genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.123.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  123  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36474275--36474306	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
36475361--36475470	41	2.6	42	86	1	150	50	25	2	21	1.62
36475355--36475487	41	3.2	41	71	14	112	45	25	3	25	1.70
36479479--36479659	40	4.6	40	90	2	276	24	23	25	25	2.00
36487129--36487296	40	4.2	40	85	5	198	26	27	22	23	1.99
36487129--36487296	80	2.1	80	86	4	232	26	27	22	23	1.99
36495141--36495308	40	4.2	40	85	5	198	26	27	22	23	1.99
36495141--36495308	80	2.1	80	86	4	232	26	27	22	23	1.99
36502844--36502871	14	2.0	14	100	0	56	28	0	21	50	1.49
36507241--36507368	40	3.2	40	82	7	129	22	26	25	25	2.00
36507256--36507420	40	4.2	37	77	8	132	24	27	23	24	2.00
36507275--36507420	78	1.9	78	84	7	197	24	27	23	24	2.00
36511891--36512014	39	3.2	39	95	1	212	25	33	19	21	1.97
36517217--36517370	39	3.9	40	88	2	213	25	32	19	22	1.97
36520049--36520127	40	2.0	40	97	0	149	21	20	29	29	1.98
36520109--36520150	21	2.0	21	100	0	84	19	19	19	42	1.89
36520069--36520187	61	2.0	61	94	0	211	21	20	26	32	1.97
36521913--36522075	29	5.6	29	93	0	272	32	15	21	30	1.95
36530034--36530167	29	4.6	29	93	0	223	32	15	22	29	1.95
36534873--36534916	23	1.9	23	86	9	63	36	6	18	38	1.77
36544215--36544344	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
36544177--36544344	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36550620--36550695	29	2.6	29	78	0	80	25	35	18	21	1.95
36550619--36550749	58	2.3	57	80	7	133	25	32	16	25	1.96
36550679--36550749	28	2.5	29	93	6	128	26	29	15	28	1.96
36559198--36559367	46	3.7	46	81	6	164	26	20	31	22	1.98
36562258--36562330	29	2.5	29	93	0	128	28	15	30	26	1.96
36562314--36562390	29	2.7	29	77	0	82	22	18	35	24	1.96
36562258--36562390	58	2.3	59	81	5	146	25	16	33	24	1.96
36565155--36565191	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
36572930--36572963	11	3.0	11	86	4	50	20	5	0	73	1.04
36574451--36574482	16	2.0	16	93	0	55	53	0	0	46	1.00
36574451--36574485	17	2.1	16	89	5	52	54	0	0	45	0.99
36575120--36575170	3	17.0	3	91	0	84	31	1	1	64	1.15
36577208--36577244	19	2.0	19	89	5	58	24	5	10	59	1.52
36580183--36580229	2	24.0	2	91	4	78	46	0	2	51	1.13
36581279--36581358	38	2.1	38	90	0	124	20	21	28	30	1.98
36581330--36581474	43	3.4	43	89	2	206	13	23	33	29	1.93
36584543--36584614	6	11.7	6	75	16	67	75	2	16	5	1.12
36584584--36584630	20	2.3	21	88	3	69	70	0	21	8	1.14
36584543--36584622	36	2.2	37	82	10	94	73	2	17	6	1.15
36584576--36584631	20	2.9	19	77	12	62	69	0	21	8	1.15
36587766--36587802	19	2.0	19	89	5	58	24	2	13	59	1.47
36587676--36587830	46	3.4	45	71	10	109	32	8	12	47	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36593893--36593918	7	3.7	7	100	0	52	30	0	30	38	1.58
36597864--36597901	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
36608913--36608966	24	2.2	24	90	0	81	25	16	12	44	1.84
36612296--36612418	46	2.6	46	83	2	147	26	30	16	27	1.97
36620850--36620893	22	2.0	22	83	12	56	56	6	6	29	1.51
36621074--36621128	26	2.2	27	84	12	73	61	0	3	34	1.13
36621046--36621123	43	1.9	41	87	10	115	58	0	6	34	1.23
36621215--36621282	5	13.4	5	71	20	52	63	1	1	33	1.13
36621219--36621278	26	2.3	25	83	11	68	65	1	1	31	1.13
36621046--36621250	89	2.2	90	79	13	215	58	0	7	34	1.26
36621250--36621284	16	2.1	18	89	10	56	62	5	0	31	1.18
36621219--36621282	21	3.0	20	81	9	65	64	1	1	32	1.13
36621140--36621262	25	4.9	26	73	20	84	60	0	6	33	1.23
36624686--36624743	20	3.1	19	80	9	57	43	0	29	27	1.55
36630670--36630845	87	2.0	87	98	0	343	30	19	7	42	1.78
36640679--36640776	51	1.9	52	93	2	171	46	17	8	27	1.76
36647189--36647446	40	6.5	40	86	4	337	24	27	24	23	2.00
36659086--36659189	29	3.5	29	71	5	91	23	14	25	37	1.92
36659074--36659201	60	2.1	60	85	0	166	21	14	25	39	1.91
36661260--36661292	16	2.1	16	100	0	66	51	30	6	12	1.63
36665302--36665345	22	2.0	23	81	4	54	22	6	15	54	1.65
36673693--36673746	24	2.2	24	83	6	65	53	9	0	37	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36674637--36674693	19	2.9	19	82	14	64	42	0	1	56	1.10
36674652--36674693	13	3.3	13	83	12	52	40	0	0	59	0.97
36675047--36675085	20	2.0	19	90	5	60	74	0	25	0	0.82
36676290--36676323	16	2.1	17	88	5	52	38	0	29	32	1.58
36676632--36676690	31	1.9	31	86	10	86	47	0	22	30	1.51
36676960--36676984	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
36676999--36677061	31	2.0	31	93	0	108	38	19	19	23	1.93
36679108--36679194	21	4.0	22	77	5	79	17	20	24	37	1.93
36680734--36680783	20	2.5	20	90	0	82	12	30	36	22	1.90
36686107--36686329	40	5.6	40	88	5	276	22	23	28	24	1.99
36686147--36686329	79	2.3	79	89	1	269	22	24	28	24	2.00
36686147--36686362	79	2.7	79	85	4	267	23	24	28	23	2.00
36686107--36686362	40	6.5	39	85	5	270	23	24	28	23	2.00
36694227--36694450	40	5.6	39	81	11	217	22	24	28	24	1.99
36694267--36694450	79	2.3	80	90	0	280	22	24	28	24	2.00
36694227--36694483	119	2.2	120	82	4	306	23	24	28	23	2.00
36694267--36694483	79	2.7	79	85	3	276	23	24	28	23	2.00
36696751--36696922	46	3.7	45	80	13	215	29	27	20	22	1.98
36696756--36696926	93	1.8	93	96	2	317	29	28	20	21	1.98
36702482--36702526	22	2.0	22	100	0	90	44	8	15	31	1.77
36704923--36704957	15	2.3	15	100	0	70	11	14	20	54	1.70
36708712--36708814	29	3.6	28	88	5	136	28	27	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36710686--36710759	27	2.6	28	80	4	78	37	8	22	31	1.84
36710692--36710776	28	3.0	28	76	5	82	37	10	21	30	1.87
36714981--36715037	17	3.4	17	75	4	53	50	0	3	45	1.18
36716300--36716337	20	1.9	20	88	0	58	31	15	18	34	1.92
36722805--36722972	40	4.2	39	83	7	187	23	21	28	26	1.99
36722805--36722972	80	2.1	80	87	2	239	23	21	28	26	1.99
36730989--36731156	40	4.2	39	83	7	187	23	21	28	26	1.99
36730989--36731156	80	2.1	80	87	2	239	23	21	28	26	1.99
36736977--36737084	37	2.9	37	97	0	198	25	31	19	24	1.98
36737230--36737462	48	4.8	48	92	3	378	30	26	6	36	1.82
36737337--36737531	48	4.1	47	86	3	119	28	28	7	35	1.85
36741863--36741894	15	2.1	15	94	0	55	18	9	6	65	1.42
36755338--36755412	39	1.9	39	83	5	98	36	10	0	53	1.36
36755756--36755786	14	2.2	14	94	0	53	19	6	12	61	1.53
36755820--36755878	30	2.0	30	96	0	109	30	3	8	57	1.45
36755962--36756001	18	2.2	18	86	8	55	20	0	12	67	1.22
36758885--36758954	21	3.2	21	66	25	54	40	25	12	21	1.89
36760078--36760108	3	10.0	3	93	6	53	64	0	32	3	1.09
36761528--36761746	46	4.7	46	76	9	180	26	18	29	25	1.98
36764625--36764867	43	5.7	43	82	1	256	30	26	17	25	1.98
36764625--36764836	85	2.5	85	85	0	262	28	26	19	25	1.99
36767788--36768043	40	6.4	40	82	5	297	24	27	24	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36767788--36768043	120	2.2	119	85	4	338	24	27	24	23	2.00
36768993--36769060	32	2.1	32	100	0	136	35	32	5	26	1.81
36769968--36770021	27	2.0	27	96	0	99	31	11	18	38	1.86
36770700--36770900	89	2.3	89	93	0	339	42	16	20	19	1.89
36772314--36772458	7	20.4	7	76	8	123	48	28	2	20	1.61
36772877--36773017	40	3.6	38	80	10	153	29	22	19	27	1.98
36773054--36773184	40	3.3	40	79	3	156	26	19	19	33	1.96
36775725--36775767	13	3.3	13	83	9	52	53	6	0	39	1.28
36777615--36777655	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
36778436--36778460	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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