10	33	19	1.86
103586608--103586669	25	2.5	24	76	5	70	48	16	17	17	1.82
103602276--103602312	19	2.0	20	89	10	60	16	13	5	64	1.45
103621769--103621976	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
103621771--103621976	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
103632773--103632980	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
103632775--103632980	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
103634341--103634381	18	2.3	18	86	0	55	43	34	0	21	1.53
103642505--103642778	46	6.0	46	89	0	352	41	14	23	20	1.89
103643059--103643091	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103646543--103646589	19	2.3	22	75	17	57	44	4	10	40	1.59
103646930--103646972	13	3.3	13	83	9	52	72	0	11	16	1.13
103646926--103646972	17	2.7	18	86	6	69	72	0	10	17	1.12
103646938--103646972	9	4.0	9	88	7	54	71	0	11	17	1.14
103646999--103647037	13	2.8	13	88	7	51	56	7	35	0	1.28
103647015--103647048	17	2.1	17	94	5	61	64	0	35	0	0.94
103648344--103648400	5	11.2	5	94	1	78	38	0	24	36	1.56
103648808--103649041	45	5.2	45	93	0	360	19	20	20	39	1.93
103649241--103649423	18	10.2	18	74	13	90	35	12	15	36	1.85
103649221--103649503	36	7.6	36	69	14	148	35	12	15	36	1.85
103649221--103649387	72	2.3	72	82	5	185	36	11	15	35	1.85
103649306--103649424	54	2.2	55	82	8	138	36	13	14	36	1.85
103649462--103649503	18	2.3	18	87	0	57	38	11	16	33	1.86
103651052--103651101	23	2.2	23	82	13	59	70	8	6	16	1.32
103657399--103657465	24	2.8	24	90	0	107	26	16	10	46	1.79
103660822--103660858	5	7.4	5	93	0	65	16	0	0	83	0.64
103665271--103665308	5	7.4	5	88	5	58	15	2	0	81	0.80
103665371--103665413	21	2.0	22	81	4	52	37	2	2	58	1.24
103666018--103666047	6	4.8	6	92	8	51	83	0	0	16	0.65
103666021--103666047	13	2.1	13	100	0	54	85	0	0	14	0.61
103667770--103668027	141	1.8	141	83	1	347	41	16	11	30	1.84
103669787--103669819	17	1.9	17	93	0	57	0	12	3	84	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103676438--103676465	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
103681978--103682017	11	3.5	12	80	19	50	30	0	2	67	1.04
103684280--103684330	14	3.5	14	74	10	57	23	19	1	54	1.54
103684292--103684341	16	3.2	16	72	11	59	28	16	4	52	1.61
103684280--103684341	30	2.1	30	100	0	124	25	17	3	53	1.59
103685650--103685698	21	2.3	20	79	6	53	0	22	4	73	1.00
103692987--103693020	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
103693550--103693591	17	2.5	18	81	11	54	33	0	2	64	1.07
103694569--103694620	14	3.9	13	76	18	54	80	7	5	5	1.01
103703139--103703166	8	3.5	8	100	0	56	67	0	0	32	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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