Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  34  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8786550--8786580
12
2.6
12
94
0
53
74
0
25
0
0.82
8788813--8788894
5
16.4
5
100
0
164
40
0
0
59
0.97
8792145--8792206
26
2.4
27
81
13
76
37
25
9
27
1.87
8792311--8792426
28
4.2
28
86
2
155
18
24
20
37
1.94
8794527--8794640
57
2.0
57
100
0
228
42
14
33
10
1.79
8799195--8799232
17
2.2
18
90
4
60
5
23
0
71
1.07
8800310--8800425
28
4.2
28
83
2
146
18
25
19
35
1.95
8801751--8801929
47
3.8
49
79
13
196
29
27
20
22
1.98
8801759--8801929
94
1.8
93
91
1
279
29
28
20
22
1.98
8809323--8809500
47
3.8
49
80
14
205
29
28
20
21
1.98
8809331--8809500
94
1.8
92
93
2
295
28
28
20
21
1.98
8809918--8809977
30
2.0
30
87
6
86
28
23
8
40
1.83
8811898--8811924
11
2.5
11
100
0
54
33
14
18
33
1.92
8815712--8815746
2
18.0
2
94
5
63
48
0
0
51
1.00
8817168--8817201
14
2.3
15
85
10
52
47
0
8
44
1.34
8822954--8822992
15
2.4
16
83
16
53
41
10
2
46
1.51
8824483--8824527
2
22.5
2
100
0
90
48
0
51
0
1.00
8829357--8829383
13
2.1
13
100
0
54
29
0
25
44
1.54
8839692--8839722
12
2.6
12
100
0
62
19
29
0
51
1.47
8842450--8842482
16
2.1
16
100
0
66
39
18
18
24
1.92
8858589--8858627
17
2.3
17
90
0
60
20
10
12
56
1.65
8861627--8861699
31
2.4
31
100
0
146
20
32
30
16
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8868577--8868697
46
2.6
46
81
5
136
28
20
27
23
1.99
8868584--8868843
49
5.5
49
74
11
195
26
20
27
25
1.99
8868584--8868841
142
1.8
138
85
6
358
26
20
27
25
1.99
8897275--8897417
9
16.0
9
80
1
135
46
14
2
37
1.57
8903734--8903765
16
2.0
16
100
0
64
56
25
6
12
1.59
8909495--8909528
4
8.5
4
93
0
50
20
0
5
73
1.04
8909669--8909694
13
2.0
13
100
0
52
69
7
0
23
1.14
8909748--8909804
28
2.0
28
100
0
114
47
14
17
21
1.82
8911280--8911363
38
2.4
35
78
17
95
60
3
4
30
1.34
8912346--8912379
14
2.4
14
85
0
50
73
0
17
8
1.08
8912854--8912888
17
2.0
18
88
5
54
11
5
17
65
1.43
8914803--8914874
35
2.1
35
89
0
108
26
23
12
37
1.90
8923209--8923278
35
2.0
35
91
5
115
27
22
11
38
1.89
8925049--8925102
20
2.8
18
79
17
56
68
1
3
25
1.16
8927276--8927326
25
2.0
25
84
0
66
50
19
15
13
1.77
8928688--8928786
30
3.3
30
94
4
166
21
33
22
23
1.97
8929601--8929867
46
5.6
47
78
12
228
24
29
18
27
1.98
8929647--8929915
94
2.9
93
79
12
295
23
28
19
28
1.98
8929598--8929913
140
2.2
142
81
12
364
23
28
19
28
1.98
8932238--8932340
52
2.0
52
94
0
179
39
9
22
28
1.85
8936799--8936833
18
1.9
18
88
0
52
45
0
0
54
0.99
8937024--8937111
29
2.9
30
81
9
83
44
12
15
27
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8937044--8937129
31
2.8
31
87
3
113
43
12
15
29
1.83
8938753--8938865
39
2.8
42
80
12
112
56
11
4
27
1.53
8939792--8939826
7
5.0
7
96
0
52
28
0
5
65
1.15
8939932--8939990
13
4.1
15
76
24
65
47
1
0
50
1.11
8939883--8939985
28
3.9
27
70
14
79
42
2
0
53
1.22
8941492--8941571
30
2.7
30
80
7
83
45
0
1
53
1.08
8941649--8941707
31
1.9
31
86
6
84
52
3
3
40
1.35
8945146--8945177
11
2.6
13
85
14
50
25
21
12
40
1.88
8953458--8953631
71
2.5
70
86
2
235
28
14
22
33
1.94
8953631--8953795
72
2.3
70
86
5
224
22
15
20
41
1.89
8953728--8954495
140
5.5
140
97
0
1419
25
17
19
37
1.93
8954333--8954366
13
2.5
13
90
4
50
20
11
8
58
1.59
8954415--8954639
71
3.0
72
83
12
285
31
16
18
33
1.93
8954593--8954688
49
2.0
49
95
0
174
30
15
21
32
1.95
8954522--8954760
121
2.0
120
93
0
406
31
15
18
33
1.93
8954642--8954991
76
4.7
74
86
5
415
32
16
18
32
1.93
8954642--8954991
149
2.4
149
85
5
442
32
16
18
32
1.93
8954913--8955084
93
1.8
93
87
2
256
29
20
18
31
1.96
8954841--8955144
170
1.8
165
87
5
448
31
19
19
30
1.96
8954984--8955359
77
4.7
78
75
12
325
30
16
17
35
1.92
8954812--8955572
248
3.1
240
82
7
828
29
16
18
35
1.93
8955343--8955403
30
2.0
30
87
6
88
21
9
26
42
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8958190--8958250
31
1.9
32
86
3
88
47
6
6
39
1.55
8958944--8958985
20
2.2
20
91
4
68
61
9
0
28
1.27
8959945--8960012
30
2.2
31
82
7
77
61
5
4
27
1.38
8962248--8962320
36
2.0
36
100
0
146
43
10
16
28
1.82
8966072--8966160
42
2.1
42
95
0
160
12
20
17
49
1.79
8967933--8968106
71
2.5
69
85
4
217
28
13
23
34
1.93
8968106--8968269
71
2.3
70
86
6
224
21
15
20
42
1.89
8968202--8968964
279
2.7
280
96
2
1421
25
17
20
37
1.93
8968202--8968964
139
5.5
140
97
1
1421
25
17
20
37
1.93
8968884--8969108
71
3.0
71
82
12
265
31
16
18
33
1.93
8969062--8969156
48
2.0
49
95
2
174
30
15
21
32
1.94
8969111--8969459
73
4.7
75
84
8
405
32
16
17
32
1.93
8969111--8969459
151
2.4
148
84
6
424
32
16
17
32
1.93
8969382--8969552
93
1.8
92
87
3
254
29
20
18
32
1.96
8969310--8969611
169
1.8
164
87
6
446
30
19
19
30
1.96
8969474--8969823
76
4.5
77
75
13
264
30
16
18
34
1.93
8969807--8969866
29
2.0
30
90
3
95
20
10
26
43
1.83
8969281--8970037
245
3.1
239
82
8
738
28
16
18
35
1.93
8970688--8970735
22
2.2
22
92
0
78
70
25
0
4
1.04
8976403--8976574
93
1.8
93
96
0
317
27
30
22
20
1.98
8976395--8976570
46
3.8
46
81
10
232
28
29
21
20
1.98
8978953--8979041
30
3.0
30
80
8
101
57
15
16
10
1.65
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8978953--8979032
15
5.4
15
80
7
92
58
13
17
10
1.62
8978964--8979041
15
5.2
15
78
9
79
56
15
16
11
1.67
8981990--8982161
93
1.8
93
96
0
317
27
30
22
20
1.98
8981982--8982157
46
3.8
46
81
10
232
28
29
21
20
1.98
8983500--8983552
20
2.7
20
81
0
70
26
15
20
37
1.92
8983829--8983975
77
1.9
77
88
4
226
48
2
14
33
1.58
8985868--8985901
18
1.9
18
88
5
52
70
0
14
14
1.17
8986149--8986196
16
2.9
16
76
14
53
31
0
4
64
1.12
9002710--9002757
2
25.0
2
91
8
82
50
0
0
50
1.00
9005306--9005346
15
2.5
17
84
7
50
48
43
4
2
1.37
9005407--9005475
22
3.1
22
85
0
102
36
52
0
11
1.38
9005457--9005514
13
4.8
12
79
16
59
37
51
1
8
1.43
9005435--9005515
35
2.3
35
82
0
108
38
51
1
8
1.41
9005470--9005525
22
2.5
22
91
0
85
35
53
1
8
1.43
9005891--9005932
19
2.3
18
87
4
57
26
2
2
69
1.13
9005917--9005998
33
2.3
39
83
12
104
34
13
0
52
1.41
9005944--9006028
23
3.6
23
70
9
64
29
9
2
58
1.42
9007406--9007440
9
3.8
9
92
3
52
65
0
0
34
0.93
9007720--9007760
21
2.0
21
90
0
64
24
14
0
60
1.34
9007952--9007993
13
3.2
13
100
0
84
54
0
0
45
0.99
9008663--9008736
37
1.9
39
91
5
125
12
12
4
71
1.27
9008671--9008760
38
2.4
36
80
9
99
14
10
3
72
1.24
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9008776--9008830
20
2.6
20
83
11
65
40
0
7
52
1.29
9008793--9008831
20
1.9
21
94
5
71
35
0
5
58
1.20
9008831--9008905
27
2.8
26
76
13
71
48
1
2
48
1.24
9009027--9009068
19
2.2
19
87
8
59
54
0
2
42
1.13
9009069--9009124
16
3.7
15
79
11
60
53
0
5
41
1.24
9009068--9009137
32
2.3
30
80
5
77
55
0
4
40
1.19
9009598--9009682
40
2.1
41
93
2
145
37
5
2
54
1.38
9009600--9009663
20
3.2
20
64
16
51
34
6
3
56
1.40
9009607--9009671
20
3.2
20
67
16
53
38
6
3
52
1.42
9009606--9009693
40
2.2
40
85
4
115
38
5
2
53
1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425