genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  186  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56314402--56314568	8	21.5	8	64	18	50	34	6	0	58	1.28
56314409--56314462	21	2.3	23	87	12	76	31	5	0	62	1.18
56314485--56314559	37	1.9	37	82	12	89	33	8	1	57	1.36
56314773--56314816	22	2.0	22	83	12	56	29	6	6	56	1.51
56320009--56320062	24	2.2	26	83	12	69	55	0	5	38	1.23
56320945--56321120	96	1.8	96	86	8	257	26	18	30	25	1.98
56320948--56321124	49	3.6	48	76	13	184	26	18	30	24	1.98
56325295--56325328	16	2.1	17	88	5	52	35	20	5	38	1.77
56346014--56346189	46	3.8	46	81	10	223	21	21	28	28	1.98
56346010--56346181	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
56351334--56351407	37	2.0	37	97	0	139	33	24	12	29	1.91
56357531--56357651	44	2.8	42	84	10	156	23	14	26	35	1.94
56357531--56357694	42	3.9	43	80	10	151	24	14	26	35	1.93
56357539--56357686	43	3.5	42	82	8	131	25	14	25	33	1.94
56374037--56374212	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
56374034--56374204	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
56377134--56377212	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
56377125--56377211	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
56379579--56379744	46	3.8	45	75	13	186	20	19	30	29	1.97
56382610--56382685	15	5.1	15	81	7	84	10	17	14	57	1.64
56382598--56382684	30	3.0	30	80	9	90	10	16	16	57	1.65
56382995--56383058	34	1.9	33	83	3	83	26	23	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56384909--56384975	27	2.4	28	87	2	100	32	13	22	31	1.92
56386599--56386651	27	1.9	27	84	3	70	24	35	20	18	1.95
56388760--56388858	27	3.5	28	88	4	128	28	14	27	30	1.95
56388789--56388869	27	3.0	27	89	5	119	29	13	24	32	1.94
56396340--56396409	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
56396340--56396421	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
56399623--56399692	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
56404350--56404444	41	2.3	42	83	10	115	25	14	29	30	1.95
56406772--56407491	47	15.3	47	95	0	1161	33	9	29	27	1.89
56407609--56407691	37	2.2	37	91	0	130	24	22	32	20	1.98
56415885--56415984	29	3.5	28	86	8	114	30	14	26	30	1.94
56420602--56420635	17	2.0	17	88	0	50	35	11	5	47	1.65
56421774--56421866	40	2.3	40	83	3	107	25	29	16	29	1.96
56427367--56427552	40	4.7	40	90	2	270	25	29	22	23	1.99
56427347--56427552	80	2.6	79	89	5	310	26	28	21	23	1.99
56435600--56435786	40	4.7	40	90	3	272	25	29	21	23	1.99
56435580--56435790	80	2.7	79	88	5	311	26	28	20	23	1.99
56437955--56437994	21	2.0	21	95	5	73	20	30	40	10	1.85
56439283--56439403	49	2.5	49	82	8	140	22	27	20	29	1.98
56439423--56439596	46	3.8	45	79	6	154	24	28	17	29	1.97
56444576--56444768	39	5.0	39	94	1	334	21	25	29	23	1.99
56444576--56444776	77	2.6	78	92	3	334	22	24	28	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56450296--56450499	40	5.1	40	87	1	266	23	20	28	26	1.99
56450292--56450503	80	2.7	80	88	2	302	24	20	27	26	1.99
56459779--56459839	30	2.0	30	87	0	86	31	22	8	37	1.84
56462922--56463046	51	2.5	51	79	10	130	28	27	16	28	1.97
56463071--56463200	52	2.5	51	83	2	154	33	26	15	24	1.95
56466248--56466323	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
56466270--56466348	25	3.3	25	64	16	67	35	5	27	31	1.79
56466245--56466539	47	6.3	47	92	0	491	33	8	30	27	1.87
56466366--56466442	25	3.2	25	63	17	63	35	5	28	31	1.79
56473356--56473403	24	2.0	24	100	0	96	37	25	8	29	1.85
56478113--56478347	79	3.0	80	90	6	347	28	20	25	25	1.99
56478113--56478394	119	2.4	119	84	8	353	28	20	25	25	1.99
56478113--56478347	40	5.9	40	90	4	338	28	20	25	25	1.99
56478244--56478394	40	3.8	40	86	7	116	27	21	27	24	1.99
56486328--56486524	40	4.9	40	92	4	294	27	20	26	25	1.99
56486380--56486571	40	4.8	40	90	5	121	27	20	26	25	1.99
56486328--56486559	120	1.9	119	82	9	285	27	20	26	25	1.99
56492028--56492157	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
56495355--56495525	46	3.8	46	75	11	192	29	29	21	19	1.98
56497879--56497967	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
56497879--56497958	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
56497890--56497967	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56500882--56501054	45	3.8	46	78	13	196	29	29	21	19	1.98
56500890--56501058	90	1.8	92	92	3	288	28	30	21	19	1.98
56503329--56503366	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
56504991--56505059	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
56511330--56511367	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
56512995--56513063	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
56514328--56514416	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
56514328--56514407	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
56514339--56514416	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
56517081--56517229	80	1.9	80	82	2	192	23	30	24	22	1.99
56517122--56517229	40	2.7	39	86	2	135	22	29	25	23	1.99
56525145--56525326	39	4.6	38	79	7	161	23	26	23	25	2.00
56525136--56525285	79	1.9	79	83	5	196	24	29	24	22	1.99
56525176--56525326	79	1.9	79	83	5	198	23	26	23	26	2.00
56525176--56525326	40	3.8	39	81	8	146	23	26	23	26	2.00
56534473--56534679	40	5.2	40	83	4	249	25	21	26	26	1.99
56537326--56537351	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
56537357--56537385	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
56543078--56543141	27	2.3	28	94	2	112	31	14	25	29	1.94
56572634--56572759	40	3.2	40	76	4	121	25	24	27	22	2.00
56584097--56584225	40	3.2	40	83	6	154	24	22	27	25	2.00
56593002--56593130	40	3.2	40	83	6	154	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56595777--56595902	46	2.7	46	95	0	216	30	31	19	18	1.96
56603484--56603659	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
56603480--56603651	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
56615876--56615912	6	5.8	6	87	12	56	16	0	0	83	0.64
56615876--56615914	7	5.9	7	85	8	55	17	0	0	82	0.68
56615876--56615912	13	2.8	13	95	0	65	16	0	0	83	0.64
56622693--56622773	36	2.2	36	93	0	135	44	3	14	37	1.63
56624045--56624215	47	3.7	46	82	3	184	24	15	28	30	1.96
56625496--56625524	14	2.0	15	93	6	51	27	3	20	48	1.66
56629339--56629376	20	1.9	20	88	0	58	18	15	28	36	1.92
56630051--56630148	33	2.9	35	73	19	91	46	2	0	51	1.12
56630038--56630155	30	3.8	29	69	26	75	46	1	0	51	1.11
56631292--56631446	43	3.6	43	78	9	163	26	16	25	31	1.96
56634649--56634847	40	5.1	40	90	5	282	25	28	24	22	1.99
56634649--56634846	78	2.5	77	88	4	272	25	28	24	22	1.99
56642747--56642964	40	5.5	40	92	2	316	24	28	24	22	1.99
56644226--56644331	53	2.0	53	96	0	194	38	10	11	39	1.75
56650986--56651050	34	1.9	34	83	0	85	27	24	21	26	1.99
56656725--56656856	29	4.6	29	86	0	156	29	14	31	24	1.94
56664665--56664871	53	3.8	53	76	4	191	37	18	24	19	1.94
56677700--56677768	27	2.5	27	97	2	129	31	26	13	28	1.93
56685353--56685422	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56685353--56685434	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
56689847--56689947	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
56697771--56697871	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
56702229--56702284	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
56704660--56704830	92	1.8	93	94	1	308	21	21	29	28	1.98
56704659--56704833	45	3.8	47	79	14	195	21	21	28	28	1.99
56704665--56704838	46	3.8	45	81	12	219	21	21	28	28	1.98
56707741--56707784	15	2.9	15	80	12	54	11	15	15	56	1.66
56707741--56707797	30	2.0	30	89	6	91	10	15	15	57	1.64
56715154--56715212	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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