genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  192  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58348287--58348406	47	2.6	46	84	11	149	22	25	20	32	1.98
58348925--58348983	30	2.0	30	82	0	73	32	18	6	42	1.77
58355040--58355211	46	3.7	45	76	10	177	31	26	19	22	1.98
58355048--58355219	93	1.8	93	88	2	265	30	26	20	23	1.98
58357641--58357684	22	2.0	22	86	0	61	52	18	15	13	1.75
58359806--58360036	40	5.8	40	94	0	374	22	23	28	25	1.99
58368580--58368687	54	2.0	54	98	0	207	37	9	25	27	1.86
58371944--58371968	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
58380725--58380773	25	2.0	25	83	0	62	32	20	18	28	1.96
58380804--58380857	11	5.4	10	78	12	58	35	11	18	35	1.86
58380904--58380987	25	3.4	25	94	0	141	29	25	23	21	1.99
58380904--58380999	25	3.8	25	92	1	102	27	27	21	23	1.99
58380916--58381012	25	3.8	26	84	10	71	27	26	20	24	1.99
58381218--58381394	31	5.7	31	91	0	266	36	15	24	23	1.94
58385019--58385220	40	5.1	40	89	3	284	22	20	29	27	1.98
58394782--58394851	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
58402638--58402773	29	4.7	29	86	3	157	24	30	15	29	1.95
58402613--58402772	58	2.8	58	81	0	176	23	33	15	27	1.95
58404464--58404669	40	5.2	40	89	1	308	23	21	27	27	1.99
58404464--58404669	80	2.6	80	93	0	342	23	21	27	27	1.99
58406496--58406548	27	2.0	27	85	7	72	37	22	20	18	1.94
58406717--58406783	27	2.5	27	85	4	91	23	25	16	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58407746--58407875	27	4.8	27	88	0	179	35	17	20	26	1.95
58407781--58407903	54	2.3	54	80	2	122	38	18	17	25	1.93
58407862--58407986	27	4.6	27	83	0	142	40	18	9	31	1.83
58408073--58408164	27	3.4	27	87	0	130	34	20	23	20	1.96
58408305--58408400	27	3.6	26	81	5	102	19	22	21	35	1.96
58408541--58408605	33	2.0	33	93	0	112	26	20	21	32	1.97
58408551--58408620	33	2.1	33	83	0	86	28	21	21	28	1.99
58411633--58411733	27	3.5	28	85	5	123	33	27	12	25	1.93
58417723--58417807	34	2.5	34	84	5	102	29	22	22	25	1.99
58423453--58423531	27	2.9	27	82	0	86	27	17	18	35	1.94
58423498--58423964	27	17.4	27	82	6	488	31	11	19	37	1.88
58423498--58423963	107	4.3	107	82	4	505	31	11	19	37	1.88
58424288--58424351	28	2.3	28	91	0	101	26	37	17	18	1.93
58426037--58426115	34	2.6	28	75	21	86	25	10	21	43	1.84
58426052--58426133	34	2.4	34	97	0	155	25	10	23	40	1.87
58429139--58429198	31	1.9	31	96	0	111	15	28	38	18	1.91
58432273--58432530	40	6.5	40	89	2	342	25	29	22	22	1.99
58440524--58440781	40	6.5	40	88	4	328	25	29	23	21	1.99
58440524--58440781	120	2.2	120	87	3	369	25	29	23	21	1.99
58454263--58454334	30	2.5	29	80	10	76	13	15	12	58	1.64
58456611--58456733	45	2.7	45	92	0	192	32	18	23	25	1.97
58462718--58462963	40	6.2	40	89	1	370	23	21	26	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58466957--58467204	40	6.2	40	90	1	365	27	28	21	22	1.99
58476778--58477024	40	6.2	40	90	2	365	26	28	21	23	1.99
58476778--58477021	79	3.1	79	90	2	364	27	28	20	23	1.99
58476769--58477024	119	2.2	120	87	4	367	26	28	21	23	1.99
58493925--58494069	40	3.6	40	85	4	193	23	25	24	26	2.00
58496903--58496961	30	2.0	30	86	6	84	25	25	6	42	1.79
58500892--58500963	36	2.0	36	100	0	144	27	25	16	30	1.97
58502124--58502156	11	3.1	11	95	4	59	54	27	9	9	1.62
58516083--58516328	64	3.8	64	78	4	226	23	27	16	32	1.96
58523901--58524083	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
58526229--58526345	28	4.2	28	88	0	171	21	15	35	27	1.93
58526645--58527005	27	13.7	27	81	8	350	37	20	10	30	1.87
58526724--58526763	21	1.9	21	89	0	62	47	27	2	22	1.64
58526697--58526789	47	2.0	48	87	6	136	43	24	5	26	1.76
58526957--58527045	27	3.3	27	91	0	133	38	15	15	30	1.89
58528601--58528785	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
58528594--58528785	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
58535901--58536076	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
58535897--58536068	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
58539029--58539097	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
58539020--58539107	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
58541491--58541666	46	3.8	46	81	10	223	20	22	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58541487--58541658	93	1.8	93	94	0	308	20	22	30	26	1.98
58546390--58546422	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
58546983--58547233	43	5.8	43	88	0	369	25	30	19	24	1.98
58554050--58554332	47	6.0	47	89	2	424	32	8	30	27	1.87
58554044--58554317	143	1.9	143	97	0	521	32	9	29	28	1.88
58556264--58556576	47	6.5	47	90	3	455	31	8	30	29	1.88
58556264--58556576	96	3.3	96	92	0	486	31	8	30	29	1.88
58558360--58558392	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
58558957--58559153	43	4.6	44	91	5	300	26	29	17	25	1.98
58558957--58559153	85	2.3	86	89	6	303	26	29	17	25	1.98
58561873--58561994	43	2.9	42	78	9	140	27	22	16	32	1.96
58573066--58573100	17	2.1	17	89	5	54	34	14	11	40	1.82
58591970--58592172	40	5.1	40	88	3	286	24	28	23	23	1.99
58593406--58593568	40	4.1	40	81	4	168	25	27	21	25	1.99
58593392--58593568	80	2.2	80	80	3	196	24	27	21	26	1.99
58598655--58598707	23	2.3	24	81	15	67	41	26	0	32	1.56
58599159--58599327	43	4.0	42	75	6	144	31	24	15	28	1.96
58605403--58605440	2	19.5	2	94	5	69	47	0	0	52	1.00
58605579--58605618	20	1.9	22	90	10	66	37	10	2	50	1.50
58612987--58613024	19	2.0	19	94	0	67	55	21	13	10	1.67
58626209--58626295	39	2.2	39	87	4	122	28	26	21	22	1.99
58630222--58630247	12	2.2	12	100	0	52	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58632302--58632341	18	2.4	16	87	8	53	70	0	0	30	0.88
58632485--58632519	17	2.1	17	88	0	52	22	17	48	11	1.79
58635257--58635647	47	8.3	47	95	0	674	28	30	8	32	1.87
58635307--58635385	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
58641225--58641428	40	5.2	40	86	6	267	22	21	29	26	1.99
58641221--58641424	76	2.6	77	86	4	277	22	21	29	26	1.99
58648655--58648800	41	3.6	41	84	8	192	26	25	26	22	2.00
58670481--58670513	8	4.1	8	100	0	66	48	12	12	27	1.76
58675431--58675513	43	1.9	43	92	0	139	20	16	32	30	1.95
58678389--58678463	31	2.4	31	95	0	132	14	32	37	16	1.89
58679574--58679682	43	2.6	42	81	5	121	26	24	18	30	1.98
58679574--58679693	42	2.8	41	77	12	118	26	25	17	30	1.97
58687495--58687589	43	2.2	43	88	0	136	33	23	15	27	1.95
58687495--58687600	43	2.5	43	84	3	133	34	23	14	27	1.93
58690169--58690417	40	6.2	40	90	2	376	21	28	24	25	1.99
58690169--58690417	79	3.1	80	91	2	376	21	28	24	25	1.99
58690169--58690417	119	2.1	119	90	2	383	21	28	24	25	1.99
58698340--58698589	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
58700820--58700866	23	2.0	23	100	0	94	57	12	4	25	1.54
58702174--58702289	42	2.7	43	82	2	153	31	24	15	29	1.95
58703648--58703747	51	2.0	51	85	0	137	34	26	16	24	1.95
58703656--58703759	51	2.0	51	81	3	120	32	27	14	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58712778--58712835	30	1.9	30	82	6	73	41	10	27	20	1.85
58714967--58715036	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
58716587--58716774	51	3.7	50	72	12	152	25	20	22	32	1.98
58716551--58716766	101	2.1	101	85	1	290	25	18	23	31	1.98
58720268--58720311	15	2.9	15	90	6	63	13	20	13	52	1.74
58722615--58722673	30	2.0	30	82	0	73	38	6	27	27	1.81
58723293--58723421	50	2.6	50	86	3	170	25	17	27	29	1.98
58724863--58725048	40	4.7	40	88	3	261	25	30	21	23	1.99
58733403--58733461	30	2.0	30	93	0	100	37	6	28	27	1.82
58734078--58734437	150	2.4	150	88	3	537	24	16	27	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425