genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  199  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60531346--60531841	48	10.3	48	83	5	382	28	29	15	26	1.96
60531370--60531841	96	4.9	96	84	2	563	28	29	15	26	1.96
60531370--60531841	144	3.3	144	86	2	626	28	29	15	26	1.96
60541159--60541204	21	2.2	21	92	3	76	39	13	8	39	1.75
60551502--60551543	18	2.3	18	91	0	66	33	16	11	38	1.86
60554782--60554866	41	2.1	41	97	0	161	34	5	22	37	1.78
60557028--60557101	37	2.0	37	97	0	139	29	14	24	31	1.95
60563248--60563283	19	1.9	18	88	5	54	16	41	19	22	1.90
60564542--60564954	48	8.6	49	84	3	363	26	30	16	26	1.97
60564542--60564954	96	4.3	96	86	4	496	26	30	16	26	1.97
60564542--60564954	144	2.9	144	84	4	523	26	30	16	26	1.97
60575772--60575901	40	3.3	39	82	4	163	23	24	27	23	2.00
60579763--60579944	40	4.6	40	76	4	127	20	25	24	29	1.99
60587783--60587990	40	5.2	40	82	1	184	21	26	24	27	1.99
60587809--60587990	80	2.3	80	83	0	220	21	26	23	28	1.99
60596199--60596340	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
60596238--60596366	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
60601830--60601880	26	2.0	26	92	0	84	43	13	9	33	1.77
60606256--60606301	24	1.9	24	95	0	83	47	13	28	10	1.76
60606686--60606746	27	2.3	27	86	8	81	45	13	16	24	1.83
60606738--60606833	27	3.6	27	83	5	122	30	12	16	40	1.86
60608632--60608699	20	3.4	20	93	0	118	39	11	17	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60608749--60608884	52	2.7	51	92	5	215	27	22	22	27	1.99
60608749--60608884	26	5.3	26	85	3	181	27	22	22	27	1.99
60609490--60609524	18	1.9	18	88	0	52	34	25	8	31	1.86
60609828--60609953	27	4.7	27	81	3	146	23	15	19	41	1.89
60609828--60609953	54	2.3	54	83	2	164	23	15	19	41	1.89
60610242--60610291	18	2.8	18	90	0	73	18	16	16	50	1.79
60618910--60619015	53	2.0	53	92	0	176	29	21	19	29	1.98
60622607--60622754	41	3.6	41	80	7	176	24	21	27	27	1.99
60626720--60626927	40	5.2	40	85	3	240	25	27	21	25	1.99
60633051--60633196	41	3.6	41	83	3	188	22	21	27	28	1.99
60637139--60637274	50	2.7	51	87	3	188	29	29	16	25	1.96
60650864--60650967	34	3.1	33	79	9	113	25	23	26	25	2.00
60655967--60656056	20	4.6	19	72	25	73	32	6	1	60	1.30
60655972--60656021	16	2.8	17	85	11	57	36	8	0	56	1.29
60662816--60662865	26	2.0	25	84	11	66	20	14	6	60	1.55
60669288--60669463	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
60669284--60669455	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
60674460--60674610	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
60674497--60674626	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
60680779--60680929	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
60680816--60680945	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
60688806--60688956	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60688843--60688972	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
60690200--60690247	21	2.3	21	96	0	87	35	8	14	41	1.76
60697711--60697758	24	2.0	24	91	0	78	50	10	2	37	1.49
60697911--60697944	10	3.3	10	84	8	50	17	5	0	76	0.98
60701729--60701901	27	6.4	27	86	0	238	35	20	20	23	1.96
60707970--60708016	22	2.1	22	92	0	76	40	23	21	14	1.90
60709805--60709931	23	5.5	23	82	5	150	29	23	22	24	1.99
60709802--60709933	46	2.9	46	89	2	176	31	23	21	24	1.98
60711475--60711538	22	2.9	22	79	9	76	32	21	25	20	1.97
60711681--60711762	41	2.0	41	90	0	128	26	24	24	24	2.00
60712008--60712334	27	12.1	27	78	4	237	31	9	17	41	1.81
60712285--60712369	27	3.2	26	86	3	107	31	11	16	40	1.85
60712358--60712434	27	2.9	27	88	3	111	29	22	14	33	1.93
60728686--60728816	47	2.8	48	90	1	201	22	15	28	34	1.94
60728683--60728835	47	3.2	47	76	18	156	22	14	27	35	1.93
60730465--60730565	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
60732319--60732351	14	2.3	15	89	5	50	3	21	3	72	1.11
60737647--60738118	42	11.3	42	86	2	626	21	17	23	37	1.94
60738940--60739320	160	2.5	150	85	7	485	43	4	8	43	1.54
60739291--60739355	33	2.0	33	96	3	123	43	3	9	44	1.51
60739955--60739990	10	3.5	10	85	7	54	19	5	0	75	1.00
60745569--60745754	40	4.7	40	82	5	162	23	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60745620--60745787	80	2.1	79	78	8	173	26	19	26	27	1.99
60751952--60751976	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
60752814--60752912	27	3.5	28	86	4	128	25	13	27	34	1.93
60754732--60755005	47	5.7	47	90	2	386	29	30	7	32	1.85
60754732--60755005	96	2.9	96	89	4	378	29	30	7	32	1.85
60754732--60755005	143	1.9	143	90	0	440	29	30	7	32	1.85
60760209--60760234	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
60760944--60761129	40	4.7	40	84	5	171	23	20	28	27	1.99
60760944--60761124	80	2.3	81	81	5	208	23	21	28	26	1.99
60761025--60761143	40	3.0	40	84	7	118	24	20	28	26	1.99
60766010--60766112	29	3.4	29	73	12	100	33	16	23	26	1.95
60766006--60766387	61	6.3	61	84	0	458	32	15	24	26	1.96
60766163--60766330	32	5.5	31	64	18	91	31	16	25	26	1.96
60766006--60766387	122	3.1	122	85	0	512	32	15	24	26	1.96
60766006--60766387	183	2.1	183	87	1	541	32	15	24	26	1.96
60770277--60770306	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
60777971--60778010	18	2.2	18	86	0	53	20	2	7	70	1.24
60779565--60779595	16	1.9	16	93	0	53	0	16	0	83	0.64
60784335--60784359	11	2.3	11	100	0	50	68	32	0	0	0.90
60785322--60785404	29	2.8	30	92	3	141	28	9	27	33	1.88
60785747--60785971	48	4.8	48	76	12	191	28	19	28	23	1.98
60785747--60785920	94	1.9	94	86	7	255	28	19	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60794664--60794698	16	2.1	17	89	5	54	68	0	5	25	1.11
60798592--60798673	22	3.7	22	85	3	110	28	21	17	32	1.96
60805319--60805499	40	4.6	40	80	4	188	25	24	25	24	2.00
60810420--60810547	39	3.2	40	74	13	131	23	28	24	24	2.00
60816617--60816778	71	2.3	69	97	2	306	34	17	28	19	1.95
60824187--60824349	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
60827519--60827753	48	4.9	48	82	1	272	25	17	30	25	1.97
60827519--60827753	96	2.4	98	87	2	323	25	17	30	25	1.97
60833168--60833219	24	2.2	24	96	0	95	34	3	42	19	1.69
60834631--60834741	27	4.2	26	86	5	141	17	23	22	36	1.94
60839242--60839308	33	2.0	33	100	0	134	28	8	26	35	1.87
60841462--60841637	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
60841459--60841629	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
60844580--60844648	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
60844571--60844658	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
60847038--60847213	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
60847035--60847205	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
60849349--60849422	24	3.1	24	96	0	130	33	4	40	21	1.72
60850824--60850934	27	4.2	26	85	5	141	17	24	21	36	1.94
60857281--60857431	43	3.5	43	76	9	155	32	25	15	27	1.95
60862899--60863074	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
60862896--60863066	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60866010--60866093	29	2.9	29	82	10	100	10	16	15	57	1.65
60866019--60866097	15	5.4	15	80	10	92	10	17	12	59	1.60
60868477--60868646	93	1.8	92	93	1	295	21	21	28	28	1.99
60868481--60868654	46	3.8	46	80	11	212	21	20	28	28	1.98
60871622--60871715	44	2.2	42	83	5	116	22	14	27	35	1.94
60871647--60871758	42	2.6	44	76	10	117	25	16	24	33	1.95
60880983--60881209	46	4.9	47	91	2	311	22	22	13	41	1.89
60889796--60889836	22	1.9	22	90	5	66	19	29	41	9	1.83
60894354--60894428	20	3.7	20	75	7	78	34	26	13	25	1.93
60894396--60894434	20	2.0	20	89	0	60	38	28	15	17	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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