genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  241  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73778069--73778140	35	2.1	35	100	0	144	26	5	16	51	1.66
73782692--73782916	40	5.6	40	84	5	283	22	22	28	26	1.99
73782692--73782916	83	2.8	80	84	8	278	22	22	28	26	1.99
73786440--73786756	48	6.6	48	77	8	306	28	18	27	24	1.98
73786427--73786703	144	1.9	144	85	5	382	28	18	28	25	1.98
73786435--73786756	144	2.2	144	81	5	366	28	19	27	24	1.98
73787001--73787035	18	1.9	18	88	0	52	31	11	22	34	1.90
73788347--73788404	27	2.1	27	90	6	91	18	8	15	56	1.64
73788929--73788963	10	3.4	10	84	7	52	20	11	14	54	1.70
73793425--73793482	27	2.1	27	90	6	91	18	8	15	56	1.64
73811355--73811485	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
73811354--73811485	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
73819309--73819439	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
73819308--73819439	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
73825993--73826020	8	3.5	8	100	0	56	42	0	28	28	1.56
73826580--73826683	42	2.5	42	77	1	109	29	17	23	29	1.97
73826839--73826885	21	2.2	21	85	7	60	42	2	21	34	1.65
73829108--73829315	40	5.2	40	84	5	278	26	26	23	23	2.00
73829094--73829316	79	2.8	79	85	5	288	26	26	22	24	2.00
73833201--73833384	40	4.6	41	83	6	234	26	26	22	25	2.00
73833165--73833384	80	2.8	79	84	8	261	26	26	22	24	2.00
73841854--73842029	46	3.8	46	77	12	198	21	19	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73841851--73842022	93	1.8	93	93	0	299	21	20	29	28	1.98
73859094--73859225	29	4.6	29	80	1	131	25	34	16	23	1.96
73865306--73865562	46	5.6	45	77	9	227	23	28	19	28	1.98
73865306--73865562	94	2.8	92	81	5	272	23	28	19	28	1.98
73865306--73865562	140	1.9	136	82	6	329	23	28	19	28	1.98
73875619--73875839	39	5.6	39	89	0	298	24	21	31	23	1.98
73883738--73883889	39	3.9	39	92	1	243	23	21	31	23	1.98
73883747--73883918	78	2.2	78	86	3	229	23	21	31	23	1.98
73886390--73886428	21	1.9	20	84	5	51	15	33	23	28	1.95
73903599--73903732	40	3.3	40	82	4	162	25	16	23	35	1.95
73907729--73907789	30	2.0	30	90	0	95	29	24	8	37	1.84
73913283--73913322	18	2.2	18	86	0	53	47	20	2	30	1.63
73917100--73917322	40	5.7	40	87	6	271	26	27	21	25	1.99
73917100--73917322	117	1.9	120	82	8	287	26	27	21	25	1.99
73921038--73921141	38	2.7	40	80	7	124	23	26	24	25	2.00
73926495--73926704	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
73932031--73932173	40	3.6	40	82	0	151	24	28	21	25	1.99
73933172--73933270	40	2.4	42	85	5	141	29	35	15	20	1.93
73939892--73939974	27	3.1	27	85	0	112	31	19	21	27	1.97
73939937--73940079	54	2.6	54	83	2	144	37	20	11	30	1.88
73939956--73940140	27	6.9	27	82	6	196	38	22	8	30	1.83
73940129--73940403	27	10.1	27	87	0	352	30	22	7	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73940129--73940403	54	5.1	54	90	0	388	30	22	7	40	1.81
73940129--73940403	81	3.4	81	87	0	388	30	22	7	40	1.81
73940910--73940988	31	2.5	31	91	0	122	17	16	15	50	1.78
73940910--73940997	6	14.3	6	73	17	74	18	15	15	50	1.79
73940910--73940983	25	2.6	28	85	12	91	17	16	16	50	1.79
73950234--73950368	41	3.3	40	77	7	146	28	28	14	28	1.95
73955909--73956009	42	2.4	42	83	5	132	24	19	22	32	1.97
73957712--73957934	111	2.0	111	99	0	437	30	17	18	33	1.94
73968005--73968122	40	3.0	40	87	6	163	22	22	28	25	1.99
73975942--73975979	20	2.0	20	85	15	53	39	7	15	36	1.77
73976016--73976099	40	2.1	40	95	0	150	23	23	27	25	2.00
73976488--73976520	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
73980256--73980299	20	2.2	20	84	8	54	36	13	2	47	1.56
73982758--73982797	21	1.9	21	89	0	62	35	2	0	62	1.09
73989179--73989314	29	4.7	29	86	3	157	24	30	15	29	1.95
73989154--73989313	58	2.8	58	81	0	176	23	33	15	27	1.95
73989958--73990252	143	2.1	141	96	1	545	38	28	10	21	1.87
73993571--73993743	46	3.7	45	79	10	152	27	20	27	24	1.99
73993709--73993884	99	1.8	94	85	8	246	26	18	28	26	1.98
74001316--74001573	49	5.4	48	81	8	276	25	19	31	24	1.98
74001357--74001573	96	2.3	96	96	0	407	24	20	29	24	1.99
74008593--74008992	203	2.0	204	85	4	540	36	13	19	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74011287--74011429	40	3.6	40	93	1	216	25	29	24	20	1.99
74020171--74020215	24	1.9	24	81	4	56	62	4	0	33	1.15
74022209--74022239	12	2.6	12	94	0	53	32	48	16	3	1.62
74024169--74024376	40	5.2	39	83	3	211	25	25	23	25	2.00
74024169--74024374	80	2.6	81	83	4	240	25	26	23	25	2.00
74033692--74033862	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
74033687--74033859	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
74034284--74034343	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
74038480--74038539	30	2.0	30	86	0	84	30	25	10	35	1.88
74043869--74043925	29	1.9	30	85	3	80	17	3	22	56	1.56
74045223--74045269	16	2.9	15	80	20	51	17	6	0	76	0.98
74053259--74053321	26	2.5	25	78	2	72	14	25	22	38	1.92
74053371--74053417	24	2.0	24	91	0	76	14	23	21	40	1.90
74059373--74059418	23	2.0	23	100	0	92	21	17	17	43	1.88
74065057--74065108	15	3.5	15	75	19	63	23	26	32	17	1.96
74065044--74065113	30	2.3	30	90	0	113	20	27	38	14	1.91
74065062--74065111	13	3.5	13	75	19	55	22	28	34	16	1.95
74074172--74074293	43	2.9	42	79	7	156	28	23	16	31	1.96
74080339--74080519	48	3.7	48	78	8	170	25	30	18	25	1.98
74080490--74080656	46	3.6	46	81	8	182	23	31	19	26	1.98
74082509--74082680	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
74082501--74082676	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74085057--74085145	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
74085057--74085136	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
74085068--74085145	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
74087877--74087978	29	3.5	28	80	5	114	29	32	16	21	1.95
74091298--74091469	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
74091290--74091465	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
74095767--74096121	46	7.5	45	76	10	252	23	29	19	27	1.98
74095763--74096121	94	3.8	95	78	10	332	23	29	19	27	1.98
74103166--74103267	29	3.5	28	74	12	82	26	35	17	20	1.95
74107680--74107872	39	4.9	39	88	0	278	25	20	31	22	1.98
74107689--74107902	39	5.5	39	86	0	158	25	21	31	21	1.98
74107680--74107902	78	2.8	78	88	2	268	25	21	30	22	1.98
74107683--74107902	117	1.9	118	84	0	298	25	21	30	21	1.98
74111432--74111614	40	4.6	39	74	8	129	26	23	27	22	1.99
74119535--74119718	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
74119575--74119763	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
74121093--74121250	86	1.8	86	98	0	307	22	24	27	25	2.00
74123032--74123083	26	2.0	26	100	0	104	26	26	11	34	1.91
74123763--74123864	29	3.5	28	74	12	82	26	35	17	20	1.95
74126329--74126389	30	2.0	30	87	0	86	40	6	24	27	1.80
74127172--74127305	50	2.7	50	89	1	207	26	17	27	29	1.97
74133716--74133857	24	6.0	24	84	0	169	21	24	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74133725--74133857	72	1.9	71	85	4	187	21	23	18	37	1.94
74134075--74134116	20	2.1	20	86	0	57	38	7	19	35	1.79
74137071--74137240	92	1.8	92	93	2	297	27	29	21	21	1.99
74137064--74137237	45	3.8	45	79	13	203	28	29	21	20	1.98
74139613--74139660	15	3.2	15	80	11	62	58	14	14	12	1.64
74139604--74139660	30	2.0	28	89	6	87	57	15	15	10	1.64
74148873--74148942	11	6.3	11	75	9	52	11	7	0	81	0.87
74148878--74148943	22	3.0	22	78	8	71	13	6	0	80	0.89
74149756--74149790	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
74149789--74149838	3	16.7	3	100	0	100	34	32	0	34	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425