genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.132.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  132  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39560527--39560559	14	2.4	14	90	5	50	84	0	15	0	0.61
39563154--39563225	37	1.9	37	94	0	126	22	34	20	22	1.97
39563359--39563464	48	2.2	48	93	0	176	33	27	5	33	1.80
39565688--39565757	27	2.6	27	88	2	104	31	25	14	28	1.95
39565766--39565874	42	2.6	42	95	0	200	22	33	15	29	1.95
39570223--39570304	29	2.8	29	98	0	155	25	30	14	29	1.95
39578127--39578208	29	2.8	29	98	0	155	25	30	14	29	1.95
39588970--39589051	29	2.8	29	98	0	155	25	30	14	29	1.95
39596870--39596951	29	2.8	29	98	0	155	25	30	14	29	1.95
39600817--39601051	78	3.0	78	87	1	299	23	31	20	25	1.98
39600867--39601051	39	4.7	39	95	0	298	22	31	18	27	1.97
39608163--39608357	39	5.0	39	93	3	311	22	30	20	26	1.98
39610412--39610630	29	7.6	29	94	0	366	26	31	14	27	1.95
39610354--39610631	87	3.2	87	86	2	308	26	32	14	25	1.95
39613430--39613486	30	1.9	30	92	0	96	33	14	24	28	1.94
39613828--39614143	95	3.3	95	76	7	295	28	20	28	21	1.98
39613831--39614143	49	6.6	49	72	13	156	29	20	28	22	1.98
39614908--39615038	55	2.4	55	88	0	190	22	19	29	29	1.98
39614908--39615059	55	2.8	54	81	7	180	21	19	31	26	1.98
39618316--39618423	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
39621655--39621825	93	1.8	93	87	0	252	29	27	19	23	1.98
39622244--39622303	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39628704--39628878	46	3.8	49	78	15	183	29	28	20	22	1.98
39628709--39628878	92	1.8	93	91	1	279	29	28	20	21	1.98
39629296--39629355	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
39635186--39635292	26	4.2	26	91	2	180	32	6	24	36	1.81
39635186--39635292	51	2.1	52	94	1	189	32	6	24	36	1.81
39641327--39641352	13	2.0	13	100	0	52	7	0	30	61	1.24
39645883--39645938	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
39645872--39645938	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
39645988--39646107	23	5.1	23	92	4	204	28	21	20	29	1.98
39645987--39646114	24	5.4	23	91	3	193	28	21	21	28	1.99
39645987--39646107	47	2.6	47	97	0	224	28	21	20	28	1.98
39646321--39646381	31	2.0	31	93	0	104	32	16	26	24	1.96
39658170--39658353	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
39658210--39658398	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
39666237--39666404	40	4.2	39	75	8	135	27	23	26	22	1.99
39673443--39673626	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
39673483--39673671	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
39676867--39676950	26	3.2	26	96	0	150	33	5	25	35	1.80
39678533--39678645	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
39678530--39678645	54	2.1	54	88	3	171	16	23	23	37	1.94
39679971--39680122	42	3.6	42	79	7	173	30	17	23	29	1.97
39684203--39684228	6	4.3	6	100	0	52	34	0	50	15	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39688283--39688366	38	2.2	38	91	0	132	22	25	27	25	2.00
39688283--39688384	38	2.7	38	89	0	123	22	21	26	29	1.99
39688382--39688501	43	2.8	43	92	0	195	11	26	30	30	1.92
39688475--39688507	16	2.1	16	100	0	66	12	36	27	24	1.91
39693716--39693744	2	15.0	2	92	7	51	0	51	0	48	1.00
39697020--39697053	18	1.9	18	88	5	52	47	0	2	50	1.16
39701307--39701591	50	5.9	47	75	12	175	28	19	27	24	1.99
39707404--39707478	36	2.1	35	97	2	141	48	13	5	33	1.65
39713415--39713743	48	6.8	48	86	1	426	27	29	16	26	1.97
39717408--39718162	378	2.0	377	95	0	1357	31	23	19	24	1.98
39718269--39718382	57	2.0	57	94	0	201	35	20	10	34	1.87
39719279--39719386	43	2.5	43	74	5	112	30	22	16	30	1.96
39729862--39729889	14	2.0	14	100	0	56	35	0	7	57	1.26
39731258--39731318	31	2.0	30	87	6	88	60	1	1	36	1.16
39731258--39731316	29	2.0	29	83	9	75	61	1	1	35	1.16
39732586--39732624	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
39738451--39738671	46	4.8	45	76	11	173	29	19	28	21	1.98
39738906--39738941	17	2.1	17	100	0	72	36	22	5	36	1.78
39750613--39750670	30	1.9	30	89	0	89	34	12	25	27	1.91
39753684--39753796	40	2.8	39	82	6	127	25	23	27	23	2.00
39753724--39753824	40	2.5	39	83	10	116	28	23	25	21	1.99
39755740--39756076	40	8.5	40	88	4	463	23	22	27	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39763897--39764153	40	6.5	40	86	4	328	23	23	28	25	2.00
39765743--39766016	46	5.8	48	74	13	187	29	18	27	24	1.98
39769717--39769761	18	2.5	18	100	0	90	40	8	31	20	1.83
39769833--39769888	29	1.9	29	96	0	103	23	17	28	30	1.97
39770315--39770355	20	2.0	20	100	0	82	14	29	12	43	1.82
39781841--39781875	18	1.9	18	88	0	52	37	5	5	51	1.50
39801954--39802007	25	2.1	26	86	10	76	62	1	3	31	1.23
39818323--39818493	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
39826305--39826475	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
39828813--39829085	46	5.8	48	76	11	235	24	29	18	27	1.98
39828863--39829096	94	2.5	89	84	9	315	25	29	17	27	1.97
39833900--39834034	29	4.7	29	91	0	207	31	16	22	28	1.96
39835761--39835786	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
39837012--39837070	24	2.3	26	80	5	68	54	0	5	40	1.23
39837080--39837141	30	2.1	30	84	6	81	61	3	1	33	1.22
39837096--39837131	16	2.2	16	95	0	63	66	0	2	30	1.06
39838946--39839405	249	1.8	249	86	0	668	27	22	19	30	1.98
39839181--39839672	205	2.4	205	86	2	686	28	22	19	30	1.98
39839664--39839747	44	2.0	43	88	4	125	29	26	15	28	1.96
39847859--39847895	15	2.5	16	87	12	53	43	10	24	21	1.84
39854788--39854859	21	3.4	21	77	9	74	54	0	5	40	1.24
39854869--39854930	30	2.1	30	84	6	81	61	3	1	33	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39854885--39854920	16	2.2	16	95	0	63	66	0	2	30	1.06
39857373--39857413	18	2.2	20	82	8	50	46	19	9	24	1.80
39858849--39858886	19	2.0	19	100	0	76	31	26	10	31	1.90
39860445--39860553	45	2.4	45	82	0	137	37	14	20	27	1.92
39866360--39866418	15	4.1	14	76	8	64	11	11	16	59	1.61
39866361--39866419	30	2.0	29	90	3	91	11	13	16	57	1.65
39869126--39869248	46	2.7	45	89	5	176	18	16	30	34	1.93
39877905--39878095	39	4.9	39	90	4	287	21	30	22	24	1.99
39877905--39878095	77	2.4	78	91	1	312	21	30	22	24	1.99
39886154--39886193	21	1.9	21	89	0	62	10	40	30	20	1.85
39886447--39888318	980	1.9	981	84	4	2531	32	21	14	31	1.94
39888802--39888933	29	4.6	29	87	1	176	28	24	15	31	1.96
39888802--39888933	58	2.3	59	89	5	198	28	24	15	31	1.96
39895928--39896006	29	2.7	28	82	3	86	20	15	34	30	1.93
39903091--39903191	29	3.5	28	77	8	87	23	16	31	27	1.96
39904191--39904260	28	2.4	29	90	6	108	31	10	25	32	1.89
39911302--39911400	27	3.5	28	84	8	121	30	14	25	30	1.94
39913307--39913374	27	2.5	28	90	7	113	44	26	10	19	1.82
39914707--39914737	11	2.8	11	95	0	53	90	3	0	6	0.55
39921457--39921525	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
39928545--39928707	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
39936453--39936615	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39938194--39938353	29	5.5	30	87	8	213	33	13	25	27	1.93
39938223--39938353	59	2.3	57	93	5	219	34	13	25	26	1.93
39946104--39946204	28	3.5	30	83	6	127	30	13	26	28	1.94
39946104--39946204	29	3.5	29	81	9	116	30	13	26	28	1.94
39953070--39953103	15	2.3	15	89	0	50	11	11	17	58	1.62
39953766--39953794	15	2.0	15	93	6	51	10	13	20	55	1.68
39959851--39959919	31	2.2	31	89	0	102	30	26	7	36	1.83
39963061--39963100	20	2.0	21	90	5	64	7	22	2	67	1.28
39968414--39968564	27	5.6	25	72	12	95	39	23	9	28	1.85
39968435--39968568	27	5.0	26	76	10	126	38	22	9	29	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425