genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71298623--71298709	29	3.2	29	61	15	76	33	17	31	18	1.94
71298491--71298750	53	4.8	53	80	3	261	37	18	23	20	1.94
71303197--71303523	47	7.0	47	92	0	510	31	12	29	26	1.93
71303244--71303318	23	3.2	23	66	23	66	29	10	32	28	1.90
71303412--71303487	23	3.2	25	62	24	63	28	14	34	22	1.93
71303694--71303830	37	3.7	37	95	0	238	24	18	32	24	1.97
71314871--71315301	47	9.3	47	90	3	649	33	8	30	27	1.86
71314871--71315301	93	4.6	94	90	3	649	33	8	30	27	1.86
71317728--71317802	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
71317855--71318291	40	11.1	40	92	1	668	24	22	27	25	2.00
71317855--71318278	119	3.6	120	91	2	678	24	22	27	25	2.00
71317859--71318278	79	5.3	80	93	1	677	24	23	27	25	2.00
71321640--71321715	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
71321662--71321740	25	3.3	25	64	16	67	35	5	27	31	1.79
71321637--71321978	47	7.3	47	93	0	567	34	8	29	27	1.86
71323820--71324234	48	8.6	48	93	0	659	35	7	26	30	1.85
71324278--71324437	37	4.3	37	95	0	293	23	20	32	23	1.98
71325616--71325925	40	7.8	40	96	0	539	25	20	27	26	1.99
71329417--71330176	48	16.0	48	92	2	1214	35	6	26	31	1.81
71329417--71330176	95	8.0	96	93	1	1266	35	6	26	31	1.81
71330221--71330380	37	4.3	37	94	0	284	24	19	32	23	1.97
71332096--71332190	42	2.2	43	86	1	129	27	16	22	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71332097--71332211	43	2.7	43	82	4	135	25	17	24	33	1.96
71334931--71334964	17	2.0	17	100	0	68	29	11	11	47	1.76
71340602--71340730	43	3.0	43	74	10	129	31	24	18	25	1.97
71348437--71350692	518	4.4	518	90	1	3463	26	22	23	27	1.99
71351342--71351395	6	8.8	6	78	11	56	50	12	16	20	1.78
71351899--71351994	27	3.6	27	91	0	147	43	7	20	28	1.78
71357042--71357131	28	3.2	28	70	6	92	31	30	17	21	1.96
71357013--71357135	56	2.2	56	94	1	212	30	32	17	20	1.95
71357294--71357410	43	2.7	43	87	0	162	34	31	22	11	1.90
71357306--71357428	43	2.9	43	87	0	165	34	31	21	13	1.91
71357431--71357585	40	3.9	40	92	0	247	28	29	20	22	1.98
71362796--71363032	27	8.7	27	84	0	258	40	8	20	30	1.82
71362805--71363032	54	4.2	54	83	0	285	40	7	21	30	1.81
71362822--71363022	81	2.5	81	87	0	294	41	7	18	31	1.79
71363054--71363178	27	4.7	27	76	8	112	27	9	23	40	1.85
71363026--71363188	54	3.0	54	74	7	154	28	9	23	38	1.86
71369639--71369684	22	2.0	24	84	16	62	54	0	6	39	1.26
71394728--71394857	40	3.2	40	83	4	165	23	29	25	22	1.99
71398086--71398159	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
71398143--71398218	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
71398086--71398218	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
71405958--71406089	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71410695--71410802	40	2.7	41	81	8	132	25	27	24	23	2.00
71415535--71415638	28	3.7	28	86	0	136	29	32	13	24	1.93
71415619--71415726	40	2.7	40	89	0	162	37	28	13	20	1.91
71433530--71433659	39	3.3	39	94	0	215	23	27	20	28	1.99
71436894--71436943	25	2.0	25	96	0	91	30	20	20	30	1.97
71440452--71440491	21	2.0	20	90	5	62	27	25	32	15	1.95
71441681--71441866	49	3.8	49	79	8	191	23	29	19	26	1.98
71441687--71441866	98	1.8	99	86	4	267	23	28	19	27	1.98
71443518--71443568	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
71444220--71444419	27	7.4	27	84	4	197	25	20	19	35	1.95
71444220--71444419	54	3.7	54	86	0	265	25	20	19	35	1.95
71444245--71444419	81	2.2	81	89	2	262	24	20	19	36	1.95
71449043--71449076	18	1.9	18	88	5	52	8	29	17	44	1.79
71451087--71451112	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
71451145--71451196	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
71451848--71452047	27	7.4	27	87	1	258	25	20	20	34	1.96
71459878--71459922	20	2.2	20	85	14	58	60	11	2	26	1.42
71461133--71461195	30	2.1	30	88	5	92	30	15	17	36	1.91
71461179--71461252	29	2.5	30	85	12	116	17	25	12	44	1.83
71461152--71461393	30	8.1	30	72	10	138	23	23	12	40	1.88
71461206--71461398	90	2.1	90	83	5	239	22	24	11	40	1.87
71464593--71464741	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71464634--71464741	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
71476357--71476531	40	4.4	40	91	2	257	24	22	26	25	2.00
71485294--71485418	25	5.2	25	60	21	70	29	10	32	28	1.90
71485293--71485483	47	4.1	47	93	0	310	31	10	30	26	1.91
71485457--71485547	46	2.0	46	88	0	137	34	8	30	26	1.87
71489276--71489887	132	4.6	132	91	0	902	27	19	25	27	1.99
71490159--71490195	14	2.6	14	91	0	56	62	10	2	24	1.41
71492790--71493309	131	4.0	131	79	3	521	27	19	17	35	1.94
71494397--71494489	44	2.1	46	88	8	138	35	25	5	33	1.79
71494479--71494524	16	2.9	16	93	0	83	32	23	0	43	1.54
71494995--71495080	26	3.3	24	72	15	82	48	1	2	47	1.22
71496010--71496047	19	2.0	19	90	10	60	39	2	0	57	1.12
71514240--71514447	93	2.2	94	77	2	213	38	19	15	26	1.91
71519082--71519723	214	3.0	214	99	0	1275	32	15	19	33	1.93
71520351--71520375	13	1.9	13	100	0	50	76	8	0	16	1.02
71520652--71520685	11	2.9	11	91	8	50	79	0	5	14	0.91
71525165--71525232	32	2.2	32	87	7	97	39	5	2	51	1.41
71527021--71527099	28	2.8	28	88	7	124	36	12	22	27	1.91
71527490--71527533	21	2.0	22	91	4	72	40	2	22	34	1.67
71529747--71529905	43	3.7	43	80	8	173	30	28	17	23	1.97
71532078--71532283	40	5.2	40	90	4	294	24	22	27	25	2.00
71534010--71534146	56	2.4	56	91	0	229	26	16	22	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71534011--71534171	56	2.9	56	85	3	164	26	16	23	33	1.96
71535950--71536029	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
71541803--71541903	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
71544998--71545204	40	5.2	40	88	4	278	24	22	27	25	2.00
71544998--71545214	119	1.8	118	84	9	298	24	23	27	24	2.00
71546934--71547070	56	2.4	56	95	0	238	26	16	23	33	1.96
71549435--71549464	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
71556423--71556606	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
71556463--71556651	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
71561033--71561145	39	2.9	39	90	2	174	24	31	21	22	1.98
71561002--71561145	78	1.8	78	85	2	200	23	31	22	22	1.99
71568475--71568604	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
71568475--71568637	40	4.1	40	78	5	145	22	28	24	25	1.99
71578208--71578337	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
71578208--71578371	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
71581963--71582073	40	2.8	40	84	1	134	25	32	21	20	1.98
71589297--71589360	28	2.3	28	91	5	103	29	7	29	32	1.86
71591632--71591765	56	2.4	56	94	0	232	35	25	11	26	1.91
71601123--71601415	123	2.4	123	96	0	541	30	8	25	34	1.87
71601403--71601434	15	2.1	15	100	0	64	28	12	31	28	1.93
71601445--71601648	40	5.1	40	83	2	212	25	23	25	25	2.00
71608703--71609039	123	2.8	123	95	0	597	29	10	25	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71609008--71609189	40	4.6	40	82	0	186	26	23	25	24	2.00
71609008--71609210	80	2.5	80	83	3	232	25	23	26	25	2.00
71611682--71611855	41	4.4	40	79	12	173	30	14	24	29	1.95
71612380--71612505	14	8.8	14	71	11	85	43	30	2	23	1.66
71612382--71612545	21	7.6	21	69	11	89	45	28	2	24	1.66
71616383--71616550	9	18.9	9	77	8	130	47	16	1	34	1.58
71616383--71616550	54	3.3	53	78	17	221	47	16	1	34	1.58
71616368--71616564	97	2.0	98	94	1	342	47	15	3	34	1.61
71616390--71616568	43	3.9	44	80	16	218	48	15	2	34	1.58
71616384--71616588	97	2.1	95	88	3	266	48	16	1	33	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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