genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  203  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61892093--61892160	33	2.1	33	100	0	136	42	20	5	30	1.76
61901636--61901660	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
61903821--61903992	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
61903814--61903989	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	21	1.98
61905274--61905299	7	3.7	7	100	0	52	42	15	26	15	1.87
61907092--61907282	39	4.8	40	78	7	185	24	23	28	23	2.00
61907092--61907283	79	2.4	78	82	6	199	24	23	28	23	2.00
61911876--61911900	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
61920167--61920237	35	2.0	35	100	0	142	45	21	8	25	1.80
61920571--61920794	80	2.8	79	81	5	247	23	26	22	28	1.99
61920586--61920756	40	4.3	40	90	1	236	23	27	21	26	1.99
61920603--61920794	40	4.8	40	88	3	210	23	26	22	28	1.99
61928236--61928459	80	2.8	79	81	5	247	23	26	22	28	1.99
61928251--61928421	40	4.3	40	90	1	236	23	27	21	26	1.99
61928268--61928459	40	4.8	40	88	3	210	23	26	22	28	1.99
61930667--61930784	31	3.5	35	89	9	135	22	23	16	37	1.94
61930690--61930784	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
61930975--61931116	24	6.0	24	90	5	200	26	22	21	28	1.99
61930975--61931116	47	3.0	47	89	6	198	26	22	21	28	1.99
61931166--61931226	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
61931269--61931316	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
61932554--61933090	27	19.9	27	86	4	629	40	9	22	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61933029--61933151	64	1.9	64	85	3	167	35	10	26	26	1.89
61935975--61936069	25	3.8	25	91	0	136	27	24	22	26	2.00
61935974--61936082	25	4.4	25	84	8	93	29	22	22	25	1.99
61935975--61936094	50	2.4	50	80	5	118	28	23	22	25	1.99
61936289--61936361	31	2.4	31	90	0	119	34	17	26	21	1.96
61937373--61937435	31	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
61937626--61937768	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
61937626--61937767	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
61937625--61937768	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
61937819--61937872	11	5.4	11	70	20	55	31	20	11	37	1.88
61937819--61937877	19	3.0	20	95	5	111	33	20	10	35	1.86
61937920--61937967	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
61945470--61945533	31	2.1	31	91	2	103	23	23	15	37	1.93
61945725--61945843	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
61945725--61945843	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
61945894--61945947	11	5.4	11	70	20	55	31	20	11	37	1.88
61945894--61945952	19	3.0	20	95	5	111	33	20	10	35	1.86
61945995--61946042	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
61954573--61954662	25	3.6	25	87	0	126	26	23	22	27	1.99
61956051--61956120	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
61963989--61964058	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
61965960--61966029	31	2.3	31	92	0	113	35	14	24	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61970315--61970403	44	2.0	44	100	0	178	33	17	15	32	1.92
61973583--61973636	27	2.0	27	100	0	108	25	11	29	33	1.91
61974004--61974075	36	2.0	36	100	0	144	36	16	11	36	1.84
61974602--61974646	20	2.2	20	88	0	63	75	0	4	20	0.97
61978320--61978616	55	5.5	53	79	8	314	22	24	17	34	1.96
61978320--61978616	108	2.7	108	91	1	452	22	24	17	34	1.96
61978603--61978724	47	2.6	47	94	0	217	26	23	13	36	1.91
61978728--61978860	45	2.9	47	73	10	121	23	24	18	33	1.97
61982156--61982379	40	5.6	39	78	6	173	29	21	23	25	1.99
61982211--61982367	79	1.9	82	83	7	205	28	21	23	27	1.99
61985281--61985359	39	2.0	39	97	0	149	26	0	26	46	1.53
61987909--61988153	40	6.1	40	89	2	334	23	23	26	25	2.00
61997284--61997425	27	5.2	27	80	12	157	33	23	25	17	1.96
61997284--61997428	54	2.7	54	91	3	220	33	23	25	17	1.96
61999021--61999180	26	6.2	26	98	0	311	35	26	6	30	1.83
62019697--62019874	46	3.8	46	78	4	196	29	28	20	21	1.98
62019705--62019875	93	1.8	93	89	0	270	29	28	20	21	1.98
62022259--62022314	15	3.7	15	83	9	78	60	8	16	14	1.57
62025268--62025438	93	1.8	93	92	0	288	28	29	21	21	1.98
62025260--62025435	46	3.8	46	79	10	196	28	28	20	21	1.98
62027484--62027738	55	4.8	54	80	7	265	36	16	24	22	1.95
62027491--62027740	108	2.4	110	81	9	304	35	17	24	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62032578--62032675	43	2.3	43	83	0	115	30	14	21	33	1.93
62034026--62034189	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
62034026--62034223	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
62041596--62041759	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
62041596--62041793	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
62045455--62045551	43	2.3	43	81	0	113	28	18	25	26	1.98
62046225--62046263	20	2.0	20	89	0	60	35	2	23	38	1.68
62063526--62063693	40	4.2	40	80	1	167	23	27	23	25	2.00
62063542--62063691	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
62066594--62066712	42	2.8	42	81	7	143	26	24	16	32	1.96
62066605--62066712	41	2.6	43	82	4	139	25	23	17	33	1.96
62073672--62073731	28	2.1	28	87	0	84	46	16	18	18	1.84
62083919--62083991	28	2.7	27	87	6	103	31	24	13	30	1.94
62083919--62083991	27	2.7	27	91	2	119	31	24	13	30	1.94
62106351--62106478	39	3.3	39	88	0	202	32	20	25	21	1.98
62111734--62111864	29	4.5	29	97	0	244	38	14	23	23	1.92
62116593--62116718	39	3.2	39	88	0	198	31	19	25	23	1.98
62116592--62116746	78	2.0	76	83	5	195	31	20	25	21	1.98
62119595--62119826	39	6.0	39	90	3	360	23	29	24	22	1.99
62119595--62119826	77	3.0	78	88	2	360	23	29	24	22	1.99
62119595--62119811	116	1.9	117	92	2	366	23	29	24	22	1.99
62130699--62130790	27	3.4	27	84	3	114	36	19	19	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62131022--62131068	22	2.1	22	88	0	67	12	31	23	31	1.92
62132083--62132107	13	1.9	13	100	0	50	60	32	0	8	1.26
62134459--62134676	47	4.6	48	78	11	215	22	28	19	29	1.98
62134459--62134679	94	2.3	94	83	5	277	22	28	19	29	1.98
62136281--62136338	30	1.9	30	83	13	75	20	10	1	67	1.29
62136279--62136338	20	3.0	19	83	9	75	21	10	1	66	1.30
62139224--62139425	42	4.6	42	71	12	147	30	16	23	29	1.96
62145596--62145627	15	2.1	15	94	0	55	65	0	6	28	1.16
62146434--62146552	37	3.1	37	73	17	118	15	45	12	26	1.82
62149594--62149623	14	2.2	13	94	5	51	50	0	13	36	1.42
62152200--62152351	46	3.3	46	76	14	168	21	20	29	28	1.98
62154120--62154178	27	2.2	27	81	6	66	27	18	27	27	1.98
62154131--62154193	27	2.3	27	91	0	99	23	15	20	39	1.91
62154176--62154272	27	3.6	26	75	5	68	29	8	23	38	1.84
62157819--62157993	40	4.4	40	81	3	201	26	22	25	25	2.00
62160454--62160501	21	2.3	21	92	0	78	25	16	56	2	1.51
62160794--62160911	43	2.8	42	79	6	112	31	20	18	29	1.96
62160836--62161052	43	5.1	43	88	3	280	23	20	21	34	1.96
62161985--62162023	20	2.0	20	100	0	78	35	25	23	15	1.94
62170771--62170894	48	2.6	48	80	2	133	29	27	16	27	1.97
62178253--62178361	42	2.6	42	82	2	130	29	23	16	30	1.96
62181214--62181411	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62181280--62181397	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
62181248--62181411	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
62186507--62186548	17	2.3	18	80	12	50	54	9	4	30	1.53
62193836--62193896	21	2.8	22	85	7	88	59	19	8	13	1.59
62193862--62193907	21	2.2	21	84	0	56	63	17	8	10	1.51
62196048--62196263	50	4.3	50	79	3	229	30	11	18	39	1.86
62197388--62197449	25	2.5	25	92	2	108	41	3	37	17	1.66
62198885--62198995	27	4.2	26	85	5	141	17	23	21	37	1.93
62198885--62198995	54	2.1	53	89	1	168	17	23	21	37	1.93
62201278--62201501	49	4.7	48	74	11	169	27	20	29	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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