genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.117.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  117  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34773207--34773414	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
34773208--34773414	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
34781217--34781424	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
34781218--34781424	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
34787420--34787675	129	2.0	129	99	0	503	32	14	21	32	1.93
34795391--34795522	29	4.6	29	87	3	178	31	15	24	28	1.96
34795391--34795522	58	2.3	58	89	5	196	31	15	24	28	1.96
34803295--34803426	29	4.6	29	87	3	178	31	15	24	28	1.96
34803295--34803426	58	2.3	58	89	5	196	31	15	24	28	1.96
34809474--34809530	27	2.1	27	93	0	96	29	26	14	29	1.95
34810973--34811030	30	1.9	30	85	0	80	39	8	20	31	1.83
34818737--34818834	49	2.0	49	89	0	151	18	38	11	31	1.86
34824309--34824550	23	10.6	23	79	6	222	30	23	20	25	1.98
34824342--34824548	114	1.8	114	88	0	315	29	24	20	25	1.99
34824325--34824541	91	2.4	91	79	5	215	30	25	20	23	1.98
34833013--34833173	38	4.2	39	90	2	245	22	20	32	24	1.98
34833030--34833209	38	4.6	40	87	1	145	22	22	32	22	1.98
34841831--34841993	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
34844106--34844166	31	1.9	32	87	9	90	9	9	6	73	1.24
34850726--34850919	40	4.9	39	85	1	235	25	30	19	24	1.98
34857372--34857494	44	2.9	41	80	8	147	21	16	28	34	1.95
34867401--34867714	46	6.8	46	82	3	371	29	27	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34870476--34870514	15	2.6	15	91	0	69	58	20	12	7	1.58
34870455--34870514	30	2.0	30	87	6	86	56	16	15	11	1.67
34872765--34872924	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
34876784--34877048	93	2.8	93	92	0	431	28	26	21	23	1.99
34876776--34877044	46	5.8	45	77	12	258	29	26	20	23	1.99
34878777--34878819	16	2.7	16	88	0	59	11	23	13	51	1.74
34881951--34882050	27	3.7	27	80	6	96	43	19	8	30	1.79
34882046--34882230	27	6.9	27	91	0	262	28	23	8	39	1.84
34881979--34882431	27	16.7	27	79	6	126	36	20	8	33	1.84
34882073--34882257	81	2.3	81	83	0	226	29	22	8	39	1.84
34882181--34882460	27	10.3	27	75	6	152	37	19	9	33	1.85
34882492--34882578	27	3.2	27	83	3	86	33	19	25	21	1.97
34882501--34882582	27	3.0	27	87	3	112	30	20	25	23	1.99
34883385--34883469	26	3.3	26	76	14	88	30	17	24	27	1.97
34883603--34883682	42	1.9	42	86	0	115	28	15	18	37	1.91
34883717--34883795	31	2.5	31	91	0	122	31	16	25	26	1.96
34888872--34889209	40	8.5	40	89	2	472	23	23	27	26	2.00
34893703--34893927	27	8.3	27	81	7	181	24	19	19	36	1.94
34893703--34893925	54	4.1	53	79	6	207	25	19	19	36	1.95
34893707--34893917	81	2.6	80	87	3	280	25	20	18	36	1.95
34893798--34894385	27	21.8	26	79	6	426	30	10	20	38	1.86
34893883--34894385	54	9.3	53	82	4	497	31	8	20	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34894045--34894385	27	12.6	27	84	2	434	31	7	19	41	1.80
34894045--34894385	54	6.3	54	91	0	538	31	7	19	41	1.80
34896033--34896081	20	2.5	20	72	0	53	20	26	18	34	1.95
34899853--34900060	40	5.2	39	82	1	209	25	25	22	26	2.00
34899853--34900058	80	2.6	81	83	3	238	25	26	22	26	2.00
34903100--34903224	6	20.3	6	70	16	87	48	13	19	19	1.81
34903121--34903224	31	3.4	31	90	0	163	47	13	20	19	1.82
34903109--34903224	31	3.5	34	82	9	109	48	12	19	18	1.81
34903730--34903923	27	7.2	27	92	0	316	38	7	25	28	1.83
34903919--34904015	27	3.6	27	92	0	149	28	7	21	42	1.79
34903730--34903950	81	2.7	80	80	6	257	37	7	25	29	1.84
34903900--34904017	54	2.2	55	81	7	143	28	8	21	41	1.82
34903929--34904042	54	2.1	54	80	3	122	29	11	19	39	1.87
34904010--34904079	27	2.6	27	88	0	95	30	24	15	30	1.96
34905941--34906046	6	17.3	6	73	14	65	50	11	16	20	1.76
34905950--34906053	43	2.4	43	80	0	118	50	9	19	21	1.76
34906553--34906827	27	10.2	27	89	0	397	39	8	23	29	1.83
34909950--34910049	47	2.1	47	81	0	119	34	9	29	28	1.87
34910019--34910118	48	2.1	48	100	0	200	38	6	26	30	1.80
34916352--34916381	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
34916381--34916410	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
34916617--34916745	39	3.3	39	87	1	179	22	27	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34921159--34921189	15	2.1	15	100	0	62	35	19	25	19	1.95
34924224--34924249	12	2.2	12	100	0	52	30	23	7	38	1.83
34936045--34936214	46	3.7	45	75	7	162	29	30	19	21	1.97
34936052--34936223	93	1.8	93	88	0	263	27	29	20	22	1.98
34938572--34938615	20	2.2	20	95	0	79	38	31	0	29	1.58
34938693--34938822	42	3.1	42	80	2	161	30	26	13	29	1.94
34945166--34945221	22	2.6	22	82	2	69	75	3	3	17	1.10
34952334--34952360	9	3.0	9	100	0	54	44	22	0	33	1.53
34953774--34953808	18	1.9	18	88	0	52	45	5	22	25	1.74
34957172--34957233	19	3.4	19	71	24	69	32	14	11	41	1.81
34957167--34957238	36	2.0	36	100	0	144	30	13	13	41	1.84
34964919--34964955	19	1.9	19	94	0	65	18	24	8	48	1.75
34965274--34965299	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
34965976--34966004	12	2.3	13	94	5	51	55	10	0	34	1.34
34970318--34970375	30	1.9	30	92	0	98	32	12	25	29	1.92
34970714--34971073	47	7.8	44	73	13	212	28	20	30	21	1.98
34970757--34971073	94	3.4	93	79	11	330	28	20	29	21	1.98
34970714--34971073	141	2.6	141	76	9	353	28	20	30	21	1.98
34977926--34977983	30	1.9	30	89	0	89	31	10	27	31	1.90
34978323--34978682	47	7.7	45	74	12	273	27	20	29	22	1.98
34978326--34978682	94	3.8	93	78	11	356	28	19	29	22	1.98
34978323--34978682	141	2.6	140	79	9	365	27	20	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34980863--34981008	38	3.7	40	84	9	210	25	27	23	23	2.00
34980830--34981004	40	4.5	40	85	7	218	24	27	23	24	2.00
34988867--34989120	40	6.5	40	90	5	369	25	27	22	24	2.00
34988900--34989124	117	1.9	119	92	3	384	25	27	22	24	2.00
35000138--35000203	24	2.8	23	73	26	66	21	7	0	71	1.11
35000154--35000196	8	5.4	8	83	10	52	23	6	0	69	1.12
35003784--35003847	29	2.2	28	80	20	71	9	7	7	75	1.21
35007832--35007917	24	3.6	24	95	3	147	20	25	19	33	1.97
35007823--35007935	48	2.3	49	79	7	133	18	25	18	37	1.94
35007978--35008033	24	2.4	24	84	3	69	14	25	23	37	1.92
35013272--35013351	36	2.2	35	82	8	90	11	11	10	67	1.42
35017506--35017608	29	3.6	29	86	5	138	28	26	17	28	1.98
35025536--35025638	29	3.6	28	88	5	136	28	27	16	28	1.97
35031361--35031534	47	3.7	47	89	3	233	31	7	32	28	1.85
35035219--35035355	6	22.3	6	69	15	84	48	13	16	20	1.80
35035270--35035355	31	2.8	31	96	0	154	48	13	17	19	1.80
35036809--35036934	40	3.2	40	85	3	157	28	26	21	23	1.99
35041008--35041110	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
35048996--35049098	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
35055237--35055433	40	5.2	40	83	11	243	29	26	20	23	1.99
35055295--35055356	31	2.0	31	100	0	124	32	25	19	22	1.97
35055262--35055396	71	1.9	71	96	0	252	29	27	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35057373--35057564	27	7.1	27	79	3	190	26	19	17	36	1.94
35057402--35057566	54	3.1	54	88	3	226	24	19	17	38	1.93
35057388--35057542	80	1.9	81	84	3	206	24	19	18	38	1.93
35057373--35057566	54	3.6	54	83	7	223	25	20	17	37	1.93
35057610--35057724	27	4.3	27	88	3	171	40	7	21	30	1.82
35057610--35057724	53	2.2	53	88	3	169	40	7	21	30	1.82
35058982--35059179	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
35059048--35059165	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
35059016--35059179	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
35063159--35063455	40	7.5	40	90	4	451	25	27	23	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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