genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14965364--14965411	21	2.2	22	85	7	62	25	27	33	14	1.94
14965489--14965518	13	2.3	13	100	0	60	13	40	26	20	1.89
14983195--14983321	48	2.6	48	90	4	186	25	31	18	25	1.97
14987126--14987191	1	66.0	1	75	0	60	87	0	12	0	0.53
14987132--14987191	25	2.6	23	89	7	86	86	0	13	0	0.57
14987126--14987191	32	2.1	30	88	5	96	87	0	12	0	0.53
14988139--14988500	166	2.2	164	87	5	494	31	22	21	24	1.98
14988139--14988500	84	4.3	84	82	8	436	31	22	21	24	1.98
14988511--14989089	206	2.8	206	91	0	928	30	17	22	29	1.97
14989493--14989617	18	6.8	18	87	3	171	34	11	16	37	1.85
14989501--14989617	35	3.2	35	90	4	171	34	11	16	37	1.85
14989493--14989617	53	2.3	55	88	5	191	34	11	16	37	1.85
14993727--14993778	24	2.2	24	82	0	59	21	30	17	30	1.96
14996829--14996891	30	2.1	30	100	0	126	26	17	25	30	1.97
14998712--14998791	42	1.9	42	89	0	124	28	11	23	36	1.89
15003609--15003680	30	2.4	30	83	4	92	34	34	20	9	1.86
15004557--15004592	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
15005433--15005505	25	2.9	25	85	0	101	30	19	16	34	1.94
15005445--15005520	25	3.1	25	79	5	66	34	15	15	34	1.90
15007412--15007471	12	4.7	13	87	10	72	23	5	1	70	1.16
15007424--15007471	13	3.7	14	81	15	59	25	6	0	68	1.12
15007582--15007626	23	2.0	23	86	8	65	15	4	4	75	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15008998--15009041	19	2.2	21	84	8	56	4	9	6	79	1.04
15009288--15009351	31	2.1	31	96	0	119	39	7	12	40	1.72
15012557--15012621	29	2.2	29	100	0	130	6	46	30	16	1.72
15014005--15014464	119	3.9	119	92	0	733	31	19	15	32	1.94
15026431--15026477	18	2.5	20	76	16	55	68	4	4	23	1.26
15027855--15027962	26	4.2	26	92	2	173	32	7	23	37	1.82
15029416--15029478	26	2.3	27	89	5	92	31	25	11	31	1.91
15029584--15029724	27	5.2	26	84	6	183	17	23	24	34	1.96
15029584--15029724	54	2.6	53	93	2	228	17	23	24	34	1.96
15031628--15031652	11	2.3	11	100	0	50	60	0	24	16	1.36
15044852--15044921	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
15044929--15045035	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
15052084--15052153	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
15052161--15052267	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
15056108--15056146	15	2.6	15	95	0	69	28	17	25	28	1.98
15057953--15058086	22	6.0	22	80	11	130	37	22	18	21	1.94
15057951--15058088	44	3.1	43	81	9	152	36	21	19	21	1.95
15059844--15060051	40	5.2	40	85	0	227	25	22	26	25	2.00
15059845--15060051	80	2.6	80	83	4	256	25	22	26	25	2.00
15062901--15062950	20	2.5	20	80	3	64	28	0	4	68	1.08
15068626--15068656	16	1.9	16	93	0	53	9	3	3	83	0.86
15068625--15068669	22	2.0	22	86	4	63	8	8	4	77	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15069556--15069632	30	2.6	30	91	0	127	33	6	24	35	1.81
15069956--15070217	46	5.6	45	76	13	221	28	19	30	22	1.98
15069959--15070217	94	2.8	92	79	10	278	28	19	30	22	1.98
15078165--15078208	21	2.3	18	88	11	61	20	0	22	56	1.42
15083589--15083629	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
15083592--15083631	20	2.0	20	90	0	62	75	7	0	17	1.03
15083650--15083725	9	8.4	9	78	11	57	28	9	19	42	1.82
15083658--15083725	18	3.8	18	84	7	75	27	8	20	42	1.82
15083665--15083725	27	2.3	27	88	0	95	26	9	22	40	1.85
15088062--15088166	43	2.4	43	85	4	140	26	11	21	40	1.87
15092455--15092715	48	5.6	46	79	9	226	27	18	29	23	1.98
15094181--15094431	88	2.7	95	78	14	249	27	18	29	23	1.98
15094171--15094441	49	5.8	48	75	16	232	27	19	30	23	1.98
15094171--15094441	99	2.9	96	79	13	296	27	19	30	23	1.98
15100153--15100217	32	2.1	32	94	2	114	56	15	7	20	1.63
15103528--15103552	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
15107582--15107648	27	2.5	26	81	9	73	38	20	19	20	1.93
15107616--15107689	28	2.7	27	77	4	69	32	18	22	25	1.97
15115723--15115838	27	4.3	26	78	11	90	35	19	24	20	1.96
15115763--15115837	28	2.7	28	87	6	100	32	20	26	21	1.97
15117915--15117973	29	2.1	28	80	3	64	57	18	5	18	1.58
15124713--15124745	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15132550--15132637	45	2.0	45	95	0	158	37	20	13	28	1.91
15135680--15135772	43	2.2	43	82	5	109	34	24	13	26	1.93
15135745--15135799	27	2.0	27	89	0	83	43	21	10	23	1.84
15137158--15137186	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
15141566--15141600	16	2.1	17	89	5	54	37	5	5	51	1.50
15145739--15145811	28	2.6	28	91	0	119	28	35	10	24	1.90
15148496--15148520	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
15154114--15154158	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
15160813--15160975	71	2.3	71	97	1	310	35	18	27	18	1.94
15164573--15164717	40	3.6	40	85	4	193	22	25	25	26	2.00
15166913--15167121	49	4.3	49	92	1	332	32	8	30	29	1.86
15169399--15169426	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
15170532--15170569	17	2.2	17	95	0	67	31	18	21	28	1.97
15175069--15175127	27	2.2	27	96	3	111	40	18	18	22	1.91
15180248--15180277	14	2.1	14	100	0	60	73	13	0	13	1.10
15185759--15185888	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
15185759--15185922	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
15193788--15193916	40	3.2	40	81	5	156	24	27	24	23	2.00
15196593--15196700	39	2.8	37	87	6	137	20	29	25	25	1.99
15201780--15201909	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
15201780--15201943	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
15209815--15209944	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15209815--15209978	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
15212797--15212832	12	3.0	12	95	0	63	58	5	0	36	1.22
15222144--15222332	24	8.0	24	92	4	296	28	21	22	28	1.99
15222165--15222331	23	7.1	23	95	2	280	28	20	22	28	1.99
15222165--15222332	47	3.6	47	92	3	293	28	20	22	28	1.98
15222144--15222332	71	2.7	71	92	3	310	28	21	22	28	1.99
15222390--15222446	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
15222378--15222448	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
15222383--15222437	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
15222485--15222532	25	1.9	25	91	0	78	25	14	27	33	1.94
15223767--15224298	27	19.7	27	84	3	579	41	9	21	28	1.83
15223768--15224298	54	9.8	54	84	2	638	41	9	21	28	1.83
15223768--15224298	81	6.6	81	84	3	656	41	9	21	28	1.83
15225226--15225252	13	2.1	13	100	0	54	44	0	7	48	1.31
15225819--15225853	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
15228271--15228426	54	2.9	54	76	4	145	39	21	9	29	1.85
15228279--15228501	27	8.3	27	77	8	125	38	21	8	32	1.82
15228440--15228538	27	3.7	27	91	0	153	33	24	4	38	1.74
15228760--15228892	67	2.0	67	87	0	194	21	29	18	30	1.97
15229038--15229114	31	2.5	31	89	0	118	16	18	16	48	1.82
15229038--15229114	6	12.5	6	74	15	68	16	18	16	48	1.82
15231053--15231222	27	6.3	27	77	8	132	40	21	9	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15231045--15231205	54	3.0	55	77	4	150	37	22	9	29	1.87
15231199--15231339	27	5.2	27	88	2	185	32	24	4	38	1.77
15231199--15231339	54	2.6	54	90	3	221	32	24	4	38	1.77
15231576--15231626	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
15231848--15231935	6	14.3	6	75	13	81	21	15	13	48	1.80
15231848--15231924	31	2.5	31	89	0	109	19	16	14	49	1.80
15234288--15234465	38	4.6	38	81	8	173	24	22	24	29	1.99
15236956--15237020	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
15244984--15245048	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
15250763--15250892	50	2.6	49	91	1	197	30	29	16	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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