genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.155.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  155  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47130958--47131181	40	5.6	39	87	5	240	24	26	22	25	2.00
47130958--47131182	79	2.8	79	84	8	287	24	26	22	25	2.00
47130960--47131182	119	1.9	120	81	10	278	24	26	22	26	2.00
47139012--47139197	40	4.7	40	86	5	227	25	26	22	25	2.00
47144467--47144574	39	2.8	40	84	8	134	23	25	28	22	1.99
47152440--47152540	29	3.6	29	86	6	136	23	33	15	26	1.95
47159372--47159564	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
47159402--47159564	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
47172339--47172379	18	2.2	19	91	4	66	34	0	0	65	0.93
47183653--47183755	29	3.6	29	86	0	143	25	14	33	26	1.94
47191530--47191632	29	3.6	29	87	0	143	26	15	33	25	1.95
47209208--47209374	40	4.2	40	80	2	176	23	27	22	26	1.99
47219561--47219609	20	2.5	20	89	0	80	48	22	22	6	1.72
47221897--47222045	40	3.8	38	77	13	133	26	23	26	22	2.00
47229876--47230024	40	3.8	38	77	13	133	26	23	26	22	2.00
47232008--47232202	27	7.2	27	85	2	248	35	18	20	26	1.95
47232592--47232644	22	2.4	22	84	9	72	22	26	18	32	1.97
47232812--47232894	27	3.1	26	84	6	94	16	19	22	40	1.91
47232827--47232912	27	3.2	26	88	5	91	20	20	18	39	1.93
47233037--47233167	6	21.3	6	71	18	92	20	19	12	47	1.81
47233037--47233152	31	3.7	30	74	14	94	20	20	11	47	1.80
47233037--47233146	25	4.7	25	77	15	117	20	20	11	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47233040--47233158	43	2.7	43	84	6	152	20	21	11	47	1.81
47234418--47234519	18	5.7	18	90	0	132	45	17	13	23	1.84
47236565--47236749	40	4.6	40	82	2	228	25	24	22	27	2.00
47238904--47238936	15	2.2	15	100	0	66	54	24	0	21	1.45
47240069--47240107	14	2.8	14	100	0	78	20	7	12	58	1.58
47246102--47246191	27	3.3	28	81	6	105	38	18	10	32	1.84
47246102--47246220	54	2.2	54	82	5	143	38	21	10	30	1.86
47246126--47246201	27	2.8	26	76	7	80	38	19	10	31	1.86
47246197--47246487	27	10.8	27	84	3	365	28	24	6	39	1.81
47246197--47246487	81	3.6	81	93	1	469	28	24	6	39	1.81
47246558--47246622	27	2.4	27	87	5	87	30	20	27	21	1.98
47247781--47247828	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
47247876--47247931	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
47247871--47247931	20	3.0	20	95	0	113	36	9	19	34	1.85
47247981--47248124	24	6.0	24	92	2	218	28	22	22	26	1.99
47248316--47248379	31	2.1	31	93	0	110	39	14	21	25	1.91
47256589--47256693	53	2.0	53	96	0	192	33	16	14	36	1.89
47270255--47270355	28	3.5	29	86	6	125	28	27	14	28	1.96
47284209--47284286	39	2.0	39	94	0	138	26	28	10	34	1.89
47286963--47287353	199	2.0	198	98	0	755	34	13	15	36	1.87
47292164--47292191	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
47307638--47307830	84	2.3	83	75	12	196	26	26	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47309681--47309710	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
47315601--47315781	39	4.6	40	80	7	203	26	23	25	24	2.00
47315601--47315804	78	2.6	79	79	6	236	25	22	25	25	2.00
47315601--47315804	39	5.2	40	78	7	195	25	22	25	25	2.00
47317201--47317333	42	3.1	43	71	16	150	27	27	15	29	1.96
47317177--47317307	41	3.1	41	71	16	142	29	26	17	26	1.98
47317218--47317350	42	3.1	43	68	12	130	26	27	17	29	1.97
47317162--47317361	84	2.4	84	98	0	382	27	29	17	26	1.98
47320138--47320240	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
47323819--47323902	27	3.0	27	71	6	87	16	17	40	25	1.90
47323818--47323918	29	3.6	28	71	11	89	16	17	39	25	1.91
47329592--47329738	40	3.7	40	86	7	176	25	26	23	24	2.00
47332329--47332536	40	5.2	40	82	3	195	26	21	25	25	2.00
47332331--47332536	80	2.6	80	84	1	243	26	21	26	25	2.00
47341839--47342052	116	1.8	116	97	0	410	23	9	30	35	1.87
47345068--47345200	48	2.8	48	84	5	153	24	14	27	34	1.94
47347060--47347141	40	2.0	40	95	0	146	32	26	8	31	1.87
47347149--47347240	40	2.3	40	83	7	107	26	28	17	28	1.98
47351545--47351618	28	2.6	28	91	4	114	28	14	25	31	1.95
47359542--47359615	28	2.6	28	87	4	105	28	14	24	32	1.95
47362381--47362510	40	3.2	40	75	4	129	25	23	26	23	2.00
47366552--47366787	39	6.1	39	92	1	393	21	25	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47385047--47385157	40	2.8	40	85	9	138	22	28	25	23	1.99
47385031--47385193	40	4.1	40	77	5	136	22	28	23	25	2.00
47397851--47397952	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
47405160--47405262	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
47411347--47411482	43	3.2	43	67	12	127	25	27	18	29	1.98
47411345--47411508	84	2.0	83	82	4	199	28	28	17	26	1.97
47413367--47413396	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
47416454--47416535	29	2.8	30	80	12	89	24	24	19	31	1.98
47416756--47416850	25	3.8	25	90	0	145	26	23	23	27	2.00
47417055--47417134	27	3.0	27	86	0	106	25	18	21	35	1.96
47417057--47417144	27	3.3	27	83	0	68	27	17	17	38	1.91
47418503--47418527	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
47419687--47419736	23	2.2	23	82	7	57	46	2	20	32	1.62
47420731--47420923	6	31.8	6	76	15	184	48	14	16	20	1.81
47420731--47420898	91	1.8	91	97	0	318	48	14	16	20	1.81
47420731--47420923	91	2.1	90	88	5	282	48	14	16	20	1.81
47421041--47421114	27	2.8	27	78	13	82	36	20	24	18	1.95
47421065--47421122	27	2.1	27	84	6	73	36	25	20	17	1.94
47421279--47421337	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
47421428--47421507	27	3.0	26	87	3	97	36	20	22	21	1.95
47421706--47421901	27	7.3	27	81	0	203	27	19	19	33	1.96
47421706--47421900	54	3.6	53	83	2	237	27	20	19	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47421906--47422123	27	8.1	27	84	7	255	41	10	21	27	1.85
47421906--47422123	81	2.7	81	87	2	323	41	10	21	27	1.85
47421911--47422123	54	3.9	54	85	4	304	40	9	22	27	1.85
47424142--47424358	6	35.8	6	78	14	223	48	14	17	19	1.80
47424142--47424330	85	2.2	85	85	8	210	49	14	16	19	1.80
47424142--47424358	30	7.4	30	82	11	279	48	14	17	19	1.80
47424480--47424546	27	2.5	26	83	7	80	37	16	23	22	1.94
47424714--47424772	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
47424859--47424941	27	3.1	26	84	8	87	34	21	24	19	1.96
47425140--47425336	27	7.3	27	80	1	214	26	19	19	34	1.96
47425341--47425561	27	8.2	27	82	6	243	40	9	21	28	1.84
47425345--47425561	81	2.7	81	86	1	319	40	9	22	28	1.84
47425346--47425558	54	3.9	54	82	4	286	40	8	22	28	1.83
47425777--47425815	17	2.3	17	90	0	60	12	30	35	20	1.90
47426517--47426541	12	2.1	12	100	0	50	16	8	36	40	1.77
47426606--47426990	27	14.3	27	83	2	382	30	8	19	40	1.82
47429542--47429674	43	3.1	43	65	16	114	25	26	18	29	1.98
47431541--47431570	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
47436708--47436736	12	2.4	12	100	0	58	68	0	0	31	0.89
47436665--47436725	26	2.4	25	84	7	79	65	1	0	32	1.02
47436665--47436751	21	4.0	20	73	22	61	67	2	0	29	1.03
47436801--47436841	15	2.7	16	82	17	52	70	0	0	29	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47442670--47442721	20	2.6	20	82	11	70	17	26	32	23	1.96
47444672--47444977	155	2.0	152	92	3	506	21	20	16	40	1.91
47445612--47445758	27	5.4	27	75	12	133	42	22	16	18	1.88
47446508--47446580	35	2.1	35	100	0	146	39	19	5	35	1.75
47452465--47452496	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
47453200--47453390	40	4.8	40	88	2	260	23	24	29	23	1.99
47453200--47453416	119	1.8	119	82	7	280	23	23	28	23	2.00
47455350--47455451	29	3.5	28	76	7	89	27	34	17	20	1.95
47459946--47460019	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
47460003--47460078	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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