genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  66  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18231719--18231766	25	1.9	25	91	0	78	25	14	27	33	1.94
18232936--18233007	27	2.7	27	77	0	81	27	6	23	41	1.80
18233000--18233310	27	11.6	27	87	2	403	41	9	21	28	1.83
18232999--18233309	134	2.3	134	86	3	455	41	9	21	28	1.83
18239615--18239682	30	2.3	29	92	2	109	23	17	25	33	1.96
18242454--18242485	13	2.5	13	100	0	64	12	28	40	18	1.87
18244334--18244401	21	3.2	21	67	19	50	26	10	23	39	1.87
18244332--18244469	43	3.2	43	86	4	204	26	11	23	38	1.89
18244338--18244471	45	3.0	45	87	2	200	26	12	23	37	1.91
18245983--18246010	13	2.2	13	100	0	56	25	7	7	60	1.48
18246584--18246616	12	2.8	12	100	0	66	24	0	18	57	1.40
18251424--18251458	17	2.1	17	89	5	54	8	0	14	77	0.99
18254118--18254182	32	2.0	32	96	0	121	30	24	12	32	1.92
18258331--18258431	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
18264430--18264467	18	2.1	18	100	0	76	55	23	5	15	1.61
18265772--18265855	41	2.0	41	81	4	98	22	20	26	30	1.98
18275228--18275387	43	3.7	44	80	8	168	33	25	14	27	1.94
18277915--18277953	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
18278003--18278147	25	6.0	24	90	5	195	28	20	22	28	1.98
18278009--18278157	47	3.0	49	86	8	196	29	19	22	28	1.98
18278342--18278404	31	2.0	31	90	0	99	36	17	23	22	1.95
18293550--18293657	40	2.7	39	81	5	119	24	32	21	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18293585--18293669	39	2.2	40	89	2	127	25	32	18	22	1.97
18305402--18305561	39	4.2	39	90	1	243	24	33	18	23	1.97
18307549--18307590	20	2.3	19	84	15	54	38	9	26	26	1.87
18319146--18319253	26	4.2	26	91	0	180	37	24	7	31	1.83
18326259--18326366	26	4.2	26	91	0	180	37	24	6	32	1.81
18327781--18327969	40	4.7	40	84	3	220	23	28	24	23	2.00
18327748--18327965	80	2.7	81	80	10	270	22	28	25	23	1.99
18335864--18336052	40	4.7	40	84	3	220	23	28	24	23	2.00
18335831--18336048	80	2.7	81	80	10	270	22	28	25	23	1.99
18338689--18338776	24	3.5	26	76	10	83	31	19	21	27	1.97
18339050--18340269	611	2.0	613	97	0	2300	35	19	9	35	1.85
18342157--18342478	161	2.0	161	96	0	599	31	17	16	34	1.92
18346040--18346081	22	1.9	22	85	0	57	11	4	23	59	1.51
18351951--18351988	13	3.1	12	85	14	51	21	0	0	78	0.74
18351953--18351990	17	2.3	16	83	16	51	21	0	0	78	0.74
18352529--18352618	45	2.0	45	91	4	146	38	27	10	23	1.87
18361957--18362057	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
18369809--18369909	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
18371612--18371700	35	2.5	35	85	0	106	28	12	15	43	1.83
18378557--18378680	35	3.5	35	86	1	149	26	12	19	41	1.88
18399133--18399167	17	1.9	18	88	11	54	25	14	5	54	1.62
18403251--18404925	851	2.0	842	87	3	2358	30	20	20	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18408727--18408786	18	3.3	18	80	0	66	23	31	26	18	1.97
18419421--18420481	539	2.0	542	89	2	1636	33	15	17	33	1.91
18423134--18423184	26	2.0	26	96	0	93	33	21	11	33	1.90
18425009--18425037	14	2.1	14	100	0	58	34	13	24	27	1.93
18428400--18428459	30	2.0	30	84	12	79	33	23	11	31	1.91
18429769--18429842	37	2.0	37	94	0	130	27	9	25	37	1.87
18431229--18431311	42	2.0	42	97	0	157	24	18	22	34	1.96
18435370--18435413	22	2.0	22	95	0	79	34	18	6	40	1.77
18447393--18447461	28	2.5	28	92	2	113	43	26	10	20	1.83
18454845--18454913	28	2.5	28	92	2	113	43	26	10	20	1.83
18457692--18457720	14	2.1	14	100	0	58	27	27	20	24	1.99
18459114--18459156	18	2.6	16	76	23	52	55	0	6	37	1.27
18468622--18468661	21	1.9	21	84	0	53	45	10	7	37	1.66
18469276--18469300	8	3.1	8	100	0	50	36	12	12	40	1.79
18469342--18469392	25	2.0	25	100	0	102	49	19	0	31	1.49
18476451--18476496	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
18476458--18476502	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
18476734--18476781	24	2.0	24	100	0	96	41	12	16	29	1.85
18479978--18480028	21	2.5	21	87	3	68	27	0	0	72	0.85
18479986--18480016	15	2.1	14	94	5	53	25	0	0	74	0.82
18482922--18482965	12	3.7	11	80	14	52	84	0	4	11	0.77
18482931--18482966	16	2.3	16	90	4	56	83	0	5	11	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18484983--18485106	56	2.2	55	78	8	133	31	21	18	28	1.97
18494979--18495090	43	2.6	42	80	5	145	32	17	22	27	1.97
18495174--18495218	20	2.2	20	84	11	56	31	8	26	33	1.87
18496687--18496730	22	2.0	22	95	0	79	27	20	22	29	1.99
18501300--18501377	40	2.0	40	100	0	156	24	11	17	46	1.82
18517171--18517195	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
18521352--18521406	26	2.1	26	96	0	101	14	20	43	21	1.87
18522556--18522591	16	2.2	17	95	5	65	38	11	22	27	1.88
18526589--18526635	25	1.9	24	86	4	67	70	4	14	10	1.31
18527581--18527691	38	2.8	40	75	8	102	24	20	25	29	1.99
18527824--18527863	18	2.2	18	86	8	55	47	0	22	30	1.52
18529250--18529348	34	2.9	34	92	4	155	33	5	14	47	1.66
18534681--18534853	46	3.7	46	80	11	210	23	20	26	29	1.99
18534678--18534848	93	1.8	93	93	2	299	22	21	27	28	1.99
18539829--18539931	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
18547804--18547906	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
18555772--18555937	46	3.6	47	80	12	166	22	28	19	29	1.98
18556640--18556664	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
18557048--18557102	28	1.9	29	88	3	85	20	47	20	12	1.82
18560103--18560136	17	2.0	17	88	0	50	55	8	5	29	1.54
18580975--18581034	30	2.0	30	86	0	84	30	23	8	38	1.84
18583331--18583394	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18583418--18583501	42	2.0	42	86	4	116	41	20	11	26	1.86
18583648--18583842	47	4.1	47	91	1	309	25	22	23	28	1.99
18583648--18583841	24	8.2	24	86	3	277	25	22	23	28	1.99
18583648--18583842	95	2.1	94	95	0	345	25	22	23	28	1.99
18583887--18583937	20	2.5	20	87	0	75	31	19	11	37	1.88
18583974--18584021	25	1.9	25	95	0	87	25	12	25	37	1.91
18585182--18585246	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
18585300--18585351	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
18585390--18585460	27	2.6	27	78	8	72	28	9	21	40	1.85
18585453--18585772	27	11.9	27	83	5	299	41	8	22	28	1.82
18585427--18585594	81	2.1	82	78	5	180	44	11	16	27	1.82
18585455--18585772	81	3.9	81	84	2	345	41	8	22	28	1.82
18585454--18585765	54	5.8	54	81	2	331	41	8	21	28	1.81
18585769--18585867	27	3.7	27	81	5	112	30	10	20	39	1.85
18585761--18585865	54	2.0	53	81	9	124	30	10	21	37	1.87
18585778--18585882	27	3.9	27	75	9	72	34	9	18	38	1.83
18601994--18602177	40	4.6	39	84	8	230	26	27	21	24	1.99
18601996--18602177	78	2.3	80	85	6	237	25	27	21	24	2.00
18612804--18613112	47	6.6	47	76	10	217	22	28	19	29	1.98
18612804--18613066	46	5.6	48	75	15	162	23	28	19	28	1.98
18613820--18613844	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
18616280--18616416	42	3.3	42	76	0	130	37	17	16	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18617369--18617438	6	11.3	6	75	18	56	50	0	1	48	1.09
18625461--18625525	20	3.3	18	75	14	58	29	16	30	23	1.96
18625417--18625544	40	3.2	39	75	4	112	28	18	29	22	1.98
18626077--18626112	17	2.1	17	100	0	72	30	22	5	41	1.76
18631919--18631955	18	2.1	18	100	0	74	51	10	21	16	1.74
18632224--18632296	37	2.0	37	91	0	119	23	6	26	43	1.78
18634494--18634531	6	6.3	6	87	0	58	50	2	2	44	1.30
18634500--18634537	18	2.2	18	85	4	51	52	2	2	42	1.29
18634539--18634593	23	2.4	23	76	11	60	29	0	5	65	1.15
18634854--18634881	13	2.2	13	100	0	56	7	7	21	64	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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