genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.102.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  102  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29591620--29591788	40	4.2	39	83	8	189	23	21	28	26	1.99
29591620--29591788	81	2.1	80	87	3	241	23	21	28	26	1.99
29593926--29593957	16	2.0	16	93	0	55	25	9	12	53	1.68
29594920--29595026	27	3.9	27	85	9	137	37	22	23	16	1.94
29594919--29595026	54	2.0	54	87	3	155	37	22	23	16	1.93
29598025--29598050	13	2.0	13	100	0	52	30	38	7	23	1.83
29599420--29599608	55	3.5	53	80	6	202	22	22	19	35	1.96
29599420--29599622	54	3.8	54	80	5	214	22	22	18	36	1.95
29599595--29599716	47	2.6	47	94	0	217	25	23	13	36	1.92
29600412--29600469	30	1.9	31	89	3	91	29	24	10	36	1.88
29606632--29606674	20	2.2	20	100	0	86	44	25	0	30	1.55
29612901--29613004	43	2.4	44	75	4	113	31	26	14	26	1.95
29624959--29625072	43	2.7	43	81	6	142	32	24	17	25	1.97
29625716--29625773	30	1.9	31	82	10	75	60	12	6	20	1.54
29633400--29633447	25	1.9	25	86	0	69	33	25	14	27	1.94
29633490--29633550	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
29633600--29633718	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
29633600--29633718	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
29633910--29633972	30	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
29638512--29638572	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
29638622--29638740	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
29638622--29638740	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29638932--29638994	31	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
29643448--29643495	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
29643538--29643598	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
29643648--29643766	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
29643648--29643766	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
29643958--29644021	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
29651018--29651087	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
29652820--29653040	40	5.7	40	85	7	237	25	26	20	27	1.99
29660964--29661105	40	3.6	40	83	6	139	26	28	20	25	1.99
29665669--29665799	54	2.4	55	81	7	151	38	20	9	31	1.84
29665648--29665773	27	4.7	27	77	12	125	38	22	8	30	1.84
29665724--29665799	27	2.8	27	81	15	86	39	19	10	30	1.86
29665794--29666283	27	18.2	27	86	1	651	29	22	6	41	1.79
29666520--29666570	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
29666618--29666651	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
29666826--29666902	31	2.5	31	86	0	109	20	18	12	48	1.81
29666826--29666956	6	21.3	6	69	16	72	19	20	12	46	1.83
29666854--29666947	37	2.5	37	85	0	125	19	23	11	45	1.83
29666826--29666942	31	3.6	31	75	13	99	19	21	12	46	1.83
29667731--29667764	18	1.9	17	88	5	50	35	0	23	41	1.55
29670115--29670162	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
29670206--29670263	20	2.9	20	97	0	107	34	12	20	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29670210--29670263	11	5.3	11	70	17	53	35	12	20	31	1.90
29670316--29670435	23	5.1	23	93	4	204	29	20	20	30	1.98
29670315--29670442	24	5.4	24	92	4	215	29	20	21	28	1.98
29670315--29670435	47	2.6	47	97	0	224	29	20	19	29	1.97
29670650--29670713	31	2.1	31	87	0	92	40	15	20	23	1.90
29672448--29672517	27	2.6	27	93	2	113	30	25	14	30	1.95
29675483--29675673	29	6.6	29	90	1	267	28	26	15	29	1.96
29683269--29683459	29	6.6	29	90	1	267	28	26	15	29	1.96
29689397--29689466	27	2.6	27	93	2	113	30	25	14	30	1.95
29692307--29692440	39	3.4	39	91	2	207	28	4	20	46	1.70
29694160--29694256	40	2.4	41	88	6	137	27	16	26	28	1.97
29697053--29697097	22	2.0	22	100	0	90	26	20	22	31	1.98
29701523--29701628	27	3.9	27	93	0	176	30	18	14	36	1.91
29703530--29703737	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
29703531--29703737	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
29711538--29711745	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
29711539--29711745	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
29715938--29715962	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
29720384--29720551	40	4.2	40	89	1	239	24	21	27	26	1.99
29721943--29722036	29	3.2	29	98	0	179	29	15	27	26	1.96
29721939--29722074	58	2.4	58	85	3	177	27	15	31	25	1.96
29729773--29729837	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29734971--29735071	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
29735545--29735569	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
29736812--29736908	49	2.0	49	100	0	194	41	18	10	29	1.84
29737185--29737260	15	5.0	15	76	7	73	55	15	14	14	1.70
29747252--29747372	49	2.5	49	93	0	197	31	24	17	26	1.97
29750519--29750556	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
29756794--29756890	28	3.5	28	97	1	178	18	10	26	44	1.82
29758507--29758544	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
29759629--29759682	24	2.2	24	93	0	90	35	25	16	22	1.95
29763291--29763414	39	3.2	39	95	1	212	25	33	19	21	1.97
29773192--29773246	28	2.0	28	92	0	92	30	20	20	29	1.97
29775779--29775817	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
29775779--29775818	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
29775858--29775906	25	2.0	25	87	0	71	24	18	24	32	1.97
29783560--29783624	25	2.6	25	85	9	96	26	24	24	24	2.00
29783671--29783709	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
29783671--29783710	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
29783750--29783800	25	2.0	25	88	0	75	27	19	23	29	1.98
29789859--29790002	40	3.6	40	84	3	200	25	26	22	25	2.00
29789823--29790002	80	2.3	79	86	5	240	26	26	22	25	2.00
29792732--29792858	40	3.2	40	83	9	152	22	28	25	23	1.99
29794684--29794735	25	2.1	25	100	0	104	19	11	11	57	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29798459--29798511	27	2.0	27	81	7	63	54	5	11	28	1.58
29799680--29799733	25	2.2	24	78	18	58	29	3	18	48	1.65
29800467--29800505	13	3.0	13	96	0	69	23	25	28	23	1.99
29804224--29804272	14	3.3	15	82	8	64	32	4	2	61	1.26
29819213--29819396	40	4.6	40	91	0	307	23	22	27	26	2.00
29826007--29826061	28	2.0	28	100	0	110	70	7	14	7	1.31
29827388--29827610	40	5.6	40	94	1	376	23	21	28	26	1.99
29830091--29830144	28	1.9	28	85	7	74	37	7	1	53	1.40
29830109--29830144	14	2.6	14	90	0	54	36	5	0	58	1.22
29841768--29841851	44	1.9	44	82	4	107	36	11	25	26	1.90
29841991--29842112	47	2.6	47	96	0	217	35	13	25	25	1.93
29842091--29842287	55	3.6	54	84	4	245	35	18	24	22	1.96
29842099--29842298	53	3.7	53	84	4	231	34	18	24	23	1.96
29844244--29844307	20	3.2	20	71	4	65	14	32	17	35	1.89
29844264--29844331	21	3.3	21	68	4	66	17	30	17	33	1.94
29844226--29844396	82	2.1	82	88	0	252	17	28	18	36	1.93
29844226--29844396	41	4.2	41	84	0	216	17	28	18	36	1.93
29847775--29847999	40	5.6	40	82	5	249	25	24	27	23	2.00
29847775--29848035	80	3.3	80	82	3	303	25	23	26	24	2.00
29847775--29847999	120	1.9	121	84	4	303	25	24	27	23	2.00
29849650--29849674	13	1.9	13	100	0	50	8	20	40	32	1.81
29853698--29853732	17	1.9	19	88	11	56	11	37	0	51	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29855609--29855812	96	2.1	96	82	8	245	32	27	17	23	1.96
29855767--29856077	132	2.4	126	78	5	302	31	23	17	27	1.97
29859247--29859347	28	3.5	28	82	6	96	28	26	14	29	1.95
29874680--29874900	48	4.7	48	84	2	288	27	25	19	27	1.99
29874884--29874968	37	2.3	37	89	0	125	24	23	20	31	1.98
29877287--29877396	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
29877287--29877436	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
29880292--29880513	48	4.8	48	77	8	206	25	17	29	27	1.97
29880294--29880467	96	1.8	96	83	2	233	25	18	28	27	1.98
29890855--29891058	40	5.1	40	84	2	230	24	22	26	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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