genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.325.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  325  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101033667--101033859	47	4.1	47	91	2	316	26	21	22	28	1.99
101033667--101033859	23	8.2	24	91	3	304	26	21	22	28	1.99
101033910--101033970	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
101034013--101034060	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
101035223--101035287	27	2.4	27	87	5	87	21	27	20	30	1.98
101035356--101035565	27	7.8	27	84	9	198	40	8	23	27	1.84
101035358--101035551	54	3.6	54	86	3	284	40	7	23	27	1.82
101035358--101035565	81	2.6	81	88	3	321	40	8	24	27	1.83
101045592--101045955	46	8.0	46	90	0	525	40	14	24	20	1.90
101046129--101046183	27	2.0	27	100	0	110	60	3	18	18	1.51
101046263--101046295	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
101049472--101049693	40	5.6	40	89	1	313	30	26	20	23	1.98
101051454--101051516	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
101060469--101060542	31	2.5	31	87	10	93	29	25	13	31	1.94
101060468--101060571	28	3.5	29	82	6	111	29	26	13	29	1.94
101066397--101066486	44	2.0	44	95	0	162	48	4	18	27	1.67
101066911--101067010	47	2.1	47	83	0	119	25	13	26	36	1.92
101069267--101069319	18	3.0	17	81	8	52	41	15	18	24	1.89
101069638--101069847	27	7.8	27	83	2	242	40	19	13	26	1.88
101069638--101069847	81	2.6	81	86	0	267	40	19	13	26	1.88
101069838--101069954	27	4.3	27	86	2	101	21	18	19	40	1.92
101069658--101069874	81	2.7	82	82	2	260	39	17	12	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101069838--101069954	54	2.2	54	85	3	155	21	18	19	40	1.92
101073546--101073697	46	3.3	46	78	9	157	19	31	21	27	1.97
101083562--101083626	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
101083732--101083794	28	2.2	29	86	8	85	22	20	23	33	1.97
101084258--101084296	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
101084881--101084914	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
101088398--101088580	40	4.6	39	75	7	138	26	24	26	22	2.00
101088437--101088625	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
101097303--101097486	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
101097343--101097531	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
101105421--101105604	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
101105461--101105649	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
101109099--101109346	48	5.2	48	98	0	469	34	7	27	30	1.85
101118267--101118357	28	3.2	28	90	1	137	21	26	20	30	1.98
101118821--101118859	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
101121258--101121347	38	2.4	38	84	0	126	32	11	21	35	1.88
101134703--101134727	12	2.1	12	100	0	50	20	16	8	56	1.65
101135188--101135214	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
101138432--101138464	15	2.2	15	100	0	66	18	6	36	39	1.75
101141231--101141331	43	2.4	42	85	11	134	23	17	24	33	1.96
101149575--101149617	22	2.0	21	86	4	59	16	4	27	51	1.64
101149575--101149620	10	4.4	10	81	10	56	17	4	28	50	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101152190--101152252	21	3.0	21	73	17	58	38	34	4	22	1.75
101152843--101152909	20	3.2	23	62	37	60	29	34	17	17	1.94
101152835--101152910	40	1.9	40	100	0	152	31	32	17	18	1.94
101153542--101153605	33	1.9	34	87	3	94	53	23	0	23	1.47
101153576--101153616	21	2.0	21	85	9	57	56	24	0	19	1.42
101156589--101156718	42	3.0	41	76	11	111	33	25	17	23	1.97
101157426--101157455	11	2.9	10	90	9	51	60	16	3	20	1.50
101157953--101157991	18	2.2	18	95	0	69	28	28	10	33	1.90
101162408--101162463	18	3.1	18	84	0	67	50	14	17	17	1.79
101162429--101162472	18	2.4	18	88	0	61	45	11	20	22	1.83
101162805--101162938	27	5.0	27	88	0	187	43	17	13	26	1.85
101167216--101167390	43	4.1	44	72	11	132	34	26	15	23	1.94
101170925--101170949	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
101181585--101181672	31	2.5	35	78	19	112	23	21	10	44	1.83
101181595--101181689	31	3.1	31	93	0	163	23	22	14	40	1.91
101181881--101182023	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
101181881--101182022	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
101181880--101182023	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
101182074--101182133	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
101182074--101182128	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
101182176--101182223	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
101188168--101188208	20	2.0	20	86	9	57	41	7	14	36	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101189789--101189895	23	4.6	23	78	10	101	35	18	20	25	1.95
101189789--101189870	23	3.5	24	83	9	107	34	19	21	24	1.97
101189789--101189905	47	2.5	45	83	5	126	35	18	20	24	1.95
101193803--101193872	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
101194350--101194375	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
101201844--101201913	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
101211481--101211511	15	2.1	15	93	0	53	48	3	0	48	1.17
101212133--101212253	59	2.1	59	100	0	242	34	16	17	31	1.92
101213520--101213580	31	2.0	31	93	0	104	34	22	16	26	1.95
101214309--101214366	29	2.0	29	93	0	98	41	20	22	15	1.90
101220232--101220318	27	3.3	26	84	10	104	35	22	21	19	1.96
101227729--101227831	29	3.6	28	84	7	127	30	16	26	27	1.97
101229308--101229483	27	6.5	27	84	2	219	24	18	19	37	1.94
101229488--101229762	27	10.2	27	82	3	302	40	9	21	28	1.84
101229488--101229762	81	3.4	80	83	5	338	40	9	21	28	1.84
101231778--101231824	6	7.8	6	90	9	78	51	14	17	17	1.77
101231942--101232015	27	2.8	27	78	13	82	36	20	24	18	1.95
101231966--101232023	27	2.1	27	84	6	73	36	25	20	17	1.94
101232180--101232238	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
101232326--101232404	27	3.0	26	83	5	95	37	20	21	20	1.94
101232607--101232748	27	5.3	27	81	0	158	26	16	19	38	1.92
101232753--101232969	27	8.0	27	81	4	258	41	11	21	26	1.86
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101233990--101234211	68	3.4	65	76	15	181	30	16	28	24	1.96
101238451--101238622	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
101238475--101238658	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
101242974--101243022	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
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101247172--101247320	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
101247213--101247320	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
101255281--101255429	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
101255322--101255429	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
101263367--101263515	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
101263408--101263515	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
101265322--101265397	40	1.9	40	83	0	98	34	23	7	34	1.84
101266038--101266099	30	2.1	30	87	0	88	59	20	1	17	1.46
101275813--101275919	28	3.8	28	89	0	151	34	9	25	30	1.87
101277113--101277199	43	2.0	43	100	0	174	26	13	16	43	1.85
101277966--101278151	29	6.4	29	77	3	196	16	16	37	29	1.91
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101277995--101278151	57	2.7	57	93	2	260	16	17	36	29	1.92
101278024--101278121	28	3.5	28	73	2	106	16	20	34	28	1.94
101277939--101278127	86	2.2	86	85	1	238	16	17	35	29	1.92
101284541--101284639	28	3.5	28	77	9	94	29	24	15	31	1.95
101288352--101288420	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101289040--101289101	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
101289081--101289160	27	3.0	27	90	0	124	30	8	20	41	1.82
101289056--101289182	54	2.4	54	80	6	141	27	9	19	43	1.82
101289082--101289194	27	4.1	28	82	5	117	28	7	23	41	1.80
101289148--101289621	27	17.6	27	84	2	504	41	8	20	29	1.83
101289147--101289621	81	5.9	81	86	2	578	41	8	20	29	1.83
101289147--101289621	54	8.8	54	87	0	576	41	8	20	29	1.83
101292909--101292977	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
101293554--101293617	27	2.4	28	78	7	78	37	25	18	18	1.94
101293598--101293659	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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